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在家赋闲期间，曹操经常和曹家同族曹仁、曹洪，以及夏侯同宗夏侯渊、夏侯惇等聚在一起，或者健身强体、修炼武艺，或者议论朝政、臧否大臣。曹氏和夏侯氏都佩服他的见识，愿意跟着他匡扶大汉日益倾颓的大厦。
蛟龙终非池中物。仅仅两年，又有大臣举荐曹操，拜为议郎。
议郎也是郎官的一种，不过属于郎官中比较高的等级，比山郎工作要轻松许多，主要职责是讨论朝廷具体事项，给皇帝出主意，不需要执勤守卫，秩比六百石。
“秩”的原意指官员的俸禄，后引申为官员的品级。在汉代，官员的具体品级用“石”去标示，比如品级最高的“三公”，秩万石；其次是“九卿”，秩二千石；往下依次递减。“石”是容量单位，又称斛。秩万石并不意味着俸禄真的有一万斛粮食，其实每月只有三百五十斛谷米。秩比六百石，次于六百石的秩级，月俸为五十至六十斛谷米，或者一部分货币、一部分谷米。
按秩级算，县令不过四百石。曹操被罢官复出，官级未降反升。可见，曹操做官的口碑，以及曹家两代在朝中的经营，还是有很大的影响力。
议郎的岗位，虽然不像洛阳北部尉、顿丘县令那样有较大的自由裁量权，但曹操还是尽心职守，绝不敷衍了事。他选择了当时最敏感的话题作为突破口，向朝廷直言进谏。
窦武是汉桓帝的国丈，他征召名士，为官清正，拿出自己的俸禄救济太学生和平民。他还为“党锢”首领求情，使桓帝对他们从轻发落，在士大夫中有很高的威望。汉灵帝初年，窦武辅政，迁大将军，与太傅陈蕃商量剪除宦官。不料消息泄露，宦官率先动手，挟持灵帝，诏令驻京部队讨伐窦武，窦武兵败自杀，陈蕃也被杀害。
曹操旧事重提，向灵帝上书，陈述窦武等人为官正直而遭陷害，致使奸邪之徒充满朝廷，忠良之士没有进身之路。曹操直接把矛头指向宦官，对灵帝也颇有指责，虽然言辞恳切，但被灵帝束之高阁，如石沉大海，没有回音。
翻历史旧案不成，曹操就直接针砭时政。中国历朝历代都有“民谣”“谶语”流行，如秦朝时方士向秦始皇进献一本谶语书，预言“亡秦者，胡也”；秦末陈胜起义时，从鱼肚里得到谶言“大楚兴，陈胜王”。这些民谣、谶语有预言的作用，历来受到统治者重视。光和五年（182），灵帝大赦天下，并诏令公卿根据流传的民谣检举为害百姓的地方官。民谣反映了民意，这理所当然是一件非常得民心的举措。但汉末腐败已经无孔不入，太尉许戫、司空张济负责此事，他们和宦官串通一气，收受贿赂，不去查处那些民愤极大的宦官亲属、私党，反而借机打击报复，陷害忠良，致使二十六名清廉而有政绩的官员受到制裁。司徒陈耽上书向灵帝说明情况，结果被宦官诬陷，死于狱中。
恰在这时，各地天灾不断，太后住的永乐宫也发生大火。古人迷信，认为天灾是上天对朝廷失政的提醒和迁怒。曹操抓住这个机会，上书谴责公卿举奏不实，蒙蔽圣听，形成冤案。汉灵帝这次采纳了他的建议，一方面将曹操的奏章发给许戫、张济，责备他们失职，另一方面将那些蒙受冤屈被检举的官员恢复名誉，二十六人都拜为议郎。
然而，像这样被采纳的建议很少。汉朝就像一座年久失修的房屋，摇摇欲坠，一场暴风骤雨足以使它崩裂塌陷。曹操这些有识之士，只能为它添块砖，加片瓦，但于事无补。
很快，这场风暴如期而至。
汉灵帝光和七年，公元184年，黄巾大起义爆发。
黄帝是传说中上古时代的领袖，天下大治之后，寻真访隐，希冀长生不老；老子是春秋时代思想家，主张修身养性，无为而治。后世有人推崇二人，并称“黄老”，至后汉后期创立了宗教实体，即道教。道教到汉末渐渐昌盛，产生许多流派，“太平道”即其中一种。
太平道由巨鹿人张角创立。张角通过太平道蓄养弟子，教弟子用符水为百姓治病，渐渐有更多百姓信奉太平道，信徒达到数十万，几乎遍布全国各个州。他们打着宗教的旗号，暗自发展势力，这是中国历史上第一次利用宗教进行起义，再加上汉末腐败的政治环境，对这种势力的发展竟然毫无察觉、毫无压制，任凭坐大。
中平元年（184）为甲子年，太平道在全国各地同时起事。张角打出“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的口号，把汉王朝比作苍天，把太平道比作黄天。信徒们头戴黄巾作为统一标志，自称“黄巾军”。
张角和弟子们把起事的时间约定在三月初五，但有门徒报告给了官府，张角当然不能坐以待毙，便在二月提前举起了大旗，中国历史上第一场规模宏大的宗教起义拉开了帷幕。
黄巾军声势浩大，仅一个月，就席卷全国七州二十八郡，各地州、郡纷纷沦陷，官吏抵抗不住，要么被杀，要么逃走，天下顿时一片混乱。形势最为严峻的，是冀州的巨鹿、豫州的颍川和荆州的南阳。
汉灵帝急忙调兵遣将，一方面，任命皇后的哥哥何进为大将军，镇守京师，派兵严防死守京师各个要隘关口，确保京师安全。另一方面，发兵镇压各地叛乱，由卢植负责北方战线，皇甫嵩及朱俊各领一军，讨伐颍川一带的黄巾军。
在政治上，汉灵帝也采取了一些措施。一是解除“党锢”，大赦党人，借此争取士大夫的支持，避免被弃用、镇压的士大夫投靠黄巾军。二是采纳刘焉的建议，用宗室、重臣为州牧，赋予他们行政权力和军事权力，以便于调动地方积极性，打击黄巾军。
汉朝建立以来，行政上实行郡、县两级制度，另划分十三个州，设立刺史监督郡县，但不是严格意义上的行政区划，没有治权。经历这次“废史（刺史）立牧（州牧）”变革，“州”成为一级政府和战区，可以调动军事力量和行政力量，对当时及以后的政治产生了重大影响。这项变革在镇压黄巾军上确实发挥了作用，同时也为军阀割据提供了便利，为三国群雄并起创造了政治条件。实施过程中，有些州改成了“牧”，有些州还称“刺史”，称呼很乱。
起初，汉军镇压行动并不顺利。
北方战线，张角率领的黄巾军活捉了皇家宗室安平王和甘陵王，杀掉了幽州刺史郭勋。卢植军队到后，张角退守广宗县城（今河北威县东），卢植准备攻城，这时汉灵帝派宦官来监军，宦官与卢植之间出现矛盾，诬陷卢植作战不尽力。汉灵帝听信谗言，免除了卢植的职务，还把卢植装进囚车，押送回洛阳，然后拜董卓为东中郎将，接替卢植。但董卓到冀州后战败。
颍川战线，黄巾军首领名叫波才，朱俊和波才交手，失败。皇甫嵩和朱俊一起退守长社（今河南长葛东北），被波才围困。黄巾军势力很大，汉军兵少，众寡悬殊，形势危急。
在南阳，黄巾军在张曼成率领下，打下郡治宛城，杀掉了郡守。
消息传到洛阳，朝廷震恐。这时候，颍川战线最为吃紧，需要紧急救援。派谁去呢？因为曹操自幼喜读兵书，武功高强，加上在地方上任职时雷厉风行，是个做将军的材料。朝廷决定委曹操以重任，拜为骑都尉，领兵救援皇甫嵩。
再说皇甫嵩在长社被困，观察黄巾军依靠草地结营扎寨，不由得心生一计。等到晚上，夜黑风高，皇甫嵩派奇兵出城，点燃黄巾军营地周围的杂草。风助火势，黄巾军营寨顷刻之间笼罩在熊熊火海之中。这时，曹操恰巧赶到，和皇甫嵩、朱俊夹击，冲入敌阵。黄巾军大乱，四处逃散，被剿灭万余人。
颍川的胜利鼓舞了汉军，灵帝派朱俊移师南阳，皇甫嵩转战河北，此后汉军节节胜利，黄巾军渐成颓势。不久，张角病死，他的兄弟们和重要将领也先后阵亡或者逃逸，黄巾起义失败。黄巾军余下部队散开来继续作战，有的占山为王，有的流窜为寇，一直坚持战斗到曹操基本统一北方。
长社之战，是曹操第一次率兵打仗。虽然他不是主将，但展现了才能，积累了声望，已隐隐显示出大将风采，而且因为有功被封为济南国相。
汉代除了郡县，还分封一些皇子为王，把郡改称为国，享有这个地方的赋税权，没有治权，中央另派官吏管理王国政事，称为国相。国相实质上就是王国的郡太守。国相秩二千石，等级仅次于“九卿”，曹操在官位上又进一层。
镇压黄巾军中，还有一些人物值得一提。
吴郡人孙坚，字文台，武艺高强，十七岁那年曾单刀擒海盗，威名远播。黄巾起义时其虚岁三十，任下邳县丞。朱俊围剿波才部时，听闻孙坚威名，上书召孙坚为佐军司马。孙坚招募一千士兵，随朱俊南征北战，作战悍猛，战功卓著，被朝廷任命为别部司马。孙坚是三国中吴国的奠基人之一。
刘备是年二十四岁，字玄德，涿郡（今河北涿州）人。刘备是汉景帝之子中山靖王刘胜的后裔，祖父官至东郡（今河南濮阳）范县县令，父亲早亡，刘备与母亲以织席贩履为生。据《三国志》中表述，刘备长相奇特，两手下垂能摸到膝盖，两眼能看见自己的耳朵，相面的人说这是人主之相。辽西人公孙瓒年轻时居住在涿郡岳丈家里，和刘备要好，他们一起拜同郡大儒卢植为师。但刘备不怎么爱读书，喜欢狗、马、音乐和好看的衣服，喜欢结交豪杰。黄巾起义爆发，刘备在自己的家乡招募一些勇士，其中包括河东关羽、同郡张飞。刘备带着这支军队投入到校尉邹靖的朝廷队伍中，因讨贼有功，被封为安喜县尉。县尉在县里负责治安，跟曹操第一个官职洛阳北部尉类似，是个很小的官，秩二百石。不过，刘备出身布衣，能够得到这样的官职，也算是捞到了“第一桶金”。刘备后来建立了三国中的蜀汉。
三国奠基人、创始人曹操、孙坚、刘备，都是因黄巾起义而发迹。