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曹操收编黄巾军降卒，军队力量壮大了，随之而来的问题是：这么多人，吃饭穿衣怎么办？
汉末，土地高度集中，有劳力的家庭没有土地，有土地的家庭不用劳动。黄巾起义之后，由于灾荒和战争，拥有土地的地主，有的被杀，有的逃走；农民或逃荒要饭，或落草为寇，或充军起义，造成“田无常主，民无常居”，土地撂荒现象十分普遍。另外，地方武装、军阀诸侯筹措不到粮食，养活不了更多军队，造成战斗力低下。
办法都是人想出来的。曹操现在手里有士兵，有庞大的士兵家属，有撂荒的土地，生产要素都有了，关键是怎样整合在一起，曹操接受幕僚枣祗的建议，开始尝试“屯田制”。
把撂荒和未开垦的土地收归官有，拿出一部分租给军人家属或者没有土地的平民，并为他们提供耕牛和农具，收获后，官方回收五到六成，充当军粮。这种制度，叫作民屯。民屯收取的地租比例很高，但农民因此能够种上地、吃上饭，也得到了实惠。还有一部分土地，供士兵耕种。这些士兵，打仗时拿起武器，闲暇时拿起农具，边战边耕，亦兵亦农，自给自足。这种方式，称为军屯。
屯田制在兖州开始尝试、探索，建安年间到许昌后，正式发布并大面积推广。
屯田制意义重大，一石三鸟。第一，解决了军粮供给问题。曹操在决定实行屯田制度的时候说：“定国之术，在于强兵足食。”认为屯田制是强兵足食、安定国家的长远举措。当时诸军并起，但军阀们关心的是地盘的大小、军队的多少，军粮不够，就到处抢掠，粮食丰收了，也不知道储存起来。只有曹操，具有长远眼光，从制度上解决了军粮供给问题。第二，解决了老百姓吃饭问题。农民造反，是因为缺衣少食。农民有田种，有饭吃，自然安居乐业了。第三，解决了流民问题。失去土地的农民，哪里没有战争，哪里粮食丰收，就到哪里去，他们居无定所，食无定量，经常靠抢掠为生，这是严重的社会治安问题。曹操把流民组织起来种地，慢慢地他们就安居下来，成为永久居民。
屯田制对后世影响很大，历代军事集团都有不同程度的效仿。特别是天下大乱、逐鹿中原之际，各个军阀无不亦耕亦农，靠屯田制解决军粮问题。
地盘有了，军队有了，粮食有了，这些还不够。“吾任天下之智力，以道御之，无所不胜。”人才和谋略，才是曹操最为看重的。
在兖州期间，曹操收获了一批武将，最著名的如典韦、李典、于禁、满宠、吕虔等。其中于禁和典韦出身低贱，曹操不拘一格，按军功擢升他们，任命两人为军司马，职责是协助曹操管理军事，领兵作战；典韦后来成为曹操的亲随校尉、贴身侍卫；其他各人也大多为从事掾，每人主管一项具体事务。
投靠曹操的文人谋士有荀彧、程昱、毛玠等。
荀彧，字文若，颍川颍阴（今河南许昌）人，出身士族，战国思想家荀子之后。荀彧年少有才名，何颙在认识曹操之前，见到荀彧，十分惊讶，评价其为“王佐之才”。
董卓入京后，荀彧说：“颍川离洛阳近，乃四战之地，如果发生战争，这里一定不能幸免。”他劝乡亲们尽快离去，到别处避难。但乡人怀恋故土，抱着侥幸心理，不愿离去。无奈，他只好独自带领宗族到冀州避难。
袁绍手下有很多颍川籍的谋士，像辛评、郭图以及荀彧的亲弟弟荀谌都是颍川人。荀彧到冀州后，袁绍将他奉为上宾。但荀彧并不看好袁绍，认为袁绍徒有虚名，不是能成大事之人，于是离开了袁绍主动投奔到曹操处。曹操和荀彧谈了一夜，大喜，握着荀彧的手说：“吾之子房也。”子房是汉初张良的字，是刘邦最重要的谋臣和开国功臣。
后来的事实证明，荀彧果然未辜负曹操，成为曹操麾下首席谋士，最得力的助手。曹操出征时，荀彧总是留守后方，负责处理政务，筹集供给粮草，从这一点讲，他更像是“汉初三杰”中的萧何。
程昱，字仲德，兖州东郡东阿（今属山东）人，曾经率领民众抗击黄巾军。刘岱任兖州刺史时，辟召程昱，被程昱拒绝。曹操做了兖州牧，请程昱到自己帐下，程昱毫不犹豫地答应了。左邻右舍不解，问程昱为什么拒绝刘岱而答应曹操，程昱笑而不语。
毛玠，字孝先，陈留平丘（今河南封丘）人，年轻的时候做过县吏。天下大乱后，他本想到荆州避祸，半路上听说荆州牧刘表政令不严明，于是辗转他地，最后到了兖州，投奔曹操。曹操封他为治中从事，相当于州牧的助理。毛玠以清正廉洁著称。
还有劝曹操担任兖州牧的陈宫，字公台，东郡东武阳人。陈宫是三国时期重要的谋士之一，但他很快背叛了曹操，成为对手，这是后话。
文臣武将，曹操部队基本上有了完善的管理体系。
在兖州短短三年，曹操的人才库得到充实，特别是荀彧、程昱加盟后，犹如雄鹰张开了翅膀，得以遨游天际。
“任天下之智力”是曹操安邦平天下的战略，也是他在众多军阀中脱颖而出的重要法宝。
曹操打败兖州的黄巾军后，派使者到长安向朝廷报告，希望得到朝廷的嘉奖。谁知朝廷态度十分冷淡，不但不承认曹操自封的兖州牧，还派一个叫金尚的大臣来取代他做兖州刺史。自己辛辛苦苦打下的地盘，岂容他人摘取胜利果实？曹操心中不是滋味，派兵在途中拦截金尚，不允许金尚入境。金尚无奈，投奔了袁术。
这件事对曹操刺激很大。他励志效忠朝廷，帮助朝廷镇压起义军和贼寇，却被朝廷弃之如敝屣，这像一盆凉水冷却了他那颗匡扶汉室的心。从此，他下决心不管是朝廷的命官还是一方诸侯，只要妨碍他平定天下，都要剪除。