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中医称两肾之间为生命之门，简称命门。此就内景而言也。若自外景观之，本穴两旁平于两肾俞穴。本穴居其中间，亦犹内景命门之居于两肾脏之间也，故称本穴为“命门”。以其横通于足少阴之经也。又以本穴为沟通督、肾两经之门户，故称之以“门”。
问：足少阴经行于腹部，督脉何以得通？现今针灸图书，较昔者倍加精详，何以不曾提及？答：《素问·骨空论》云“督脉者，合并少阴，上股内后廉，贯脊属肾”，观此段经文，可知督脉由本穴横通足少阴之经，由肾俞穴透入内脏，分属两肾。但与阳关穴之通大肠，略同而小异。阳关穴先通大肠俞穴，经由足太阳经分布内外。本穴之通肾脏，乃由肾俞穴传导，随足少阴经而入脏腑。因足少阴经自涌泉穴上行至阴谷穴处，横通委中穴合并足太阳经线，而行于足太阳经之里层。两条经线一表一里，叠并上通，抵肾俞穴处，得与督脉横通交会，故《内经》于督脉有“贯脊属肾”之文。足太阳之经，由肾俞穴处与足少阴经分道径自上通，而足少阴之经，由肾俞穴处，独行入内，直接属肾，又复沿腹壁下行而络膀胱。
《灵枢·根结》云：“太阳根于至阴，结于命门。命门者，目也。”乃另一命门，非本穴也。乃指两目之间而言。养生家称两眉两目之间，约方寸之地，称为寸田 （两眉两目四者之间，正合得一方寸） 。《灵枢·营气》所谓“突于畜门”者，或即指此 （突，原文作“究”。误。应改为“突”） 。按“畜”字，从“玄”，从“田”。“田”即寸田之处。“畜门”二字，去田则为“玄门”，即暗示寸田处，乃“玄牝之门”也。《老子》云：“玄之又玄，众妙之门。”研究针灸当与调气导引诸书互参，俾求增益疗效。