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1840年、1858年爆发的两次鸦片战争，是中国近代史的转折点。中国因战败而被迫与英国、美国和法国签订了《南京条约》《望厦条约》《黄埔条约》《中法天津条约》《中英北京条约》等一系列不平等条约，割地赔款，相继开放一批沿海沿江通商口岸，由闭关自守进入不平等条约时代。在《中法天津条约》（1858年）中，清政府承诺保障天主教传教士在中国各地自由从事宗教活动；保障中国臣民有权进行基督教活动而不受惩罚；允许天主教传教士在中国各省租赁或购买土地，并可随意在上面营造建筑物。由于此前签订的几个条约均附设有最惠国条款，新教传教士也自动获得这一特权。对它们来说，这意味着自由传教时代的来临，医学不再是传教士的特洛伊木马。
在新形势下，一方面，欧美各宗教差会纷纷增派传教士来华。据统计，1870年中国仅有大约250名天主教传教士，1875年上升为485人，1900年达886人；同期新教传教士人数的增长更为显著：1860年前不足100人，1874年为436人，1889年约为1300人，1905年为3445人。其中，1860年前医学传教士不足20人，1887年大约150人，1900年达300人左右。1860年派遣新教传教士的差会不超过10个，1905年则达到了63个。
另一方面，医学传教活动出现了行医与传教的两极分化趋势，医学传教士的双重角色也开始产生冲突和错位。我国学者杨念群认为，从宗教社会学的理念看，医学传教士这一角色是西方理性裂变的域外表现，是基督教体系服从于西方权力话语对非欧洲世界进行边界界定的附生产物。在异质的中国文化中，医学传教士在如何使中国人界分“宗教”与“科学”的功能、分辨医学传教士行医与传教的双重角色等方面陷入了困境。中国巨大的医疗需求，使来华的医学传教士普遍陷入繁忙的医务活动中，从而悄悄改变了以传播基督福音、拯救灵魂为第一使命的原始动机，把对肉体的治疗视为首要责任。
当时，医学传教士内部对自身的角色定位产生了分歧。以嘉约翰和马根济为代表的正统医学传教士义无反顾地强调医学传教士的双重角色，认为减轻身体的痛苦和救助精神上的贫困同样都是基督教徒的职责。以德贞为代表的少数激进派，则反对继续将行医和传教捆绑在一起，认为利用医学手段拓展传教通道、消除偏见只是暂时性的，并不具备永恒价值与普世意义。
但绝大多数医学传教士基于医学传教士受宗教机构派遣这一现实，原则上认同医学传教士有传教的责任，但主张其有限的精力应放在医疗服务方面。他们希望医学传教活动能成为教会事业的一个相对独立的部分，医学传教士能够拥有自己独立的医学专业组织。
契机出现于1886年，在华医学传教士打算派代表出席次年9月在美国华盛顿举行的第九届国际医学大会，但国际医学会只接纳各国或地区正式医学团体的代表。于是，时任上海同仁医院院长的美国医学传教士文恒理（H.W.Boone）倡议成立“中国教会医学联合会”，并由上海的4位医学传教士帕克（Park）、赖夫斯奈德（E.Reifsnyder）、格里菲斯（E.M.Griffith）和古克（Guliek）组成筹备委员会，迅速开展以下三项工作：
（1）推举学会的首届理事会成员。具体名单为：会长嘉约翰，副会长马根济（J.K.Mackenzie，华北地区）、文恒理（上海地区）、莱尔（A.Lyall，广州地区）、戴斯（W.H.Deas，武昌与汉口地区）、惠特尼（H.T.Whitney，福建与台湾地区），秘书兼司库格里菲斯，监督员阿特伯里（Atterbury）、杜思莱特（Douthwaite）、梅因（Main）、毕比（Beebe）、莫尼茨（Mcleish）、温尼安（Wenyon）。
（2）筹备发行会刊，由嘉约翰任主编，赖夫斯奈德、格里菲斯和杜思莱特任编辑。
（3）推举伯驾、文恒理和杜思莱特代表学会参加第九届国际医学大会。
嘉约翰1824年出生于美国俄亥俄州，1847年毕业于费城杰弗逊医学院，后在俄亥俄州南部行医7年。1855年，他应邀来华接替伯驾掌管广州眼科医院，后将其打造为当时国内乃至远东第一流的教会医院——广州博济医院。在此期间，嘉约翰不仅以其精湛的外科技艺诊治了成千上万的中国病人，而且创办了中国近代第一所西医学校，亲手翻译大量西医书籍。可以说，他是当时中国最具声望与影响力的医学传教士，被公推为学会首任会长和会刊主编，可谓实至名归。
1887年，《博医会报》（
The China Medical Missionary Journal
）创刊号刊载的《博医会章程与附则》，确定学会正式名称为“The China Medical Missionary Association”，中文简称“博医会”
。宗旨为：①在中国人之间促进医学科学的发展，交流在华医学传教士间的各种工作经验；②培养及促进教会工作与医学科学的进展；③保持在华正规医业的联合与协调，以保存品格、旨趣及友爱的荣誉。此外，它还对会员资格与入会程序作了明确规定：
凡正规医学院校毕业，具有宗教差会派遣证明的任何国籍的医师，经一名正式会员在正式会议中书面推荐，并在下次正式会议中经三分之二会员投票通过，认同学会章程和派遣差会的协议，即可成为会员。
本会会员分为三类：①正式会员：仅限在华医学传教士；②名誉会员：服务于在华非宗教医疗机构的医生；③通讯会员：世界范围内的医学传教士以及博医会投票选举的其他人员。其中名誉会员与通讯会员无选举权与被选举权。
显而易见，博医会正式会员仅限于在华医学传教士，但名誉会员与通讯会员的设置，一定程度上反映了其会员制度的开放性与灵活性。虽然这一会员制度带有为人诟病的宗教与封闭色彩，但其宗旨将促进医学科学在中国的发展置于首要位置，而且十分强调入会者的医学专业资格或背景，这说明它主要是一个医学社团。博医会成立后迅速获得了世界医学会的承认，应邀派代表参加了1887、1891、1895年相继在美国华盛顿、德国柏林和意大利罗马举行的第九、十、十一届国际医学大会。
博医会采取会长制度，设有会长1名、副会长5名（华北区、华中区、华东区、广州地区、福建与台湾地区各一名）、秘书和财务各1名、监督员6名。上述14名职员由会员投票选举产生，不得连任两届；14名职员有权从他们之中选举产生执行理事会。
理事会作为管理机构，制定大政方针、总管全会事务尤其是会刊《博医会报》的出版发行、协调和监督各部门与分会工作。博医会领导层的更替基本遵循民主选举原则，独立存在的40余年，共计产生20位会长，平均每位任期约两年，无人任职两届以上，具体情况见下表：
表1－1 1932年与中华医学会合并前博医会历任会长
为方便各地会员之间的交流，博医会还建立了分会制度，规定有3名以上会员的地区可建立博医会分会。1932年与中华医学会合并前，博医会相继在南京、上海、汉口、香港、北京、天津、苏州、长沙、广州、台湾等地建立分会，甚至在朝鲜、马来亚和欧洲的一些国家也有分会。这些分会不仅在推动当地医学传教、医院建设、医学教育、公共卫生等方面发挥了重要作用，而且对总会事务做出了应有的贡献。
博医会作为正规医学社团的根本标志，是建立了以“年会制度”和会刊《博医会报》为平台的学术交流机制。年会是各地会员代表选举学会职员及各专业委员会成员、商讨学会大政方针、交流学术与工作经验的重要途径。1890年，博医会首次大会与在华基督教第二次全国代表大会同期在上海举行。本次大会的中心议题是医学教育，时任会长文恒理以“中国的医学教育”为题向大会致辞。他高度赞扬了半个多世纪以来，伯驾、合信、德贞、嘉约翰等医学传教士在医学教育方面开展的工作和取得的成果，但同时认为，师徒制和分散、孤立的小规模医学校已不适应西医在中国快速发展的需要。因此，各差会应联合起来，实现医学资源的整合，创办正规、大型的医学院。
由于中日甲午战争、日俄战争以及义和团运动对医学传教活动产生的巨大冲击，博医会第二次大会延迟到1905年才得以举行。此后，博医会大会进入良性运行状态。尤其值得一提的是，1913年博医会在北京举行第五次大会时，时任民国大总统袁世凯接见了与会代表。这从一个侧面表明，当时中国政府对博医会是极为认同的。截至1932年与中华医学会合并，博医会共举办了12次大会，具体情况如下表所示：
表1－2 1932年与中华医学会合并前博医会历次大会
（续上表）
会刊《博医会报》开设的主要栏目为：社论、公告、论著、内外科进展、书评、医院报道、学会报道、福音传播、护理和编读往来等。对办刊方针，文恒理在1887年创刊号上发表的《博医会的未来工作》一文中作了大致描述：“报道中国各省的地质矿产、动植物、食物供应以及气象和自然地理等状况；调查探讨主要疾病及其流行的原因，介绍各地诊所与医院的工作。”
从1887年创刊至1905年，《博医会报》为季刊，1905—1923年为双月刊，1924—1932年与中华医学会《中华医学杂志》英文版合并前为月刊。据医史家王吉民先生考证，《博医会报》与《海关医报》（1871年）是19世纪末、20世纪初国内仅有的两种正常出版发行的医学期刊。
博医会的其他事业，主要由各专业委员会及各地分会负责开展。从1887年至1932年与中华医学会合并为止，博医会理事会相继下设了名词、禁烟、学术研究、翻译出版、公共卫生、医学教育、医院管理和医学伦理等专业委员会。这些专业委员会所进行的具体工作，反映了博医会作为一个医学社团的主要功能在于全面推动西医在中国的学科建设与发展。其中，最为重要和有影响的几项工作可归纳如下：
中国近代科学从西方移植而来，在相关书籍的翻译过程中，如何准确、简明地用中文表达科学名词的意义，并形成一套统一的中文科学名词体系十分重要。由于早期翻译的西方科学书籍以西医书籍为主，因此，医学名词的规范与统一工作率先开展。但中西医分属两种不同的医学体系，很多西医名词在翻译过程中难以找到恰当的、与其相对应的中医词汇。为解决这一问题，早期的译述者大多在其译著后附录英汉名词对照表，以便读者参考比较。例如，美国浸礼会医学传教士德万（T.T.Devan）1847年在香港出版的《中国语启蒙》中就收录了英汉对照的解剖学、药物学术语，是统一医学译名的第一次尝试。不久，专门编印的英汉医学名词和术语著作也陆续问世，例如，英国伦敦会医学传教士合信把自己译述《西医五种》所用的专门名词、术语分类编排，集成《英汉医学词汇》出版。
但医学名词统一是一项浩大工程，仅凭少数医学传教士的努力无异于杯水车薪。
1886年博医会诞生，为有组织地开展医学名词统一工作创造了条件。1890年博医会首次大会正式成立名词委员会来负责相关工作，由嘉约翰任主席，成员有威尔逊、亨特、多斯怀特、波特、高似兰。虽然此后十年这项工作进展十分缓慢，但还是取得了不俗成绩：1894出版了《疾病名词词汇》，1898年出版了《眼科名词》以及惠特尼的《解剖学名词》和波特的《生理学名词》等。1900年，博医会对名词委员会进行改组，由惠特尼担任主席、高似兰担任秘书，并增补聂尔东、师图尔和纪立生为委员。1901年，名词委员会在上海举行首次会议，经六周反复讨论、商议，审定通过了解剖学、组织学、生理学、药理学和药物学名词。名词委员会将成果编印成册，分发博医会会员，要求他们在工作与翻译中以此为标准，并提出进一步修改意见。1904年举行的第二、三次会议，讨论审查了病理学、内科、外科、妇产科、药物学和细菌学名词。以此为基础，1908年，名词委员会编辑出版了《英汉医学词典》和《医学词典》（中文）。1910年，博医会名词委员会与翻译出版委员会合并为编译出版委员会，它是清末民初最为重要的西医书籍翻译与出版机构。1915年后，在博医会的倡议与推动下，中国本土医学社团与教育机构陆续加入了医学名词统一与标准化工作。
教会医院的数量、规模和地域分布是衡量医学传教业绩的重要指标。张大庆依据同仁会编辑的《中华民国医事综览》与王吉民、伍连德合著的《中国医史》，合成了1840—1911年欧美国家在中国建立的教会医院的时空分布表（包括120家教会医院）。
据此进行统计分析，1886年博医会成立前建立的教会医院仅34家，约占28％，且主要集中分布于上海、广州和汉口等大城市。1886年后建立的则为86家，约占72％。除沿海地区外，内陆省份如安徽、湖南、江西、四川等地的教会医院有较大增加。此外，1886年后教会医院的发展呈现出以下两个特点：
其一，教会医院的专业水平普遍有所提高。早期陆续来华的医学传教士，大多先接受系统的神学培训，然后再攻读医学学位。虽然其中不少人拥有医学博士学位，但实际接受医学专业培训的时间仅两三年，医学专业水平可想而知。1886年后来华的医学传教士绝大多数是毕业于正规医学院校后才接受宗教方面的专门培训，一些医学传教士甚至没有接受过宗教方面的正规培训，仅仅是普通的基督教徒。医学传教士数量与医学专业素质的提高，无疑推进了教会医院的专业化发展。1907年，博医会第三次大会甚至规定，每所教会医院至少要有两名医学传教士。
其二，教会医院逐渐由慈善救济转向自养。伯驾时代的教会医院或诊所多以慈善救济面目出现，虽然能吸引大众，但要长期持续和扩大规模却不现实。因此，19世纪后期教会医院纷纷寻求自养，其经费来源除社会各界捐赠外，主要靠收取病人费用。收费制度的出现，标志着教会医院市场化运行时代的来临，使医院管理和医患关系发生了实质性的改变。事实上，20世纪初期，北京、上海、广州等大城市的著名教会医院，如北京协和医院、上海同仁医院和广州博济医院等，因其高昂的治疗费用而被称为“贵族医院”。
医学教育方面，1886年前成立的教会医学校仅广州博济医校（1866年）、苏州医院医学校（1883年）和南京广济医校（1884年）三所。1886年后，在博医会与中国基督教教育委员会大力推动下，相继出现了南京斯密斯纪念医院医学校（1889年）、济南医学校（1890年）、苏州女子医学校（1891年）、上海圣约翰大学医学院（1896年）、广州女子医学校（1899年）、济南共和医学堂（1904年）、北京协和医学堂（1906年）、汉口协和医学校（1909年）、华西协和大学医学院等教会医学校。其中的一些教会医学院校已由多家传教差会共办，故冠以“协和”“共济”等名，这无疑使教会医学院校的规模与水平有所提升。1910年，博医会举行的第四次大会将统一教育标准及教会医院工作标准提到议事日程。有学者认为，博医会对近代中国医院建设与医学教育制度化的主要贡献在于相关标准的制定。博医会下属的医学教育委员会、医院管理委员会和医学伦理委员会，对医学院校课程设置、临床实习、考试以及医院设置的最低标准等都进行了规范，甚至制定了一套适合中国国情与文化的医学伦理规章制度。
1913、1915年举行的第五、第六次大会，寻求与中国政府和社会力量合作开办医院与医学院校成为博医会的工作方针。
从19世纪中期开始，有两个因素促进了热带医学的形成。其一，越来越多的欧美国家加入了海外殖民扩张的行列，而许多尚可扩展势力的地区都属热带性气候，都存在流行的热带病；其二，医学已有能力帮助这些地区基督化、文明化或商业化，对疾病的理解和控制是扩张使命必不可少的组成部分。
中国辽阔的疆土、区域性的地理与气候差异，使疾病的分布和流行病的特征引起了早期来华的部分医学传教士和外籍医生的重视。早在1852年，合信就发表了重要论文《麻风病在中国和东方》。博医会成立前，中国海关税务总局下设的海关医务所是研究中国本土疾病的主要机构。从1871年8月起，医学传教士贾米森将各港口医务所收集的有关在华外国人和中国人的疾病材料，以半年度报告形式汇集为《海关医报》刊印，持续到1904年3月共计67辑。其刊载了海关医务官及医学传教士收集的大量中国各地疾病材料和分析报告，真实记录了西方流行病学在中国的早期发展状况。
尤其值得一提的是，1866—1883年，英国的曼森（Patrick Manson）医生曾相继出任台湾打狗海关医务官和厦门海关医务官。在此期间，他主要以厦门地区的传染病为研究课题，先后发表了《阴囊淋巴肿、象皮肿及乳糜尿纪要》《关于人血丝虫和厦门丝虫病的进一步考察》《疟血中的新月形体及鞭毛体的性质与意义》等论文，并以此为基础于1897年出版了享誉世界的名著《热带病——温暖气候区疾病医疗手册》，被誉为“热带病学之父”。曼森的工作对罗纳德·罗斯（Ronald Ross）产生了直接影响，后者因成功证明蚊子是疟疾传播中的一种恒定媒介，以及发现疟原虫的生命周期与疟疾病之间的详细关系，获得1902年诺贝尔医学与生理学奖。
博医会刚一建立，就声明“欲将中国所有奇难杂症为西人所无者，系告之现居西国诸医，俾互相参究，得以精益求精，登峰造极”
。为此，博医会设立学术研究委员会专门推动这项工作，会刊《博医会报》也开辟了相关专栏登载关于中国本土疾病的论文。1911年，时为《博医会报》主编的杰菲瑞斯和博医会研究委员会主席马士敦，以此前《博医会报》历年发表的有关中国地方疾病的文章为主体，编辑出版了《中国疾病》一书。该书共24章，第1章论述西医及传统中医在华的医疗实践；第2章分析中国的疾病地理分布和疾病分类，其依地理状况与气候因素将中国分为华北、华中与华南三大地区，进而依据相关疾病资料，将中国的疾病统计分布再细分为七个区域，并对各区域的流行性疾病进行了分类；第3至22章对中国的各类疾病的流行状况与治疗作了分门别类的分析和介绍；第23章对导致各种地方疾病病因的中国人的行为与生活方式作了剖析，并提出避免疾病的具体方法，大力倡导公共卫生；第24章介绍中国当时主要的教会医院，并对它们的建设提出建议。全书篇幅宏大，共716页，是当时中国地方疾病研究的集大成者。其勾勒了流行于中国的各类疾病的谱系，对中国热带医学学科与公共卫生的兴起和发展起了必不可少的前期铺垫及推动作用。
公共卫生是集预防医学和社会干预于一体的大众卫生活动，需要一定的行政权力保障以及本土民众的广泛参与。对以医学传教士为主体的博医会而言，开展公共卫生事业显然有一定的难度。相较于上述三个方面，博医会在公共卫生方面的工作起步稍晚。
从19世纪初期开始，英国对华鸦片贸易给中国人民带来了深重的灾难，并直接引发了两次鸦片战争。有学者认为，由于传播基督福音的空间弥漫鸦片的毒性，对传教活动产生了负面影响。因此，从19世纪60年代开始，在华传教士联合发起的反鸦片运动成为他们的主要活动之一，也是传教士试图改变中国，推动中国改革的特殊事例。
博医会成立后，迅速以组织形式加入了反对鸦片运动行列，并成立了禁烟委员会负责此项工作。博医会不仅从道义上支持中国政府禁止鸦片贸易，而且充分发挥医学团体的功能，从生理、病理和药理的角度分析鸦片对人身心健康的危害，并努力寻找治疗鸦片烟瘾者的医学方法。在《博医会报》最早的几卷中，有关戒烟疗法的文章占有显赫位置。博医会也敦促各地医学传教士与所在地社会机构合作，开办戒烟所。
随着博医会的发展壮大，公共卫生问题成为1910年第四次大会的主要议题之一，并成立了“医学宣传委员会”。在1915年的第六次大会上，伍连德建议博医会以“公共卫生委员会”取代“医学宣传委员会”，并正式开始与中华基督教青年会演说部卫生科合作开展工作。此后不久中华医学会成立，中国博医会公共卫生委员会、中华基督教青年会演说部卫生科和中华医学会公众卫生部共同组建了中华卫生教育联合会，由博医会代表胡恒德任会长、中华医学会代表刁信德任副会长、中华基督教青年会代表毕德辉任总干事，经费由三方分担。该会下设总务组、编辑组、婴儿卫生组、学校卫生组、社团卫生组、牙齿卫生组等，编辑出版了《卫生》《中国卫生宣传》两本大众期刊。作为我国最早提倡公共卫生的机构，中华卫生教育联合会的主要任务是用各种方法教育人民讲究个人卫生、公共卫生和防止传染病。它曾在上海、南京、北京、天津、杭州、福州、厦门、长沙、开封等城市举办卫生展览、组织卫生演讲，放映防治结核病、急救法以及环境卫生等幻灯片，发起大规模文字宣传，开展学校卫生教育，向民众宣传卫生知识。