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1915年2月1日至5日，正值中国农历春节之际，博医会第六次大会在上海四川路中华基督教青年会殉道堂举行。基督教青年会（Young Men‘s Christian Association，YMCA ）由英国商人乔治·威廉（George Williams）1844年创建于伦敦，是以“德、智、体、群”四育为宗旨的新教社会活动组织。19世纪后期，基督教青年会传入中国东部沿海地区的天津、上海等城市。1912年，中华基督教青年会全国协会正式成立，总部设在上海，由美国人巴乐满（Fletcher Sims Brockman）任总干事，中国的王正廷任副总干事。它建立分部办公制度，相继成立了书报部、演讲部、体育部、平民教育部等八个部门。由于它开展的一系列活动涉及医疗卫生方面的内容，迫切希望获得医学界的支持与合作，从而主动邀请博医会在其总部会所举行第六次大会。
博医会在此次大会上进一步贯彻、深化上届大会制定的本土化战略，加强与中国政府和本土医疗机构合作，并希望本土医生在西医传播与发展中承担更大的责任。大会最后一天，一群中国本土西医生聚会发起成立中华医学会。对此，同年4月7日俞凤宾用英文撰写的《中华医学会筹备会纪要》有明确记述：
1915年2月5日，伍连德、颜福庆、肖智吉、刁信德等20多位在上海出席博医会大会的中国医生，在当地一家名为Yi Lung Lao的餐厅举行午餐会。饭后，颜福庆作为会议主持人首先说明了此次聚会的缘由，也即商议成立一个全国性的本土医学社团。他坦言，早在几年前，伍连德博士已有此动议，可惜时机尚不成熟。紧接着，曾参与日本归国医学留学生创建医学社团的肖智吉，简单介绍了他们的相关经验。随后，伍连德作了医学伦理及医学职业化的主题发言，他认为本土西医界只有精诚团结、共同努力，才能获得政府与民众的尊重与信任。因此，正式成立中华医学会刻不容缓。这一提议获得肖智吉的附议和与会者的一致赞同。于是，大家以无记名投票方式选举产生了6位临时职员：会长颜福庆、书记伍连德、会计刁信德、庶务俞凤宾、协助员曹丽云和肖智吉。
会议初步议定会员年会费为4银圆，下次会议明年农历春节后在上海举行，并授权临时职员起草学会规章制度和筹办会刊。唐乃安倡议与会者捐资以作学会启动经费，他本人捐100银圆，其他人共捐200银圆。会议于下午2点45分结束。
尤其珍贵的是，俞凤宾在文中附录了当天参加会议的21人名单，具体为：伍连德、颜福庆、俞凤宾、刁信德、肖智吉、古恩康、高恩养、丁福保、唐乃安、石美玉、康成（康爱德）、黄琼仙、曹丽云、梁重良、刘湛
、成颂文、陈天宠、李永和、钟拱辰、陶漱石、许世芳。由于俞凤宾本人是成立大会的参与者，并被推选为庶务，《中华医学会筹备会纪要》可算是一种官方正式文本，可信度毋庸置疑。因此，伍连德、颜福庆等21位与会者被公认为中华医学会的创建者或发起人。然而，俞凤宾文中所谓“20多位在上海出席博医会大会的中国医生”之说并不确切。查阅博医会第六次大会正式代表及应邀人员名单，伍连德、颜福庆、刁信德、肖智吉、石美玉、康爱德、黄玉仙7人为正式代表，曹丽云为应邀人员，并无俞凤宾、古恩康、高恩养、丁福保、唐乃安等其他13人的名字。
当然，不排除俞凤宾等13人列席或自由旁听了博医会的会议，这在过往博医会大会中不乏先例。但有一点可以肯定，俞凤宾等13人与伍连德等出席博医会第六次大会者并非偶然相遇，他们应该是事前相约参加中华医学会正式成立大会的。
由于中华医学会是在博医会举行大会期间正式成立的，博医会获悉后第一时间表达了祝贺。新当选的会长维纳布尔在致博医会会员的公开信中指出，博医会本土会员的不断增多是一个大趋势，有利于推动博医会与中国政府和社会的合作，促进西医在中国全面传播与发展。他对中华医学会成立持积极支持态度，认为它对博医会的工作是一种促进，尤其是以中英文并列发行的《中华医学杂志》，一定程度上能弥补《博医会报》的不足，将成为联结中国本土医生的纽带。
中华医学会正式成立时，考虑到西医资源分布、经济、交通和与博医会合作等诸多因素，决定将总部设在上海。由于学会无固定经济来源，只得暂借上海南京路34号俞凤宾私人诊所为临时会所。随后，颜福庆、伍连德等6位临时职员迅速开展了以下工作：
其一，对外发表宣言，宣告中华医学会成立。同年4月15日，颜福庆以会长名义对外发表《中华医学会宣言书》，报告学会发起成立经过，对学会宗旨“巩固医家交谊，尊重医德医权，普及医药卫生，联络华洋医界”逐一进行了详细阐述。颜福庆在宣言书中疾呼：“欧美各国，莫不有医学会社，其政府亦从而保护之、鼓励之，与以种种之权利。我医界同人，倘能各尽其心，牺牲个人之光阴、财力以为本会，则本会与欧美并驾齐驱，亦意中事也。”
其二，制定学会规章制度。由临时职员起草的《中华医学会例言及附则》对学会的名称、宗旨、会员及入会程序、职员、会报、分会等作了明确规定。学会定名为“中华医学会”，英文名为“The National Medical Association of China”。会员分为特别会员、普通会员和名誉会员三种，凡有会员三人以上者，可以设立分会。学会设职员七人，分别担任正副会长、书记、会计、文牍、编辑、庶务，由年会选举或通讯选举产生，一年一任，不得连任两届。会刊为《中华医学杂志》（
National Medical Journal of China
，NMJ），季刊，中英文并列发行。
其三，向北洋政府教育部申请立案。中华医学会正式成立不久，颜福庆即代表学会向北洋政府教育部申请立案。同年7月3日，教育部批复：“据中华医学会会正颜福庆等禀称组织医会，请予立案等情已悉，所拟章程尚属妥洽，应即准予备案。惟会员资格条中有在中国曾经本会承认之医学校毕业者一项，该会所承认之医学校所指究系何等学校，仰即开单禀候核办可也。”为此，颜福庆与伍连德联名上书教育部作出解释：“敝会所承认之医学校指医学功课四年以上，学程有内外科、实验，不论中西文教授者，如北洋医学校、陆军医学校、协和医学校、上海圣约翰之医科等。”
其四，创办会刊。1915年11月，《中华医学杂志》第1卷第1期出版，中英文并列，暂定半年刊，由伍连德任总编辑。伍连德特地为创刊号撰写了《医学杂志之关系》一文，阐明办刊方针与特色：
本医学杂志尤有五大特色存焉：（一）以中西两文编辑，凡有重要问题，互相翻译，新得旧知，不虞阂隔。（二）各杂志多工词藻丽、竞尚高深，非淹达之士，类难尽解。本杂志则惟就通常浅文字，务使稍具普通学识者，即可一目了然。（三）中国医学凝滞，全系执拗中医为其魔障。有此杂志，日为浸润而陶铸之，期可风气渐开，得以提携而共进。（四）年来各省痨病瘟疫蔓延不绝，均由防范无方，今假杂志砭针而警告之，自可辅助警官，俾知施行而设备。（五）同业得以交换知识、互相观摩，共跻民国于健康斯。
其五，筹备第一次大会。中华医学会正式成立大会决定第一次大会于1916年农历春节后在上海举行。为确保其如期顺利举行，学会临时职员及部分上海会员组成了筹备委员会，下设日程部、招待部、展览部、广告部和住宿部等，对相关事宜作了精心、周密安排。《中华医学杂志》创刊号刊登了《中华医学会在上海举行第一次大会预定日程》，恳请各地会员积极参加会议。
显而易见，中华医学会的主要发起人是博医会会员，而且是借博医会举办大会之机正式成立，此后其规章制度以及会刊栏目设置，也对博医会及《博医会报》有颇多借鉴。从这个角度看，它是由博医会脱胎而出，以推动医学科学在中国传播和发展为己任的西医社团。虽然章程无明文限制中医生入会，但其会员资格条款要求入会者必须毕业于国内外医学院校。由于民国初年北洋政府教育部颁布的医学专门学校章程，明令中医不得建校传授中医知识，这事实上杜绝了中医生入会。
毫无疑问，中华医学会借博医会在上海举行第六次大会之机正式成立，绝非伍连德、颜福庆等人一时心血来潮，而是谋划已久的行动。伍连德与颜福庆被公认为学会的两大奠基者。
伍连德（1879—1960），字星联，祖籍广东台山，1879年3月10日出生于英属海峡殖民地槟榔屿（今属马来西亚）。1896年获英女皇奖学金远赴英伦，先入剑桥大学意曼纽尔学院；1899年转入圣玛丽医学院；1902年获医学学士学位与外科学士学位。此后，伍连德相继在伦敦布罗穆顿医院、利物浦热带病研究所、德国哈勒大学卫生学院及法国巴斯德研究所进修，曾接受热带病学权威罗纳德·罗斯、细菌学权威卡尔·弗兰克和免疫学权威梅契科夫指导，并结识了科赫、艾里希等著名科学家。这一时期是微生物学、细菌学与免疫理论形成的关键时期，几年后，科赫、艾里希、梅契科夫相继获得诺贝尔生理学与医学奖。伍连德在恰当的时间出现在恰当的地点，接受了最先进的西医理论，这成为他日后在中国东北建功立业的重要资本。
1903年8月，伍连德获剑桥大学医学博士学位，随即返回马来亚。途经新加坡时，他拜见了当地医界名人林文庆。林文庆（1869—1957），祖籍福建厦门，生于新加坡，1887年成为海峡殖民地首位获得英女皇奖学金的华人子弟，曾在英国爱丁堡大学医学院习医，后回新加坡开业行医。民国初年，林文庆曾任孙中山的随行医生与机要秘书、南京临时政府内务部卫生司司长。1921年，新加坡华侨陈嘉庚出资创办私立厦门大学，邀请林文庆出任校长。林文庆执掌厦门大学16年，任内为厦门大学招揽各类精英人才，使之成为当时国内著名高校之一。林文庆的发妻是国民党元老黄乃裳的女儿黄瑞琼，他们的大儿子是民国时期中国医界的风云人物林可胜。姻缘巧合，伍连德迎娶了黄瑞琼的妹妹黄淑琼，成为林文庆的连襟、林可胜的姨父。
伍连德回到马来亚后，先任职于吉隆坡医学研究所，一年后回槟榔屿开业行医。1900年庚子之变后，清政府为挽救危局，决定实施所谓新政。1905年底，特遣载泽、戴鸿慈、徐世昌、端方、绍英五大臣分赴东西洋考察宪政。其中，戴鸿慈、端方一行前往美国、德国和奥地利，途经槟榔屿时，伍连德结识了戴鸿慈、端方的随员施肇基和温秉忠，这为他人生轨迹的改变埋下了伏笔。
施肇基（1877—1958），字植之，浙江余杭人。早年就读上海圣约翰书院，1893年任大清国驻美国使馆翻译生，后入美国康奈尔大学学习，获文学硕士、哲学博士学位。1902年归国，任湖广总督张之洞洋务文案兼湖北省留美学生总督。1905年随端方出洋考察，任一等参赞，翌年任邮传部右参议兼京汉铁路局总办。1908—1910年，任哈尔滨海关道、滨江道道台。此后曾出使英、美等国，是清末民初中国外交界的风云人物。他是伍连德生命中的贵人或者说伯乐，其儿子施思明尔后是中华医学会最得力的总干事。
温秉忠（1861—？），字荩臣，祖籍广东台山，生于上海。1873年被选拔为大清国派遣的第二批留美幼童，主修技艺。1881年归国，先在美国驻宁波领事馆、驻新疆领事馆工作，后担任过北京海关总局局长、苏州海关监督等要职。他是宋氏三姐妹的姨父，1906年护送15名江浙官派留学生到美国时，顺便携宋庆龄、宋美龄两姐妹同行（自费留学）。温秉忠与伍连德的祖籍都是广东台山，他日后对伍氏颇多照应。也正是通过温秉忠，伍连德结识了宋氏家族中的一些重要人物。
1908年，通过施肇基的举荐，袁世凯聘请伍连德任天津陆军军医学堂帮办（副校长）。在天津的两年，他结识了唐绍仪、伍廷芳、梁启超、严复等清末民初政坛的风云人物，并与金韵梅、全绍清、梅尼等中外医道同人结下深厚友谊。1910年2月，伍连德与颜福庆应邀参加博医会在汉口举行的第四次大会。据伍连德自述，当时就萌生了创建全国性华人医学社团的念头。因此，同年8月在上海登报征求志同道合者，但因“当时之人不甚注重之”而搁置。以当时伍连德在西医界的声望，的确还没到登高一呼、应者云集的地步。
是年冬天，东北鼠疫暴发，由于施肇基的再度力荐，伍连德临危受命、慷慨出关。他将细菌学的理论与各种社会化的行政管理手段有机结合在一起，在上自朝廷下自东三省各级政府的积极配合下扑灭鼠疫，这使伍连德跻身世界医学家行列，成为中国家喻户晓的人物。1911年5月，清廷赏伍连德医学进士，授陆军蓝翎军衔、协参领；俄国授二等勋章，法国授荣誉衔。此后两年，伍连德相继出任东北防疫总处处长、大总统侍从医官，并作为中国政府代表参与了第一、第二届国际禁毒大会。他坦言：“正是通过那个事件（东北鼠疫），作者的名字首次引起全世界关注。主要因为该事件，作者得以在中国这样一个保守的古老国家中长年累月地开展防疫、卫生、医学和社会福利工件，并参与其他社会活动，而所遇到的困难比预料更少。”
伍连德清楚，要组建一个全国性医学社团，仅靠东北鼠疫防控过程中形成的本土西医团队是远远不够的，应尽可能获得其他西医精英的呼应与支持。当时，以上海为中心的江浙、广东和福建一带，是中国西医业最发达地区。声望显赫、人脉极广的颜福庆，是伍连德心仪、仰仗的重要人物。
颜福庆（1882—1970）出生于上海市一个显赫的基督教家庭，其祖父颜清源（1796—1862）早年从福建厦门逃难到上海，被一位好心的中国牧师收留，从而与基督教结缘。颜清源一生以小本生意养家糊口，平淡无奇，但机缘却使他的后代接受了基督教教育，然后委身教会，一跃成为上海的望族。颜清源的长子颜永京是美国圣公会的华人先驱之一，他与当时上海另两位著名基督教华人牧师吴虹玉、曹子实的私谊，促成了他们家族之间的联姻，曹子实成为颜永京的妹夫，而吴虹玉的妹妹则嫁给了颜永京的胞弟颜如松。在中国社会，这种姻亲关系对他们及下一代的事业都产生了重要影响。颜永京的子女中，长子颜惠庆（1877—1950）是民初政坛风云人物，先后担任过北洋政府总理、外交总长等要职；幼子颜德庆（1878—1942）是铁路工程师和中国工程师协会的主要创始人之一，曾任国民政府铁道部参事、代次长等职；幼女颜庆莲曾在美国主修器乐，后嫁给了著名西医生舒厚仁。
颜清源的次子颜如松是颜福庆的父亲，曾到美国留学，归国后成为圣公会牧师，主持上海江湾一座教堂，但不幸于1888年感染伤寒去世。颜福庆幼年（6岁）丧父，主要由伯父颜永京扶养成人，舅父吴虹玉也给予无微不至的关怀。按照颜福庆自己的说法，他从小就是圣约翰书院与同仁医院的常客，1896年进入圣约翰中学，1899年毕业后升入圣约翰书院医学部，与刁信德、谭以礼、杨自理同窗。1903年，颜福庆毕业后进入同仁医院当实习医师。次年，清政府向南非输出大批劳工，颜福庆和刁信德等人受聘担任劳工医生。1906年9月，颜福庆经过插班考试，进入美国耶鲁大学医学院二年级就读，1909年6月获医学博士学位，并被评为优秀博士毕业生。颜福庆就读耶鲁大学医学院期间，孔祥熙、王宠惠、王正廷、王景春、周诒春和表兄曹云祥等人也在耶鲁大学的其他学院就读，据说，颜福庆还加入了孔祥熙等人组织的“诚志社”。这些人归国后，大多成为民国时期政界、教育界、外交界的风云人物，对颜福庆日后事业有重要影响。
1910年1月，颜福庆受美国耶鲁大学海外传道团之一的雅礼会（Yale－China Association，直译为“耶鲁—中国协会”）聘请，回国任湖南长沙雅礼医院外科医师。
雅礼会是耶鲁大学学生发起成立的一个非教派组织，目标是在中国建立一个以医学为主的教育机构。经不懈努力，1908年，雅礼会在长沙安营扎寨，由胡美创办了雅礼医院。胡美（Edward Hicks Hume，1876—1957）出生于印度一个美国传教士家庭，在孟买长大，后回美国接受教育。他1897年毕业于耶鲁大学，此后进入霍普金斯大学医学院深造，1901年获医学博士学位。1906年，胡美受聘雅礼会到中国开展教育工作，他是博医会的重要人物之一，和伍连德、颜福庆等人有极为良好的私谊。作为雅礼会的首位华人正式成员，颜福庆独特的背景使他成为沟通中美医学界的重要桥梁。1912年，雅礼会的哈克斯捐赠一笔巨款，指定用于建立一所新的雅礼医院。经颜福庆、胡美穿针引线，1913年7月，湖南省政府与雅礼会签署了合办“湖南—雅礼”医学校的契约，从而催生了“湘雅医学专门学校”（湘雅医学院之前身）。1914年9月，颜福庆被推举为医学校校长；同年12月，湘雅医学专门学校正式开学，颜福庆在中国医学教育界的领袖地位由此奠基。
在伍连德、颜福庆等人紧锣密鼓地筹建全国性西医社团的同时，北洋政府所在地北京的另一批西医精英也在图谋此事。1913年1月13日至17日，博医会在北京举行第五次大会。会前（1月11日），博医会收到一封“中国医学会”（The China Medical Association）要求合作与帮助的公函，其中附有中国医学会的章程与附则。因此，博医会特邀中国医学会会长方石珊参加大会。方石珊（1884—1968），原名方擎，福建闽侯人。1910年毕业于日本千叶医学专门学校，归国后任职于天津陆军军医学堂，参与了伍连德主持的东北鼠疫防治工作，是奉天国际鼠疫大会的中国代表之一，后任北洋政府陆军部军医司医监、司长。
1月13日上午，方石珊代表中国医学会向博医会代表作报告，内容涉及两个方面。其一，中国医学会有关医学名词审查方面的工作及建议；其二，介绍新成立的中国医学会及其准备开展的工作。据他介绍，中国医学会成立于1912年秋天，已在政府内务部立案。
其总部设在北京，拟在各地建立分会，目前学会会员已近400人，愿意接纳博医会会员为名誉或同志会员。
博医会对中国医学会公函作了正式回复，声称由博医会主导西医在中国传播与发展仅是暂时现象，博医会乐见中国人自己肩负重任，也愿意与中国医学会进行广泛合作。会后，博医会责成医学名词委员会先行与中国医学会合作，也希望北洋政府教育部给予支持。
从会长方石珊的背景及学会的章程及附则看，该会的主要发起者是从日本归国的医学留学生，当时仍处筹备阶段，甚至连办一份医学期刊这样重要的事情都没提到议事日程。方宣称会员已近400人，显然有虚张声势之嫌。至于学会章程规定入会费2银圆，会员年会费20银圆，这显然是欠缺办会经验、不切实际的浪漫想法。唯一值得称道的是，中国医学会意识到了医学名词审查、统一的重要性，并已同中国药学会合作开展工作。
对方石珊等人建立中国医学会，并谋求与博医会合作之事，当时出席博医会第五次大会的颜福庆和舒厚仁等人（伍连德缺席）当然心知肚明，但他们仍执意另起炉灶。据伍连德回忆，1914年5月他因兼任津浦铁路总医官的便利专程到上海，和沪上医界领袖与执业医生颜福庆、俞凤宾、刁信德、肖智吉、黄琼仙、古恩康共计7人商议成立全国性华人医学社团事宜，并初步拟定了一份具备入会资格者的名单，预谋次年初借博医会在上海举行第六次大会之机正式成立中华医学会。
俞凤宾之孙俞顺章在《顺理成章》一书中进一步明确，此七人的聚会地点是陆家花园内俞凤宾的私宅。
中华医学会成立的同年5月（一说8月），汤尔和、周颂声、侯希民、方石珊等人迅速在北京组建了以日本归国医学留学生为主体的“中华民国医药学会”。这与其说是一种巧合，不如说是对伍连德、颜福庆等组建中华医学会的一种回应与挑战。汤尔和（1878—1940），原名调鼎，杭州人。1907年留学日本金泽医学专门学校，后又留学德国柏林大学，获医学博士学位。1910年回国，任浙江高等学堂教务长兼校医，并当选浙江谘议局谘议员。同年创办浙江病院，自任副院长兼内科医师。1912年，他在北京创办中国第一所国立医学校——北京医学专门学校（北京医科大学前身），自任校长一职。鉴于尸体解剖对习医之重要性，汤尔和亲手起草《解剖条例》，并促成北洋政府于1913年正式颁布法令施行，此举被视为中国近代西医教育史上的一个里程碑。在当时的中国西医界，汤尔和是可以同伍连德、颜福庆比肩的人物，他的威望也使得北京医学专门学校、北洋陆军军医学堂、浙江医学专门学校等中国人自办医学院校的毕业生纷纷加入中华民国医药学会。北洋政府时期，汤尔和曾历任教育总长、内务总长、财政总长，为中华民国医药学会的生存与发展提供了种种便利条件。1937年“七七事变”后，汤尔和沦为文化汉奸，也给这个学会带来巨大伤痛，这是后话。
1916年8月，中华民国医药学会在南京召开第一次大会，公推汤尔和为首任会长。同年10月，会刊《中华民国医药学会会报》正式创刊。于是，在本土西医人才资源并不充裕的民国初期，中国南北并存两个全国性的本土西医社团。伍连德、颜福庆等人与汤尔和、方石珊等人的明争暗斗，实质是中国近代海外留学格局的内在矛盾所致。由于历史原因，中国近代大规模的海外留学运动有西洋与东洋之别，更为确切地说是欧美与日本之别。因日本明治维新以德国为样板，也有所谓英美派与日德派之说。这种留学国别的门户之见，在整个民国时期的政界、教育界和学术界屡见不鲜。
具体到西医界，这一问题显得更为复杂与突出。近代西医主要经由英美医学传教士传入中国，早期的西医教育基本由英美势力把持，出自教会医院与医学校的本土西医人才多半充当医学传教士助手，即使开业行医者也或多或少依附教会机构。毫无疑问，如果教会医疗机构资助本土人才出国习医，英美是首选，博医会早期的本土会员，无一例外都具有这种背景。由于家世、学历、职业、宗教信仰等方面的原因，这批本土西医人才有明显的英美倾向，甚至对英美教会机构怀有感恩之心，因此将他们称为英美派不无道理。
另一方面，清末新政时期，中国有大批学子赴日本留学，并在辛亥革命前后相继归国。由于民初北洋政府在政治、军事、教育等方面的改革以日本为样板，这无疑使日本留学生有了更大的生存空间。就医界而论，民初中国自办的医学校大多聘用日本人或以日本归国留学生为教员，教材也基本译自日本。北洋政府的卫生行政机构也多由留学日本者把持。相对而言，日德派比英美派有更为强烈的民族独立意识，他们虽然不否认医学传教士输入西医之功，但无意依附教会医疗机构与团体。虽然两派都以自主传播、发展西医为己任，但对自我身份的认同以及对主导西医传播、发展话语权的渴求，让双方产生隔阂与冲突。尽管北洋政府时期，中华医学会与中华民国医药学会在医学名词审定、禁烟、争取英国庚子赔款用于公共卫生建设，以及抵制中医加入教育系统等重大活动中曾有过成功、愉快的合作，但由于门户之见，双方始终没能在一口大锅中吃饭。