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清光绪、宣统三十七年间出了多种刻本，既有汇编本又有单行本。其中，比较全面且有影响力的是清光绪十三年（1887）湖南衡阳船山书院增补刻本《船山遗书》：
衡阳船山书院刻本，是清光绪十三年（1887），湖南衡阳县知事平湖张宪和据清同治四年（1865）南京金陵节署曾刻本板片增补递修重印的。曾刻本《船山遗书》板片自同治四年至光绪初年藏于南京金陵节署，嗣后曾国荃将书板运回长沙上黎家坡遐龄庵（即遐龄精舍），也是后来传忠书局所在地。光绪四年（1878）衡阳船山书院开始筹建，至光绪八年（1882）建成开课讲学，十年（1884）曾国荃将金陵节署曾刻本《船山遗书》刻本雕板捐赠给船山书院，珍藏于衡阳湘江中的东洲船山书院中。光绪四年（1878）至十三年（1887）平湖张宪和莅任衡阳知县，欲振兴衡阳文化，遍访船山佚稿，适于王船山后裔家搜集到《龙源夜话》一卷、《姜斋诗剩稿》一卷、《忆得》一卷，《姜斋诗编年稿》一卷、《姜斋诗分体稿》四卷、《姜斋文集补遗》二卷，计六种十卷，均为未刊的抄稿本。随即设局重新雕板附在曾刻本《船山遗书》后，并清理修补金陵节署曾刻本板片，重新刷印数十部行世。这个重刻本，因补刻重印于衡阳船山书院，故后人称它为‘衡阳船山书院增补递修刻本《船山遗书》’。……后衡阳图书馆于民国十八年（1929）将板片清理冲洗重印数十部行世。书前有何键撰写的《重印船山遗书叙》。
在这一版本中，船山的文学创作和文学理论开始获得了新的生命，逐渐被世人所知，而不再深藏在深山之中。
从数量上来说，这一时期是刊印王船山著作的黄金时期。因为当时朝廷开始废除八股文科举考试制度，改以策论为主，而船山著作中的论证正好符合了考试的需求，于是学子们纷纷效仿。虽然这种需求与船山的创作初衷相违背，但是客观上扩大和加深了王船山著作的传播和研究。
早期船山学说的传播途径主要以传统的刊刻为主，但是这一传播方式限制了船山学术思想的传播广度。到了十九世纪中叶，西方传教士和商人引入的报刊成为新的传播媒介，为传播船山思想提供了更快捷和方便的渠道。在上海图书馆的“晚清期刊全文数据库”中对 1895年至 1911年间与王船山有关的期刊进行检索，共查到 22篇。“年度分布频率为：1904年 5篇、1905年 2篇、1906年 2篇、1907年 2篇、1908年 6篇、1909年 1篇、1910年 1篇、1911年 2篇；峰值分别出现在 1904年与 1908年。期刊分布频率为：《国粹学报》5篇、《东方杂志》2篇、《国民日日报汇编》2篇、《国粹学报（分类合订本）》3篇、《广益丛报》2篇、《暾社学谭》2篇，其他《民报》《四川学报》《中国白话报》《政艺通报》《国学萃编》各 1篇，共涉及杂志 10余种，峰值为《国粹学报》。这些杂志中，有的是学派发布研究成果、传播学派主张的阵地，如国粹派主编的《国粹学报》《政艺通报》，有的是政党宣传思想主张的机关报，如《民报》，有的则是以普通大众为传播对象的杂志如《东方杂志》，还有旨在开通民智的报纸如《中国白话报》。这些报刊均为清末发行量较大、传播范围较广的重要媒介。”
另外，借助“瀚堂近代报刊数据库”展开检索，可以更好地展现船山学术思想在当时的传播现状：
从 1895年至 1911年，王船山（或船山、王夫之、王而农、姜斋）共出现了 117次，分别见于《申报》5次、《湘报》8次、《新民丛报》31次、《民国日日报》28次、《醒狮》1次、《国风报》1次、《东方杂志》18次、《民报》5次、《中国白话报》2次、《国粹学报》14次、《绣像小说》1次、《中国新报》1次等十几种报刊，峰值分别为《新民丛报》《国民日日报》《东方杂志》《国粹学派》《湘报》《申报》。其中，《申报》是面向大众的商业性报纸，它刊载的船山信息，要么是代书商为船山著作发行作广告，要么是对奏请船山从祀文庙一事的报道，要么是对官方公文的转载，有意宣传船山的成份最少；其他各报，则大体上是从自身的政治立场出发，发表有关船山学说的论说。
把其中重要的篇目列举一下，可以更清晰地看到当时船山研究的现状。
这些篇目主要是论述船山思想的文章，从中我们不难看出其研究主要还是集中在简单的概述上。除了报纸杂志外，还有一些出版刊物，比如陈天华的《革命军》、杨毓麟的《新湖南》、黄藻的《黄帝魂》等，都为船山思想的传播提供了媒介和载体，扩大了船山思想的传播范围，为当时的知识分子了解王船山的学术思想提供了方便。
由于传播媒介发生了变化，船山学说的传播内容也会随之变化。在以刊刻为主要途径的时期，传播内容主要是船山著作自身，虽然也会零星地出现序跋等信息，但基本上还是保留了船山著作本来的样子。但是在报刊作为传播媒介的时代，我们通过梳理上面的篇目，不难发现对船山思想的传播很少直接刊登船山原文，而是通过船山思想中的某些内容来阐发、宣传自我。综合这一时期报刊中对船山思想的介绍，从内容上来看主要分为两种：一种以梁启超等人刊发的文章为代表，通过结合西方思想文化来理解阐释船山思想。另一种是以《国粹学报》《民报》等为代表刊发的文章，主要提倡船山思想中的民族坚贞、夷夏之辨、爱国情怀的内容。
从传播方式上看，通俗化成为一种主流。船山学说艰涩深奥，报刊媒介可以通过各种方式让其内容变得更为通俗，有的对船山著作进行解释说明，有的则用通俗的语言概述船山的生平，甚至还出现了白话讲解的形式。
传统图书与报刊对船山思想的传播各有优势。报纸杂志的出版和发行周期更短、传播范围更广，有利于尽快有效地扩大船山思想的传播，同时也使得船山思想的传播开始以通俗易懂的方式进行。传统书刊依然具有不可替代的优势，能够更长久地宣传船山思想，让思想的传播更深远。
书院是中国古代的教育机构，对学生的培养、思想的传播有着重要作用。船山书院从创建到发展，再经历改制，给船山学术思想的传播带来了新的途径。凌飞飞在《衡阳船山书院兴废考》中详细分析了船山书院的历程，并指出船山书院是清末民初研究和传播船山学的大本营，具体表现在：
第一，创立船山书院，为弘扬船山精神，尤其是弘扬船山民族精神和爱国主义精神，为造就安邦治国、匡世济民之才搭建了一个平台，在国家民族濒临危亡的时势下，无疑起到了现实的积极作用。第二，王闿运掌教船山书院 25载，主持补刻《船山遗书》，为船山作传，为船山诞辰撰文，为船山墓撰联，为船山著作作序题跋。王闿运实乃清末民初衡阳，乃至湖南、全国传播船山思想，研究船山学说的先行者，在船山学说研究史上起到了承前启后、继往开来的作用。第三，船山书院的学子周逸、刘豢龙、蔡人龙、谢彬、谢玉立、马宗霍等都是船山学术研究的大家，为研究和传播船山学做出了杰出贡献。……第四，船山书院是清末民初刊刻书籍最多的书院之一，其刊刻的船山遗书、湘绮楼全集不仅对传播船山学说，促进学术交流发挥积极作用，也为当时和后来的学者研究船山学奠定了良好基础。
船山书院俨然成为传播船山学术思想的重要场所和基地，同时也说明了这一时期船山思想传播逐渐开放、明朗。