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《朱元璋传》的第四个本子，在论述朱元璋的生平事迹和功过评价中，对元末明初许多重大的史事发表了独到的见解。其中有不少论断得到大多数学者的认可，成为明史学界的共识。这是吴晗对明史研究的突出贡献。
（一）元末农民战争的性质。元朝自建立之日起，就将阶级的压迫、民族的压迫，重重叠叠地压在汉、南的老百姓身上，至元末尤甚。韩山童和亲信刘福通、杜遵道在发动黄河挑夫进行起义时，就打出复宋的旗号，宣称韩山童是宋徽宗的第八代孙子，当为中国主。刘福通是宋朝大将刘光世的后人，该辅助旧主起义，恢复天下。这很容易使人误解为这是一场民族斗争。但吴晗明确指出：“斗争的开始是以被压迫阶级反对统治阶级的阶级斗争形式出现于历史舞台的”
，“红军起义是鲜明的阶级斗争，要推翻蒙汉地主阶级的联合统治，要破坏旧的封建秩序”
。但是，到了红军起义的后期，由于地主阶级的大量参加，特别是朱元璋转化为地主阶级的政治代表后，突出地强调民族斗争，红军起义就转变为汉族地主阶级与蒙古贵族争夺全国最高统治权的斗争。所以，吴晗又指出：“到后期，阶级斗争的实质因地主阶级的参加而被阉割了，突出地强调民族斗争，朱元璋统一南北，建了明朝。”
最后以朱元璋建立以汉族地主阶级为首的新的封建王朝——明朝而告终。吴晗的这一论断，符合元末的客观实际，从而为全书的写作搭建了一个基本框架。
（二）朱元璋政权的质变。朱元璋起义之后建立的政权，原本是一个保护农民利益的农民政权。后来，随着军事胜利和占领区的日益扩大，地主阶级知识分子参加的越来越多。同时，朱元璋部下诸将，随着军事胜利所取得的政治地位、庄田、奴隶和其他财富，本身已经由农民阶级转化为新兴的地主阶级了。一部分旧地主阶级的合作和新地主阶级的成长，逐步改变了朱元璋政权的性质，从根本上向地主阶级政权变化。“这个政权，从李善长、陶安、李习参加的时候，就开始变质，到了刘基、宋濂、叶琛、章溢等地主大量参加以后，质变的过程就更加迅速了”
。到龙凤十二年（1366）十二月，讨伐张士诚的檄文和宣谕徐州吏民文告的发布，则标志着朱元璋政权已彻底质变为地主阶级政权。吴晗的这一论断，揭示了朱元璋政权由农民政权转化为地主阶级封建政权的过程及其本质，是令人信服的，因而得到史学界的认同。
（三）农民领袖的蜕变。在中国古代封建社会的历史上，所有的农民起义领袖，不是牺牲在敌人的屠刀之下，就是转化为地主阶级的代表人物。对于农民起义领袖的这种蜕变，以往的许多论者，往往归咎于个人的品质问题，没能说到点子上，显然是不能令人信服的。吴晗则指出：“出身农民的红军将领也由于取得政权而转化为新的地主阶级了。其中朱元璋和他的家族便是新地主阶级的代表人物。这种变化是由阶级本质决定的，农民是小土地所有者，勤劳朴素，一生在饥饿线上挣扎，在遭遇到残暴压迫、剥削时，他们会奋不顾身，起而反抗，但是还有小私有者的一面，他们渴望能有更多的土地，过更好的日子，在取得胜利以后，他们中间的一些立了功的将领，就蜕变了，成为过去他们所坚决反对的地主阶级分子了，事物的发展使他们走到了自己的反面。”
这一论断，抓住了问题的要害，指出中国封建社会的农民阶级具有两面性，他们既是被压迫被剥削的劳动者，具有反抗封建压迫剥削的革命性，又是小生产者和小私有者，具有追求荣华富贵的落后性。革命性的一面，促使广大贫苦农民奋起反对地主阶级和封建官府的残暴压榨和黑暗统治；而落后性的另一面，则促使他们在胜利之后蜕变为新兴的地主阶级，反过来压迫和剥削农民。因此，农民领袖的蜕变，并不是个人的品质问题，而是一种历史的必然。刘邦如此，朱元璋也不例外。
（四）朱元璋的功过评价。《朱元璋传》的第一个本子，将朱元璋称为“历史上伟大的民族英雄之一”。这个评价，是基于作者当时的这种认识：“他收复了沦陷于外族四百三十年的疆域，他建立了汉族自主的大帝国。”
这种认识，存在两个明显的错误：一是将建立元朝的蒙古排除在中华民族之外，称之为外族；二是将元末红军大起义定性为民族斗争，而非阶级斗争。前提错了，推导出来的结论也就不可能符合历史实际。后来，作者认真学习马克思主义，运用历史唯物主义的观点和方法，结合元末明初的历史条件，对朱元璋做出了全新的评价，认为“和历史上所有的封建帝王比较，朱元璋是一个卓越的人物”
。他的功绩在于统一全国，结束了元末二十年战乱的局面，使人民能够过和平安定的生活；在于能够接受历史教训，对农民做了一些让步，大力鼓励农业生产，兴修水利，推广棉花和枣桑果木的种植，允许农民尽力开垦，大力增加自耕农的数量；在于解放奴隶，改变了元朝贵族官僚大量拥有奴隶的局面；在于大力清丈田亩，相应地减少了一些赋税负担不均的情况；在于保护商业，繁荣了市场；在于吸取元朝对外战争失败的教训，强调既要抗击外国侵犯，也不可轻易犯人；在于改变元朝匠户制度，推进了民间手工业的生产；在于不信符瑞，不求长生，讲究节俭；在于限制僧道的数量，减少了不劳而获的寄生虫。但他也有许多缺点：第一是由原来的农民革命领袖变为地主阶级的头子，反过来镇压农民革命；第二，实行以猛治国的方针，过分地运用特务组织，制造了许多血案；第三，定下《皇明祖训》，不许子弟改变，束缚了此后政治上的任何革新；第四，他所规定的八股文制度，严重地起着压制新思想，摧残科学、文化进步的有害作用；第五，他大肆宣扬荒诞的神迹，欺骗、毒害人民。总而言之，“朱元璋有许多功绩，也有许多缺点，就他的功绩和缺点比较起来看，还是功大于过的。他是对社会生产的发展、社会的前进起了推动作用的，是应该肯定的历史人物”，“此外，他还是个优秀的军事家”。
这个评价，显然比第一个本子的评价，更加接近历史实际。
（五）元末农民战争的历史作用。对于中国历史上众多的农民大起义、农民战争，以往的封建地主和资产阶级史学家多持否定的态度，认为它们起着破坏和阻滞社会发展、历史前进的作用。毛泽东在《中国革命和中国共产党》的著作中，明确指出，在中国封建社会里，只有农民的阶级斗争、农民的起义和农民的战争才是历史发展的真正动力。1951 年 2 月，翦伯赞在《学习》杂志第 3 卷第 10 期发表《论中国古代的农民战争》，根据毛泽东的论断，对中国农民战争的历史作用提出这样的见解：“每一次大暴动之后，新的封建统治者，为了恢复社会秩序，必须对农民做某种程序的让步，这就是说必须或多或少减轻对农民的剥削和压迫，这样就减轻了封建生产关系对生产力的拘束，使得封建社会的生产力又有继续发展的可能，这样就推动了历史的前进。”翦伯赞提出的这种见解被人们称为“让步政策”论，在 20 世纪 50年代得到大多数学者的赞同，成为普遍流行的观点。吴晗在《朱元璋传》的第四个本子里，也采用“让步政策”论的说法，对元末红军大起义的历史作用做了充分的肯定：“明初社会生产力的发展是元末农民起义、农民战争的结果，它大大打击了元末的大地主阶级，并且大大教训了新统治者朱元璋，迫使他对农民做出了一些让步。这些让步的结果首先表现在农业生产的恢复和发展方面。”
“移民屯田，开垦荒地，承认自耕农开成熟地的产权，旧地主复业只能依丁拨田，和兴修水利是增加谷物产量，增加皇权租税收入，强化国家机器的主要措施，也就是经过元末农民大起义的阶级斗争以后，新皇朝不得不稍微对农民让步的具体表现。”
“让步政策”论的提法虽然不够准确，但吴晗对元末农民起义、农民战争的历史作用则是充分肯定的，认为“明初社会生产力的发展是元末农民起义、农民战争的结果”。
当然，由于时代条件的限制，《朱元璋传》的第四个本子，也存在明显的不足。
第一，资料的搜集不够齐全。应该说，《朱元璋传》的第四个本子使用的历史资料是相当丰富的，但还是有大的遗漏，特别是某些重要的第一手原始资料未能搜集到手，加以利用。例如，洪武二十六年五月，蓝玉被杀三个多月后，朱元璋敕命翰林院官将近千名案犯的供状辑录成书，名曰《逆臣录》，公布中外。作者未能见到此书，有关蓝玉党案只能根据《明太祖实录》《明史》和潘柽章《国史考异》等有关记载来开展论述，因而未能看出此案同胡惟庸案一样，是有真有假、真假掺杂的，不仅看到朱元璋借助此案冤杀了大批无辜的将臣，甚至是普通的军士和平民百姓，造成政治恐怖、人人自危的消极影响，而且看到朱元璋通过此案清除了某些骄蹇自恣、违法乱纪、逾礼越制、进止自专的大臣，有利于社会安定、经济发展的积极意义，而不应全部加以否定。又如朱元璋《御制纪非录》《明太祖御笔》《太祖皇帝钦录》等，吴晗也都未能搜集利用，因而导致某些史实的记述含混不清，甚至出现错讹。
第二，论述的广度不够。作为一部历史人物传记，《朱元璋传》的第四个本子在记述传主政治、军事、经济、思想文化领域的活动时，既要重点突出，也应系统全面，不能有大的遗漏，这样才能对其历史功过做出比较客观全面的评价。本书在写作中，作者注意到重点突出的一面，却忽略了系统全面的另一面，因而显得广度不足，从而导致某些结论的偏颇。比如，书中讲到明初中央政权机构的设置及其改革，只提到朱元璋废除丞相，提高吏、户、礼、兵、刑、工六部的地位，从而强化中央集权的一面，而无只字提及朝廷决策系统的廷推制度和高级官员任用的推举制度（宣德年间改为会举制，成化年间又形成廷推制与敕推制），从而导出朱元璋“将中央集权发展到最高峰”
的错误结论。
第三，论述的深度稍显不足。书中对某些关键史事的论述，往往停留在就事论事的层面，而未能进一步揭示其背后深层次的缘由及其发展的内在逻辑，使读者既知其然，又明其所以然。例如关于明初君主专制中央集权的高度强化，书中只讲到朱元璋为何进行机构改革，使权力进一步集中到自己手里，极大地扩充了皇权，而未能指出这是宋代以来地主土地所有制和租佃制普遍发展的必然结果。因为在地主土地所有制和租佃制之下，封建地主对土地的占有是不固定的，对佃农的占有也不稳定，同时地主本身又没有亲自掌握行政、司法和军事权力，对佃农的超经济强制相对削弱。但是，没有超经济强制，也就没有封建的剥削。这样，就需要有一套凌驾于整个社会之上的完整而复杂的官僚机构，来专门掌握行政、司法和军事权力，代表地主阶级的意志，对农民实行超经济强制，以保证地主对农民剩余劳动的榨取。因此，地主阶级迫切希望明廷能进一步加强封建专制主义的中央集权的统治，以便巩固封建统治，强化对农民的超经济强制。明初封建专制中央集权的强化，就是适应宋代以来地主土地所有制和租佃制普遍发展的必然产物。在我国封建社会的后期，君主专制中央集权的高度强化，无疑给后世留下无穷的遗患，其最终结果是阻滞了封建社会的瓦解和崩溃。不过，我们也应看到，这种封建专制中央集权的强化，既然是当时社会条件的产物，它在客观上就包含有某些顺应社会发展趋势的因素，从而必然会对社会的发展产生某些积极的作用，即缓和了当时尖锐的社会矛盾，安定了社会秩序，为明初社会经济的恢复和发展创造了条件；使明廷得以集中更多的人力、物力和财力，特别是牢牢地控制了一支强大的军事力量，对外有力地抵御倭寇的侵扰，对内迅速地平定各地少数民族贵族的分裂叛乱，制止元朝残余势力的卷土重来，从而维护和加强了我国多民族的统一。