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进口关税配额管理指的是国家在一定时期内对于某种商品的进口数量或金额直接加以限制的管理措施。对实行关税配额管理的进口商品，配额内的，适用关税配额税率；配额外的，按不同情况分别适用最惠国税率、协定税率、特惠税率和普通税率。
1.实行进口关税配额管理的商品（2023年）
2023年我国实行进口关税配额管理的商品包括农产品中的小麦、玉米、大米、棉花、食糖、羊毛、毛条和工业产品中的化肥（尿素、磷酸二铵、复合肥）。
农产品进口关税配额为全球配额，主管部门是商务部和国家发展改革委。商务部、国家发展改革委分别于申请前一个月在《国际商报》《中国经济导报》以及官网上公布每种农产品下一年度的关税配额总量、关税配额申请条件及国务院关税税则委员会确定的关税配额农产品税则号列和适用税率。配额内农产品进口时，海关凭企业提交的农产品进口关税配额证办理海关验放手续。农产品进口关税配额分为国营贸易配额和非国营贸易配额。国营贸易配额通过国营贸易企业进口，非国营贸易配额通过有贸易经营权的企业进口，有贸易经营权的用户也可以自行进口。
化肥进口关税配额为全球配额，商务部负责全国化肥关税配额证管理工作，商务部的化肥进口关税配额证管理机构负责管辖范围内化肥关税配额证的发证、统计、咨询和其他授权工作。配额内的化肥进口时，海关凭进口单位提交的化肥进口关税配额证，按配额内税率征税，并验放货物。国家对化肥进口实行国营贸易管理。按照规定的资格和条件，有关企业可以向商务部申请成为非国营贸易企业。国家可以安排一定数量的关税配额，由非国营贸易企业进口经营。
所有贸易方式进口关税配额范围的商品均列入关税配额证管理范围。申办关税配额证需提供以下材料：①货物进口合同；②进口关税配额申请表；③企业法人营业执照。
2.报关规范
农产品进口关税配额证实行“一证多批”制，自签发之日起3个月内有效，最迟不得超过当年的12月31日。即最终用户需分多批进口的，在有效期内，凭农产品进口关税配额证可多次办理通关手续，直至海关核注栏填满为止。对于当年12月31日前从始发港出运，需要次年到货的，关税配额持有者需于当年12月31日前持装船单证及有效的农产品进口关税配额证到商务部委托机构申请延期，延期的农产品进口关税配额证有效期最迟不超过次年的2月底。
化肥进口关税配额证公历年度内有效，且有效期不超过180天。延期或者变更的，需要重新办理，旧证撤销同时换发新证，并在备注栏注明原证号。如在当年无法完成进口的，应当在9月15日前将配额证退还原发证机构。