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此前德意志民族从未在二战后划定的疆土内被统治过。 [81] 除非东西方达成协议，或是现存均势崩溃，否则战后确立的德国边界似乎预示德国将无限期分治下去。边界一边是共产主义东德，另一边是民主西德。不错，“四大国对德管制委员会”的存在默认了德国统一的目标。三个西方大国也明确表示支持这一目标。出于德国内部的政治原因，德国人在追求东西德统一问题上的立场必然比占领国更明确。统一成了西德一个无休止的问题。从1952年的斯大林提议，一直到赫鲁晓夫对柏林多次下的最后通牒，苏联把德国统一当作一种战略手段。
阿登纳奉行的政策建立在把德国分治视作暂时现象的基础之上。他相信，伴随苏联卫星国圈的解体、联邦共和国的高速经济增长、大西洋联盟实力和凝聚力的增强，外加华沙条约组织的内部矛盾，德国统一终将实现。这一观点假定卫星国东德会坍塌。这正是1989年发生的一幕。东德垮掉前，德意志联邦共和国继续把大西洋联盟、德美紧密关系和融入欧洲作为优先目标。用忍耐取代屈从盟国的战略有一个难题，那就是莫斯科在这一时期不可能一直无所作为。毫无疑问，莫斯科为了阻止出现这种结局会施加外交压力，甚至军事压力，几次爆发的柏林危机就是例证。由此产生的争执逐渐削弱了阿登纳在国内的地位。
1949年10月，苏联卫星国民主德国宣布建国。阿登纳用“布伦塔诺主义”（以1955—1961年联邦德国外交部长的名字命名）作为回应。依据这一主义，联邦德国将与承认德意志民主共和国的任何国家中止外交关系。随着岁月的流逝，联邦德国内部要求至少与东欧和东德接触的呼声越来越高。面对国内压力，这一政策愈来愈难以为继。
社民党在选举中屡屡失利，又受赫鲁晓夫玩弄的种种伎俩拖累，于是开始改弦易辙，宣扬它赞同与东欧尤其与东德展开谈判，借此收揽民心。社民党领导人赫伯特·韦纳（不具备担任国家领导人资格，因为二战期间他因苏联间谍罪名遭逮捕，关押在瑞典）引导了党内的转轨。1959年，社民党接受了德国的北约成员地位。社民党越来越把自己打造为一支推动统一的力量，重拾战后寻求与东欧国家和苏联谈判的更加灵活的政策，不过现在是在北约框架内，这就是所谓的东方政策。 [82]
阿登纳和基民盟认为，把德国历史首都柏林的地位交给谈判解决损害了最终实现统一的进展。共产党人在谈判中占尽地理和军事优势。不无矛盾的是，阿登纳认为，坚持统一的最终目标会使临时分治更容易承受。这一立场与联邦共和国初期政策形成鲜明对比，当时阿登纳极力搁置统一问题。
基民盟与社民党之间的论战开始与基民盟内部在阿登纳继任者问题上的分歧交织在一起。阿登纳的年龄——1962年阿登纳已满86岁——以及在对苏战略上与美国的争执逐渐削弱了他在国内的地位。阿登纳拒绝反对戴高乐否决英国加入欧洲经济共同体 [83] ，在基民盟内招致人数可观的少数派批评。基民盟在1961年大选中失去了联邦议院里的多数席位，为此需要组建一个联合政府。自由民主党是一个主张自由贸易的温和保守党，也是现有的唯一能成为联合政府伙伴的政党。自由民主党同意加入联合政府，条件是1965年联合政府任期届满前阿登纳离职。
1962年秋，阿登纳退休问题白热化。《明镜周刊》刊登了泄露出的政府文件，披露国防部长施特劳斯正在考虑获取战术核武器，将其用于德意志联邦的国防。施特劳斯抨击《明镜周刊》危害国家安全。 [84] 为此他指控《明镜周刊》犯有颠覆罪，建议汉堡警方搜查《明镜周刊》办公室。更有甚者，撰写该文的记者在西班牙度假时遭到逮捕。
11月19日，内阁中的5名自由民主党阁员悉数挂冠而去以示抗议。随后施特劳斯也被迫辞职。此前，阿登纳本人对施特劳斯的计划是知情的。阿登纳解释说，当时他因古巴导弹危机分神了。呼吁阿登纳辞职的浪潮迭起。尽管阿登纳度过了危机，但他在位之日显然无多。
阿登纳为去职做准备时，尤其在意为未来德国巩固自己的外交政策成就。阿登纳外交政策支柱之一是遏制苏联势力。自杜鲁门起，历届美国总统均支持这一战略。战略基于以下信念：通过加强盟国在世界各地，尤其在中欧地区的实力地位，可以战胜苏联意识形态，挫败其咄咄逼人的战略。事后证明，这一观点颇有眼光。遏制政策的缺陷是，除非发生明目张胆的侵略或受到其他形式的压力，否则遏制政策既没有开出让敌手了解西方实力的处方，也没有讲该如何开展外交来执行遏制政策。因此，在德国国内的政治中，阿登纳的坚毅和忍耐不得不让位给“东方政策”。
阿登纳的坚定信念是他外交成就的又一支柱。他坚信，德国和一个统一欧洲的未来维系于道德信仰和对民主原则的坚守。1956年，阿登纳在一次论述欧洲未来的演讲中解释道：
“伟大思想发自内心”是一句名言。若要实现一个统一的欧洲，这一伟大思想也必须发自我们内心。统一的欧洲无关情感。我所说的欧洲统一指的是，一颗奉献给一项伟大事业的坚强之心会赋予我们力量，面对一切艰难险阻去做理性告诉我们应该做的事。如果我们找到了这种力量，我讲的一切应做之事，我们都会去做。我们将完成统一大业。我们每个国家需要德国统一，欧洲需要德国统一，全世界需要德国统一。 [85]
阿登纳在职期间实现了他的目标：让民主在德国扎根和打造一个德国是其中重要一员的欧洲架构。阿登纳的战略与肯尼迪的策略融为一体。两人谢幕20多年后，伴随苏联的解体，德国统一的终极目标终于实现。