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德国与西方盟国打交道时，阿登纳始终把道义作为外交政策的基石。在犹太人问题上，这一道义基石尤其错综复杂。纳粹对犹太人犯下了令人发指的野蛮暴行。纳粹精心策划实施了大规模灭绝计划，屠杀了大约600万犹太人，超过全世界犹太人总数的三分之一。
战争末期，西方盟国把纳粹罪行列入立即逮捕类别，交给盟国情报人员执行。受到指控的罪犯在纳粹党内的级别是逮捕依据之一。占领德国之初，盟国对成千上万的德国人使用了以上犯罪定性。随着政府职责逐渐移交给联邦共和国，去纳粹化工作也同时移交。去纳粹化因此成为联邦德国国内的一个政治问题。阿登纳把赔偿犹太人视为完全符合德意志民族利益的道义责任。不过他对去纳粹化进程的态度并不鲜明。身为基民盟主席，阿登纳深知，严厉推行去纳粹化会殃及一大批选民。
为此，阿登纳在去纳粹化进程中把人数限制在政治上可控范围内，具体做法是轻惩罚、重国内和解和给予大屠杀幸存者赔偿。在实际操作中，这意味着对战争罪行的调查仅限于前纳粹高官，或是可向法庭提供有具体犯罪证据的前纳粹官员。自不待言，这样做必然留下很大的模糊空间。以汉斯·格洛布克为例，当年纽伦堡种族法的执笔者成了阿登纳的幕僚长。与此同时，在承认纳粹历史强加给德国的道义责任方面，阿登纳从未动摇过。作为悔罪象征，也作为走向正义和与犹太人和解的桥梁，阿登纳支持联邦共和国与犹太领导人和以色列讨论赔偿问题。他承认以色列是全体犹太人的代表。
1951年3月，以色列政府分别致函4个占领国和东西德政府，要求赔偿受害者及其子女15亿美元。苏联和德意志民主共和国从未给予正式答复。阿登纳代表联邦共和国答复了。1951年9月27日，他在联邦议院发言：
以德国人民的名义……犯下了骇人听闻的罪行，因此需要在道义和物质上给予赔偿（Wiedergutmachung）。罪行涉及对个人和原产所属人已不在世的犹太人财产的损害……为此已采取了初步措施。这方面仍有大量工作要做。联邦共和国政府支持就赔偿及其公正执行迅速制定一部法律。可辨认的一部分犹太人财产将物归原主。此后还会继续财产赔偿。 [57]
阿登纳补充说，现在德国有义务解决这一问题，从而“为心灵的净化创造条件” [58] 。
1953年5月18日，联邦议院通过了赔款法。14名德国共产党议员打出德国民族主义旗号投票反对。社会民主党一致支持赔款。对政府而言，表决结果并非泾渭分明。来自基民盟领导的联盟的106名议员投票赞成；86名议员投了弃权票，其中大多数人来自基民盟内的巴伐利亚保守派。 [59]
尽管有部分议员持保留意见，阿登纳还是达到了目的。历史学家杰弗里·赫夫概括了以色列从德国得到的好处：
西德向以色列交付的船舶、机床、火车、汽车、医疗设备以及其他物资相当于以色列每年进口总额的10%~15%。据来自联邦德国的报道，截至1971年，向遭受纳粹政治、种族和宗教迫害的受害者个人（其中大多数是幸存的犹太人）支付的赔款达404亿（德国）马克，截至1986年年末为770亿马克，截至1995年大约为960亿马克，赔偿的总数约1240亿马克。 [60]
以色列国民在是否接受作为对种族大屠杀忏悔给予的“沾血钱”问题上分歧严重。以色列议院为此吵得不可开交，街头出现游行抗议活动。在此期间，阿登纳与世界犹太人大会创始人纳胡姆·戈尔德曼私下交往不断。
阿登纳去职两年后的1965年，联邦德国将与以色列建立外交关系。翌年，阿登纳以普通公民身份访问了以色列，当时以色列已是大约15万大屠杀幸存者的家园。阿登纳抵达以色列后说：“这是我一生中最庄严、最美好的时刻之一……我当选德国总理时，根本没想到将来有一天会受邀访问以色列。” [61]
虽然有这段开场白，90岁高龄的阿登纳访以期间，还是与以色列总理列维·艾希科尔发生了口角。艾希科尔在为这位德国政治家举行的晚宴上告诉阿登纳：“我们没有忘记，也永远不会忘记可怖的大屠杀，600万犹太人被夺去生命，德以关系不可能是正常关系。” [62] 之后他又补加了一句，德国给予以色列的赔偿只具有“象征意义”，无法“抹掉发生的悲剧”。一向镇定自若的阿登纳回复说：“我知道犹太人民忘记过去有多么难，但我们的善意如果得不到认可，对谁都没有好处。” [63]
阿登纳访以期间，令所有在场人最难忘的一幕是他参观位于耶路撒冷赫茨尔山西岸的以色列犹太大屠杀纪念馆时的痛苦经历。 [64] 阿登纳始终不失尊严地保持缄默，跟随引导员步入纪念堂。宽敞的大厅内灯光幽暗，屋顶看上去像是帐篷顶。纪念馆人员请阿登纳在死亡营无名遇难者纪念碑前点燃一根蜡烛并敬献花圈。有人突然递给他一枚上面用希伯来文写着“铭记”的徽章。阿登纳说：“即使没有这枚徽章，我也从未忘记过。” [65]