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秦始皇焚书，医学、数术之学以及农学等有实用价值的著作不在禁毁之列。据《史记》卷六《秦始皇本纪》记载：“史官非《秦记》皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。”《史记》卷八七《李斯列传》也写道：“诸有文学、《诗》《书》、百家语者蠲除去之”，“所不去者，医药卜筮种树之书”。从项羽、张良、韩信等均研习兵书的事迹看，当时民间兵学书籍的流传，也没有被禁止。兵学也是实用之学。
《韩非子·和氏》说，早在秦始皇焚书之前，商鞅已经有“燔《诗》《书》而明法令”的政治举措。也就是说，秦始皇极其严酷地遭到千百年严厉批评的文化专制主义政策，其实可以在商鞅时代发现先行者。《朱子语类》卷五六记录了朱熹对商鞅的批评：“他欲致富强而已，无教化仁爱之本，所以为可罪也。”他认为商鞅轻视文化建设和道德维护，推行的法令政策，目的是单一的、短视的，只是“欲致富强而已”，从长时段的文化史视角考察，应当承当罪责。看来，从商鞅到嬴政，文化取向是一致的。所谓“燔《诗》《书》”，不言其他著作，可以推想，实用之学的学术积累得以存留。《韩非子·五蠧》说秦地“境内皆言兵，藏孙、吴之书者家有之”，显然兵学得以普及。而《吕氏春秋》中《上农》等四篇保留了重要的古农学经验，也说明“种树之书”并不“燔”毁。