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关于秦始皇“坑儒”的记载，见于《史记》卷六《秦始皇本纪》。秦始皇得知侯生、卢生出逃，“乃大怒曰：‘吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。今闻韩众去不报，徐市等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。’”于是，“使御史悉案问诸生，诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳，使天下知之，以惩后。”近年多有学者著文否认秦始皇“坑儒”事。主要论点，以为所坑杀的对象是“术士”而非“儒生”。
人们可能首先会提出这样的问题：难道“术士”就较“儒生”低贱，就可以随意屠杀吗？而且，究竟秦始皇坑杀对象究竟能否排除儒生，依然是需要澄清的问题。
就“坑儒”一事，其实很早就有人提出异见。《通志》载《秦不绝儒学论》说：“秦时未尝废儒，而始皇所坑者，盖一时议论不合者耳。”提出此说的依据，是秦末仍可看到儒生和儒学的活跃：“陆贾，秦之巨儒也。郦食其，秦之儒生也。叔孙通，秦时以文学召，待诏博士，数岁，陈胜起，二世召博士诸儒生三十余而问其故，皆引《春秋》之义以对。是则秦时未尝不用儒生与经学也。况叔孙通降汉时，自有弟子百余人，齐鲁之风亦未尝替。故项羽既亡之后，而鲁为守节礼义之国。”朱彝尊《秦始皇论》也说：“彼之所坑者，乱道之儒，而非圣人之徒也。”虽然历史上每一次政治迫害运动之后，都依然会有迫害对象和迫害对象同等级者的存留。然而以儒生在历史舞台上继续表演的历史记载推定“秦不绝儒学”，“秦时未尝废儒”，仍然是有一定的说服力的。这样的说法，其实只是限定了“坑儒”的范围，并没有完全否定“坑儒”的史实。
言秦始皇“皆坑之咸阳”之“四百六十余人”使用“术士”称谓者，较早有《史记》卷一一八《淮南衡山列传》载伍被语所谓“杀术士，燔《诗》《书》”以及《汉书》卷八八《儒林传》所谓“燔《诗》《书》，杀术士”。不过，《汉书》中其他相关评论，都明确认定“坑儒”。如《汉书》卷二七下之上《五行志下之上》“燔《诗》《书》，坑儒士”，《汉书》卷二八下《地理志下》“燔书坑儒”。此后如《后汉书》卷六六《陈蕃传》“焚书坑儒”，以及《后汉书》卷五三《申屠蟠传》“坑儒烧书”，《后汉书》卷六一《左雄传》“坑儒泯典”，《三国志》卷二五《高堂隆传》“秦世之坑儒”，《宋书》卷一一《志序》“秦坑儒”，《陈书》卷三三《儒林传》“焚书坑儒”，《魏书》卷六六《李崇传》与《北齐书》卷三六《邢邵传》“坑儒灭学”，也都是明确的表述。其实，所谓“术士”“方士”和“儒生”，文化资质有某种相通之处。正如有的学者所说，“谓所坑乃‘方技之流’，非‘吾儒中人’，盖未省‘术士’指方士亦可指儒生。”（光聪谐：《有不为斋随笔》）“术士”可指“儒生”之例，有《史记》卷一一八《淮南衡山列传》载伍被语：“昔秦绝先王之道，杀术士，燔《诗》《书》，弃礼义，尚诈力”，《汉书》卷四五《伍被传》作“往者秦为无道，残贼天下，杀术士，燔《诗》《书》，灭圣迹，弃礼义”。又《汉书》卷八八《儒林传》：“至秦始皇兼天下，燔《诗》《书》，杀术士，六学从此缺矣。”分析上下文“先王之道”以及“礼义”“圣迹”“六学”诸语，理解当时语境，可以知道这里说的“术士”其实就是“儒生”。
《史记》卷六《秦始皇本纪》所谓“诸生传相告引，乃自除犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳”之“诸生”，作为社会称谓的使用，所指代的社会身份可能原本是比较模糊的。顾颉刚说：“当时儒生和方士本是同等待遇。”“（秦始皇）把养着的儒生方士都发去审问，结果，把犯禁的四百六十余人活葬在咸阳：这就是‘坑儒’的故事。”（《秦汉的方士和儒生》，上海古籍出版社，1978年，第12页）以为受害者即“儒生方士”。两种身份并说。
《论衡·语增》肯定“焚书坑儒”是历史真实，以为坑杀对象就是“儒生”，然而否定了秦始皇欲全面取缔儒学的说法：“传语曰：秦始皇帝燔烧《诗》《书》，坑杀儒士，言燔烧《诗》《书》，灭去五经文书也；坑杀儒士者，言其皆挟经传文书之人也。烧其书，坑其人，《诗》《书》绝矣。言燔烧《诗》《书》，坑杀儒士，实也。言其欲灭《诗》《书》，故坑杀其人，非其诚，又增之也。”在史事辨析时，又完全剔除了“术士”的表现：“三十五年，诸生在咸阳者多为妖言。始皇使御史案问诸生，诸生传相告引者、自除犯禁者四百六十七人，皆坑之。”“坑儒士，起自诸生为妖言。”
我们必须重视的一则重要信息，是《史记》卷六《秦始皇本纪》在“四百六十余人皆坑之咸阳”之后记录的扶苏的表态：“始皇长子扶苏谏曰：‘天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。’始皇怒，使扶苏北监蒙恬于上郡。”扶苏所谓“诸生皆诵法孔子”，明确解说了“诸生”的文化资质和文化立场。又《史记》卷六《秦始皇本纪》载李斯驳淳于越语，前说“今陛下创大业，建万世之功，固非愚儒所知”，后说“今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首”，此处“诸生”就是“儒”。《史记》中使用“诸生”称谓凡33例，没有一例可以明确包含“方士”身份。除前引多例外，卷二八《封禅书》“使博士诸生刺《六经》中作《王制》，谋议巡狩封禅事”，“自得宝鼎，上与公卿诸生议封禅。封禅用希旷绝，莫知其仪礼，而群儒采封禅《尚书》《周官》《王制》之望祀射牛事。”又如：“儒既已不能辨明封禅事，又牵拘于《诗》《书》古文而不能骋。上为封禅祠器示群儒，群儒或曰‘不与古同’，徐偃又曰‘太常诸生行礼不如鲁善’，周霸属图封禅事，于是上绌偃、霸，而尽罢诸儒不用。”又卷四七《孔子世家》太史公曰：“余读孔氏书，想见其为人。适鲁，观仲尼庙堂车服礼器，诸生以时习礼其家，余低回留之不能去云。”在司马迁笔下，“诸生”称谓都明确直指“儒”“群儒”。
古代政论家很早就注意到，秦始皇坑杀的“诸生”确是“儒”的最明朗的史料依据，是扶苏“诸生皆诵法孔子”之说。不过，宋元之际有学者发表意见否定扶苏之说。萧参《希通录》：“古今相承，皆曰‘坑儒’，盖惑于扶苏之谏。”“自扶苏一言之误，使儒者蒙不韪之名。”陶宗仪《辍耕录》卷二五“论秦蜀”条有同样的说法，只是“自扶苏一言之误”作“自扶苏言之误”。“扶苏之谏”，是直接针对坑杀“诸生”的批评意见，是与历史真实时间距离和空间距离最近的判断。发表者与帝国最高决策人秦始皇有最亲近的感情，与执政中枢机关有最密切的关系。轻易指斥“扶苏一言之误”，“扶苏言之误”，恐怕是难以说服读者的。
还应当看到“焚坑”是体现出政策连续性的事件。“焚书”时已经有对违令儒生严厉惩处的手段，这就是所谓“有敢偶语《诗》《书》者弃市”和“以古非今者族”。