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《史记》卷六《秦始皇本纪》有关于“焚书”事件的明确记载。秦始皇三十四年（前213），李斯建议：“史官非《秦记》皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》者弃市。以古非今者族。”又提出违令者和责任官员均应受到严厉惩处。“所不去者，医药、卜筮、种树之书。”“制曰：‘可。’”《史记》卷八七《李斯列传》记录李斯上书：“诸有文学《诗》《书》、百家语者，蠲除去之。”“所不去者，医药、卜筮、种树之书。”又记载：“始皇可其议，收去《诗》《书》、百家之语以愚百姓，使天下无以古非今。”
对于秦“焚书”导致的先秦文献的破坏，很早就有人提出异议。如《通志》卷七一《校雠略》载录《秦不绝儒学论》以“臣向谓”的口气言“秦人焚书而书存”，又说“诸儒穷经而经绝”。论者说，先秦就有《诗》《书》亡逸情形，“皆不因秦火”。又说：“自汉以来，书籍至于今日，百不存一二。非秦人亡之也，学者自亡之耳。”体味论者原意，在于揭示文化史进程中书籍散亡的复杂因素，但绝不是肯定“秦火”的合理。所谓“秦人焚书而书存”，一者因“博士官所职”的国家典藏，二者因民间在艰险情况下的保护和传承。前者又经历“项籍之罪”（刘大櫆《焚书辩》），“项羽之火”（刘师培《六经残于秦火考》，《左庵集》卷三）。后者不能避免传授过程中由不同立场和不同视角出发对早期经典的修正和扭曲。
秦始皇事后回顾“焚书”事，言“吾前收天下书不中用者尽去之”（《史记》卷六《秦始皇本纪》）。称“焚书”对象为“天下书不中用者”。医药、卜筮、种树之书等实用之学的积累确实得以保存，又有学者指出兵学知识仍然在民间普及，如袁宏道《经下邳》诗所谓“枉把六经灰火底，桥边犹有未烧书”（《明诗综》卷六二）。也有人据“夜半桥边呼孺子，人间犹有未烧书”咏张良事迹诗，论“兵家言原在‘不燔’之列”（陈恭尹：《读〈秦纪〉》）。尽管秦文化重视实用的风格使得许多技术层面的知识得以存留，但是以理论为主题的体现较高思辨等级的文化遗产遭遇“秦火”造成的中国文化的劫难，是不可否认的历史真实。虽然“民间《诗》《书》，未必能家摧而户烧之，燔余烬遗，往往或有”（刘师培《六经残于秦火考》，《左庵集》卷三），我们却不能在回顾文化史时，轻易宽恕毁灭文明成就的文化专制主义的罪恶。
王充《论衡·书解》说：“秦虽无道，不燔诸子，诸子尺书，文篇具在，可观读以正说，可采掇以示后人。”赵岐《孟子章句题辞》也说秦不焚诸子。《文心雕龙·诸子》：“烟燎之毒，不及诸子。”陈恭尹《读〈秦纪〉》有“百家杂碎，初未从火”的说法。然而《史记·秦始皇本纪》和《李斯列传》都明确说焚书对象是包括“百家语”的。也许“蠲除去之”的严厉程度，“百家语”不及《诗》《书》。但是对于这一问题，显然还有进一步考察的必要。
近来有人说，“焚书坑儒”是一场旷日持久的弥天大谎，“焚书”实为秦始皇“课改”，秦始皇焚书只是国家进行了一场教学课本改革，收焚了“天下”所藏之“《诗》《书》、百家语”这些过时的不适用的教学课本。在这样的说法引起的热议中，我们已经看到比较清醒的立足科学求实精神的认识。有的学者强调，对于历史的解读，应当有严谨的学术研究的基础。应当指出，中国古代教育史的常识告诉我们，秦代还没有国家全面控制教育的制度，也没有定型的统一的“教学课本”。所谓“课改”，所谓“教学课本改革”，都是没有根据的，并不符合当时文化教育形式的实际。我们以为，历史研究的最重要的前提，是对历史客观存在的尊重。探求历史真实，应当基于诚恳之心。科学学术工作，必须与哗众取宠以炒作获取虚名的心理划清界限。一味地追求历史认识的立异翻新，也许是不可取的。
明代思想家李贽在《史纲评要》卷四《后秦纪》中曾经这样评论李斯关于焚书的上书：“大是英雄之言，然下手太毒矣。当战国横议之后，势必至此。自是儒生千古一劫，埋怨不得李丞相、秦始皇也。”朱彝尊《秦始皇论》也说：“于其际也，当周之衰，圣王不作，处士横议，孟氏以为邪说诬民，近于禽兽。更数十年历秦，必有甚于孟氏所见者。……特以为《诗》《书》不燔，则百家有所附会，而儒生之纷纶不止，势使法不能出于一。其忿然焚之不顾者，惧黔首之议其法也。彼始皇之初心，岂若是其忍哉！盖其所重者法，激而治之，甘为众恶之所归而不悔也。”对于秦始皇“焚书”之背景、动机和直接出发点的探索，还可以进行深入的讨论。但是基本史实的认定，应当是研究的基点。