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余英时将《商君书》看作“战国晚期所集结的”论著。他分析《商君书·算地》中关于“五民”的文字，指出：“最后两类人即是工与商，法家和儒家同把他们看作社会上的寄生虫。”（余英时：《反智论与中国政治传统》，《历史与思想》，台北联经出版事业公司，1976，第22页，第24页）郑良树说：“在《垦令篇》里，他曾经不很有系统地开列了许多抑商的办法：第一，商人不得卖粮”，“第二，提高酒肉价钱”，“第三，废除旅馆的经营”，“第四，加重商品销售税”，“第五，商家的奴仆必须服役”。“上述五种办法，有的是从积极方面着手，如不得卖粮、提高酒肉价钱、加重商品销售税；有的是从消极方面着手，如废除旅馆、奴仆服役，都间接直接地在裁抑商人，减少商人的数量和活动。”（郑良树：《商鞅及其学派》，第172—173页）
祝中熹指出：“细审《商君书》诸篇，有些主张目的在于抑制商贾势力的膨胀……但均未超越危及商业生存的底线。”他的另一意见也值得注意：“《商君书·去强篇》明言：‘农、商、官三者，国之常官也。’显然对商业并不歧视。”（祝中熹：《秦史求知录》，第316页）
《剑桥中国秦汉史》写道：“以他命名的一部重要的法家著作《商君书》由几种材料组成，其中可能没有一种是商鞅写的。但是有的部分，特别是较早期的部分，可能反映了他的思想。”在讨论商鞅变法时，“要考虑到这些困难。”（卜德：《秦国和秦帝国》，〔英〕崔瑞德、〔英〕鲁惟一编《剑桥中国秦汉史》，中国社会科学出版社，1992年，第49页）
我们在思考商鞅变法是否“抑商”的问题时应当对其中政策设定的出发点予以更多的关注。高亨在《商鞅与商君书略论》中肯定商鞅“实行重农重战政策”，却不言是否“抑商”。他对于《商君列传》“僇力本业，耕织致粟帛多者复其身；事末利及怠而贫者，举以为收孥”是这样解释的：“奴隶努力务农，则升为庶民，庶民不努力务农，则贬为奴隶。”“首先是以解放奴隶为赏，以贬为奴隶为罚，来推行重农政策。”（高亨注译《商君书注译》，中华书局，1974年，第9页）对于“事末利”，并没有明确解说。
对于商鞅否定“事末利”的政策，不少学者以为就是“抑商”。傅筑夫说：“末，包括商品生产和商业”（傅筑夫：《中国封建社会经济史》第一卷，人民出版社，1981年，第355页）。范文澜说：“商鞅抑末政策，意在防止商贾高利贷者兼并土地，使秦民专力从耕织与战争中求富贵。”不过，他又认为，“末”的含义比较宽泛，“文学游说之士，属于末一类，不许入秦。”（范文澜：《中国通史》第一册，人民出版社，1978年，第190页）
有学者指出，《商君书》中，“只有《垦令》中谈到对商人的限制措施”。而这是为了避免“他们的势力过分扩张”，“以免损害农战政策”。商鞅的政策倾向是“限商”而并非“抑商”（汤勤福：《商子答客问》，上海人民出版社，1999年，第177—182页）。