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李剑农总结“商君变法之条款，与经济改革有关系者”，第一项即“奖励农业生产，抑制商贾”。他指出：有重农抑商主张并实行重农抑商政策者，“实自商鞅始”（李剑农：《先秦两汉经济史稿》，中华书局，1962年，第120页）。林剑鸣《秦汉史》写道：“‘重农抑商’是自商鞅变法以来秦国一贯实行的国策。”“为保护地主阶级的经济基础，秦王朝继续推行‘重农抑商’政策。”（林剑鸣：《秦汉史》，上海人民出版社，1989年，第140—141页）郑良树说，“无可否认，商鞅是一位重农抑商的极力主张者。”“为了达到重农的目标，商鞅不惜采用各种方法，‘无所不用其极’地裁抑商人及商业活动。”（郑良树：《商鞅及其学派》，上海古籍出版社，1989年，第171—172页）有的论著写道：“商鞅采取种种措施严格限制商业活动，几乎走到了取消商业的地步。”（何汉：《秦史述评》，黄山书社，1986年，第98页）一些以秦经济史为研究对象的论著认同秦“抑商”之说，或以为“由于封建国家实行抑商政策”，商人“在政治上和经济上”“受到不同程度的歧视”（林甘泉主编《中国经济通史·秦汉经济卷》，中国社会科学出版社，2007年，第592页），或以为商鞅“控制商业”的政策即“耕战抑商政策”导致了“秦国的商品经济落后”（蔡万进；《秦国粮食经济研究》，内蒙古人民出版社，1996年，第111页）。以为秦“抑商”的意见，在战国秦汉史研究领域形成了主导性的影响。一些具有教科书性质的著作采用此说。
但是也有一些学者并不认为秦推行“抑商”政策。瞿兑之《秦汉史撰》有关“社会经济”内容中不仅不言“抑商”，反而发表了秦“重商”的评断：“秦之重商。远在穆公以前。”“商业既繁。商人势力益大。进执国政。”（瞿兑之：《秦汉史撰》，杨家骆主编《中国学术类编》单行本，鼎文书局，1979年，第74—75页）何兹全认为：“秦的统一，是春秋战国以来，社会经济，即商品货币关系发展的必然结果。”“商鞅变法以后，秦国的国家权力集中在国君手里，……在旧的社会秩序下没有地位的新的商人贵族可依自己的才能取得政治地位和社会荣誉。当时，东方各国虽然都是秦国敌国，但在这些国家内，代表新的商人贵族阶级的进步势力，却无不以为秦国政府是代表他们利益的政府，各国有才能的人……无不跑到秦国来找出路，帮助秦国完成统一工作。”秦并天下，“货币和度量衡制统一后，又必然反转来促进商品货币关系发展”（何兹全：《秦汉史略》，上海人民出版社，1955年，第5页，第10页）。翦伯赞认为：“新兴的商人地主，首先在秦国获得了政权。商鞅变法，正是秦国历史之新的转向的表现。”“秦自孝公用商鞅变法之后，秦国的政权已经是商人地主的政权，因而秦国的武力，也就是商人地主的武力，从而秦国所收夺的土地，也就是商人地主的土地。”他认为，“城市手工业的发达”是促成秦统一的“一个主要的历史动力”。“因为作为秦国政权之主要支持者的商人地主，正是城市手工业中成长起来的一种新的历史因素；秦代的统一，正是这种新的历史因素之成熟。”秦统一又“创造了商业资本走向全面发展的客观条件”，所以，“（秦始皇）巡行全国各地的时候，到处都得到商人地主的欢迎”（翦伯赞：《秦汉史》，北京大学出版社，1983年，第7页，第25页，第32页，第36页），有的学者说，秦统一后，“（商业）又有了进一步的发展。”“秦始皇为发展封建经济的需要，除大力发展官营工商业外，亦曾鼓励商人经营致富，加以统一货币、度量衡、车轨等措施的推行，使秦代的工商业较前有了进一步的发展。”（王云度、张文立主编《秦帝国史》，陕西人民教育出版社，1997年，第138页，第132页，第144页）
秦对商业和商人之政策的确切内容及其历史文化影响，有必要进行符合历史真实的说明。商鞅一类人物与商贾对于传统宗法社会有同样的不满情绪和破除意向，也许也是应当注意到的。范文澜的意见，“法家一般也代表商贾（地主常兼作商贾）的利益，商鞅抑末是在秦国的特殊措施。”（范文澜：《中国通史》第一册，人民出版社，1978年，第190页）也值得思考。
祝中熹在《秦国商业及货币形态析述》中写道：“战国时期曾普遍流行抑商思想，秦国由于影响巨大的商鞅变法含有抑商的内容而特别引人瞩目。”“很显然，商业的过度兴盛同变法的战略方针背道而驰。”“不过我们必须看到，商鞅的抑商只是重农的辅策，只着眼于防止农业劳动力的分流，意在减少、降低商业的负面影响，而并未从根本上扼杀商业的生命力。”“变法中有些内容在客观上还有利于商业的长远发展，如‘平斗、桶、权、衡、丈、尺’……是政府严格市场管理，建立商品交易秩序，强化国家职能的作为，对正常的商业发展具有促进作用。”（祝中熹：《秦史求知录》，上海古籍出版社，2012年，第311页，第315—316页）