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如何摄取蛋白质，才能防止有害菌增加？
前面讲过，到达大肠的蛋白质，是肠道有害菌非常喜欢的食物。
虽然统称为蛋白质，但肉类含有蛋白质，鱼类含有蛋白质，大豆等植物性食物也含有蛋白质。被肠道有害菌吃下，并释放腐败气体的蛋白质，主要是肉类中所含的蛋白质。 因为植物性蛋白质与动物性蛋白质的构造不同（即氨基酸的构成不同），所以植物性蛋白质被有害菌吃掉，也不会制造出恶臭气体 。
那么，鱼肉中所含的蛋白质呢？同样，如果摄入太多的鱼肉，进入大肠的鱼肉残渣也会被有害菌吃掉，并释放出恶臭的腐败气体。不过，鱼肉中含有一种名为ω-3的有益脂肪，对人体健康有利。所以，适量吃一些鱼肉，比吃其他肉类好。
需要提醒大家注意猪油等动物性脂肪 。因为动物性脂肪也是肠道有害菌喜欢的食物。虽然有的朋友在吃饭时会有意回避肥肉等富含动物性脂肪的食物，但其实很多加工食品中也含有大量动物性脂肪，比如油炸食品、速食食品等。不知不觉中就可能吃下了大量动物性脂肪。长此以往的话，我们肠道内有害菌的比例就会显著升高。
所以，完全不吃动物性蛋白质、动物性脂肪的素食主义者，肠道菌群的比例是比较理想的。至少可以说，素食主义者的肠道环境不会太差。
但是，生活在现代社会中，要想当一个彻底的素食主义者，是不太现实的。而且，摄入太多不溶性膳食纤维的话，反而会造成便秘（见第4章）。另外，与植物性蛋白质相比，动物性蛋白质更容易被人体吸收和利用。
要想让自己的肠道保持良好的状态，其实不必勉强自己去做一个素食主义者，只要适当少吃肉类，多从鱼类和大豆等食物中获取蛋白质，并注意各种营养均衡搭配，就可以打造一个健康的肠道环境。