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科学与人文的冲突及其各自内在的局限，说明单纯一方不可能完成构建完整人类文化的历史使命。人不可能穷尽科学的对象，科学也不可能穷尽人的世界。因此，两种文化和精神的统一是时代背景下的必然选择，也是历史发展的必然趋势。
世界是一个不可分割的整体，科学是对这一整体的探索、理解和描述，这是自然科学与人文科学的共同本质和共同责任。自然科学与人文科学的融合是社会发展的内在要求。由于历史的原因，在相当长的时期，原本是一门具有内在本质联系的科学，被人为地分裂成自然科学和人文科学，将知识分割成互不相关的专业与学科，出现了对愈来愈窄的领域知道得愈来愈多和对愈来愈宽的领域知道得愈来愈少的人，而且两者间应有的合作交流也十分缺乏，以至严重地阻碍了对许多重大问题的探索和解决。这是科学的不幸，也是人类走向未来的屏障。
科学与人文的融合不仅是人类文化发展的必然趋势，而且在理论上和现实上也是可能的。这种可能性以科学和人文的共性和互补性为基础。科学与人文之间具有共性：它们都是人类生活、实践、认识、理解的需要；都受某种哲学思想的支配；具有相同的起源；体现出求实和理性的精神。两类科学家遵从相同的行为规范（时代良心）：对真理的执著追求；将理论交付检验；独立思考和批判；倾听实践和理论的呼声；对批评开放；对人对己忠诚。它们的终极目的都是寻求人类的全面发展。科学的本质是“求真”，人文的本质是“求善”；科学的直接效应是为人类提供物质财富，而人文在更大程度上是充实人类精神家园。二者既有理性因素也有感性因素，可以说“人文是求善的真，科学是求真的善”。
作为人类文化的两个侧面，科学与人文融合的学理基础体现在：第一，科学思维与人文思维的相互交融。科学的思维方式在本质上是理性的。所谓理性，主要指的是合客观性和合逻辑性。人文的思维方式是一种笼统的悟性思维方式，即非理性的思维方式。然而，科学的理性思维与人文的非理性思维并非截然分割，而是相互补充、相互交融。科学思维不是纯粹的理性思维，人文思维也不是纯粹的非理性思维。第二，科学价值与人文价值的相互蕴含。在哲学的视域内，价值是现实的人同满足其某种需要的客体的属性之间的一种关系。科学的人文价值是显而易见的，科学创造了财富，改变了人类的生活，为人类创造了新型的人文价值。人文的科学价值主要体现在人文文化对科学的推动和引导上。人文文化是科学产生的巨大动力，社会需求作为人文文化的价值体现，促进了科学的产生。人文文化为科学活动指引价值方向。第三，科学精神与人文精神的相互渗透。科学精神与人文精神分别源自人类对自然和人事的认识，是两种认识及其成果的精神升华。科学精神倡导以客观事物自身的尺度去度量世界，体现客观性原则；人文精神倡导以人的尺度去度量世界，体现主观性原则。只有同时具有这两种精神，人们对世界的把握才更全面，人类的实践活动才能更自觉。
实际上，面对科学主义的缺陷，一方面，科学主义思潮内部逐渐对其原来的某些原则进行了淡化和修补，不断吸收人文主义的某些思想以应对当前的困境。比如，科学主义思潮中历史主义学派的代表人物库恩用“范式”这一概念及其在科学史上的更替规律来解释科学理论的进步，他认为，科学家共同体的社会的、心理的、历史的因素在科学活动中有着重要的地位和作用。另一位科学哲学家费伊阿本德则淡化甚至取消科学与非科学的界限，认为用固定的观念和法则来定义科学是行不通的。作为一种社会意识，任何非科学形态都有其存在的价值和意义，都有值得汲取的思想观念。科学本身并不完美，在许多方面同宗教、神话等非科学形态一样带有虚假性和欺骗性。总之，库恩之后的科学哲学对于人自身及人的主体性、能动性、创造性和共同体意识等因素有了更多的关注，形而上学问题又悄悄回到了科学哲学家的思想和著作中，甚至在瓦托夫斯基那里堂而皇之地提出了形而上学蓝图论，科学主义中的人文因素日益得到彰显，科学主义与人文主义的融合趋势也更明显，而且愈来愈受到重视。另一方面，人文主义的各个流派为了摆脱科学主义思潮的压制也对科学主义进行了全方位的批判。针对科学主义对科学的作用和地位的彰显和对人的本质的忽视和压制，人文主义哲学家极力弘扬人的本质、人的生命，为人文社会科学的合法地位进行理论上的论证。它们拒绝承认科学主义的凌驾一切的霸权话语，主张消解一切具有特权的传统观念，要求把科学从人类文化的神坛拉下来。
自西方启蒙运动兴起以来，随着宗教神学统治的溃灭，自然科学的振兴，西方社会的工业化进程以空前的速度推进。这一时期，作为科学精神外在表现形态的科学技术所带来的物质生活的变化使人类感到极大满足。在巨大的物质财富面前，人们充分感受到了科学知识所带来的实惠，从而使得人们对科学知识推崇备至。于是，科学知识与人文知识的分离倾向便开始滋长。19 世纪末，德国思想界掀起了一股将自然科学与人文科学严格对立起来的强大思潮。时至 20 世纪 20、30 年代，逻辑实证主义更是把这种对立推向了极端。其结果是自然科学逐渐占据了人类思维的中心，而人文科学的阵地则逐步陷落。这种思潮的影响广泛而深远。它导致了科学精神与人文精神的公开对立，进而造成了人的内在精神世界的单向度发展。我们看到，随着工业文明的到来，科学技术在创造巨大物质财富的同时也带来了环境污染、生态破坏、资源枯竭、人口爆炸等全球性生态危机。人们在分析这些问题的根源时，领悟到科学与人文的分离与对立是导致环境危机的重要原因。这既是科技问题，也是经济和社会问题。比如，当 1997 年英国科学家宣布克隆出世界上第一只绵羊“多莉”的消息后，世界各国反响强烈。消息发布次日，时任美国总统的克林顿立即召见有关专家和政要，要求迅速研究克隆技术在法律和伦理上可能产生的影响。10 天后，克林顿总统宣布，禁止将美国联邦资金用于克隆人技术的研究。一件看似普通的科技信息为什么会引起如此强烈而迅速的反应？如果仅从科学技术本身来说，克隆技术如同其他所有科学技术一样，并没有什么特别让人不安的地方，至少它不会比原子弹、化学武器、洲际导弹更让人恐怖。但是，从人文的角度特别是从伦理学的角度讲，克隆技术的滥用将会产生一系列社会问题。比如，如果将克隆技术用于人类的再生产即克隆人产生，我们将无法定义人的社会关系，无法从血缘和法律上规定他作为人的权利和义务，人将失去个体所具有的天然的唯一性和独特性，人将不再拥有对未知新生命的期待的惊奇和幸福……所有这些问题，不仅是克隆技术本身的问题，同时也涉及法律问题、伦理问题。克隆技术之父——威尔莫特强调指出：也许将来我们不反对在极个别情况下，经过严格的法律程序，或出于人道主义考虑，可以像生产试管婴儿那样克隆人的某些生理器官，但是，我们绝不能滥用克隆人技术去克隆人。科学家应该承担道义上的责任，不要将克隆技术用于“复制”人类。
总之，当今许多问题的解决需要综合运用各门自然科学、各种技术手段和人文、社会科学的知识。因此，两种文化的融合是时代的呼唤。科学求真，人文求善；一切违背客观实际及科学规律的认识与实践必然失败，一切危害人与社会的认识与实践必须制止。然而，科学本身并不能保证自身发展的正确方向，这就需要人文的引导；人文也不能保证其发展的基础正确，保证这一基础正确的是科学。
所以，人文引导科学沿着正确的方向前进，科学为人文的发展奠定坚实的基础。
狭隘的科学观和文化观是导致科学精神和人文精神对立的重要根源。一旦超越它便不难发现，科学精神本身就是一种人文精神，或者更确切地说，科学精神本身就是人文精神不可分割的重要组成部分。在人文精神日趋委顿的情况下，应该大力弘扬包括科学精神在内的人文精神。
人文精神是人类在认识与改造自然、认识与改造自我的活动中形成的一系列观念、方法和价值体系。它们是贯串在科学探索和人文研究过程中的精神实质，是展现科学和人文活动内在意义的东西。
人文精神是包括科学精神在内的以真善美为崇高追求、以人的全面而自由发展为价值关切的现代文化精神。科学精神和人文精神不是矛盾和冲突的关系，而是一个逻辑上的包含关系，科学精神内蕴于人文精神之中。
第一，从科学和“人”的关系看，科学活动的主体是人，其目的是为了人类全面而自由的发展，科学家的理想、境界、人生观等人文因素对科学的发展产生着重要的影响。离开科学所赖以产生和发展的深刻的人文根基来谈论科学及其科学精神，必将导致对科学及其科学精神做最拙劣的实证主义或功利主义的理解。事实上，即使是科学精神所追求的客观性、确定性、严密性和精确性本身，也都是人类在追求知识和真理过程中所树立的一种理想、境界和追求，它们都具有深刻的人文意义。第二，从科学和“文”的关系看，任何科学都是人类文化的一个重要组成部分。人类的一切知识包括科学知识在本质上都是人文知识，科学精神就是广义的人文精神的题中应有之义。第三，从科学发挥作用的条件看，科学只有和人文相结合才能绽放自己的魅力，展现自己的力量。几百年前，英国思想家培根提出了一个举世闻名的观点：知识就是力量。这一观点影响了一代又一代人，在某种程度上，它促进了世界科技的发展与文明的进步。如今进入知识经济时代，知识的重要性更加突出。知识就是力量似乎更是金科玉律。然而，以今天的观点看，“知识就是力量”这句话有值得商榷的地方：知识是否需要一种合理的转换才会变成力量？是否所有的知识都是力量？知识是一种建设性力量还是一种破坏性力量？我们知道，在知识向正确方向起作用的时候，有知识的人就有力量，占有的知识越多就越有力量。但是，我们也看到不少拥有知识的人因为用错了地方而愈加迂腐、软弱。所以，要想让知识变成建设性的力量，就必须用人文精神来统帅知识，明确人类掌握知识的最终目的是为了人类的幸福，而不是毁灭人类的幸福。如果没有一种建设性的目标，知识不仅不会造福于世，而且还可能祸害于人。从这个意义上说，科学知识只有和人文精神相嫁接，才会产生使人类幸福的丰硕果实。
总之，作为科学精神重要载体的科学活动是一项人类的历史性活动，它同其他一切高尚的文化活动一样，充满着人类的激情和理想，承载着对未知世界的梦想和渴望，它与人类自身的前途和命运息息相关。因此，任何科学活动都不是孤立、封闭的，不是可以脱离“人”和“文”而独立存在的。事实上，科学精神的每一粒种子都深埋于人文的泥土之中，科学精神的每一个花朵都散发着人文精神的芳香，科学领域中的每一个活动都表达或体现着人文的理想。
人类进入新世纪之后，人们为了解决科学发展和社会生活中科学与人文对立的“思诺命题”，兴起了一门新兴的STS科学。STS是科学、技术与社会的英文缩写。它是一门研究科学、技术与社会相互关系的规律及其应用，并涉及多学科、多领域的综合性新兴学科。STS科学的兴起，不仅是对科学万能论的否定，而且也是沟通科学精神与人文精神的最佳桥梁。
在 20 世纪 60 年代以前，已经有学者关注和研究STS关系。如，居里夫人、爱因斯坦等科学家，特别强调科学家的社会责任问题。C. P.斯诺则强烈呼吁要对被割裂的科学文化和人文文化进行沟通和融合。但这一时期的STS研究主要是一些STS先驱和学者个人的超前性的理论预见，还缺乏专门、系统的研究。20 世纪 90 年代以来，STS进一步向全球扩展，研究不断深入，出现了实践导向的STS和理论导向的STS。前者主要关注科学技术的负面影响，主张在发挥科学技术积极作用的同时，努力克服科学技术的负面影响，使科学技术真正成为人类的福祉。后者主要致力于从哲学、历史学和社会学的视角，开展科学技术的社会研究，了解科学技术发展的社会过程和机制。这两个学派，分别从社会的科学技术研究和科学技术的社会研究这两个侧面从事STS研究。它们各有长处和不足，但显然是互补的，对整个STS的发展都做出了自己独特而重要的贡献。STS强调科技与社会、物质与精神、科技与人文、人与自然的和谐、协调发展，是一种新的价值观和发展观，又是一种新的教育观、科技观和方法论。这一科学的出现，不仅对当代世界快速、稳定、健康发展和解决生态环境、资源、能源、人口等全球问题具有重大影响，而且将促进科学精神与人文精神的结合，开创人类美好的未来。
在科学技术广泛应用于社会的过程中，人们曾陶醉于科学给自身带来的利益。但是，随着科学负面价值的逐渐显现，科学界开始重新审视科学性能的定位，进而引发了科学的“中性”与“非中性”之争。
“科学中性论”把科学视为单纯的知识体系，认为科学与道德毫无联系。它把科学比做水，认为水蕴藏着巨大的能量，既可载舟船运输、养鱼蟹灌田、令人生活富庶，也可坍堤决坝、水淹城镇、置人于水深火热。就像对水不能作价值判断一样，对于科学也不能作价值判断。“科学非中性论”主张科学与道德密不可分。它认为，科学作为社会文明的产物，特别是作为不同阶级的人及其利益集团的产物，自从来到世间，就与道德休戚相关，就对人类具有双重的道德作用和道德影响。20 世纪初期，人们普遍认为科学是中性的，科学的负面价值是因为对科学的使用不当所造成的。但是，随着原子武器、纳粹人体试验、伦敦烟雾事件、石油危机、基因重组技术、切尔诺贝利事件、温室效应的相继出现，传统的“科学中性论”日益受到人们的冷落，而“科学非中性论”却日益得到人们的青睐。
众所周知，人类发展科学的初衷在于造福人类，使人获得更大的自由与解放。然而，由于科学的不恰当运用，导致了科学的非人性化。在这种状态下，科学开始挑战道德，甚至离经叛道，不再是为人服务的工具，反倒成了统治人、压迫人的异己力量，这种力量反过来剥夺了人的自由，使人从属于它，成了它的附属物。显而易见，正是科学与道德的分离，酿造了科学非人性化的苦酒。这说明科学绝不是中立的，其内容、建制、功能和方法均与社会政治、经济、军事、宗教、文化道德观念等因素密切相关。科学研究也绝不是中立的，科学家进行科学研究必然要受其世界观和道德价值观等因素的影响。科学成果的应用更不是中立的，它既可以造福人类，也可以毁灭人类。
作为一种文化价值观，STS告诉人们：科学家在进行科学研究和科学创造的时候，必须要有科学家的良知，要为自己创造的后果承担责任。科学研究的整体目标和首要任务是造福人类，确保人类社会公正、合理的持续生存和发展。科学家的好奇心必须服从责任心，求真是手段，求善才是最高目标。STS认为，要想避免对科学技术的灾难性使用，仅仅提高科学家个人的道德水准，仅仅在科学家之间达成限制性协议是远远不够的。在当代社会，科学在某种意义上说是一种国家行为，而国家恰恰是不同利益群体的集合体。因此，每一个国家在发展科学的过程中，往往会利用科学的负面作用，制造一些危害他国的技术产品，如原子武器、基因武器、生化武器等。当每个现代国家都以特定的理由故意利用科学的负面作用去“发展”科学时，科学便会发生马克思所说的“异化”，从造福人类变为危害人类。所以制定某些国际道德公约，限制、制裁国家集团滥用危害人类生存发展的科学技术，是摆在全人类面前的一个重要任务。
总之科学精神与人文精神是人类精神文明中不可或缺的因子。如果将社会比作一辆行进的机车，科学精神及其在研究和生产中的应用，则起着发动机的作用。如果没有发动机，机车就会停滞不前；但如果光有发动机而没有制衡器，动力系统非但不能充分发挥作用，而且极易导致灾难性后果。人文精神相对于科学精神而言，就是起到了这种制衡器的作用。正是在科学精神与人文精神的共生互补中，人类社会才一步一步地走向灿烂和辉煌。