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中医学认为人体是表里、内外、上下各部分组织相互协调有序的统一整体。《灵枢·海论》言：“夫十二经脉者，内属于腑脏，外络于肢节。”精、气、血、津液是功能活动的物质基础。人体以五脏为中心，通过经络系统将五脏（肝、心、脾、肺、肾）、六腑（胆、胃、大肠、小肠、膀胱、三焦）、五体（筋、脉、肉、皮、骨）、五官（目、舌、口、鼻、耳）、九窍（双目、双鼻孔、双耳、口舌、前后二阴）等各部分相联系，转运和发挥精气血津液的功能来完成功能活动。临床诊断疾病可根据脉象、症状、体征，以表知里、见微知著，了解脏腑精气虚实、气血盛衰，把握正邪消长变化，从而确定治疗大方向。例如中医学认为肾主骨，骨生髓，脑为髓之海，腰为肾之府，老年人腰酸腿软、健忘痴呆等症可联系“肾”的系统功能及相关经络进行干预治疗；肝藏血，开窍于目，发为血之余，肾藏精，五脏六腑之精皆上注于目，老年人视物昏花、白发、脱发等症可从调补肝肾精血入手；补益肝肾可食用菟丝子、枸杞子、黑豆、胡桃仁、黑芝麻、猪肝等食物。
《素问·宝命全形论》讲：“人以天地之气生，四时之法成。”人体与自然、社会环境的发展变化亦密切联系。人体内脏腑阴阳气血变化与自然界四时阴阳气候变化规律相适应，自然界四时阴阳的变化对人体脏腑生理、病理状态均有重要影响。如自然界的六气“风、寒、暑、湿、燥、火”正常变化时，对万物生长发展有重要积极意义。若气候反常（太过或不及），“六气”变成“六淫”，便成为侵害人体的外感邪气。人体正气不足时，内外相感、正不敌邪则发病。
不仅人与自然有如此紧密联系，万事万物的变化皆离不开自然规律。中医学强调“天人合一”的思想，早在《素问·四气调神大论》已提出四时养生的具体概念：“春三月，此谓发陈。天地俱生，万物以荣，夜卧早起，广步于庭……夏三月，此谓蕃秀……冬三月，此谓闭藏……夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根；故与万物沉浮于生长之门。逆其根则伐其本，坏其真矣。”自然界的变化可在人体生理、病理变化上体现出来，自然气候的变化、昼夜交替、寒暑往来、地理方位都对人体有巨大的影响。因此中医食疗注重“因人制宜”“因时制宜”“因地制宜”。
因人制宜：儿童脏腑娇嫩，形气未充，宜健脾开胃，可食陈皮茯苓糕、山楂糕；老人年老体衰，肝肾亏虚，脾胃虚弱，宜顺气养血，补益肝肾、脾胃，可食枸杞红枣乌鸡汤、山药百合大枣粥；妊娠期间，宜保养胎气，补益气血，健脾补肾，不宜食活血滑利之品；脑力劳动者，宜益智健脑，可食核桃芝麻花生糊、枸杞炖羊脑；长期体力劳动者，宜补肝肾、强筋骨，可食杜仲腰花汤、山药猪蹄汤、板栗炖排骨。
因时制宜：春季万物生发，阳气初升，对应肝属木，宜食春笋、菠菜、猪肝、豆芽，如春笋炒猪肝；夏季阳热外散，对应心属火，宜顺应阳气发散，清热生津，兼顾护中阳，宜食生姜、荷叶、百合、绿豆、乌梅，如酸梅汤、生姜绿豆汤、茯苓荷叶茶；初秋温燥，晚秋凉爽，对应肺属金，宜平补阴阳、润燥生津，宜食杏仁、枇杷、雪梨、松子、银耳，如杏仁枇杷露；冬季寒冷，阳气潜藏，对应肾属水，宜补阴益阳，协调平衡，宜根据体质寒热选择食材，如温阳的羊肉、大葱、韭菜，滋阴的鸭肉、莲藕、木耳，如香菇炖鸡汤、莲藕排骨汤、红枣老鸭汤。
因地制宜：东南沿海，潮湿温暖，宜清淡利湿，可食五指毛桃煮鸡蛋、土茯苓薏苡仁粥、夏枯草陈皮凉茶；西北高原，寒冷干燥，宜温阳散寒兼润燥，可食虫草炖牦牛肉、羊肉炖萝卜。
保持身心健康需要协调人体内外环境、体内各组织之间的平衡关系，保持整体阴阳协调、气血平和。如《素问·生气通天论》所述：“阴平阳秘，精神乃治。”
食疗以五脏为中心，通过食物的性味偏性、功效特性来纠正人体某些方面的不平衡，促进机体自我恢复。乌梅、枸杞子味酸，具有敛阴之功，适用于肝阴不足证；苦瓜、绿茶味苦，具有泻火之功，适用于心肝火旺、火毒炽盛证；大枣、山药味甘，具有补益脾胃之功，适用于脾胃虚弱证；葱、姜、大蒜味辛性温，具有解表散寒之功，适用于肺卫郁闭、寒饮停滞证；甲鱼、海带味咸，具有补肾之功，适用于肾阴虚证。偏嗜五味对人体危害不小，《素问·生气通天论》曰：“味过于酸，肝气以津，脾气乃绝；味过于咸，大骨气劳，短肌，心气抑；味过于甘，心气喘满，色黑，肾气不衡；味过于苦，脾气不濡，胃气乃厚；味过于辛，筋脉沮弛，精神乃央。”
不同食物和药物一样有归经属性，针对不同情况选取恰当的归经食物，有利于提高食疗效果。百合、莲子、小麦归心经；梨、枇杷、甘蔗归肺经；小米、糯米、红枣归脾经；玫瑰花、芹菜、醋归肝经；猪腰、桑椹、黑芝麻、核桃仁归肾经；粳米、萝卜、陈皮归胃经；玉米须、冬瓜、西瓜皮归膀胱经；赤小豆、莴笋归小肠经；豆腐、土豆、荞麦归大肠经。
在古代中医食疗学说中，有以“血肉有情之品”（动物脏腑）来调补人体五脏六腑的“以形补形”说法。如以脏补脏：猪心补养心血，安神定志；鸡肝补肝明目；猪肚健脾益气；腰花补肾强腰。以脑补脑：鱼脑健脑益智。以髓补髓：猪脊髓补益骨髓。以子补子：枸杞子、覆盆子、菟丝子、女贞子、五味子，辨证治疗不孕不育。依据现代科学研究，以形补形有科学道理，如食用猪肝有助于肝脏对于锌、铁元素的吸收。但“形补学说”有局限性，应“师古而不泥古”，如动物内脏胆固醇含量极高，不适宜血脂、血压较高的人群食用。现代社会人体疾病复杂多变，在参考医籍记载的食疗内容同时，还应考虑现代饮食营养科学、人体体质差异、地域气候差异等因素。食疗也应辨别正邪关系，邪气盛则先祛邪，正气虚以扶正为主。
《素问·至真要大论》云：“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”《素问·生气通天论》亦有云：“阴平阳秘，精神乃治。”饮食治疗以协调阴阳平衡为指导思想，通过辨体质、辨证确定食疗方法，通过食物的偏性纠正人体气血阴阳之偏，以药膳的功效来促进人体的自我恢复。食疗调理需要因人而异，辨别体质证候来确定食疗方法。
辨体质，如老年人普遍肾虚，常有腰膝酸软、耳聋健忘等症状，以肾为中心治疗，辨别肾阴虚或肾阳虚，给予滋补肾阴或温补肾阳的药膳。辨证候，如小儿易感冒发热，可以是风寒、风热、食积内热等引起，而阳虚体质小孩易在感冒时出现腹泻、肢冷，阴虚火旺的小孩受外邪后易化热，容易出现高热、惊厥、便秘、手足抽搐等症状。因此需要辨别小孩的体质及感冒的证型，再确定用辛温散寒、疏风散热、退热生津或消积化滞等方法。辛温解表可用生姜粥、葱白汤，阳虚体质可酌加肉桂、干姜；疏风散热、退热生津常用薄荷荆芥粥；阴虚火旺体质宜加天花粉、芦根。病机相同而病种不同，可用相类似的食疗方法，为“异病同食”。例如，中气不足而下陷导致的胃下垂和子宫脱垂，都可用补中益气、升阳举气的方法。
饮食发挥作用离不开脾胃的运化输布功能。调补身体时宜先施健脾补气、开胃消食的食物，再予以食疗补益之品。暴饮暴食、饮食不洁、口味偏嗜等不良习惯皆可导致脾胃功能失调，气机升降异常，湿聚痰生，积滞郁热，变生诸多病症。过食生冷损伤脾胃阳气则寒湿郁积，可导致腹泻、食欲不振、胃痛、痛经等症。过食辛辣肥腻、抽烟嗜酒可导致湿热内蕴，出现腹痛、腹泻、便秘、痤疮等症。脾胃健运才能转输水谷精微，因此在食疗过程中调整好脾胃的功能非常重要。