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在治疗真菌性食管炎之前，一定要弄清病因。比如老何，他的主要病因是控制不佳的血糖，这个时候通过积极地控制血糖，就可以让免疫力逐渐恢复正常。对于肿瘤或其他疾病，也要采取不同的治疗方式，把原发病治好了，使免疫力恢复了，很多问题也就迎刃而解了。
大多数情况下，只要把机体免疫力提高上来，真菌性食管炎可能自己就好了。
但是如果原发病难以治疗或者短期内达不到很好的效果，这个时候就需要进行抗真菌治疗。抗真菌治疗最常用的就是抗真菌药物，但是这些药物存在一定不良反应，主要是伤害肝脏，所以患者在服药时一定要有医生的指导，而且还要定期到医院检查肝功能。
对于滥用抗生素导致的真菌感染，则要根据情况及时停药。有人说与其等到出现严重的真菌感染才停用抗生素，倒不如从一开始就掌握抗生素使用的指征，正确使用而不是滥用它，这才是预防真菌性食管炎发生的最有效方法。
对于真菌性食管炎的患者来说，生活中的自我护理同样很重要。罹患真菌性食管炎意味着你的免疫力很低，这个时候要注意保暖、不去人流密集的地方、多喝温开水，以及注意保持充足的睡眠，千万不能熬夜。
真菌性食管炎患者吃东西的时候尽量别再伤害食管，不要吃粗糙的、硬的、边缘锋利的食物，也不宜进食太多高脂肪食物和辛辣刺激性食物，要选择清淡易消化而且有利于吞咽的食物，不要选择吃下去就感到被噎住的食物。
罹患真菌性食管炎的人也有可能罹患真菌性口腔炎。所以，勤刷牙漱口，注意保持口腔卫生很重要，这样做还能避免把口腔里的真菌孢子咽到食管里面去。