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何氏医家擅长内、妇科疾病的诊治，从现存何氏50余种医著文献看，其中医案专著12部，载医案5000余例，诊治病种50余种。其中内科疾病有四时外感和心脑、肺、脾胃、肝胆、肾膀胱等内伤杂病；妇科疾病有月经不调、带下、胎前产后病等，以及某些五官科疾病，如鼻渊、鼻衄、喉痹等。内科疾病中尤以肺、肝、脾胃病证为多，如咳嗽痰喘、咯血、吐血、痞积、鼓胀、脘痛嘈闷等。此外，虚劳、中风、痿痹等病证亦有不少。
何氏世医最多一代的医生有39人，是第十六世，第十七世也有38人，其时代约为明·隆庆间至清·嘉庆间（约1567—1803），这些医生分处在青浦、奉贤、镇江三地，医治了大量的患者。又何氏重固支系，自二十二世何元长至二十四世何长治（鸿舫），三世4人，其时代约为清·乾隆间至光绪间（约1776—1889），医务鼎盛，救人最多，医学成就辉煌，誉享大江南北（见《福泉山上海历史之源·何氏故居》）。医生诊治了这么多患者，那么当时在江南地区，常见病、流行病是什么呢？从这一时期留存的5部何氏医案著作看，年代跨度约自1690—1889年，多发病种有咳嗽、吐血、肿胀和痞积。
咳嗽、吐血，此吐血症从何氏医案叙述看，大都指咯血、咳血，故当为肺脏病，且以脏腑虚损为要，属虚劳范畴。虚劳一证，可见于因气血、脏腑等正气损伤、久虚不复的慢性疾病中，或因年老体衰所致，或某些具传染性、表现为虚弱证的疾病。虚劳病自古至今均为多发，在明清时期尤为多见，其中不仅有诸如肝硬化、高血压、糖尿病、肿瘤等慢性病所致，亦包括了相当一部分的痨瘵，即结核病，尤其是肺结核病所致。何氏世医面对诸多患者，大力诊治，积累了丰富的实践经验，其中具有代表性的医家是十九世何嗣宗，他擅治虚劳。在其著《虚劳心传·虚劳总论》中认为：虚劳一证总由脏腑内伤所致，且以五脏虚损为主。从其所罗列的肺阴消烁、肾精空虚、相火无制、心神血耗、火易上炎等病理变化来看，五脏阴精亏损、虚火内扰是为虚劳产生之根本。而五脏阴精亏损总由肾阴亏虚，真阴一亏则相火妄动，水不涵木则肝阳亢，肝旺则乘脾土、刑肺金，诸病乃生。
咳嗽、吐血，一方面是疾病发展所致，另一方面与强力负重，挫伤阳络有关，因古代民众体力劳动强度较大，像《何鸿舫医案》中说是“气屏力伤”，多以虚劳调治。何嗣宗《虚劳心传·调治三要》中对虚劳的治法有补肾水、培脾土、慎调摄等三大要，尤其擅于从阴阳平衡、五脏生克之理方面进行治疗，如培土生金、抑木保金、金水相生等理论指导下处方用药。何嗣宗提出的虚劳致病机理，以及主要表现，与二十二世何元长、二十三世何书田、二十四世何鸿舫等医案中所述的咳嗽、吐血病证中相当大的一部分病例类同，治疗既有沿袭，又有各自的独到之处，效果甚佳，颇具特色。
肿胀者在何氏医案中描述的症状多为鼓腹凸肚，满面灰黄，在当时大多是血吸虫病所致的肝硬化腹水，即鼓胀。痞积证，医案中有的记录是疟疾不解，致成疟母，亦有可能是血吸虫病所致，或属脾胃病、肝胆病等。可见当时血吸虫病、疟疾等猖獗区域之广且久。临床上大多先有痞积，后发展为鼓胀，常同时存在。对于此类病证，何氏医家既吸取《内经》和历代医著的阐述，又结合临床实际，提出自己的看法，如《何嗣宗医案》谓肝血虚则木强侮土，土失运化，湿热壅遏而成胀；《何元长医案》说是肝木犯胃；《何书田医案》认为是脾虚不运，肝气郁滞，瘀血内结；二十三世何其超（古心）《春熙室医案》以为是肝脾内伤，气阻水停，累及肺气不利，高源不行，甚则肾阳虚衰，火不化土；二十四世何昌龄（端叔）《何端叔医案》主张中虚木旺，或肝阴与脾气并伤；二十四世何昌福（平子）《壶春丹房医案》提出肝郁脾虚，下焦火衰；《何鸿舫医案》归为肝脾交困。由此可见，脾虚肝郁是主线，可涉及肺气不利和肾阳虚衰，尤其是下焦火衰，由此导致水停血瘀。这些认识与经验的形成，是诸多何氏医家辛勤努力、传承发展的结果。
痞积鼓胀的治疗，何氏医家认为，治宜扶正祛邪兼顾，不宜峻攻，如何嗣宗善用养肝运脾，理气活血，通利水气；何元长喜用分利法，并据证采用开泄、燥土、通阳、温补等法；何书田常用疏肝化滞、燥湿补中、疏和气血、温补滋纳等法；何平子所取治法尤多，然以分清疏理为主治，大多采用虚实兼顾治法，所出鼓胀方（方见内科病证篇，痞积鼓胀节），即以上补宗气，下通六腑为旨；何古心治疗亦以“疏”“补”为大法，如温疏、疏理、疏化、疏通、培补、滋养等；何鸿舫治痞积、鼓胀以肝脾为主，兼顾肺肾，以行气为要，兼以祛水、化瘀。总之，采取和理肝脾、和理气血为主的法则。
中风一证，在古代文献中含义较广，然在何氏医案中，尤其是《何元长医案》所述中风病证以类中风为主，亦有少数为真中风，或有类中前兆者。类中风病机有阴亏而肝阳亢，或肝火夹痰，或下焦阳虚等，总属本虚标实之证。由于类中风属内虚暗风，治当清热、顺气、开痰，以救其标，次当治本，滋阴养血，或益气补阳，或阴阳气血兼治，辅以活血通络以收全功。何氏医家十分重视预防中风，如见足软肢麻、耳鸣头眩等先兆症，或年高气血两衰，或气亏阳弱、血不周流者，或气亏痰盛、肝阳内扰者，主张及时治疗，并叮嘱须开怀调养，戒酒谨慎以防微杜渐。这从当今来看，亦属十分重要。
又如痿痹，虽痿、痹、历节可分为三病证，但均病在筋、骨、肉，临床表现均以四肢，尤其是下肢的经络、肌肉、骨节疼痛，活动不利，甚则痿废为主症，即临床症状可兼有，故何氏医案中常痿痹并称。从何元长《治病要言》论述看，痿痹的形成，一是因风寒湿邪侵袭经络、肌肉、骨节所致；二是病邪痹阻脏腑经络所致的各种病证，如痛风、走注、心痹、肝痹、脾痹、肺痹、肾痹、胞痹、肠痹等病证。总之，痿证抑或痹证、历节，病久则正气亏虚，因脾主肌肉，肝主筋，肾主骨，故痿痹与肝脾肾关系密切。何氏医家治疗痿、痹、历节，总以祛邪通络、扶正疏经为要，初期多以祛邪通络为主，久病则多合以滋养固本。经验之谈，值得借鉴。
妇科病在何氏医著中亦占有一定的分量，诸如月经不调，痛经，不孕，脏躁郁烦，以及胎前产后诸疾，这些都是女科所常见、多发的病证。现存何氏文献中最早见有妇科病诊治的医书是明代十三世何应璧所著《医方捷径》，以及十三世何应豫的专著《妇科备要》。《医方捷径·妇女科》记载了许多妇科常用方剂，其中尤为重要的记载是：“妇人一科有专工，余病皆与男子同，独有胎前并产后，血崩经候滞难通。常使乌陈和气饮，逍遥散服最多功，四物汤中加减用，怀胎凉燥莫交逢。”言简意赅，连同所创的乌陈汤（乌药、陈皮、川芎、甘草、当归、香附、芍药）、和气饮（紫苏、川芎、陈皮、甘草、厚朴、茯苓、荆芥）两方，表达了调和气血、调理肝脾的观点，体现了妇科病与肝脾、气血不和的密切关系，这一理论思想对后辈影响较大。从现存医案看，二十二世何元长以降，诊治妇科病，多从肝脾入手，注重气血的和畅。
如月经不调，《何元长医案》谓月经闭阻，亦属脾不统血；《春熙室医案》认为与冲、任、带脉等奇经关系密切，而奇脉统于肝脾，肝脾内亏，或脾虚肝郁则奇脉失调，经舛带下。又肝脾主气营，营虚气不调，则中空脉络阻滞；《妇科备考·经脉》认为崩漏总因血病，而但以微甚、虚实分辨之。何氏医家治疗月经不调重在调益血气，调和肝脾，《何元长医案》中治月经闭阻擅用建中养血法；《何书田医案》中治疗月经不调每以调冲任、疏肝络为主；《壶春丹房医案》中常用健脾疏肝法；《何鸿舫医案》中则擅从疏肝清营，和肝滋化入手，兼以益脾。对于崩漏不止，《妇科备考·经脉》谓“治此之法，宜审脏气，宜察阴阳。无火者，求其脏而培之、补之；有火者，察其经而清之、养之，此不易之良法也。”何时希《医效选录》中治经闭、不孕案，治疗虽以因证施治为主，但调经、补气血、活血、和阴阳等治法是共取而不可或缺的。何镇《本草纲目类纂必读》卷三载：泽兰为女科常用，调经通血脉，破宿血，使子宫清洁，自能调经结孕。此说甚有理，在古代能认识到子宫清洁始能怀孕，实属高明，乃临床经验之结晶。
对于胎前病，诸如妊娠呕吐、胎动胎漏、子肿子满，甚则子烦子痫等病证，何氏医家均有不少见解和对策。如治恶阻，主张疏利气机，调和肝胃，《医方捷径》创制乌陈汤、和气散，用药轻灵，安和母体与胎儿，并认为寻常亦可服。何元长治妊娠呕恶，擅用甘寒泄热，滋阴养胃。何时希治疗以补中气、安胃气、固胎气为大法。治胎漏，止漏安胎是治疗原则，何时希喜用补中益气升提，合以补肾固充奇经法。《本草纲目类纂必读》卷三有载用药经验，如牡丹皮凉血，不伤脾胃元气，且有滋肾降火作用，胎前可服，产后专医。苎麻根擅于安胎止漏，并能行滞血。《伤寒纂要·热论》谓：“妇人妊娠，劳伤胎动不安，或下血，治宜疏气，不宜止血，瘀血去则血自止。”亦为经验之谈，可鉴。治子肿，何时希《医效选录》常以白术、茯苓为主药，且剂量重用至四两或六两，以运脾利水，这既是古人的经验，亦是何时希所赞赏和亲历的效验。
关于产后病，如产后发热，产后腹痛，何氏医家治疗首先据证，同时顾及产后的特点，因产后多虚，尤其是阴血亏虚。如外感发热，则发表不宜峻猛，且解表同时，常合以养血和营，以防伤正。治产后瘀血发热，或腹痛，《妇科备考》治以活血祛瘀，温经退热、止痛，用生化汤。《医效选录·蓐热辨治综述》认为产后首7日以畅行恶露、通行乳汁为第一义。《医方捷径》治产后病注重气血双调，肝脾兼顾，常用自制乌陈汤、和气散以疏利气血，调和肝脾，有益于产妇恢复。《本草纲目类纂必读》卷六载治产后气喘面黑欲死，乃血入肺也，用苏木二两，水二碗，煎至一碗，入人参末一两服，随时加减，神效，同煎服亦可。此类似今之产后肺栓塞，可参可研。
何氏世医诊病无数，因证因病施治，为提高疗效而创立的自制方达50余首。如何嗣宗《虚劳心传》创保阴煎、回生丸、清金散、加味清宁膏、白凤膏、四五培元粉等治疗虚劳。何应璧《医方捷径》创乌陈汤、和气饮调治妇科病。何书田《救迷良方》创忌酸丸、补正丸戒疗鸦片毒瘾。何其超《春煦室医案》载何氏自创方3首，加味六合定中丸治疗暑湿痞胀、泄泻呕吐；绀珠丸治疗怔忡健忘、头眩不寐；茱荜温中丸治胃脘痛。何平子《壶春丹房医案》创鼓胀方专治鼓胀。二十七世何承志《何承志医案》创三奇汤治再生障碍性贫血；金胆片治胆石症。何时希《医效选录》创安金膏治慢性支气管炎、哮喘；三龙三甲汤治肝阳上亢、头痛眩晕；胃痛象乌蜜方治胃脘痛；开音丸方、开音简方治咽炎失音；自制羚珀散、羚羊角汤治子痫；还有养心通脉祛脂茶等。十三世何应时《何氏类纂集效方》中载自制方23首，诸如七红丸治胃脘疼，诸气痛；天香快气丸治痰饮类膈气、噎病；镇怯丸治相火虚炎，厥逆冲突；秘方噙化丸治久嗽不止；澄源固本丸治痰饮；鹿胎丸治精气虚损，眩晕耳鸣，梦遗精滑；琥珀镇心丹治神志失守，癫狂谵妄等。这些自制方中富含了何氏医家的诊疗经验和心得，疗效甚佳。
何氏世医对药物的功效主治，时有新的见解和使用经验。如荷叶常用新鲜之品，以解暑清热，滑石利水渗湿，清热解暑，合以甘草名六一散，何氏医家常用荷叶包之入药，清暑功良。桔梗有泻热、散寒邪、提气血多种作用，可通过配伍来达到，如配以辛温发表药则散寒邪，配清热药则泻热；欲治上部或肺部疾，则加入桔梗有提诸药到达病所之作用。如何元长认为，治头痛方药中需加用桔梗，以开提诸药上行，且多以风药治之，因高颠之上惟风可到，宜选用味之薄者阴中之阳，取其自地升天之功；咳病属上焦，故用桔梗为舟楫之剂，能引药上行达于高处。何镇认为玉竹能去黑䵟，故对面部色斑有治疗作用；何书田谓可用于祛湿热而补脾虚。何时希认为琥珀通过配伍，可取得多种功效，如从镇坠药则安心神；从辛温药则祛瘀生肌；从淡渗药则利窍行水。此外，如防风不仅泻肺且泻肝；薄荷搜肝抑肺；天麻通血脉、疏痰气等，均为经验之谈，并得以传承。
药物产地、品种不同，则功效有异，这方面何氏医家亦有不少见解。如何镇《本草纲目类纂必读》卷一中论独活、羌活，他认为产地是关键，其气味、形色悉由地变，气味既变而主治自是有刚柔之异。又桂的种类较多，入药常用菌桂，官桂品质较好。何应璧《增编药性赋》谓厚朴须川中产，厚有紫油者佳；山栀宜取形紧小者；雷丸白者良，赤者有大毒，能杀人；乌药惟天台者为胜。此外，对于药物的禁忌和注意点亦有阐述，如《本草纲目类纂必读》卷三中说：附子，性大热、温阳散寒，能回阳救逆、拯危为安，然有毒，俗医不知，妄称补剂，日相习用，而伤人无算。然他亦列举数个久服且剂量较大的患者服之有益无害的例子，说明附子毒性与否可能与脏腑所禀之偏，或地气风土有关，不可一概而论。又如龙胆草之类大苦大寒之药，过服恐伤胃中生发之气，反助火邪，亦久服黄连，反从火化之义，《别录》云久服轻身，不足信也。何嗣宗《何氏药性赋》云川芎能通肝，但易走泄真气，不宜单服等。并认为凡补药、涩药必佐之以利气，故可配用陈皮，这对后辈医家颇有影响，不乏为喜用陈皮的依据。
何氏医家对于药物剂量的把控颇有特色。如《何嗣宗医案》载一病案：胃能纳食而脾不能运化，导致痰浊内阻而见呕吐，治疗重在扶脾，脾气健运，痰浊自去。方以四君子汤加橘红、枇杷叶，方中人参剂量由一钱渐增至五钱。并用结气丸，人参一两，橘红四两，每日开水和服一二钱。第二料起用人参二两，橘红三两，直至人参增至四两，橘红减至一两。从药物剂量的递增递减用法，可见何氏用药讲究药物功力与病情的适应性，以逐渐达到治疗目的。此法在何书田《救迷良方》戒烟方中亦有应用，采用忌酸丸与补正丸递减递增服用，直至纯服补正丸，至此烟瘾尽除而愈。
对于药物的炮制，何氏医家十分重视，因为炮制得当与否，不仅降低药物的毒性，还可提高疗效，故常因证制宜。如何首乌、茅术等炮制过程的九蒸九晒。地黄的炮制有多种，若痰多，用海浮石粉炒，或蛤粉炒；若脾虚纳少，用砂仁炒；若肾虚，用青盐炒；气逆用沉香炒；若心虚心悸用牡蛎粉炒。何嗣宗《何氏药性赋》谓：知母清三焦之火，不同的炮制可增疗效，如上行酒浸，下行水拌。山栀炒用止衄吐，泡酒用可凉肺胃。柴胡外感生用，升气酒炒，汗、咳蜜炒。吴茱萸治呕吐，用黄连炒；治疝，用盐炒；治血分病，用醋炒。茴香酒用入肾，盐用暖丹田。牛膝生用下行，入补酒浸。酸枣仁治疗多睡，用生；不眠用炒。何镇《本草纲目类纂必读》卷一中谓：当归如欲行表，洗片时；行上部，浸一宿；体肥痰盛，用姜汁渍，而经姜、酒浸制后，当归之流滑致泻弊端可减。此外，桃仁生用行血，炒用润燥。延胡酒炒行血，醋炒止血。诃子治疗久咳、久泻，生用则清金行气，熟用则温胃固肠。豆豉用桑叶、青蒿等同制，称清豆豉，可有辛凉解肌作用；如与麻黄、紫苏等同制，称淡豆豉，则有辛温发汗解表作用等。有些药经炮制可增强功效，如赤石脂宜醋炒，有益气生肌，止血固下作用。琥珀宜煮过，研粉，冲服则效佳。阿胶用蛤粉炒，滋肾养肝，和血补阴。均为何氏医家的心得体会。
总之，何氏医家之所以积累有如此丰富的临床辨证及组方用药的经验和特色，与其擅继承、勤思考、多实践、讲疗效、求创新的思想精神有关，即如十四世何镇《本草纲目类纂必读》卷五中所说的格言：“所谓读本草当明药性，不可徒读其文而不细心体究。”言之确凿，可参可学。