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在《外经微言》中，《命门经主篇》以“命门”为篇名，指出命门内寓真火，乃人身阳气根本，生命活动之原动力。十二经之火得命门之真火方能生化，十二官之职能亦靠命门方能司职，命门为十二经之主。本篇强调“命门属火，宜与火相亲……所谓一阳陷于二阴之间也”，“命门为主，供十二官之取资。其火易衰，其火亦易旺，然衰乃真衰，旺乃假旺”。“一阳陷于二阴”，此乃《易经》坎卦之象。命门属火，其火易衰，火神派鼻祖郑钦安指出“坎中一点真阳，乃人身立命之根”。国医大师陆广莘也认为，命门学说包含了自张仲景以来所发展的“助阳”治疗成就。
众所周知，太阳与地球万物关系密切，地球之光与热大部分来自太阳，如果太阳不再向地球提供能量，万物生命活动将会停止。太阳维系地球万物之生存及发展，太阳活动之强弱，对万物各系统或功能影响甚大。从某种意义上说，万物生长靠太阳。随着空间科学技术之不断发展，边缘学科——日地物理学应运而生。
太阳黑子（sunspot，SS）系太阳表面炽热气体之巨大漩涡，温度大约为4500℃，其比太阳光球层表面温度低，故呈深暗色斑点，然SS较少单独出现，而是成群活动，周期大约为11.2年。SS呈周期性变化，此起彼伏，直接反映太阳活动之强弱。自1755年开始，天文学家对黑子“ê”活动标号统计，以SS最少年为“开始年”，称为“太阳黑子活动极小年”，SS最多年则称为“太阳黑子活动极大年”。太阳活动周期，乃SS数及其他现象之周期变化，其会导致空中气体、地面物质及地球气候之变化。天文工作者将SS观测结果进行合理统计，确定每年及每月SS之相对数，并定期公布。中国近代地理学和气象学奠基人竺可桢立足考古资料及历史记载，系统论证了我国近5000年之气候变迁，得出结论：太阳变动制约地球气象变化，许多长期气候要素亦存在11年循环周期。美国国家大气研究中心亦指出：太阳活动周期与全球气候密切相关，太阳活动高峰期和活动余波均可导致类似“拉尼娜”或“厄尔尼诺”等现象。
随着现代天文学研究水平之不断提升，预测太阳活动已取得长足进展，全世界有15个中心24小时预报太阳活动、收集地球物理参数并及时共享数据，我国北京、南京及云南等地天文台皆参与其中。目前，参与太阳活动研究之团队不断壮大，汇集太阳物理、地球物理、空间物理、气象、水文、通信、农业、生物及医学等科学工作者，以期早日揭开太阳活动之神秘面纱。
《灵枢·岁露论》指出：“人与天地相参也，与日月相应也。”太阳活动与人类健康息息相关。由于人类生殖细胞对太阳辐射极其敏感，男性精原细胞尤为显著，因而，处于太阳活动异常期受孕之胎儿极易畸形；若孕妇处于太阳活动高峰期，发生早产及流产的概率显著提高。此时出生之婴儿，体质相对虚弱，生长发育迟缓。有研究表明：当太阳活动处于高峰期，尤其是太阳大耀斑磁爆后第1天，发生冠心病或猝死人数显著增加。因此，这一天亦有心血管系统疾病“致命日”之称。
《道德经》指出：“有物混成，先天地生。寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆，可以为天下母……故道大，天大，地大，人亦大。域中有四大，而人居其一焉。人法地，地法天，天法道，道法自然。”经文指出，最原始的物质是处于混沌状态的，浑然一体，最先分离产生出的是宇宙天地。伏羲的先天八卦有“天地定位，山泽通气，雷风相薄，水火不相射，八卦相错”之论，这是对宇宙天地本质的表达，以“乾坤”两卦为主。文王的后天八卦则是对宇宙天地自然的认识方法，以“坎离”为主。“坎离”为“乾坤”所生六子之二。“乾卦”降于“坤卦”，则为“坎卦”；“坤卦”升于“乾卦”，则为“离卦”。“离卦”为日，为火，“坎卦”为月，为水，坎离交合，水火既济，生命随之产生，生命之长、壮、老、已亦因其变化。
《素问·宝命全形论》指出：“人以天地之气生，四时之法成。”《素问·四气调神大论》进一步阐释：“夫四时阴阳者，万物之根本也，所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。”如果说万物生长靠太阳，那么人类健康守命门。命门是人体的生、长、壮、老、已之门。命门是人体生命的根本，先天之气所在，气化的本源，从某种意义上说，命门是人体的“生命之门”。世界卫生组织在《迎接21世纪的挑战》报告中明确指出：“21世纪的医学，不应该再继续以疾病为主要研究对象了，而应当以人类的健康，作为医学研究的主要方向。”国医大师陆广莘认为：万物并育而不相害，与万物沉浮于生长之门，这是中医学的人类健康生态目标模式。
国医大师陆广莘认为命门学说探索了基本生命过程及其功能调节枢纽，是体内生理和抗病功能调节枢纽的理论概括。命门禀之于先天，是人类长期种族发展的产物，它保证了各器官执行其正常功能和抵御疾病的能力，故为“守邪之神”和“生生之本”。余晓琪等认为命门对卫气的运行有被动调节、主动调节和合气嗣续3种基本调节方式，从而使卫气在周身的运行随昼夜变化而有相应的侧重与差异，其合气嗣续的功能又使卫气在不断被消耗的过程中能及时地得到补充和给养，它对于保证机体生理活动适应外环境的变化有相当重要的意义。
任艳玲等从中医学角度探究命门之源流，提出生命的调控中心不在心而在命门，认为人体十二官的功能活动受命门调控，五脏乃至全身阴阳受控于命门的阴阳，命门之火是人体生命动力系统。从西医学“神经-内分泌-免疫”网络角度看，调节命门阴阳可能改善了紊乱的“神经-内分泌-免疫”网络而对各系统疾病发挥治疗作用。明代赵献可在其著作《医贯》中提出命门（太极）水火五行调控学说，把这种调控思想深入到人体发生学领域。
亦有学者指出，命门学说不仅从人体系统的有序、稳定来认识人体和疾病，还把人体五脏系统的有序、稳定理解为生命体“自组织”的状态和结果，非常深刻地表达了人体系统自组织原理的基本思想。