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目前，国内学者研究《外经微言》的公开出版物有2种：《外经微言》《陈士铎医学全书》（首篇为《外经微言》）。公开发表的与《外经微言》相关的论文有16篇，其中有2篇略述“命门”。笔者尚未检索到国外有关《外经微言》研究的报道。本书的学术成就体现在以下几方面。
“命门”一词最早见于《灵枢·根结》。在《黄帝内经》162篇中，共提及命门6次，都是指“两目”。《外经微言》81篇中有10篇提及命门，有3篇专题阐述命门，有2篇以命门为篇名，共提及命门94处。《外经微言·命门真火篇》指出：“命门为十二经之主，《素问》不明言者，以主之难识耳。然不明言者，未尝不显言之也，无知世人不悟耳。经天师指示，而命门绝而不绝矣。秦火未焚之前，何故修命门者少，总由于不善读《内经》也。”《外经微言》对《黄帝内经》的“命门”做了详尽的阐述和发挥，丰富与发展了《黄帝内经》的命门学说。“总由于不善读《内经》也”，一语道破了中医治学的门径与误区，至今仍振聋发聩，回味无穷。
1.“五脏皆由命门所主” 在《黄帝内经》中，五脏之中，谁主调控？有3种不同观点，即心主调控（“心者，君主之官也，神明出焉”，“心者，五脏六腑之大主”）、脾主调控（“脾者，土也，治中央，常以四时长四脏”）、胆主调控（“凡十一脏取决于胆”），以致后世医家对此众说纷纭。总体而言，历代医家大多倾向于“心主调控”。
《外经微言·命门经主篇》指出“以心为主，此主之所以不明也；主在肾之中，不在心之内”，主张肾中之命门为十二官之主，五脏六腑皆仰望于命门，倚之为根。心得命门则神明应物，肝得命门则可谋虑，胆得命门则可决断，胃得命门则可收纳，脾得命门则可转输，肺得命门则治节有序，大肠得命门则可传导，小肠得命门则可布化，肾得命门则可作强，三焦得命门则可决渎，膀胱得命门则可畜泄，认为“有此主则十二官治，而主不明则十二官危矣”，提出“五脏皆由命门所主”的新观点。
2.命门为十二经之主 《外经微言·命门真火篇》云：“命门为十二经之主，不止肾恃之为根，各脏腑无不相合也”，“十二经之火，皆后天之火也。后天之火非先天之火不化”。陈士铎提出命门为十二经之主，这是对《难经》“三十六难”与“八难”论述命门学说的传承与发挥。《难经·三十六难》云：“命门者，诸神精之所舍，原气之所系也。”《难经·八难》云：“诸十二经脉者，皆系于生气之原。所谓生气之原者，谓十二经之根本也，谓肾间动气也。”
命门乃生命之门，内寓真火，为人身阳气之根本，亦为生命活动的原动力。十二经之火气皆赖肾间动气，即命门真火所养，命门乃其根本。十二经之火与命门之火，有先后天之别，十二经之火得命门之真火才能生化，十二官之职能亦靠命门方能职司分明。人之康健，离不开后天十二经火气的和调，更离不开先天命门火气的濡养，恰似木秀于林，枝干繁茂，离不开根本坚固。
3.命门为水火之府，内藏先天阴阳 陈士铎指出“命门为水火之府也，阴阳之宅也”，主张人虽生于火，却养于水。他提出肾火为无形之火，肾水为无形之水，无形之火能生无形之水。因此，“火不藏于火，转藏于水”。此外，陈士铎提出“肾脏之水火处于无形，乃先天之水火”，命门与两肾之水火互根互藏，为人身水火之源。《外经微言·小心真主篇》载有“命门水火，实藏阴阳”，后天之阴阳藏于各脏腑，先天之阴阳则藏于命门。
陈士铎认为，命门虽属火，却偏居于肾以亲水气，并与水互根互用，火非水不藏，无水则火沸，水非火不生，无火则水绝。他认为水与火两相生而两相藏，“五行得水则润，失水则损”，不再将五行之水火简单地归为相克关系。
尽管《外经微言》不是研究命门学说的专著，但书中或提及命门，或专题阐述命门，或以命门名篇，应用命门理论阐发人体生理病理变化可谓无处不在。
1.命门之火宜补不宜泻，必须于水中补之 命门水火为先天之本，源自父母之精，常患其不足，故命门病证以虚损居多。十二经得命门之火方能生化，若命门之火虚衰则供给十二经之火匮乏，生化失权，百病丛生。因此，陈士铎提出命门之火宜补不宜泄，且宜温补。由此还提出“修仙之道无非温养命门耳”，倡导应以“养命”“温命门”为养生治病之关键，同时强调，对于命门火衰的治疗不可一味温补，此为变。
《外经微言·命门经主篇》指出：“命门为主，供十二官之取资。其火易衰，其火亦易旺，然衰乃真衰，旺乃假旺。”先天之火非先天之水不生，补火而不济之以水则火益微。《外经微言·命门真火篇》认为，命门水火虽然不全属于肾，亦不全离乎肾。各经水火均属后天，肾中水火属于先天。后天之火容易旺，先天之火容易衰。命门火衰，必须补火，而补火必须补肾，又必兼水火补之，命门之火可旺而不可过旺。火之过旺，乃因水之过衰。水衰不能济火，则火无所制，必焚沸十二经。治疗不当，不但不能受益，反而受损，因此，补火必须于水中补之。水中补火则命门与两肾有既济之欢，分布于十二经则无未济之害。水火相济，方能生化无穷，疴疾自愈。
2.补益命门的系列方药 陈士铎以前的本草方书对补泻命门的方药缺乏归纳，偶尔散见于部分著作中，并不系统，他通过临床实践，对此进行系统整理，形成系列补泻命门的药物与方剂，使之自成体系。这在其所著《外经微言》《本草新编》《石室秘录》《辨证录》中均有记载。
补命门的药物有淫羊藿、肉桂、补骨脂、附子、胡桃、巴戟天、人参等；泻命门的药物有山茱萸、石斛等；入命门的药物有阳起石、海马、九香虫、覆盆子、沉香等。直接温补命门的方剂有参术附桂汤、逐寒回阳汤、散寒救胎汤、直中阴脏第一方、四神丸、八味丸等；间接通过水中补火疗命门的方剂有引火汤、治下元寒极上喘方、治肾水上泛方、八味地黄汤、直中阴脏第二方、温肾汤、两生汤等。
3.安心利精养生 在养生方面，《外经微言·顺逆探原篇》提出“绝欲而毋为邪所侵也，守神而毋为境所移也，练气而毋为物所诱也，保精而毋为妖所耗也。服药饵以生其津，慎吐纳以添其液，慎劳逸以安其髓，节饮食以益其气”，从“宜”与“忌”两方面把握，体现了其整体辨证的思想。
《外经微言·命根养生篇》篇末附“陈远公曰：精出于水，亦出于水中之火也；精动由于火动，火不动则精安能摇乎？可见精动由于心动也，心动之极，则水火俱动矣，故安心为利精之法也”，体现了其水火既济、安心利精养生原则，而命门补泻方药则为安心利精养生提供了保障。
自《黄帝内经》《难经》对命门的部位、功能论述始，历代医家对命门进行了多方面探索，命门学说渐趋成熟。其标志是从简单的部位描述到功能的概括，再到理论内涵的明晰与学说的构建，最终与生命本源建立联系。
1.建“命门学说公共知识库”以体现传承 传承目前多指名老中医的经验传承。此项传承尚在探索之中，且多有争议，有人甚至认为这条路很难走通。此外还存在一种认识倾向与争鸣焦点。中医传承包括思想的传承和经验的传承，两者有区别又有联系，相辅相成。王永炎院士指出，学术思想必须有理论内涵并能指导临床实践，提高临床防治水平，这样的学术思想才存持久的生命力。它不是单纯的临床经验，但源于一病、一证、一法、一方、一药的诊治经验与心得体会，又在此基础上进行高度的抽象概括和理性提升。
以此衡量，陈士铎《外经微言》既包括命门学说学术思想的传承，又有命门诊疗经验的传承，其将历代医家命门学说的主要研究成果综合集成，融入自己的论著中，形成“命门学说公共知识库”，体现的是学术思想的传承；陈士铎把命门学说运用于临床实践与养生之中，并专列补泻命门系列方药，使“命门”这个相对抽象的概念落到实处，与具体应用紧密结合，体现了命门学说指导下的诊疗经验传承。此举堪称中医理论与经验传承的典范，亦可为中医学研究的龟鉴。
2.融“命门学说”百家之长以体现创新 在《辞海》中，“创”有首创、创始之义；“新”指初次出现，与旧相对，有才、刚之义。创新有3层含义：其一是抛开旧的，创造新的；其二是在现有的基础上改进更新；其三是创造性，新意。陈士铎在《外经微言》中对命门学说的创新，属于第2种类型，他融“命门学说”百家之长以体现创新，这符合中医药创新的特点，是在充分传承基础上的创新。
古代医家将命门与人体相火、三焦、心包络、肝、胆、肾、膀胱、奇经八脉等形成协调统一的生理系统。这些观点都是基于个人的体悟与临床经验对命门学说在某一点上的发挥。陈士铎站得更高，他从整体上对命门学说加以把握，从五脏六腑、四肢百骸相互联系、相互为用的角度，提出了“五脏皆由命门所主”及“命门为十二经之主”的创新性观点，使其从既往的部位之争、功能之别、属性之辨，上升到命门学说的理性高度，消弭诸家之争，构建了完整的命门学说“理、法、方、药、用”体系。
近现代医家则从中医整体论角度理解和指导临床，将命门学说融入现代人体遗传、生殖、衰老以及代谢等生命过程，对生命现象和生命本质进行解析，使其更加系统化、综合化、实用化。从某种意义上说，命门学说有望成为中医学传承、创新的突破口与新的知识增长点。