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《四库全书总目提要》载：“好古受业于洁古，而讲肄于东垣。故于二家用药，尤多征引焉。”王好古师承张、李二家，在《此事难知》中说“伤寒之源，非天之伤人，乃人自伤也”，提出伤寒瘟疫的原因主要在内因，强调从“内已伏阴”和“本虚感寒”的角度论述疫疾，完善伤寒三阴证的研究，治疗上尤为重视温养脾肾。王氏总结李东垣对“大头天行”的论治经验，剖析该病乃“天地四时非节瘟疫之气”，“大头痛”经“溃裂脓出”而传染他人符合疫疠的条件，归经于“少阳或在阳明，甚则逆传太阳”，根据肿势所在的经络辨治，在前人的基础上完善了“大头天行”的临床证型及随症加减用药。王好古还对斑疹有独到见解，论述于《癍论萃英》。病因上，他赞同钱乙胎毒之说，指出脏腑内伤亦可致癍证发生；治法上效法钱乙未发时按症定脏，已出则安中通便解毒，不畅则速发加引经药。王好古集易水学派的成就，将头至心、心至脐、脐至足划分为上焦、中焦、下焦，明确三焦的各自范围，用药上立三焦寒热用药体例、三焦分证论治，详细阐释上、中、下焦的寒证和热证用药，亦对气分和血分用药有所阐释，启发后世温病学家的疫病用药，堪为温病两大辨证体系雏形。