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数十年的理论研究和临床实践，造就了王灿晖深厚而宽广的学术功底，形成了独具特色的学术体系。在学术研究中，不仅注重理论的阐发和灵活运用，而且强调研究思路和方法的开拓创新，提倡“务实、求真”的治学态度，在中医学特别是温病学理论和实践的研究中，取得了许多具有较高学术价值的研究成果。现摘其精要介绍于下：
温病的概念和病因学说是温病学体系中的两个基本理论问题。历代医家对其虽有论述，但内容比较简略，且观点也不一致。王灿晖根据传统论述结合现代认识，从理论和实践的结合上，对这两个问题作了比较深刻和全面的阐述，准确地表达了温病概念的内涵，揭示了其本质，精辟地剖析了病因学说的实质精神和实践意义，对完善和丰富温病学的理论体系，作出了重要的贡献。
温病作为一个疾病的名称早在《内经》中就有了记述，如《素问·六元正纪大论》中说：“太阳司天之政……初之气，地气迁，气乃大温，草乃早荣，温病乃作。”《素问·生气通天论》中又说：“冬伤于寒，春必病温。”认为温病是春季发生的一种疾病。后世不少医学著作对此均有论述，如《难经·五十八难》说：“伤寒有五，有中风、有伤寒、有温病、有热病、有湿温。”把温病作为伤寒中的一个疾病，与中风、伤寒、湿温、热病并列。汉代《伤寒论》则把温病作为伤寒中的一种变证。宋代郭雍在《伤寒补亡论》中又把温病作为春季多种外感疾病的总称，其中又有新感、伏邪、疫疠之分。吴鞠通在《温病条辨》中提出了温病有九：风温、温热、温疫、温毒、暑温、湿温、秋燥、冬温、温疟。近代温病学论著则把温病作为多种急性外感疾病的总称。由此可见，在《内经》时期，温病主要是指春季的伏气温病，以后其概念的外延逐渐扩大，包括的病种越来越多，但却始终缺乏准确揭示温病概念内涵的论述，对作为一门学科的研究对象在理论上缺乏准确而全面的阐述，则是不无遗憾的。
王灿晖及其同仁们在长期的理论研究中，分析、总结了前人的诸多认识，结合自己的研究体会，首先给温病下了一个比较全面准确的定义，即“温病是由温邪引起的以发热为主症，以热象偏重，易化燥伤阴为特征的一类急性外感疾病”。这一定义不仅明确了温病的范围，更主要的是强调了温病的本质，突出了其内涵，弥补了前人论述上的不足。王灿晖认为温病是由温邪引起的一类急性外感疾病，其临床表现以发热为主症，病理特征是热象偏重，易化燥伤阴。指出“热象”和“伤阴”是温病的基本病理属性，各种温病尽管致病原因有所不同，发生季节各异，临床表现不尽一致，但都具有上述基本属性，尤其是在温热类温病中表现得更为显著。“热象”是指在温病过程中所表现出的一系列邪热之象，其实质是温邪作用于人体后所产生的多种病理变化和临床征象，在外主要表现为各种类型的发热以及伴随的阳热见症，如舌红苔黄，脉数，烦躁口苦，面赤气粗等。在内主要表现为脏器的功能不调和实质损害，如肺热壅盛，肠腑热结等病理改变。“热象”的产生是邪热作用的结果，而邪热这一病理因素贯穿于温病的始终，并且对温病的发展变化起着主导作用，温病卫气营血和三焦的病理变化以及温病过程中的危重证候如动风抽搐、窍闭神昏、斑疹出血、阴阳厥脱等的主要病理因素都是邪热，因而“热象”这一邪热的标志在温病过程中既普遍存在又非常明显而且占有重要的地位，故王灿晖以“热象偏重”来高度概括温病的这一病理特性。“伤阴”与邪热也有着密切的关系，邪热亢甚必然耗伤人体的阴液，邪热愈重，阴伤愈明显，在温病的各个发展阶段，伴随着邪热的存在都有程度不一的阴伤现象，特别是在温病的后期阴伤的表现尤为突出，所以王灿晖提出“伤阴”也是温病的基本病理属性。由于“热象”与“伤阴”都以邪热为病理基础，故二者有着密切的联系，“热象”能加重“伤阴”的程度，“伤阴”能助长“热象”之势，且在温病过程中“热象”与“伤阴”往往是同时并存的。湿热性质的温病初起虽以“湿象”为主，“热象”和“伤阴”的表现常不明显，但在病变的发展转化过程中，“热象”逐渐加重表现为湿从热化，由湿重于热发展为热重于湿进而湿热化燥，这一过程即是“湿象”逐渐消失，“热象”和“伤阴”之象日益显著的表现。
在概括指出温病“热象偏重”和“易化燥伤阴”病理特征的基础上，王灿晖又进一步具体提出了温病的特点，并加以详细的论述，认为各种温病在致病因素、传播形式和临床表现等方面有着诸多相同性和普遍性。温病之所以不同于风寒性质的外感病，更不同于各种内伤杂病，其根本原因是因为温病有特异的致病因素温邪。多数温病具有一定的传染性，可以通过口鼻等多种途径在人群中传播，在一定条件下，可以引起程度不等的流行。四季气候的不同，地理环境的差异，可影响温邪的形成和传播，从而导致温病的发生和流行具有一定的季节性和地域性。温病的发展多数是由表入里，由浅入深，由轻转重，由实转虚，有一定的发展趋向和过程，其病理变化主要表现为人体卫气营血和三焦所属脏腑的功能失调和病理损害，因而温病的病理演变有明显的规律性。温病的临床表现有特殊性和共同性，一般起病较为急骤，变化较多，传变较快，病情较重。各种温病自始自终都以发热为主要症状，而且在证候表现上较为突出的是热象偏重，同时并具有明显的阴伤见症。易内陷生变是温病临床表现的又一特点，在温病过程中，若病邪较盛，正气不支，邪可内陷而发生各种变证、危证，如病邪深入营血，热盛动血，可导致肌肤斑疹或吐血、衄血、便血、尿血等，病邪内陷手足厥阴则可引起动风痉厥或闭窍神昏，邪热内陷，正气外脱，则可引起气阴外脱、阳气暴脱、内闭外脱等。
温病是多种外感疾病的总称，究竟哪些外感疾病可以归属温病的范围？王灿晖认为：外感疾病根据其病理性质的属寒属热可分为寒性外感疾病和热性外感疾病两大类，其中温热类外感疾病都应归属于温病范畴，许多寒性外感疾病当其在传变过程中寒邪从热而化，病理性质由寒转热后，也可表现出温病的特点，因而温病所包括的病种是很广泛的。关于温病与西医学疾病的关系，王灿晖认为：许多急性传染病都可归属于温病的范畴，但是温病不等同于传染病，因为温病概念的确立，主要依据其病理特征和临床证候特点，而不简单地看其是否具有传染性，多数温病具有程度不同的传染性，但也有不少温病没有传染性，同样的有许多传染病因其不具有温病的特性而不属于温病的范围，即使同一种传染病在其不同的发展阶段，有时可归属于温病的范围，有时则不能归属于温病的范围。如病毒性肝炎在其急性发作期有发热、黄疸等“热象”时多可归属于温病；而在其慢性缓解期病人以全身衰弱为主要表现时则不能归属于温病。所以，王灿晖提出温病主要与西医学中三类疾病有关：其一具有温病特点的多种急性传染病，如流脑、乙脑、伤寒、流行出血热等；其二某些急性感染性疾病，如肺炎、败血症等；其三少数非感染性疾病，如中暑、夏季热、亚急性变应性败血症等。
学科基本概念的更新和补充，必然伴随着学科的发展和进步。王灿晖对温病概念的论述既有一定的广度，又有一定的深度，全面而又深刻，不仅界定了温病的范畴，更重要的是揭示了温病的本质，强调了温病具有“热象偏重”和“化燥伤阴”两大基本病理特征，从而充实了前代医家只论及温病概念的外延，未揭示温病概念内涵的局面，丰富和发展了温病学的理论，进一步完善了温病学的学科体系。他的论点为更加深入地研究温病理论，探索其实质，指出了方向，同时也有助于从理论和实践上进一步划清温病和其它学科的界限。
温病的病因学说是温病学理论中的一个重要问题，温病之所以有别于其他疾病，就是因为其有特异的致病因素。探讨温病的病因学说，对于揭示温病的发生发展、病理演变和诊治规律具有重要的意义。王灿晖对温病的病因学说进行了深入全面的探析，对其实质精神和实践意义提出了精辟的见解和深刻的认识。
温病的病因学说是建立在“六淫”致病理论的基础上的，风、寒、暑、湿、燥、火“六淫”的原始意义是代表了自然界中异常的可以致病的气候。前人在与温病作斗争的长期实践中，逐步认识到，自然界的气候变化可以对人体发生影响，与温病的发生有着密功的关系。基于这一认识，于是便提出了“外感不外六淫”的病因学说。由于温病具有“热象偏重”的特点，因而又进一步提出了“六淫”化热成温的理论。此后又有人根据温病具有传染、流行的特点，提出了“疫气”、“疫疠之气”、“时邪”等病因学说。所有这些都是依据“天人相应”的观点，对临床进行观察而得出的结论。随着病因理论的发展，对病邪实质认识的深入，人们体会到温病的病因虽然与自然界气候的变化有密切的关系，但二者并不相等，“六淫”的概念逐渐从单纯的气候因素演变为代表自然界的一种致病因素，“六淫”是以六种病邪特性对所有外感致病因素所作的性质归类，并以此命名病邪，“六淫”的确定，除了参考当时的季节、气候状况外，更主要的是根据疾病的临床特点，即“从证测因”。温邪即是“六淫”中具有温热性质的一类病邪，“六淫”中除了“寒”以外，都可以具有温热之性而成为温邪。
对于上述病因学说，王灿晖认为其并未全面而深刻地揭示出病因本质，虽然认识到温病的病因与自然界的气候因素有较大的差异，提出了病因是对临床表现的概括，但并没有阐发病因的实质所在；虽然认识到病因的外部特性即各种病因的致病特点，但并未就其客观实体进行剖析；虽然认识到“六淫”与气候变化有一定的关系，但并未明确二者的内在的具有规律性的联系。因而进一步探求温病病因的本质属性，明确其与自然界气候因素的内在关系，则是温病学研究的一个重要课题。他深入研究了前人对温病病因学说的认识，并在此基础上结合现代微生物学理论和大量的临床观察，对温病的病因学说作了深入细致的阐发。他提出温邪的本质是以病原微生物为基本物质，以季节气候因素为重要条件，以其临床致病特点为研究对象，以揭示病理演变、指导辨证施治为研究目的。只有把几者有机的结合起来理解，才能准确地掌握温病病因的本质。他认为现代微生物学中的病毒、细菌、原虫等病原微生物是导致温病的直接原因，温病的发生主要取决于感染病原微生物的数量和病原体的致病毒力以及其致病属性。四季的气候变化和不同的地理环境对病原微生物在外界的生长繁殖和人体的抗病能力有着重要的影响，一方面季节气候因素是病原体生长繁殖和传播的重要条件，如痢疾、伤寒、乙脑、霍乱、疟疾等传染病的病原体，易生成于夏秋气温较高的季节，并多借助蚊蝇等传播；流感、流脑、流行性出血热、猩红热等传染病的病原体则易生长传播于冬春季节；另一方面四时的气候变化对人体某些系统的防御功能有一定的作用，如冬春季节气候寒冷，容易破坏呼吸道黏膜的内环境，增加黏膜对致病微生物的易感性，夏秋季节气候炎热，消化液分泌减少，杀灭病原体的功能下降，而致肠道传染病易于发生。可见气候因素是通过影响病原体的生长繁殖和机体反应性而发挥其致病作用的。
在提出温病病因的物质基础，明确气候因素在病因学说中所起作用的同时，王灿晖深入研究了各类病邪的性质、形成条件、致病特点，总结了病因学说在中医学中所占的重要地位和发挥的实际作用，提出了温病病因学说的实践意义和实用价值。认为温病的病因学说，是前人根据四时温病的不同特点联系季节的气候变化而作出的理论概括，是建立在临床证候的观察、分析基础上的，因此，其临床意义已远远不限于阐述温病发生的原因而更重要的是指导临床辨证施治。温病的病因学说是在实践中产生，又用以指导临床实践的，可以认为是辨证施治体系中的一个组成部分。其实际意义有以下几个方面：
①揭示发病特点
不同温邪所导致的温病不仅临床表现不同，而且其发病也各具特点，包括发病季节、邪犯途径、起病缓急、演变趋势等都各不相同。如风热病邪导致的风温，多发于冬春季节，病邪先犯上焦肺卫，起病急骤，传变较快，变化较多，易发生逆传心包的危重证候；而湿热病邪引起的湿温，多发于夏秋气候炎热，雨水较多的时节，病邪好犯中焦脾胃，起病较缓，传变较慢，病变往往在气分持续较长的时间。掌握了病因学说就可以对这些不同的特点从理论上予以分析，从而揭示其本质。
②区分证候类型
病因学说的意义不仅是解释不同温病的致病原因，更主要的是区分证候类型。“六淫”温邪致病不但有明显的季节性以及病位的差异，而且还相应地有着特定的临床表现，因此在辨证上就有风热证、暑热证、湿热证、燥热证等之分，这些不同的证候类型主要见于四时温病的发病初期，是临床辨病的主要依据。可见，按病因学说来区别不同的证候类型，实质就是四时温病辨病的基本内容。
③指导立法制方
在病因学说指导下来“辨证求因”，区分证候类型，不仅是为了辨别四时温病，而且也是治疗上立法制方的根据所在，即“审因论治”。正因为风热、暑热、湿热、燥热等温邪致病各有特定的证候表现，所以在治疗上也相应地有疏风散热、清暑涤热、透化湿热、凉润燥热等治法和主方。因此，温病的病因学说既是辨证上“辨证求因”，区分证候的理论依据，又是治疗上“审因论治”立法制方的指导原则。
综上所述，王灿晖对温病的病因学说从其物质基础和实践意义两方面进行了深入的阐发，全面系统地揭示了温病病因学说的实质精神和现实意义，他对病因实质的认识既结合了传统中医学的理论知识又融入了现代医学的知识，是对温病病因学理论的充实和发展，标志着其研究水平在传统理论的基础上进一步深化和提高，达到了一个新的水平。他对温病病因学说实际意义的论述从发病学和辨证施治的角度出发，把握了温病学说的精髓，充分揭示出了病因学说的理论研究和临床运用价值。他融古贯今，中西医理论相互有机结合的研究方法，显示其渊博的理论知识和宽广而活泼的研究思路，为研究和发展中医学理论开辟了新的途径。
卫气营血和三焦辨证理论是温病学理论的核心，对于其证候、病机、临床意义等历代文献均有详尽的论述，但有关运用方面的一些要点和环节，尚缺乏深入探讨和系统的总结。王灿晖对此进行了深入的研究，他提出“研究温病卫气营血和三焦辨证理论，不仅要正确地阐发其固有的含义，掌握证候变化的特点，而且要结合现代研究进展来深化认识，总结各种证候的辨析要点，并在指导临床实践的过程中不断加以充实和发展”。他在辨证学方面的研究成果颇为丰富，现摘要略述几点：
王灿晖认为：卫气营血辨证既是分析病机的理论基础、区分证候的大纲要领，也是识别传变的重要准则和确立治法的主要依据。临床运用时除了掌握其主要内容和基本特点外，明确其辨析要点也是十分重要的，只有这样，才能深刻地认清证候性质，准确地把握变化特点和发展转归，更有针对性地进行诊治。
1）卫分证
卫分证是温病初起常见的一个证型，它既有病情较为单纯而易于辨析的一面，又有证候表现缺少特异性，寒热属性有时区别不明显而易于混淆的一面。对此，王灿晖认为辨析时应注意三个方面。
①掌握主症，明确阶段 主症是指各种温病过程中能够反映其病变本质的主要临床表现，卫分证的主症是发热与恶寒，其中发热是卫气被邪所遏，郁而偏胜，又不得向外泄越所致；恶寒则是卫气郁阻以后，肌肤失于温养使然。两者看似属性相反，本质上实是一致的，都是温邪袭表所引起的卫气功能失调这一内在基本病机在外部的具体反映。然而，只有出现于温病初期阶段的发热恶寒，才能辨为卫分证的主症，若出现于中、晚期，除非重感外邪，否则不能归属，临床如肺炎、败血症等一些患者在高热的同时往往还可出现明显的恶寒，甚至剧烈寒战，此时就不能一概视为卫分证。
②分清性质，排除风寒外感 温病卫分证与风寒外感初起的表寒证，性质有寒热之别，但因均属表证范围，见症又有类同之处。对此，王灿晖认为可通过对相似症状的分析比较，诸如寒热的轻重、口渴与否、咽喉红肿痛与否、舌边尖是否红赤、脉象浮数抑或浮紧等，从病因上分清表证的寒热属性，从而确立卫分证的诊断。
③审察有无里热郁伏及明显的病变重心 卫分证挟里热郁伏，在一些危重的急性传染病，如暴发性流脑、疫毒痢、出血热等常可见到，故应注意辨析，不能仅仅满足于卫分证诊断的确立。大凡挟里热者，除见发热恶寒外，还多见心烦恶热、口渴溲黄、舌红苔黄等内热之象，甚至有肢冷脉伏的假象出现。卫分证作为温病的初期阶段，主要以全身性非特异性中毒反映为主，一般缺乏特异性的症状和体征，但也不能排除例外，且随着病程的发展，一些能反映特异性病位的特异性的表现也有可能渐渐地显露出来。临床如能把证候性质的辨析与特异性表现的观察密切结合起来，则对提高诊断的准确性、早期确定病位重心，实施针对性的治疗，无疑是极有意义的。
2）气分证
气分证是温邪入里，导致气的功能失调而致。王灿晖认为：邪入气分，脏器病变尚以可逆性的功能改变为主，而邪入营血，则坏死性改变较为突出。为“把好气分关”，辨析时应注意以下几点：
①明确病位，区分类型 气分证以气的功能障碍为主要表现，以身热不恶寒、口渴、苔黄、脉数等症状为特点。但气分证涉及的脏腑较多，若仅仅掌握这些基本特点，治疗亦就缺少特异性。从现代传染病学角度看，气分证相当于症状明显期阶段，此期不同病种、不同病位的特异性表现大都先后显现出来，如伤寒的特殊性中毒症状，流脑的头痛项强、频繁呕吐，热结肠腑的腹满、便秘等。故临床只要能掌握它们各自的特点，并将辨证与辨病结合起来，就不难明确病位，区分证型。
②分清邪势外蒸、内郁的不同态势 气分证证候类型较多，然从邪热所表现的态势来看，可概括为外蒸和内郁两大类。外蒸即里热蒸腾于外，多见体表壮热、面红目赤、大汗大渴、脉象洪大等；内郁即里热郁蒸于内，多见发热、口苦、心烦、溲赤等内郁之热见症，其体表热势及蒸腾之象虽不及外蒸为甚，但郁火之象则较为显著。可见两者虽同属气分证，但邪热的态势却并不相同，必须详加辨析。
③辨察有无痰湿兼夹 气分证以热盛津伤为基本特点，但在病程中亦可产生兼夹痰湿的情况，这特别是在邪热逗留气分不解的情况下更易见到，此时可见寒热起伏缠绵、胸闷咯痰、脘痞呕逆、舌苔粘腻等征象。究其原因，除体质因素如素禀痰湿偏重外，乃是由于邪留不解，气机郁滞，气不布津，以致津液停聚而生痰生湿。热邪属阳，痰湿属阴，故治疗不能光着眼于“热”，而应清热与祛痰、化湿、宣展气机同时并举。若一味投寒凉清热之品，气机更为郁滞，反而易致邪热缠绵难解。
3）营分证
“营”为气血之枢纽，介于气分证和血分证之间，此际若能辨证准确，施治及时有力，犹可透热转气，转危为安。王灿晖认为辨证时应注意以下几点：
①掌握证候的早期特点 温病过程中的营分证，在辨证上如能及早发现，治疗上及时有力，其预后是可以大大改观的。营分证早期发现的关键，在于正确掌握能反映营分证内在病机变化的临床症状。王灿晖认为：温病由气入营过程中，其早期的营分见症，多以神志和舌象变化为主，如烦躁不宁、间有谵语、舌质红绛等，这是早期辨识营分证的根据所在，临床如在辨析气分证的过程中，发现上述症象，则提示气分邪热已渐入营。
②重视神志变化的辨察 邪热扰心是营分证的病机特点之一，故神志的异常变化相应地是营分证的主要表现之一，但其轻重程度则有很大差异，这主要与邪热的轻重浅深有关。王灿晖认为：邪初入营，邪势尚不太甚，多表现为心烦不宁、夜甚无寐；一旦营热炽盛，心神被扰程度加剧，则神志见症亦相应增重，而出现躁扰不安、时有谵语之象；若在此基础上而有昏迷倾向，则提示营分之热有内闭心包之势，为邪热较重，病势深入的表现。重视神志变化具体表现的辨察，对于判断营分证的轻重转归意义十分重大，其中特别是对于轻证重证的辨察尤为关键。早期出现的神志变化虽然程度较轻，但及早辨识可为及时治疗提供依据；营热炽盛有内闭心包之势者，则神志变化较重，多表现为昏迷倾向，临床及早辨识这种热闭心包的征象是治疗上采取有效措施，防止邪热进一步内陷闭窍的重要前提。
③辨别证候兼夹 邪热入营，或因前期病变未解，或因体质差异，或因宿疾参与等原因，常使营分证出现各种兼挟之证。王灿晖认为由于此时在舌象上有较为客观的反映，故可作为辨析的重要依据之一。营分证的典型舌象是红绛无苔或绛而干燥，若绛而兼有黄苔或黄白之苔，即为气分或卫分之邪热未解的“气营同病”或“卫营同病”之证；若舌绛上有黏腻苔垢，为兼有痰浊；若舌绛上罩有黏腻，但又似苔非苔者，则系中挟秽浊之气；若舌紫而暗、扪之湿，则又为兼有瘀血之征。所有这些，在治疗上都与单纯的营分证有所不同，必须引起重视。
4）血分证
血分证以血热炽盛，耗血动血，血脉瘀滞，心神错乱为基本病理特点。邪入血分，出血见症明显，根据血分证的临床特点，王灿晖提出在辨析中注意以下几点是非常重要的。
①明确出血部位 出血见症是血分证的主要特点，但其具体表现则不尽相同，除可表现为全身性的广泛出血外，还往往因病种的不同、病位重心有异，而伤络动血的部位有别，从而出现不同部位的出血见症。如暑瘵咯血乃因热毒过盛，络伤血溢所致；春温斑疹紫黑稠密，不仅血热毒盛，还兼有瘀。据现代研究，钩体病肺大出血型，其凝血机制正常，未发现DIC；而暴发性流脑的瘀点、瘀斑，DIC则是其主要病理基础。因此，辨析出血部位，不仅有助于明确病位所在，分清病证类型，而且对于采取针对性的治疗措施以提高疗效，具有非常重要的意义。
②辨析血脉瘀滞的程度 热入血分在形成热盛动血的病机变化过程中，都伴有不同程度的血瘀变化，故在辨治过程中必须加以重视，及时消除这一病理因素，否则便会加重动血变化而致出血难止，因为瘀滞之血阻络，新血便难以归经，以致外溢不止。所以临床辨证不仅要着眼于血热动血症状的辨察，而且还要有意识地诊察血瘀状况及其程度，其中舌象表现、斑疹色泽、出血颜色等是辨察的主要着眼点。此外，对于反复出血而治以凉血止血之剂仍然出血不止者，尤须考虑血瘀的因素。
③注意正气盛衰的状况 血分证在一般情况下是以血热炽盛的实证为主要病变的，但随着病程的发展，可由于瘀热过盛，出血太多而致气随血脱。有关研究表明：温病血分证多伴有DIC形成，此时由于微循环中播散的微血栓，凝血机制障碍以及继发性纤溶亢进，常可导致广泛性的出血，并引起休克的突然发生，这就提示在辨析血分证时，既要看到动血出血的变化，还要密切注意正气盛衰的情况，力争早期察觉，防变于前。王灿晖认为：发热、出汗、面色、神情、气息等方面的动态变化，是辨析气脱的主要着眼点。若在血分证过程中，骤然出现身热下降、汗出淋漓、面色苍白、神情萎靡、气息急促、脉象微细等变化，即为正气外脱的表现。而在其早期多表现为面色苍白、神情萎靡、四肢不温、脉象急促等正气欲脱之象。此际若能及时辨识，并采取有效的防治措施，则可能阻断脱证的进一步发展。
王灿晖认为：三焦辨证内容比较具体，证候典型，病位明确，既概括了温病过程中性质属实的证候，也反映了性质属虚的证型；既有温热性质的病变，也有湿热性质的证候。因此，临床在运用卫气营血辨证时，必须结合三焦辨证，并正确掌握其辨析要点，才能更清楚地认识温病过程中各脏腑病变的特异表现，在病程中所处的阶段和发展过程的动态演变等，从而更深刻地提示温病的本质。
1）上焦病证
邪在上焦主要包括肺与心包的病变，临床辨证除了根据肺与心包的特有表现，结合病程阶段进行辨析外，注意以下环节是必要的。
①分析主症，区分类型 邪入肺经所产生的证候，既有属于表证的肺卫证，也有属于里证的肺热证，两者虽然病变部位都在上焦肺经，但在浅深层次上有表里之分。这种表里差别，不仅是程度上的浅深差异，而且存在着证候性质的差别。因此，正确认识肺经证候的表里界限对于正确阐明病机变化以决定治法具有十分重要的意义。王灿晖认为，辨别表里界限的主要根据是临床的症状和体征，特别要着眼于热势的高低、恶寒与否、出汗情况、咳喘表现、苔脉变化等，同时，结合病程阶段及演变过程分析亦是不可缺少的一环。咳嗽、气喘、咯痰、胸闷胸痛等是体现病位在肺的主要见症，这些见症的产生从总的方面来说都是由于邪热侵肺，肺气失宣的结果，但具体分析其病机又有差异。他认为：邪在肺卫，肺气失宣时一般只见到咳嗽，有痰不多，较少气喘、胸闷。当邪热入里，痰热壅肺时则可见咳嗽气喘，痰多黏稠，胸闷胸痛等。神昏谵语或昏聩不语是心包证的主要见症，温病过程中出现的神志异常常因病机不同而具体情况有异。王灿晖指出，热闭心包证由于清窍被闭，神明活动受堵，其神志异常多为神昏谵语或昏愦不语。若仅见烦躁不宁，时有谵语，则多属热扰心神，如营分证营热扰心、阳明腑实证胃热乘心等。因此，认真分析肺经和心包经的主要症状，是分析病位浅深、病势轻重的关键所在。
②辨察兼证，分析因果 王灿晖认为温病邪在肺经，常因兼夹其他病邪或因其病机变化而形成兼夹证候，常见的有兼湿阻气分、血脉瘀滞、阳明腑实等，热入心包是温病发病过程中的一个危重证候。它不仅病势深重，而且病机复杂，在其形成过程中常兼夹其他证候，其中不少兼证又每与心包证互为因果，相互影响，从而使病情更为复杂多变，如热闭心包证易于动风、易致血络瘀滞、易夹痰浊以及易兼腑实等。因而临床在识得主证的基础上注意辨察兼证，并分析其因果关系，实是正确诊治的一个重要环节。
③观察动态，审视突变 邪在上焦肺卫，虽属病变初起，病势较轻，但有时病情也可发生突变，出现危重证候，如“逆传心包”。对此，王灿晖强调必须注意证候的动态变化，如发热的情况、神志和舌象的改变等，同时还应结合现代医学对疾病发生演变的规律性认识，去判断病证的传变趋势；热闭心包虽邪热内陷病情危重，但其性质尚属实证，诊治正确及时犹可救治，若邪闭太甚，正不敌邪，则可在内闭的基础上进一步导致正气的溃败，而形成内闭外脱的危重局面，不少患者常于此际死亡。因此，王灿晖指出：在辨析心包证时，必须要密切注意因闭致脱的可能发生，而患者的面容、气息、脉象、神情等变化则是临床辨析的要点所在，也是“握机于病象之先”的重要依据之一。
2）中焦病证
中焦的病变一般多见于温病的中期或极期阶段，此际邪实热盛，正气抗邪多较剧烈，病证性质有湿热和燥热之分，同时邪正虚实的消长变化也较迅速。因此，王灿晖提出辨析时当注意以下几个环节。
①明确病证的病位重心 中焦病变包括了脾、胃和大肠的病证，其中阳明胃肠的病变属邪热燥实之证，太阴脾经的病变属湿热之证。临证时除应根据发热、苔脉等一些整体反应进行辨析外，重视胸腹部症状和体征的诊察是十分必要的。如病在阳明胃经者，多见壮热、大汗、烦渴、脉洪大等，一般无明显的胸腹部症状和体征；邪在太阴脾经者，除有身热不扬、苔黄腻、脉濡数外，还有胸脘痞闷、恶心呕吐等中焦湿困之象；邪在阳明肠腑，除有潮热、烦躁、苔黄焦燥、脉沉有力等见症外，还有腹部胀满硬痛、大便秘结等“热结”之象。因此，明确中焦病证的病位重心，实是区分证候类型，正确辨证的关键所在。
②审察证候的演变趋势 邪传中焦阳明胃肠，邪热亢盛，轻者燥胃肠津液，重则耗肝肾真阴。故王灿晖强调应重视对阴津耗伤的辨析，判断病证的传变趋势。阳明胃热属无形之热，里热熏灼，不仅燥其胃津，且壮火食气，加之热迫津泄，往往因汗出较多，元气亦易随之外泄，因而常易在热灼津伤，口燥烦渴的基础上，导致津气俱伤而伴见背微恶寒、脉洪大而芤等，若再进一步发展，甚至还可出现身热骤退、汗出不止、喘喝欲脱、脉散大等津气欲脱，化源欲绝之变。腑实之证耗伤阴液亦为临床所常见，但腑实阴伤较之胃热津伤又有自身的特点，即腑实内结，不仅极易消灼胃津肠液，且阳明大实不通，还可进一步深入下焦克伐少阴癸水而成“土燥水竭”之变。湿热困阻中焦，由于湿性重浊黏滞，其传变相对较慢，然也并不是“久在一经不移”，太阴湿热经过一段时间的困阻蕴蒸后，亦可发生传变。王灿晖总结道：湿热上蒙清窍，可引起神志昏昧；下注膀胱，可致小便不利；内蕴肝胆，可出现身目发黄；外郁肌肤可致发白；湿热化燥，内迫营血，灼伤血络可致斑疹、便血，甚至有气随血脱之变；湿困日久，从寒而化，阳气受损则可导致肾阳虚衰，水湿内停的“湿胜阳微”之证。因此，临床应立足于动态观察，根据其证候变化掌握其演变的趋势。
③分清湿热的偏轻偏重 湿困中焦的病证以身热不扬、身重肢倦、脘痞苔腻为主要临床表现，以湿中蕴热，困阻于脾为病机特点。盖湿属阴邪，热为阳邪，两者虽同处一体，但因其性质相反，故又相互对立，并随人体阴阳体质之不同而有湿偏重和热偏重的不同病机变化。王灿晖认为，脾为至阴之脏，太阴脾的病证多属湿重于热的类型；若在阳盛之体，湿邪化燥而转化成为热重湿轻之证，则病机又以阳明胃热为主。病变初期湿遏热伏，多以湿重为主；病变中、后期湿郁化热，多以热重为主。临床辨证当围绕热象的表现、口渴情况、舌苔、脉象等以区分湿热的孰轻孰重。
3）下焦病证
下焦病证主要包括肝、肾的病变，是指温病后期热邪耗伤下焦肝肾之阴所致的真阴欲竭证候。此时邪热虽然不甚，但虚损甚剧，病势颇为深重。王灿晖提出在辨析下焦病证时当注意以下几个方面：
①掌握临床特点，明确证候性质 下焦肝肾的病变多由上、中焦病变不愈传变而来，多属温病后期脏腑衰竭阶段的病变。故邪传下焦，虽邪势已衰，但真阴枯竭之象十分明显。王灿晖认为辨别这种阴精欲竭为主要病机变化的证候，必须根据其身热颧红、手足心热甚于手足背、口干舌燥、甚至齿黑唇裂、舌绛少苔、脉虚细数等阴虚内热的证候表现，结合病至后期的病程特点，明确其“邪少虚多”的病机性质。下焦病变中的肝风内动是属虚风内动，病变的本质由肝肾阴精亏损，不能濡养筋脉所致，即所谓“水不涵木”。它与下焦热灼真阴证有着内在的联系，即后者是前者形成的基础，前者则是后者发展的结果，辨别时除要抓住真阴耗损的表现外，还须注重对动风抽搐现象的分析。
②区别轻重程度，审察发展趋向 下焦温病的基本矛盾为热灼真阴，肝肾阴损，虽病势深重，但在程度上仍有轻重可分。王灿晖指出：若见身热、心烦不得卧的水不济火，心火亢炽之“虚中夹实”证或临床仅以阴虚内热之象表现为主者，其真阴耗损尚轻；若并见心中大动、神倦、脉虚等阴精不能滋养脏腑，精不养神的表现，则提示阴伤较重。若病情进一步发展，常见的演变有阴虚动风和阴竭气脱两种趋向，前者是由“水不涵木”而进一步造成的虚风内动，后者则是在真阴枯竭的基础上导致心气外脱，辨证时应密切注意患者的神色形态、肢体抽搐的有无、汗出情况、舌脉变化等。
③注意证候兼夹，鉴别相似病证 王灿晖的经验证明：邪入下焦肝肾的虚风内动证，主要见于温病的后期，病机以虚为主，证候表现亦呈一派虚象，但在病程中也可兼夹痰、瘀留滞经脉，阻闭机窍之变，从而出现虚中夹实的病证。这时就须根据患者的具体证候特别是肢体活动和语言表达情况以及苔脉等来进行辨析。另外，在临床辨证中还要注意虚实动风的鉴别，虚风实风证治大相径庭，不能混淆，辨证时除了根据病程阶段、形成特点进行分析外，重视动风抽搐表现上的差异，如抽搐的强度、幅度、频率以及热象、舌苔、脉象等进行综合分析是非常重要的。
以上就王灿晖在运用温病卫气营血和三焦辨证理论过程中所提出的一些思维要点和辨证环节作了初步的介绍。实践证明，临床运用卫气营血和三焦辨证理论，除了要掌握其证候特点以作为辨别证候的客观依据外，在具体辨析过程中，根据各个证候的性质和特点，在思路上明确分析要点和注意环节也是十分重要的，如病变的阶段、病位重心、传变趋势、兼夹证候等，只有这样才能全面地、深入地认清证候性质，准确地把握其变化特点和发展转归，从而更有针对性地进行治疗。
温病是外感疾病中具有热象偏重和易化燥伤阴特点的一大类别，它包括了临床上常见的多种急性传染病和感染性疾病。这些疾病大多发病急骤、病势较重、变化迅速，目前仍严重危害人们的生命健康。因此，认真研究温病的诊治规律，不断提高临床诊断和治疗水平，仍是医学界的一项重要任务。有鉴于此，王灿晖在数十年的教学研究和临床实践中，对温病诊治的思路和方法进行了全面系统的探讨，获得了诸多规律性的认识，取得了显著成效。
王灿晖指出：温病的正确诊断，关键在于正确运用温病诊断的理论和方法进行识病辨证，这不仅需要熟练掌握指导温病诊断的理论基础和临床诊察的具体方法，而且还需要有正确的思路。他根据温病发展的一般规律，对温病诊断过程中进行综合分析、推理判断的思维方法作了较全面的研讨，认为温病虽然病种较多，证候复杂，但诊断的基本思路不外如下几个方面：一是诊断的着眼点主要有二，即辨别四时不同类型的温病和辨别温病过程中的不同证候类型；二是指导温病诊断的理论基础是温病的四时病因学说和脏腑气血的病机辨证理论；三是诊断过程进行综合分析的思路主要在于明确如下几方面的关系，即病邪与正气的关系、病和证的关系、病变部位与全身变化的关系、当前表现与发展传变的关系。
①分时论病，区别类型
温病的特点之一，是具有明显的季节性，即在不同的季节可发生不同类型的温病，亦即不同类型的温病其发病季节有所不同，因此在分类上温病便有四时之分。临床诊断时，明确发病季节是辨别病种类型的主要依据之一。根据四时主气学说，一年四季由于气候变化不同，时令主气各异，因而不同季节因主气异常所形成的致病邪气也就自然有别。温病是外感温邪所致，不同季节所感受的具体温邪有所不同，发生的温病类型有异，于是前人便以此为据确立了四时温病病种划分的概念，并根据不同的发病季节及其主气提出了相应的命名，代表性的如春季的风温、春温，夏季的暑温、湿温，秋季的秋燥，冬季的冬温等。王灿晖提出临床诊断根据发病季节及其主气特点，联系临床表现，在认清病因的基础上明确具体病种类型，这就是温病诊断分时审因，按因论病的辨病诊断过程。并认为辨清不同类型的温病，不仅可为临床治疗的“审因论治”提供依据，而且还有助于掌握不同类别温病的演变过程。由此可见，明确季节的气候变化特点及其与温病类型的关系，对于诊断上的正确辨病、治疗上的“审因论治”，均具有重要的意义。
②辨湿辨热，分清属性
辨清温病温热与湿热不同属性，是临床诊断在分时辨病基础上，对病因的进一步深化和概括。四时温病在病因上虽有风热、暑热、湿热、燥热等之分，但进一步究其属性则不外温热与湿热两大类，亦即温热夹湿与否。夹湿的为湿与热合，有湿有热；不夹湿的为单纯温热而无湿邪。由于湿为阴邪，性近于寒，与热迥异，所以一旦湿热相合，则病机远较单纯温热为患复杂，临床表现亦有显著差异，治疗自然有别。因此，王灿晖认为辨清温病病邪的温热与湿热属性，不仅有助于掌握不同类型温病的演变特点，而且可以使治疗上的“审因论治”更有规律可循。温热大师叶天士在《温热论》中将温病分为温热与温热夹湿和温热夹风两类阐述证治。娄杰更直接了当将温病分为夹湿与不夹湿进行论述，其实质精神均是在辨湿辨热的基础上进行论治。
临床辨别温病病因温热与湿热的不同属性，除了根据发病季节及其气候变化特点进行分析外，辨察临床表现则是一个重要方面。王灿晖认为注意审视起病缓急、热势高低、口渴与否、脉象缓数以及舌苔是否厚腻，是临床正确辨证的关键所在。一般说，单纯温热之邪为患的大多起病较急、热势较高、口渴较著、脉多偏数、苔多偏燥而较少厚腻；而湿热为患者则起病大多较缓，热势不扬、口多不渴、脉象偏濡数、舌苔厚腻，但这种差异主要表现在病程的前期阶段，随着病程的发展其差异也就逐渐缩小乃至消失，因为湿热病证随着湿邪化热，其性质与温热病证也就基本相同了。
③明确病位，分析病机
王灿晖认为：明确病位所在，分析病变机理是温病临床诊断继辨清病邪类型及其性质之后又一重要内容，它是辨别温病证候类型的关键所在。
温病病位所在与病邪类型有着密切的关系。不同病邪侵入人体后所犯的部位有所不同，如风热、燥热之邪初起多先犯上焦肺经，暑热初起则“发自阳明”，湿热之邪多先犯中焦脾胃。可见明确病位不仅是辨别证候类型的关键所在，而且也是审因辨病的重要依据。当然温病过程中的病位所在并不是始终固定不变的，而常是随着病变的发展演变不断变化着的。明确病位，关键在于辨证过程中能识得对提示病位所在具有独特意义的症状和体征，如病位在肺所见的咳嗽、气喘，病在肠腑所出现的腹满、便秘等症。临床掌握了不同病位的特异见症，再结合其他症状进行综合分析，就可在明确病位的基础上得出正确的辨证结论。
王灿晖指出：在明确病位的基础上进一步分析病变机理，是辨证进一步深化的需要，亦是辨证过程所要辨识的主要内容。病变机理是指病邪作用于人体后所产生的病理变化，温病不同病证产生的机理虽各有不同，但就总体而言，一般不外邪正消长、阴阳盛衰、气血虚实等变化，具体则表现为人体在病邪作用下所产生的脏腑气血机能失调和实质损害。因此临床正确运用温病卫气营血和三焦脏腑的辨证理论指导辨证，是准确揭示温病病变机理的前提所在。只有这样，才能正确认识各个具体症状产生的意义，明确症状与症状之间的内在联系，进而达到正确分析机理的目的。
④动态观察，识别传变
温病的特点之一就是变化较多、发展较快，随着病程的发展其病机也在不断地演变和变化，从而形成证候传变。因此，王灿晖认为临床辨证，不仅要根据当时表现分析其证候性质，而重要的还要根据其发展规律掌握动态变化，观察证候传变。温病的证候传变主要表现为卫气营血和三焦所属脏腑的病机演变和转化。因此临床辨证在进行动态观察时，必须以“卫气营血”和“三焦”的辨证理论为准则，以临床表现为依据，对变化中的证候进行分析，从而识别其传变情况。识别传变，可以正确分析邪正的消长变化，对判断病情轻重转归和治疗上正确地因势利导，有效地阻断传变都有重要的指导意义。他还进一步指出，辨察证候的传变主要应着眼于对发热表现、神色形态、舌苔、脉象等动态变化的观察和分析，因为“卫气营血”和“三焦”证候传变反映在临床表现上比较突出的变化就在这几方面。以这些变化为基础就不难识别整个病变的内在变化。
⑤掌握阶段，判断预后
王灿晖认为：掌握病程阶段亦是温病临床辨证的重要依据之一。温病发展过程的不同阶段其病机变化是不尽相同的。即是说，不同的阶段往往有不同的病机变化，从而产生相应的证候。这种病程阶段的病机差异，又与病种类型有着密切的关系。一般说，新感温病初起都以邪在卫表的病机为主，而中期阶段则以里热燔灼气分或营分的病机为多，后期则以肝肾阴精耗伤的病机为常见。而伏邪温病的病机变化则与此不同，初起则以热郁气分或热郁营分的里热郁伏为主要病机变化，发展过程亦远较新感温病变化为多。里热既可由里外达，亦可进一步深入内陷；后期肝肾阴伤则更为多见，且程度尤重。从上可见，明确不同类型温病的病程阶段，对临床辨证正确认识病机有着重要的意义。
正确判断温病的预后转归，亦是辨证所要明确的一项重要内容。一般说温病预后大多良好，但也有少数危重病例出现不良转归，其中除可出现死亡的严重后果外，还有少数可遗留下难以恢复的伤残病症，如痴呆、失语、瘫痪等。因此正确判断预后转归特别是及时分析可能出现的严重转归，对于临床治疗及时采取有效措施阻断发展，具有十分重要的意义。
温病治则的确立、准确地立法制方不仅要全面深入地理解治法的基本原理和运用要点，更主要的是要有清晰明了的治疗思路。王灿晖认为温病治疗原则的确立是建立在对温病病因的审察、病机的分析和证候的辨别基础上的。由于温病具有特异的致病因素，所以在治疗过程中应特别重视祛邪外出的治法；由于温病的病理演变多循卫气营血和三焦病证演变的基本规律，所以温病的治疗必须以正确的辨证为前提来立法制方用药；由于温病具有发病急、传变快、变化多、证候复杂等特点，所以温病的治疗必须随着病证的发展演变，灵活地变化治法方药。
①强调祛邪为第一要义
温病是因感受温邪所致，不同种类的温邪不仅能够引发不同类型的温病，而且决定着其发病特点和病变中的病理演变及证候性质等。病邪入侵人体与正气相争，易于导致机体的正气损伤，在温病过程中由于温邪具有阳热属性则以伤阴尤为显著。此外，病邪的性质、感邪数量的多少、病邪致病毒力的强弱，决定着病势的轻重、病情的发展、预后的良恶等诸多方面。总之，温邪影响着温病发生发展的全过程，是导致温病发生并决定其发展过程的主导因素。因而王灿晖强调指出：“温病治疗第一位的首要的任务就是要有效地驱除病邪”。邪去则正安，邪除则正气易复。祛邪既包括祛除从外侵入的温邪，也含有清除病变过程中继发产生的病理因素，即“第二病因”。在温病过程中常见的继发性病理因素多为“痰”“瘀”等，所以温病治法中的“化痰”“祛瘀”诸法均为祛邪之法。同时在温病治疗过程中，通过“祛邪”调整阴阳的偏胜偏衰，能够使机体恢复于“阴平阳秘”的状态。由此可见，温病治疗中的“祛邪”与现代医学中的杀灭或抑制病原微生物，消炎抗毒的感染疗法概念不尽一致，前者的内涵和外延明显广于后者。由于温病大多发病急骤、传变迅速、变化多端，严重者甚至“一日三变”，故王灿晖提出“祛邪必须及时、有力，必须在病变的早期阶段即选取效著力强的祛邪方药，以使侵犯机体的病邪及时外解而不内传，达到早期治愈的目的”。这种早期、及时、有效的治疗思想不仅突出了温病祛邪的重要性，而且对于控制病情的发展演变，减轻机体的病理损伤，促使病体的康复有着重要的意义。温病治疗过程中用于祛邪的治法方剂甚多，王灿晖认为其中以“汗”“清”“下”“化”比较常用，尤以“清”“下”二法最为重要。
风、暑、湿、燥等不同类型的温邪虽致病各有特点，但均具有温热属性，且都终必化燥化火。在温病发展演变的各个阶段，病证均表现有明显的热象，或为表热、或为里热、或为实热、或为虚热。根据“热者寒之”“温者清之”的治疗原则，临床上清法便成了温病治疗中使用最广泛的一种祛邪方法。王灿晖提出“清热泻火解毒之法基本上贯穿于卫气营血病证传变的整个治疗过程”。邪在气分当予以清气，邪入营血则投以清营凉血，邪在卫分虽主以解表透邪，但清热亦是不可或缺的，如常用的辛凉解表方剂银翘散中的银花、连翘即为此而设。温病后期虽然邪热渐去，但正气未复，出现余热未净，阴液耗伤的证候，治疗在顾护正气、滋阴养液的同时也不能忽视清热祛邪。现代研究证明清热解毒法是有效控制多种急性传染病和急性感染性疾病的有效方法，无论是病毒感染还是细菌感染均可以应用。常见的如肺炎、败血症、流脑、乙脑、流行性出血热、钩体病等，无一不是以清热泻火解毒为主要治法的。
通下法是以通导大便为手段，使机体内的邪热与里实排泄于体外的一种治法。通下法在温病的治疗中虽有一定的适应范围，但是它在治疗中占有重要的地位。明代温病学家吴又可非常重视下法的运用，指出“疫邪首尾以通行为治”。清代柳宝诒也说“温热病热结胃腑，得攻下而解者，十居六七”。王灿晖遵循前人的古训，结合自己多年的研究体会和临床经验提出“通下法是驱逐病邪外达的一个重要方法，不仅可攻下肠腑燥结的粪便，而且具有导泄肠腑郁热、邪毒，驱除肠腑垢浊结滞，疏理肠腑气血运行等作用。因此临床运用不必拘泥于肠腑燥屎之说，凡郁热、湿滞搏结肠腑者均可使用”。并且认为传统所说的阳明腑实可下之证，其病位虽以肠腑为主，但实际上病变已涉及全身，不仅实热壅盛，而且阴液损伤亦很严重。及时运用通下法，不仅可有效地导泄内壅之实热，而且对消除里热所致的全身病变，保存津液均具有十分重要的意义。
温病的治疗在重视祛邪的同时，也从不忽视正气的调养和顾护。王灿晖指出“温病以祛邪为第一要义，并不意味着祛邪是温病治疗的唯一方法，扶正亦是不可缺少的”。因为温病的整个过程就是邪和正相互消长的过程，二者密切相关不可分割，祛除病邪就是为了安正，邪不去则正难复；当然，随着病变的发展正虚逐渐明显而出现正虚邪实的局面时，则治疗就非单纯祛邪所能胜任，而必须祛邪扶正同时并进，至于后期邪退正虚之际，则扶正便自然成为主要治法而居于治疗的主导地位了。
王灿晖还认为温病治疗在强调祛邪、注意扶正的同时，注意脏腑气血机能状态的调整疏理亦是治疗中不可忽视的一环。温病的整个发展过程虽以邪正相争为基本变化，但具体病机则又表现出脏腑、气血的机能障碍，如热邪壅肺的肺气闭郁、热结肠腑的腑气壅滞、热闭心包的机窍堵闭、热入厥阴的肝风内动、热入血分的迫血妄行等，都是在病邪的作用下所导致的脏腑机能障碍或气血运行失常。因此治疗时必须根据其具体的病机参以调整机能、疏理障碍的方药，如宣通气机，调和血脉，开窍息风等，只有这样才能及时有效地控制病情，达到治愈的目的。
②突出“辨证施治”原则的运用
辨证施治是中医学的精髓，是指导临床诊治的基本思想和原则。温病突出辨证论治原则的运用，就是要求治疗过程从立法制方到具体方药的组合运用，都必须以辨证为前提，根据辨证的结果确立治法方药，也即是要在正确运用“卫气营血”和“三焦”理论进行辨证的基础上，针对温病的不同病因、病变过程中的各种证候，确立相适应的治疗方法，选择合适的治疗方剂，然后再根据具体病情的兼夹和变化情况进行药物的加减配合。王灿晖认为：辨证施治理论是中医学在漫长的发展过程中逐步形成并随着医学的发展而不断地充实和深化的，长期以来一直有效地指导着临床实践，所以按“卫气营血”和“三焦”体系辨证施治，仍是目前治疗温病的一个基本原则。但毋庸讳言，辨证施治的理论内容和具体方法必须随着对疾病本质认识的深入而不断发展，临床一成不变地沿袭传统的治疗思路和治疗方药，已不能适应客观实际对不断提高临床疗效的要求。王灿晖结合多年的临床实践体会提出，要提高温病的治疗效果，必须在治法方药上进行发展和充实，而且在治疗思路上要有新的开拓和提高。
温病治法方药的发展，首先要结合现代医学的理论和现代科技手段对传统温病的治法方药进行研究，从而使人们对温病治法方药的认识更加深入和全面。王灿晖认为这种研究主要包括两方面的内容，一为对治法方药的作用原理进行研究，从而揭示其本质。例如对于清法的研究，大量的实验结果表明，清热方药对致病邪气有着明显的祛除作用，表现在对致病的细菌和病毒具有不同程度的杀灭和抑制作用，对抗病原体的毒素，能加速毒素从体内的廓清。同时清热方药能够显著提高机体的抗病能力，表现在能够增强机体抗感染的免疫功能，调节垂体肾上腺皮质功能等，这些结果说明清法的祛邪作用是通过对病邪的直接祛除和提高机体正气的抗邪能力而实现的，也明确了清法与西医抗生素疗法的本质差异。二为对立法制方规律进行研究。进而明确各种治法方药的运用要点。例如，对于清营凉血法的研究，温病学的理论和实践证明，温病的营血分证其病变实质，不仅有显著的营血热毒炽盛征象，而且还有瘀血的停滞和阴血的耗伤等病理因素，因此在运用清营凉血时，除了主以凉营血、解热毒外，还须注意活血化瘀和滋养阴血诸法的配合。其次，在固有温病治法方药的基础上，还须结合现代临床经验和科研成果，补充一些疗效确切的方药，则是充实温病治法方药内容的一个重要方面。近年来清热解毒方药（如蒲公英、板蓝根、半枝莲、千里光、穿心莲、螃蜞菊等）、活血化瘀及扶正固本方药在温病治疗上的广泛运用便充分体现了这一点。
治疗思路上的创新是在突出辨证施治的前提下，结合现代西医学认识运用方药进行辨病治疗。王灿晖提出；要使辨证施治能够卓有成效地结合辨病治疗，必须掌握如下几个环节：其一，辨证施治过程中必须结合现代医学认识，运用现代诊断技术以明确病因诊断，并在此基础上选用经过实践验证对某种病原体确有疗效的方药。温病的病因是温邪，各种温邪虽具有不同的性质、致病特点和形成条件，但其实质乃为病原微生物，所以在其治疗过程中针对特异的病原体选用对其有明显作用的药物确能提高疗效。如温病初起运用辛凉解表银翘散时，可根据具体情况补充一些清热解毒的药物，如蒲公英、板蓝根等，可增强其消灭病原微生物的作用。其二，在明确病原的基础上，还要根据现代医学的认识了解其病理变化和发展规律，因为这样可以在治疗上针对不同疾病的病理变化特点进行配合用药。如临床治疗肺炎，除了选用对肺炎病原体具有独特作用的一些药物，如鱼腥草、金乔麦、虎杖、半枝莲等外，还常配合应用一些对肺炎肺叶实变的病理损伤具有较好改善作用的活血化瘀药物，如桃仁、赤芍之类，这类药物能增加肺部血流量，改善病灶的微循环，抑制炎性物质的渗出，促进“实变”的吸收，因而对于争取疾病的早期治愈具有十分重要的意义。又如治疗乙脑，传统温病学根据其发病季节和临床特点，归属于暑温范围，其一般过程是：初期阶段治疗以清气解毒为主，而后根据其传变情况进行随证施治，只有当邪热内陷厥阴肝经和心包，出现闭窍动风的昏迷抽搐时治疗才可用开窍、息风等方法。近年来有人为了提高本病的临床疗效，有效地控制乙脑过程中痉厥证候的产生，在治疗上进行了早期应用息风法的尝试，取得了较好的效果。这种治疗思路主要是针对乙脑发展过程最终必有动风抽搐之变的发展规律，早期投以凉肝息风之剂，以期有效地阻断其动风抽搐的发生。其三，在辨证施治与辨病治疗相结合的过程中还须注意处理好局部与整体的关系。某一局部的病变往往是全身疾病表现的一部分，全身性病变又多由局部病变引起，而整体机能状况的盛衰又对局部病变有着直接的影响。一般说辨证施治较多地侧重于病人整体的状况及全身表现的观察与分析，并在此基础上立法制方进行整体调治，而辨病治疗除了针对不同疾病的特异病原体进行选药外，还常注重局部病理损伤的改善和修复。如对于急性病毒性肝炎的治疗，辨证施治多立足于对病变的整体观察，判断证候性质的湿、热偏重，阴液、阳气的损伤程度，病变性质的属虚属实而进行整体的论治；辨病治疗则侧重于选择能够有效灭活肝炎病毒和减轻肝细胞破坏，保护肝组织的药物。
③讲究治法运用的灵活变化
温病病情的多变性和复杂性决定了在治疗方法的运用上必须随机应变、灵活化裁。温病学家叶天士和吴鞠通根据温病过程的病机变化和证候特点，分别提出了“卫气营血”和“三焦”证候的不同治法，均充分体现了随证施治灵活变化的精神。王灿晖指出：“运用温病治法在掌握运用原则的基础上，还要注意灵活变化，以适应不同病情和病情不断变化的需要”。温病的治疗是建立在对证候的辨别、分析研究的基础上的，每种治法方药均有其特定的适应范围。由于病证性质既有相对稳定的表现，又有不断发展演变的变化性，所以在治疗过程中既要针对特异的病变阶段和证候确立相应的治疗大法，如邪在卫分当治以解表法，邪入气分则治以清气法；同时其治法方药又要随着证候的演变而变化，如温病初起主以辛凉，但若温病初起兼有寒邪束表者，亦可暂投辛温，表寒得解方可转手寒凉。邪入气分者，主以清气泄热，其中热势蒸腾，散漫于气分者，则应辛寒清气，透热外达；若里热内郁，燔炽于气分者，则当苦寒泻火，直折郁热。即使某些温病在治疗上已总结出特效方药而自始至终均可运用，临床亦须根据病程不同阶段病证候的具体变化而进行方药上的加减配合。只有法不离证，证随法变，法证相符才能达到有效治疗的目的。
温病的发展过程既有一般的演变规律，也有特殊的变化，故温病灵活运用治法方药，还为了适应温病发展过程中特殊变化治疗的需要。王灿晖认为温病过程特殊变化的形成，主要与患者素禀体质、旧病宿疾、感邪特重以及失治、误治等因素有关；在证候上则常表现为实中有虚、新病宿疾兼夹，病变涉及多个脏器等。针对上述的特殊变化的常见治法有如下几种：
邪正合治，年老、病后和素禀体虚之人，感受温邪后常常形成实中带虚的虚实夹杂局面，在治疗时则不能单纯祛邪，而应在祛邪的同时配合扶正之品，以防更伤正气。如素体阴虚而又感受风热病邪者，治以疏散风热之剂配合滋阴之品滋阴解表，既可防汗出而更伤其阴又可益阴以增汗源。
“先安未受邪之地”是温病治疗中治未病思想的体现，素禀某一脏腑特别虚弱的患者，感邪后病邪极易向其虚弱之处传变，为了防止病邪乘虚内陷而导致病情的恶化，治疗时就须在病邪尚未乘虚传入之际于祛邪的同时适当佐以一些补虚之品，培补虚损的脏腑，增强其抗御病邪的能力。如素禀肾水不足者，在病变过程中，阳明的邪热每易乘虚深入下焦肝肾，治疗时，除清泄阳明邪热外，还可适当加入咸寒之品滋养肾阴，以防患于未然。当然这种予护其虚的治疗方法，必须建立于正确把握病变的发展趋势，证候演变特点的基础之上，用药也必须注意分寸，既要达到预护其虚的目的，又要防止因补虚而产生的恋邪之弊。
多证同治，在温病过程中经常可以见到几个不同性质的证候同时存在的复杂局面，这种复杂的局面常表现出病位的多脏腑性，一般典型的证候病位多以某一脏腑为主，病理因素较为单一；而复杂证候病位则可涉及多个脏腑，病理因素也比较复杂，这是温病变化多端，病证复杂的显著表现，这主要是因邪势较重充斥弥漫波及多个脏腑和病邪作用机体产生多个继发性病理因素所致，所以在治疗时就非一方一法所能胜任，而必须根据病变的部位和证候的性质多法并举，全面兼顾。如常见的痰热阻肺肠腑热结证，其病位在肺和肠两处，病理因素有痰热和里实热结两端，且二者相互影响，互为因果，故治疗必须清下合用，以宣白承气汤既清肺化痰又泄热攻下。
兼顾旧病宿疾，不少温病患者素有旧病宿疾，常见的有瘀血、痰浊等，一旦感受温邪发为温病后极易形成新感宿疾并病的局面，在一般情况下应根据“先病为本，后病为标”，“急则治其标，缓则治其本”的原则，以治疗温病为先。如胸膈素有伏痰之人，一旦感受温邪极易与固有的痰浊为伍而形成痰热搏结胸脘之证，甚或产生痰热闭窍的严重变证；又如素有瘀血内停之人，感受温邪后亦极易与宿瘀为伍形成瘀热相结之证，结于上可导致瘀热阻塞心窍，结于下可形成下焦蓄血之证，对上述病证的治疗应在着重祛除温病邪热的同时根据不同的兼证配合化痰或祛瘀之品。
上述温病的诊治思路是王灿晖根据温病的病因病机和证候演变特点而提出的，是指导温病辨证识病和立法制方所必须遵循的基本原则，掌握了这些原则，临床诊断就会目的明确，思路开阔，应变力强，从而使诊断准确，立法确切，选方用药妥当，收到良好的治疗效果。