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王灿晖是国内著名的中医药专家，特别是在温病学领域享有盛誉，温病学说自古以来即盛行于江苏地区，在江苏有着深厚的基础。五十年代期间，在南京中医药大学（当时为南京中医学院）初创之际，王灿晖和孟澍江、沈凤阁等温病学家充分利用这一优势着手创建温病学学科体系，为了适应中医高等教育的需要，他们对古今温病学文献进行了系统的整理和研究，并在此基础上编写了符合高等教育规律的首版《温病学》教科书，首次系统而全面地阐述了温病学的基本知识、基础理论和临床运用，对温病学中的一些疑难问题如新感、伏气学说，伤寒与温病的关系问题等都予以明确的解释，并注重现代的理论知识与传统的中医理论相结合，王灿晖对温病学的学科性质、地位和发展方向赋予了新的认识，使之更加适应现代温病学的发展需要，从传统和现代、理论和实践的结合上阐明了温病的概念，界定了温病的内涵和外延，分析了温病的病因实质，提出了温病辨证论治的基本规律和具体思路方法，丰富和发展了温病学理论，为现代温病学科的创立、建设和发展作出了重要的贡献。自五十年代以来先后主编了1～5版《温病学》全国高等中医药院校统编教材，在各中医药院校使用过程中收到了很好的教学效果，在他们的不懈努力下，温病学科从无到有，从小到大，逐步发展成熟，在全国有着重要的影响，成为首屈一指的重点学科，并于80年代初即先后被国务院批准为硕士、博士学位授予点。后来随着老一辈温病学家孟澍江、沈凤阁教授相继退出教学、科研工作第一线，王灿晖承担起承上启下、继往开来进一步发展温病学科的重任。作为学科的带头人，王灿晖辛勤工作，精心设计学科的发展规划和奋斗目标，他提出温病学科应在文献整理、临床研究和科学实验三方面全方位发展，形成古典温病学、临床温病学、实验温病学三个分支体系。在王灿晖及其同事们的共同努力下，1993年温病学学科被江苏省政府首批批准为省属重点学科，随后又被国家中医药管理局批准为局级重点学科，多次受到省政府和省教委的嘉奖。为了适应研究生研究的要求王灿晖主持编写了《温病学之研究》一书，集中反映了当代温病学各领域研究的新进展、新成果、新方法，于2000年被国务院学位委员会确定为全国唯一的中医学类硕士研究生推荐教材。
王灿晖非常重视临床实践，60年来坚持不懈，长期从事临床工作，积累了丰富的诊疗经验，形成了鲜明的临床特色，不仅在诊治温病方面有着独特的经验和方法，而且在内伤杂病方面也有很丰富的体会，在临床实践中，王灿晖强调基础理论应与临床运用紧密结合，使基础理论能够有效地指导临床实践，在实践中体现其真正的价值，并且在实践中得到充实和发展，而临床实践只有在理论的指导下，才能准确地辨病识证，灵活运用治法方药，从而提高临床疗效。与此同时，王灿晖还主张温病学理论与内伤杂病理论应紧密结合，他认为许多内伤杂病在其病变的某些阶段均可表现出温病的属性，因此在临床上可运用温病的理论分析病机，进而采用温病的治法进行治疗。此外，王灿晖还重视中西医理论和方法相结合，提倡继承前人经验与创制新法相结合。
王灿晖于1994年被评为江苏省名中医，1997年被人事部、卫生部、中医药管理局确定的全国第二批名老中医药专家师承学习指导教师，指导的2位学术继承人以优异的成绩结业。2008年科技部“十一五”支撑计划“王灿晖名老中医临床经验、学术思想传承研究”（2007BAI10B01-033）课题立项，对王灿晖的学术思想和临床经验进行了深入系统的整理挖掘，整理了临床病案2000多份，提炼出临床经验用方6首，撰写了2万字王灿晖临床经验总结报告，1.5万字学术思想研究报告，1.0万字王灿晖成才因素分析报告，摄制了王灿晖临床工作和学术报告的影像资料。继此项目完成后2010年国家中医药管理局拨款50万元启动“全国名老中医药专家王灿晖传承工作建设项目”，于江苏省第二中医院建立了“王灿晖名医工作室”。设立30m 2 面积王灿晖临床经验示教诊室，面积30m 2 的示教观摩室，诊室安装了音像录制和同步传输系统，示教观摩室配备同步传输接收系统，同时还建立了面积70m 2 王灿晖资料室。期间培养了10名硕士研究生，3名博士研究生，发表了多篇王灿晖临床经验研究论文，出版了30万字的专著《王灿晖温病学讲稿》。王灿晖的临床经验分别收载于《中国名老中医药专家学术经验集》和《南京中医药大学中医学专家集》。
王灿晖分别于1992年和1997年连续担任第三、第四届国务院学位委员会中医学科评议组委员，国家中医药管理局研究生工作专家指导委员会成员，江苏省中医药管理局专家咨询委员会委员，为中医学的发展把握方向，开展顶层设计。在担任国务院学位委员会委员期间，多次赴全国各地调研，为中医药学的发展献计献策，强调中医药的发展必须充分发挥自身的优势和特点，重视经典理论对中医学发展的重要指导作用，扭转了一段时间中医药发展轻视经典原著理论的倾向，得到了中医界的广泛赞誉。
王灿晖长期担任国家中医药管理局、江苏省政府重点学科—温病学、中医临床基础学科的学科带头人，为学科的建设和发展作出了重要的贡献，在学科的发展方向方面他提出学科的发展应立足于传统经典理论的基础，借鉴现代科技知识和技术，着力探究学科理论的本质和机理，重视理论对实践的指导作用。1997年被江苏省政府评为“优秀学科带头人”。
为了开展全国中医药防治感染病的学术研究和学术交流工作，多年来王灿晖担任了中华中医药学会感染病分会主任委员，主持中华中医药学会感染病分会的日常工作，多次举办全国性的学术交流活动，为加强全国从事感染病防治工作的有关人员的联系，为全国的感染病防治工作做了大量的工作。特别是在2003年SARS流行期间，王灿晖对“非典”病因病理、辨证论治提出了诸多指导性意见，发表了多篇相关论文。
多年来王灿晖非常重视中医教育工作，承担了本科、硕士、博士等不同层次的教学工作，主编了多部全国统编教材。先后培养了博士研究生30多名，硕士研究生50余名。曾被江苏省教育厅评为“优秀研究生导师”。王灿晖还兼任浙江中医药大学、江西中医学院、天津中医学院等高等中医药院校客座教授，指导各高等中医药院校的学科发展和建设，他还多次远赴中国香港、日本、美国等国家和地区讲学，传播中医药理论，为世界各地的人们解除病痛。
王灿晖分别于1993～1997年、1998～2002年连续担任第八、第九届全国政协委员。他非常重视自己所肩负的责任，积极参政议政，多次不辞辛劳外出考察研究，亲身体验我国社会发展、经济建设的巨大成就和中医药事业发展的现状和面临的挑战，认真提交议案，为国家的社会主义建设和中医药事业的发展献计献策，积极充分地履行了政协委员的职责。
1）1992年享受国务院政府特殊津贴
2）1994年被评为江苏省名中医
3）1997年被聘为第二批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师
4）国家中医药管理局、江苏省政府重点学科（温病学，中医临床基础）学科带头人，学术顾问
5）中华中医药学会感染病分会主任委员、名誉主任委员
6）1992年任国务院学位委员会第三届学科评议组成员
7）1997年任国务院学位委员会第四届学科评议组成员
8）1993～1997年任第八届全国政协委员
9）1998～2002年任第九届全国政协委员
10）2008年科技部“十一五”支撑计划“王灿晖名老中医临床经验、学术思想传承研究”（2007BAI10B01-033）课题立项。
11）2010年国家中医药管理局“全国名老中医药专家王灿晖传承工作建设项目”立项。
12）2015年被评为江苏省“国医名师”。