半保留复制是DNA复制最重要的特征。复制时,亲代DNA双链解开变成两条单链,每条链均可为模板遵照碱基互补配对原则指导合成新的互补链,复制产生的子代DNA拥有与亲代DNA完全相同的碱基序列。在子代双链DNA分子中,一条链是亲代DNA保留下来的,另一条链是新合成的,这种复制方式称为半保留复制(semiconservative replication)。
DNA半保留复制的设想,在1953年James Watson和Francis Crick提出DNA双螺旋结构模型时就已提出。1958年,M.Meselson和F.Stahl利用同位素标记和密度梯度离心实验在大肠杆菌(E.coli)中首次证实半保留复制的方式。将大肠杆菌置于以重氮( 15 N)标记的 15 NH 4 Cl为氮源的培养基中培养15代(每代20~30分钟),使DNA全部被 15 N标记,得到 15 N-DNA。由于 15 N-DNA的密度较普通 14 N-DNA大,经过密度梯度离心后 15 N-DNA下沉,显示为重密度区带。再将这些含 15 N-DNA的E.coli转到含 14 NH 4 Cl的培养基(轻培养基)中继续培养,培养一代后,大肠杆菌形成了一条链为 15 N标记,另一条链为 14 N标记的杂合DNA分子,离心后出现位置介于 15 N-DNA与 14 N-DNA间的一条中密度区带。培养两代后离心,出现中密度和轻密度两条区带(图4-2)。随着E.coli在含 14 NH 4 Cl培养基中培养代数的增加,中密度带保持不变,低密度区带逐渐加宽,研究结果完全支持DNA半保留复制的假说。
图4-2 Meselson-Stahl实验
DNA复制从DNA分子的特定部位开始,此特定部位称为复制起始点(origin of replication,ori)。DNA复制时,在复制起始点亲代分子打开双链,随后以两股单链为模板复制生成两个子代DNA双链分子,复制起始点呈现一叉形(或丫形)结构,称为复制叉(replication fork)(图4-3)。
DNA分子上相邻两个复制起始点间的核苷酸序列,称为一个复制子(replicon),是完成DNA复制的独立功能单位。
图4-3 复制叉
复制进行中,复制叉向前移动。复制叉的移动有几种不同的方向:一是从两个起始点开始,各以相反的单一方向移动解链,形成两个复制叉(图4-4a),如腺病毒DNA的复制;二是从1个起始点开始,以同一方向解链,形成1个复制叉(图4-4b),如质粒ColE I;三是从1个起始点开始,沿2个相反的方向解链,形成两个复制叉(图4-4c),这种方式最为常见,也是最重要的,称为双向复制(bidirectional replication),如大肠杆菌(E.coli)基因组DNA是环状的,只含一个复制起始点,双向复制是从唯一的ori开始形成两个反向移动的复制叉,属于单复制子复制。真核生物DNA分子庞大、复杂,每条染色体上存在多个复制起始点,同时进行着多个DNA片段的复制,其双向复制是每个起始点产生两个反向延伸的复制叉,在复制完成时,复制叉彼此间相遇并汇合连接。真核生物的双向复制为多复制子复制。
图4-4 复制的三种方式
DNA双螺旋两条链的走向是反向平行的,一条链为5'→3'方向,另一条为3'→5'方向。复制时,两条链各自作为模板,指导新的子代DNA合成。由于目前已知的DNA聚合酶都只能催化核苷酸发生5'→3'聚合反应,因此DNA新链的合成只能沿着5'→3'方向进行。3'→5'方向的模板链指导生成的子代DNA,因其合成方向与解链方向即复制叉前进的方向一致,所以连续复制,称为领头链或前导链(leading strand)。而5'→3'方向的模板链指导生成的子代DNA,因其合成方向与复制叉的前进方向相反,必须等待模板链解开一定长度后,才能按照模板的指导沿着5'→3'方向合成子代DNA的一部分,这部分子链合成结束后,又需等待下一段模板解链至足够长度再合成。因此这条链的合成是间断、不连续的,称为随从链或后随链(lagging strand)。后随链在合成过程中生成多条DNA小片段。这些小片段是1968年日本科学家Reiji Okazaki在验证DNA复制的不连续性实验中发现的,因此称为冈崎片段(Okazaki fragments)。复制完成后各冈崎片段拼接成一条完整的DNA链。由此可见,DNA复制过程中,前导链合成方向与解链方向一致,连续复制,后随链合成方向与解链方向相反,不连续复制,这样的复制模式称为半不连续复制(semidiscontinuous replication)。