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对于“灵魂”这一概念，没有人知道它是如何产生的，而那些超自然的观念是如何产生的，同样也无人知晓。早在还需要人们使用双手来进行狩猎、取火的原始社会，就已经有一些人拒绝使用双手，并且能够敏锐地观察到人类的本质了。
树枝折断所发出的声音、滚滚雷声以及一些巨大的响声都会让原始人类感到恐慌，每每遇到这样的情况，他们便会停止狩猎并且找地方躲避起来。有些敏锐的观察者发现了这一点，于是他们便想出了一些方法，并且通过这些方法对人的行为进行控制。比如，大人会告诉孩子，如果不听话就会被某些邪恶的人抓走，于是大人便控制了孩子的行为；如果布满乌云的天空雷声滚滚，那些做过坏事的人就会担惊受怕。
后来，原始时代那些敏锐的观察者成为“巫医”，他们对于人类行为的控制不再仅限于大自然的力量，而是通过一些象征、符号、仪式等建立起一些比较复杂的控制。他们之中那些精于设计的人，往往收获颇丰。后来又出现了同种类型的人，他们有着不同的称谓，比如预言家、占卜师等等，于是能够引起人们条件性情绪反应的方式与方法渐渐多了起来。再往后，随着这一类人数量的增加，教会、宗教、教堂、寺庙等应运而生。无一例外的是，他们都是由巫医来主持的。
恐惧刺激往往很容易控制人类的行为，这一点我们从对人类心理史的检验中能够看出。而宗教想要长久存在，就必须依赖于恐惧这一要素。这种恐惧，用他们的说法，就是“恶魔”“罪恶”等。巫医在一个小范围的“家庭”中扮演一个相当于家长的角色，而上帝则是在一个大范围的社会群体中扮演这一角色。这样一来，人们的态度就会变得越来越趋向于权威，并且对那些施加在自己身上的概念从不怀疑。
对于这个概念，有这样一个例子：在这个世界上，任何人都拥有一个属于自己的灵魂，这个灵魂是可以与他的身体相分离的，而每一个灵魂又都是上帝的组成部分。“二元论”的哲学学说便是由此而来。这也就是说，人类是由身体和灵魂两个部分组成的，早在远古时代，人类心理学之中便有这种说法了。可以说，除了行为主义，其余的心理学都是二元论的。
不过，灵魂究竟是什么样子的，没有人见过，也没有人接触过，更不曾有人与它像跟日常事物那样产生过什么联系。以前，如果有人这对灵魂的存在提出异议，就会被当成异端，还会面临生命危险；即使到了现在，人们也不敢对这种大众的观点发表什么不同的意见。
自然科学在文艺复兴时期得到了飞速发展，许多领域中的理论都有了划时代的发展，并且取得了突出的成就，此时，人们才渐渐开始摆脱灵魂的镣铐，以科学的眼光去看待天文学、物理学等。早期的科学家虽然也是从虔诚的教徒中走出来的，但是他们已经在尝试着去摆脱他们那个试管中的灵魂了。而哲学与心理学却不像自然科学那样，它们所研究的仍然是那些非物质的东西。直到19世纪后半叶之前，人们一直都没有摆脱灵魂与心灵的概念。
1879年，冯特在德国的莱比锡大学建立了首家心理学实验室，他的学生说：“我们不再需要灵魂这一概念，心理学至少已经称得上是一门科学了。”但是从事实上来看，冯特和他的学生只是用“意识”代替了“灵魂”，这只能说是伪科学。然而对于这种伪科学，我们却在过去的50多年里一直维护着。