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规定支部为党的基本组织是在党的四大。1925年1月11日至22日，中国共产党第四次全国代表大会在上海召开，大会通过《对于组织问题之议决案》和《中国共产党第二次修正章程》。《对于组织问题之议决案》明确指出“组织问题为吾党生存和发展之一个最重要的问题”，并指出支部建设的重要性，强调建立“以产业和机关为单位的支部组织”，“至于在小手工业者和商工业的办事人中，不能以机关为单位组织支部时，则可以地域为标准”。
党支部的建立使党的组织建设进入一个新阶段。不过，起初党只在军队团一级建立党组织，营、连一级并没有建立党组织。“支部建在连上”作为中国共产党建党建军的组织原则，是毛泽东在秋收起义后摸索出来的。
1927年9月，毛泽东在湘赣边界领导工农革命军发动起义。因敌强我弱，秋收起义最后以失败告终。成批的战士看不到革命的前途，悲观失望，脱离革命队伍。毛泽东领导的部队从4个团共5000余人锐减至1500余人。贺龙后来回忆说：那时候的军队，就像抓在手里的一把豆子，手一松就会散掉。
在部队进行转移的路上，毛泽东一直在思考失败的原因，恰在此时有一个人引起了他的注意，此人就是当时担任连指导员的何挺颖。何挺颖毕业于上海大学社会学系，知识广博，思维活跃。他所在的连队政治气氛较浓，无论是军事干部还是士兵，没有一个逃兵。
当毛泽东问何挺颖部队如何才能不垮掉、散掉时，何挺颖提出：应该从部队中的党组织去考虑。现在部队里的党支部太少，一个团才有一个支部，连队一级都没有党的组织，这就不能抓住士兵，抓不住士兵就抓不住部队。他还建议班、排建立党小组，连队建立党支部，营以上建立党委会，但凡军中的重大事情都要经过党支部、党委会来决定，这样就能保证党对部队的领导。
一个人活着要有灵魂，一支队伍也要有军魂。毛泽东没有想到，何挺颖竟然和自己不谋而合。于是一套对军队进行改革的方案逐渐在毛泽东脑海中形成。
1927年9月29日，部队在到达江西省永新县三湾村后，在毛泽东的领导下进行了三湾改编。内容包括：资遣一部分不愿留队的人员，缩师为团，就是把一个师的建制作为一个团的建制；“支部建在连上”，也就是党支部建在连上（过去是支部设在团，连一级只有党小组）；营、团有党委，连以上设党代表；规定官长不打士兵，官兵待遇平等，建立士兵委员会。
三湾改编从组织上确立了中国共产党对军队的绝对领导。这次改编也是一次对队伍进行精简、对军队人员大浪淘沙的过程，让那些对革命态度不明朗、不明确的人离开部队，把信仰坚定的人留下来。也就是说，共产党的队伍的首要标准不在于大，而在于队伍要忠诚、坚强有力，这就从根本上解决了大与强的关系问题。
如果说南昌起义塑造了人民军队的“形”，三湾改编则熔铸了人民军队的“魂”。
从此，人民军队特别注重基层党建工作，坚持“支部建在连上”，形成“连有支部、排有小组、班有党员”。毛泽东的总体思路是：通过党支部、党小组向下开展工作，从而抓好基层，抓住士兵，最终提升部队的战斗力；向上则是形成“连支部、营委、团委、军委”四级党的领导机关。这样就在部队建立起严整的党组织体系，为党全面建设和掌握部队提供了可靠组织保证。
“支部建在连上”从此成为中国共产党建党建军的一项基本原则和制度。它是中国共产党把马克思主义的组织建设理论与中国革命具体实践相结合的产物。“支部建在连上”把一个个分散的普通党员编织在组织的系统之中，使党的路线、方针、政策落实到基层有了可依靠的力量和坚实的基础，同时，也架起了党与人民群众之间联系的桥梁。
“支部建在连上”确立了党对军队的绝对领导，避免了政治工作和军事工作“两张皮”的现象，从而推动了军队力量的不断发展壮大。
在1928年11月25日写给中共中央的《井冈山的斗争》一文中，毛泽东总结指出，中国工农红军之所以艰难奋战而不溃散，“支部建在连上”是一个重要原因。
“支部建在连上”增强了组织活力和战斗力。遇到重要的事情，支部先召开支委会进行研究，集中支部智慧，制定保证任务完成的具体措施，然后班、排召开党小组会，传达支委会的决策，并对全体党员提出要求，确保党组织意见的贯彻与落实。必要时支部还会召开支部大会进行党内动员，支部活动结束之后，各党小组再召开会议，集中所有党员的力量，增强党组织的活力。
在战争中，如果指挥员牺牲，指挥体系被打散，剩下的人会马上聚拢，重建指挥体系。三名及三名以上党员便可形成党小组，或者成立临时党支部，成立的党小组或临时党支部便成为战友们的核心。最后，无论是哪支部队，无论来自哪里，所有人都要服从党支部的领导，这样很快就会形成一个新的战斗组织，重新投入战斗。
“支部建在连上”也丰富了组织的毛细血管，延伸了组织的触角。通过把支部建在连上，党组织的意志可以渗透到基层，然后通过基层党员带动群众，基层党员可以成为联系群众的桥梁和纽带。这样，对基层党员和群众的引领就不再是依靠一两个人，而是依靠一级组织，多了一条上下沟通、互相协调的渠道，增强了组织的管控能力，也架起了党与士兵、群众的桥梁，为夺取革命武装斗争的胜利挖开了力量源泉。
在解放战争中，把支部建在连上也是解放军战胜国民党军队的一个重要因素。相关资料显示，中国国民党和中国共产党在党、政、军三者的关系和力量分配方面有很大差异。中国共产党非常注重党的建设，不断加强基层党组织的力量，扩大基层党组织的覆盖面，保证了其在农村、工厂、矿山、铁路以及其他部门中的组织基础与力量，从而使党组织可以从基层获得源源不断的力量，形成强大的战斗力。
在战争中，中国共产党的做法是党组织往往是军政的前锋，攻占某一地区，最先打入的是党组织，然后军政力量跟进；从某一地区撤退时，即使军政力量已退出，党组织仍然留下来继续战斗。也就是说，中国共产党非常关注并充分发挥党作为政治核心的作用。
而国民党则不同，国民党政权的支撑力量不是党员和党机器，而是军人和其他武装力量。在党、政、军三者之中，党的力量最为脆弱。无论是在抗日战争中，还是在解放战争中，最先瓦解的往往是党部，其次是政府，最后才是军队。收复某一个地方，最先到达的往往是军队，其次是政府，最后才是党部。也就是说，在国民党那里，党完全沦为军政的附庸。这最后导致国民党的“末梢神经”虚弱无力。
“支部建在连上”带来的艰难奋战而不溃散，在抗美援朝战争中也得到了充分的体现。曾有国外智库对中国在抗美援朝战争中取得胜利的原因进行研究，研究结果颠覆了其此前一种几乎定型的认识，那就是世界上很多军队只要指挥员被消灭、建制被打乱，就溃不成军。唯独中国共产党的军队不同，即使指挥员牺牲了、建制被打乱了，甚至军人受伤被俘了，仍能成立党组织，重新投入战斗。他们的结论是：“支部建在连上”是中国共产党军队的“战略武器”。
该智库的结论比较符合事实。抗美援朝战争中，志愿军取得了胜利，很多人认为这是志愿军的人海战术带来的结果。但如果只有人海，而没有战术方面的优良组织和灵活机动，没有战士积极性、主动性的发挥，不管多么庞大的队伍在机关枪、迫击炮和坦克等现代化武器面前都不是对手。
另外，从本质上来讲，人海战术是用巨量的人力和物资消耗换取其他方面优势的战术。朝鲜战争爆发时，新中国刚刚成立，一穷二白，根本无法支撑人海战术所需要的物资消耗量。1950年10月志愿军参战时，中国工农业总产值还不到美国的十分之一，双方的国力根本不在一个量级。
其实，抗美援朝战争中，中国人民志愿军之所以能取得胜利，非常重要的一点在于其优良战术和高组织水平。
志愿军的步兵突击战术采用“三三制”。“三三制”战术最早起源于抗日战争期间。当时，八路军开赴前线作战，由于缺乏重型武器，只能在进攻时采用密集阵型，以增强攻击力。但是，密集阵型在日军凶猛的火力面前带来的往往是非常惨痛的伤亡，最终八路军放弃了密集冲锋战术，采用了“三三制”战术。它的具体做法是，以班为单位分成三个战斗小组，每个战斗小组三人，排成三个梯队。三人战斗小组呈三角进攻队形，每名士兵分工明确：进攻—掩护—支援。三个战斗小组组成一个战斗班，三个战斗班组成一个战斗群，进攻时呈“散兵线”队形展开，一个总数27人的战斗群完全展开可以覆盖800米宽的战线。
“三三制”不仅可以覆盖广袤的战斗区域，让敌军武器的杀伤力大大减弱，更重要的是让士兵在军官阵亡的情况下依然可以继续保持战斗力，连长牺牲了排长顶上，排长牺牲了班长顶上，即使他们都牺牲了，几个战士也能组成临时战斗小组，这样部队就很难被击溃。
同时，部队即使在撤退时，也能严格保持队形，每个战斗单位都可以毫无怨言地牺牲自己去阻击追兵，掩护友军撤退，甚至还能利用保存下来的战斗实力给敌军以出其不意的攻击。
总之，“三三制”让志愿军在朝鲜战场上的战术灵活多变，可以根据战情需要对敌方部队进行穿插，搞得敌军晕头转向，不知所措。在这一战术下，志愿军不仅使敌军有力使不出，还常常给他们一个回马枪，使其措手不及。
可以说“支部建在连上”是中国共产党特有的政治优势。这种优势来源于：实现和加强了党对军队的绝对领导。坚持党对军队的绝对领导是人民军队的灵魂。但是在庞大的军队系统中，如何实现和保障党对军队的绝对领导？“支部建在连上”发挥了基础性作用。它让党的意志从上到下直接触达末梢神经，保证了末梢神经处于激活状态，使部队即使面对挫折也不溃散，组织依然保持健康和活力。
在新民主主义社会向社会主义社会过渡时期，面对复杂的社会形势，“支部建在连上”更是从军事范围拓展到国家经济生活等多个方面，主要体现为加强各领域党的基层组织建设，比如加强农村、工矿企业、高等学校、科研机构、文艺团体等领域的基层党组织建设。对基层党组织的宣传、动员、建设，加强了国家的凝聚力、组织力和战斗力，保证了由新民主主义向社会主义的顺利过渡，成为党和国家健康发展的战略武器。
邓小平同志在1951年的一次军队组织工作会议上再次强调了“支部建在连上”的重要性。他指出，连队工作的好坏，首先决定于党支部工作的好坏。只有支部工作做好了，战斗力才会增强。而支部要发挥作用，“三大民主要坚持”，这三大民主就是政治民主、军事民主和经济民主。“支部建在连上”起初是用于军队的党建原则和制度，后来它已超出军事范围，也指政治工作中要建立基层组织。重视基层工作已成为一种理念、一种方法、一种智慧，党可以从基层中获得源源不断的发展动力。
到1956年，我国社会主义改造基本完成，正式进入社会主义建设阶段。随着社会主义建设事业的推进，邓小平同志在中共八大所作的《关于修改党的章程的报告》中进一步指出：“党的基层组织是党联系广大群众的基本纽带，经常检查和改进基层组织的工作，是党的领导机关的重要政治任务。”党的基层组织的联系群众的纽带作用，在我国的经济社会发展进入改革开放的新时期继续得到历届党中央和领导人的重视，并不断加以强化和推进。
20世纪80年代，随着改革开放的推进，中国社会出现了许多新型的社会阶层和大批“两新组织”（新经济组织和新社会组织），原有的基层党组织体系难以适应社会变化的新要求。为此，党中央通过调整和改进党的基层组织设置，推进基层党组织的治理和整顿，不断扩大基层党组织的覆盖面，推动社会向前发展。
随着改革开放的持续推进，进入21世纪后，江泽民同志在中共十六大上强调，党的基层组织是党的全部工作和战斗力的基础，应该成为贯彻“三个代表”重要思想的组织者、推动者和实践者。在这一时期，党不断扩大党的工作的覆盖面，不断提高党的基层组织的凝聚力和战斗力。注重加强以村党组织为核心的村级组织配套建设，探索使农民长期得实惠的有效途径。
在党的十七大后，党中央进一步强调基层党组织的组织力和政治功能，提出了要建设学习型党组织的重要任务，要求将加强党员学习同完善组织生活有机结合起来，“使党组织既成为党员增强党性修养、提高思想觉悟的大熔炉，又成为党员学习新知识、增长新本领的大学校”，同时强调需要“进一步加强党的基层组织建设，努力把基层党组织建设成为贯彻落实科学发展观的坚强战斗堡垒。党的基层组织是党全部工作和战斗力的基础，承担着把科学发展观贯彻落实到基层的重要责任。要始终把抓基层打基础摆在更加突出的位置，大力推进基层组织工作创新，统筹抓好各领域各行业基层党组织建设，广泛开展创建先进基层党组织、争做优秀共产党员的创先争优活动，充分发挥基层党组织推动发展、服务群众、凝聚人心、促进和谐的作用……要坚持加强基层党组织书记队伍建设，按照守信念、讲奉献、有本领、重品行的要求，形成一支能够团结带领广大党员、群众推动科学发展和共同致富的高素质基层党组织带头人队伍”。
胡锦涛同志在2010年6月30日会见全国先进基层党组织和优秀共产党员代表时，再次强调指出：党的基层组织是党全部工作和战斗力的基础。中国共产党89年来团结带领全国各族人民取得的一切成就，都是同广大基层党组织和共产党员的不懈奋斗紧密联系在一起的。任何时候任何情况下，我们都要高度重视并切实做好抓基层打基础的工作，不断提高基层党组织建设科学化水平。
进入中国特色社会主义新时代后，“支部建在连上”继续在增强基层组织力、强化党的“神经末梢”方面发挥着不可替代的作用，成为党建利器。十八大以来，中国共产党不断加强基层党组织的作用，强调必须激活基层党组织、增强基层组织力、强化党的“神经末梢”，让基层党组织真正成为“宣传党的主张、贯彻党的决定、领导基层治理、团结动员群众、推动改革发展的坚强战斗堡垒”。
同时，全党以学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想为主线，开展党的群众路线教育实践活动、“三严三实”专题教育、“两学一做”学习教育、“不忘初心、牢记使命”主题教育和党史学习教育，引导广大党员、干部筑牢信仰之基、补足精神之钙、把稳思想之舵，推动全党保持统一的思想、坚定的意志、协调的行动、强大的战斗力。
党的十九大报告明确提出，“要以提升组织力为重点，突出政治功能，把企业、农村、机关、学校、科研院所、街道社区、社会组织等基层党组织建设成为宣传党的主张、贯彻党的决定、领导基层治理、团结动员群众、推动改革发展的坚强战斗堡垒”。党的基层组织是党执政的组织基础，担负着直接教育党员、管理党员、监督党员和组织群众、宣传群众、凝聚群众、服务群众的重要职责。基础不牢，地动山摇。因此，必须按照新时代党的建设总要求，坚持问题导向，找准发力重点，把基层党组织建设提高到一个新水平，更好地发挥基层党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。
党之所以如此重视基层组织工作是因为党的基层组织是确保党的路线方针政策和决策部署贯彻落实的基础。对于军队而言，连队就是军队的基层组织。没有好的连队，建设一支能打胜仗、保卫社会主义家园、捍卫世界和平的人民军队是无法想象的。站在基层组织建设的角度，广而言之，“支部建在连上”不仅是建党建军的一项基本原则和制度，更是我们党的建设的发展根基。
习近平总书记指出，“做好基层基础工作十分重要，只要每个基层党组织和每个共产党员都有强烈的宗旨意识和责任意识，都能发挥战斗堡垒作用、先锋模范作用，我们党就会很有力量，我们国家就会很有力量，我们人民就会很有力量，党的执政基础就能坚如磐石”。
正是在党中央对基层组织工作的持续重视和不断强化下，中国共产党通过党建引领基层治理能力水平有了显著提升。各地的基层党组织在中央的领导下，以网格为单元整合各类管理力量，推动各项治理任务实实在在落地；建设起覆盖广泛、集约高效的党群服务中心，使党员群众在家门口就能找到组织、享受到便利服务；积极推进“红色物业”建设，把物业管理力量打造成党的群众工作队，发挥快递员、外卖送餐员、网约车司机等新就业群体在基层治理中的独特作用，切实增强了群众获得感、幸福感、安全感。
（1）“支部建在连上”能保证党永远是能够指挥枪的，党的意志能够从上向下贯彻，党的政策能够得到执行。
1927年9月，毛泽东领导秋收起义部队进行了我军建军史上具有里程碑意义的“三湾改编”，第一次实行了班、排建立党小组，连建立党支部，营、团建立党委的新制度，从此部队的一切重大问题都要经过党组织集体讨论决定。“支部建在连上”，使党的领导延伸到了最基层、最前沿，直达每一个士兵，党对部队的组织领导能力大大提高。当时曾任党支部书记、后来成为共和国元帅的罗荣桓说：“三湾改编，实际上是我军的新生，正是从这时开始，确立了党对军队的领导。”
1938年12月，八路军政治部颁布了《国民革命军第十八集团军政治工作暂行条例（草案）》，随后该条例草案经过了修订并更名为《中国国民革命军第十八集团军（第八路军）政治工作条例（草案）》，于1940年刊发于《八路军军政杂志》第二卷第四、五期。条例规定：为直接指导并进行军队党和政治工作，在营、团、旅、师、军、军区、分区、独立的游击队、独立支队、独立作战的部队以及各直属机关学校内，任命有阶级觉悟、最坚强、最勇敢，并有政治教育和政治工作经验的共产党员为政治委员。……政治委员是中国共产党在军队中的全权代表，执行党在军队中的政治路线及纪律的完全负责者。政治委员经过党的政治指导作用，保证一切军事行政负责人员很顺利地完成其工作。
以后在我军颁布的历次军队政治工作条例中，虽然其他内容随着环境、形势的变化而变化，但思想政治工作生命线的地位、作用始终未变，毫不动摇。从党的组织建设的角度来看，军队中党的基层组织的普遍建立，为党的路线方针政策在军队的落实提供了系统、规范的信息传达渠道，进一步完善了军队的指挥体系。
（2）“支部建在连上”意味着基层有人去贯彻执行党的路线，使党的路线方针政策能够深入人心。在党的各级组织中，基层党组织与人民群众是距离最近、联系最紧密的。基层党组织能基于自己的组织优势，采用人民群众最容易接受的方式，宣传党的政策、方针。这样做的好处是党的思想方针、路线能够得到贯彻，使基层的人民群众能听到党的声音，政令畅通，使党的工作能够做到纲举目张。全世界没有其他哪一个组织像中国共产党一样，有这样从上至下、扎根群众的终端网络，保证组织的触角可以伸展到任一角落。
（3）“支部建在连上”保证了组织可以从最基层的党员那里听到群众的声音、收集到所需要的信息，确保了组织决策的合理性和有效性，最大限度避免了官僚主义。
官僚主义是指脱离实际，脱离群众，不关心群众利益，凌驾于群众之上，做官当老爷的领导作风。它违背党的性质和宗旨，与党的群众路线完全对立。
官僚主义的产生有历史文化根源原因，也有现实客观原因；有体制机制问题，也有个人领导作风问题；有人生观、价值观问题，也有思想认识和工作方法问题。要消除这种不良习气、根除这种丑恶现象，需要党领导人民通过多种方式展开不懈斗争。党在领导人民同官僚主义作斗争的探索中总结出的一条重要经验就是，通过“支部建在连上”，吸收新鲜血液，听取基层声音，以对抗官僚主义。
（4）“支部建在连上”还可以不断完善党组织。“支部建在连上”作为一种组织形式，随着社会的不断发展和变化而有所变化。目前“支部建在连上”和“群众自治”相结合，形成了自上而下和自下而上的互动与融合，既坚持了党的领导，又能调动群众的积极性和主动性。
早在1980年2月5日，广西宜山县合寨大队果作生产队85名群众代表围坐在大樟树下，从6名生产队的代表中差额选出了我国第一个村民委员会的5名成员。
两年后，“村民自治”相关内容写入宪法。1987年，《中华人民共和国村民委员会组织法（试行）》审议通过，1988年6月1日起试行，1998年11月4日废止，被《中华人民共和国村民委员会组织法》替代。村民委员会成为中国特色基层民主制度最广泛的实践形式之一。
截至2022年底，全国基层群众性自治组织共计60.7万个，其中村委会48.9万个，居委会11.8万个。基层群众自治制度日益完善，基层自治组织成为基层治理的中坚力量。不同类型和不同服务主题的自治组织为人民群众提供多种服务，满足了人民群众的需求，增强了人民群众的获得感。
同时，在消除社会上的不良现象，包括腐败与黑恶势力方面，党的基层组织与群众性自治组织也能积极配合相关政府部门持续发挥作用。2018年1月，在基层党组织与群众性自治组织的积极配合下，国家有关部门以雷霆万钧之势在全国范围开展了一场声势浩大的扫黑除恶专项斗争。2018年至2020年，相关部门共立案查处涉黑涉恶腐败和“保护伞”案件近9万件，党纪政务处分8万余人；对受过刑事处罚、存在“村霸”和涉黑涉恶等问题的4.27万名村干部，全面清除出农村干部队伍，有效地纯洁了党和国家的基层组织，改进了社会治安。
（5）“支部建在连上”使党组织采取“平台化+分布式”管理模式，能够适应不同区域、不同地点、不同人群的特点，保证了既能够统一执行党的政策，又可以个性化地去解决终端的具体问题，使得组织不僵化，保持机动灵活，在行动上既可以迅速地聚拢，又可以很快地分散。
随着社会的不断发展，新的组织形式、新的连接和沟通方式不断涌现，党的支部建设也在不断创新，形式更加灵活，形态更加丰富，以适应现实的需要。1999年6月，在上海市浦东新区潍坊新村街道辖区内的嘉兴大厦诞生了全国第一家跨行业、跨属地、跨所有制的联合党组织——中共嘉兴大厦联合支部委员会，8名来自不同企业的党员重新找到了“娘家”。这项创新之举，被形象地称为“支部建在楼上”。“支部建在社区上”“支部建在商业街里”“支部建在楼宇中”等各种“支部建在连上”形式应运而生，实现了两个覆盖——党的组织的全覆盖和党的工作的全覆盖。党的组织的全覆盖让有党员的地方就有党的组织；党的工作的全覆盖让有群众需要的地方就有党的工作，使党的基层组织表现出更强的战斗力。