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房地产企业土地增值税清算工作一直都是税务部门和房地产开发企业面临的难点和痛点。清算业态复杂、资料整理困难、税收政策模糊等诸多问题，使得房地产项目土地增值税清算需要房地产开发企业与税务机关双方投入大量的人力与物力。
在当前土地增值税清算后续问题的实际处理中，依然存在一些不明确之处。例如，房地产开发项目公司达到清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，此时是否允许企业申请对曾经清算过的项目进行重新清算；清算后取得已清算项目的合法扣除凭证以及清算后实际支付的公共配套设施费是否允许二次清算；等等。本书针对以上问题以及土地增值税清算后续可能存在的税务风险进行了研究。
在当前减税降费的大背景下，地方政府财政收入与支出责任不匹配的矛盾日益凸显。《中华人民共和国土地增值税法（征求意见稿）》进一步明确房地产开发企业清算模式将由税务局通知清算改为自行清算，这一举措使得房地产开发企业面临大量应清未清项目土地增值税集中清算，以及新达到可清算条件项目面临在大量工程款尚未支付完毕、大量发票还未收回的情况下被要求清算的情况，土地增值税清算的二次清算概率不断增加，因此对土地增值税清算后续税务问题处理的探讨具有重要的现实意义和理论价值。
案例
FX房地产公司于2009年起开发销售A项目（假设全部为非普通住宅），可售建筑面积为10万平方米，截至2012年5月底，已售建筑面积为9万平方米，占可售面积的90%，按照税务机关的要求，该公司办理土地增值税清算申报。
清算申报资料显示，取得土地使用权所支付的金额为8000万元，房地产开发成本为22000万元（不包括未开工的公共配套成本2000万元），房地产开发费用按取得土地使用权和开发成本之和的10%扣除，转让房地产收入总额为54000万元，已纳可扣除的与房地产有关的税金3024万元。
（1）清算后发生的成本不允许进行扣除。
本次清算项目总成本=8000+22000=30000（万元）
单位可售建筑面积成本=30000÷10=3000（元/平方米）
按照国税发〔2006〕187号文规定，第一次清算时，计算可扣除项目金额合计。
可扣除的成本=3000元/平方米×9万平方米=27000万元
可扣除项目金额=27000+27000×20%+27000×10%+3024=38124（万元）
增值额=54000-38124=15876（万元）
增值率为41.64%，适用税率为30%，应缴土地增值税为4762.8万元。
该公司2013年1月公共配套建成后移交给相关部门，成本2000万元，剩余1万平方米销售完毕，取得转让房地产收入6000万元（假设二次销售价格没有变化），缴纳与转让房地产有关的税金336万元，按照国税发〔2006〕187号文第八条规定，2013年1月尾房销售后，则
可扣除项目金额=3000+3000×20%+3000×10%+336=4236（万元）
增值额=6000-4236=1764（万元）
增值率为41.64%，适用税率为30%，应缴土地增值税为529.2万元。
（2）房屋全部销售完毕后，采用“二次清算”模式，以第一次清算为基础，允许扣除第一次清算后发生的所有成本。
分析计算如下：
全部销售收入=54000+6000=60000（万元）
全部与房产转让有关的税金=3024+336=3360（万元）
全部可扣除成本=8000+22000+2000=32000（万元）
全部可扣除项目金额=32000+32000×20%+32000×10%+3360=44960（万元）
增值额=60000-44960=15040（万元）
增值率为37.43%，适用税率为30%，应缴土地增值税为4512万元。
与上述分次清算的差异=4512-4762.8-529.2=-780（万元）
差异的主要原因为二次清算时的成本得到了扣除。为简化计算并未考虑售价的变化、普通住宅与非普通住宅的差异、增值税改变等实务中经常遇到的情况，如考虑实际情况，最终清算结果带来的差异更大。（营改增后，税金会有重大出入。）
国家税务总局及部分省市土地增值税清算文件见表1。
表1 国家税务总局及部分省市土地增值税清算文件一览表
①《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第八条规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算（单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积）。纳税人已清算项目继续销售的，应在销售的当月进行清算，不再先预征后重新启动土地增值税清算。对一个开发项目清算后，剩余的房产再转让不能再单独作为一个清算单位计算土地增值税。
续表
通过梳理各地方税务局文件，目前地方规定主要分为两类：第一类以湖北、北京、广西、大连、青岛为代表，允许二次清算；第二类以重庆、浙江、湖南为代表，规定将清算后发生的成本计入清算后再转让的房地产中扣除。
纳税人达到清算条件并进行土地增值税清算后，若继续支付并取得合法、有效凭证的支出，可申请二次清算，但所有成本、费用必须均已全部发生完毕。主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额并调整应纳土地增值税税额，二次清算后，纳税人不得再要求进行土地增值税清算。
《重庆市地方税务局关于土地增值税若干政策执行问题的公告》（重庆市地方税务局公告2014年第9号，以下简称第9号公告）对房地产企业土地增值税清算后续征管做出了如下规定：
（1）关于申报问题。
清算后转让房产土地增值税应按月计算，于次月征收期内申报缴纳；清算后转让房产涉及成本、费用后续扣除的，土地增值税按月预缴、按年计算，于年度终了后十五日内申报，在主管税务机关规定的期限内缴纳。
（2）关于税金扣除问题。
第9号公告第一条第（五）项规定，清算后转让房产的土地增值税清算采取查账征收方式计算扣除额的，应把税金从单位面积成本费用额中扣除，故单位建筑面积成本费用额=清算成本费用额（不含转让房产有关税金及附加）÷清算可售建筑面积，清算后转让扣除额=单位建筑面积成本费用额×本期转让面积+本期转让房产有关税金及附加。
可见，采取查账征收方式清算，清算后转让房产对已清算的结果不做调整，继续将清算时确认的各房产类型单位建筑面积成本费用额作为扣除计算依据，单独计算税款。由于清算时的税金仅对应已销售房产部分，根据匹配原则计算“单位面积成本费用额”需扣除税金，因此在计算清算后转让房产扣除额时，应将这部分实际发生的税金还原计入。
（3）关于后续支出扣除问题。
因房地产行业的特殊性，土地增值税清算时房地产项目会存在一些支出未发生、未支付或是有些应付未付的成本费用，第9号公告第一条第（五）项第2点对后续发生的支出费用做出了明确规定：清算时因未取得合法有效凭证而未能认定的成本项目（以下简称未定成本项目），清算后若取得合法有效凭证应按房产类型归集至“后续成本额”，可在当期清算后转让房产应纳税额计算过程中准予后续扣除。
单位建筑面积成本费用额=清算认定（或上期累计）单位建筑面积成本费用额+本期后续成本额÷清算可售建筑面积
清算后转让扣除额=单位建筑面积成本费用额×本期转让面积+本期转让房产有关税金及附加
纳税人在清算申报时应对“未定成本项目”进行附加说明，主管税务机关在清算审核时一并核实确认，否则相关成本不予以后续扣除。
《青岛市地方税务局关于发布<房地产开发项目土地增值税管理办法>的公告》（青岛市地税局公告2016年第1号）第六十五条对房地产企业土地增值税清算后发生的成本，做出了如下规定：
房地产开发企业有下列情形之一的，可在自收到清算结论后三年内向主管税务机关进行申报，经主管税务机关审核属实的，调整清算申报审查结论：
（一）清算申报审核完毕的开发项目又发生成本、费用的；
（二）取得清算申报时尚未取得的扣除项目相关凭证的。
房地产开发企业开发项目竣工后不一定能在短期内售完，土地增值税清算尽管能够计算出单位建筑面积成本，但是最终收入总额仍未知，继而会影响到该项目各产品类型的增值额和税率。
由于土地增值税是一个地方性税种，各地税务机关对剩余房产土地增值税的征收管理做出了不少存在较大差异的规定。如浙江省规定项目清算后销售或有偿转让的，按已清算部分的税率计算缴纳土地增值税；湖北省和安徽省规定，纳税人清算后，仍有后续支出且取得合法、有效凭证，所有成本费用又全部发生完毕的，可申请二次清算；重庆市规定，房地产企业清算后剩余房产销售或有偿转让的，按后续销售所取得的收入与所发生的实际成本对应增值率计算土地增值税税款，税金能够据实扣除。
国家税务总局〔2006〕187号文对于剩余房产销售或有偿转让的是否可以和初次清算房产合并进行二次清算，并允许调整未予以明确，税务部门可根据实际情况重新调整扣除项目金额及应纳税额。
各省市税务机关需要制定出符合当地房地产市场环境的税收政策，这对基层税务人员提出了较高的职业道德要求、较强的职业素养和专业技能要求。
税收征管中土地增值税清算政策落实不到位可能会导致税负不公平和基层税务机关自由裁量权过大的弊病。税务机关对房地产企业剩余房产土地增值税的后续管理中，不乏放松管制，没有认真履行监督企业按月或按季预缴申报和清算的职责的现象。有的为简化清算工作，剩余房产土地增值税简单地按一个较低的预征率预征后充塞为清算结果。不同地方开发项目，土地增值税预缴不同，出现了应清算退税的不清算退税，或应清算补税的未补税；在税收征管力量较为薄弱的个别地方，出现了应征收的税款没有征收到位，不应征收的预征过了头又拒不退税的现象。
国税发〔2006〕187号文规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。也就是说，土地增值税以一个项目为单位进行清算，对属于同一清算单位所发生的房地产开发成本费用，不得从其他的房地产开发项目中扣除，对同一项目也不适合作为两个清算单位，所以，对一个开发项目清算后，剩余的房产再转让不能再单独作为一个清算单位计算土地增值税。
国税发〔2006〕187号文规定了扣除项目的计算，但对适用的税率没有明确规定。清算前期已售部分与清算后期销售部分，尽管单位建筑面积成本是相同的，但增值率未必一样。例如，清算时住宅售价3000元/平方米，后期实际销售价5000元/平方米，假如之前可以享受普通住宅优惠，后期销售就不一定能享受，直接影响到税率的选择。
土地增值税首次进行清算之后，再销售是一个独立的销售行为，是建立在首次清算确认过单位建筑成本费用的基础之上的。因此，土地的增值额、增值率很容易计算出来，适用税率也容易确定，套用公式即可，且计算过程非常简便，便于税务人员的税收管理征管，可以将房产全部收入减去全部可以扣除的成本得出增值率，确定一个统一的税率来计算尾盘的土地增值税。
更重要的是，一个开发项目销售完毕后，对于一个项目清算的土地增值额、增值率和应纳土地增值税应是唯一的，不应该有两个以上的结果。因此，在清算土地增值税时，按照该方法进行通盘考虑综合计算，并不违反相关规定。
国税发〔2006〕187号文第八条规定，“在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积”，但这里的“清算时的扣除项目总金额”中包含了清算时应扣除的相应税费。在“清算时的扣除项目总金额”中，除了税费是随着销售收入的变动而变动的，其他扣除项目金额应保持前后一致。因此重新计算增值率时，不能笼统的以已销售的成本费用和税金作为总的扣除项目，而应根据尾盘销售后实际发生的销售收入计算相应的扣除税金。
实行“营改增”后，土地增值税应税收入按照不含税收入确认，允许扣除的税金包括城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加。以销售房地产老项目为例，正确计算缴纳土地增值税的方法应为：先求当期增值额，根据增值额重新计算增值率，对照相应的税率计算当期应纳的土地增值税税额。
当期增值额=当期不含税销售收入-（清算时的扣除项目总金额-清算时扣除的税费）÷清算时总建筑面积×当期销售建筑面积-当期不含税销售收入×5%×（城市维护建设税税率+教育费附加费率+地方教育附加费率）
土地增值税相关政策规定，对非营利的公共配套设施，组成房地产开发成本的，应当在计算土地增值税时予以扣除，同时可作为房地产开发费用定率扣除的基数，还可以作为房地产开发企业加计扣除的基数。如果非营利的公共配套设施为多个开发项目共有，对后续发生的支出应当按该房地产开发项目的建筑面积占总建筑面积的比例或其他合理的方法进行分摊。
但《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（以下简称《土地增值税暂行条例实施细则》）（财法字〔1995〕6号）第八条规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算；国税发〔2006〕187号文规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
也就是说，土地增值税是基于一个清算单位进行的清算，对属于同一清算单位所发生的房地产开发成本费用不得从其他的房地产开发项目中扣除。所以，已清算项目后期应分摊的地块公共配套设施支出，如果不二次清算，无法扣除。
国税发〔2006〕187号文以及其他相关的土地增值税政策法规对剩余房产销售土地增值税清算都只给出计算的基本原理，对一些具体问题的规定不够明确。对已清算过的项目尾盘管理，该文件规定按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积来计算。此规定虽便于税收管理，但按此公式计算出的可扣除总额较为粗略，往往会有偏差。
以湖北省为代表的“二次清算”模式参照应清算条件下的清算管理政策，在开发房屋的销售中，纳税人根据房产类型分期分类清算、预缴土地增值税，并在清算中作为已缴税款抵减应纳土地增值税税款，累计预缴税款超过清算应纳税款的部分予以退还。在房地产企业剩余房产的实际销售中，余房销售零散，至全部销售完毕周期可能很长，不便于清算管理，税务机关可要求房地产企业按月申报，余房销售土地增值税采用预征率清算，规定剩余房产在销售时以当月销售总量为单位预缴税款。
全部余房销售结束后的土地增值税清算，是从可清算项目到应清算项目的回归，归集余房销售过程中销售收入、可扣除项目金额、预缴税款等数据与原清算数据合并，整体计算清算项目应纳税款，并做出补退税款的决定。
从理论上来看，“二次清算”模式更有利于解决实际征管中遇到的清算难题，有利于实现清算项目土地增值税税额的唯一性和确定性，有利于保障纳税人和税务机关双方公正合法的经济权益，促进房地产市场健康快速发展。
建议全国人民代表大会、财政部和国家税务总局今后在进行土地增值税法规的修订时，将预缴和清算的管理办法作为土地增值税立法的配套文件，这有利于减小房地产开发企业和主管税务机关在进行操作时的不确定性和区域差异，提高全行业的税法遵从度。