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房地产开发项目在进行土地增值税清算时，首先面临的就是清算单位的选择问题，目前税收政策对土地增值税清算单位的认定存在一些不明确之处，各地执行口径差异较大。
房地产开发企业在开发项目达到清算条件后，需要按税法规定进行土地增值税清算。通常情况下，企业以国家有关部门审批的房地产开发项目作为清算单位，但各地执行口径不同，可能导致同一项目清算缴纳的土地增值税税金存在差异。
案例
甲公司在某市开发项目，A项目取得了一个建设用地规划许可证和两个建设工程规划许可证，B市土地增值税清算政策以建设工程规划许可证为清算单位，C市土地增值税清算政策则以建设用地规划许可证为清算单位。2018年，A项目达到了土地增值税清算条件，按照B市和C市的政策试分别进行土地增值税清算，甲公司应缴纳的税金测算分别如表1和表2所示。
表1 B市A项目土地增值税测算表 单位：万元
表2 C市A项目土地增值税测算表 单位：万元
由表1和表2中的数据可知，在收入总额和扣除项目总额既定的情况下，若A项目在B市以建设工程规划许可证为清算单位，一期和二期分开清算，则测算出来A项目应纳土地增值税为11114.08万元，其中普通住宅应纳土地增值税为7977.34万元，商业应纳土地增值税3136.74万元。
若A项目在C市以建设用地规划许可证为清算单位，一期和二期合并清算，则测算出来A项目应纳土地增值税为11997.24万元，其中普通住宅应纳土地增值税为8990.26万元，商业应纳土地增值税3006.98万元。一期和二期合并清算与一期和二期分开清算相比，企业需要多缴纳土地增值税883.16万元。各地政策执行口径不一致，导致同一个项目土地增值税税负存在差异。
在对项目进行土地增值税清算时，企业如何选择清算单位，国家税务总局并没有特别明确的规定。在实践中，各地税务机关对土地增值税清算单位持有不同的观点：一些地方税务机关认为土地增值税的清算单位应该直接以建设工程规划许可证或其他证书作为划分的标准；还有部分税务机关认为土地增值税的清算单位可以在合理的前提下由企业自行选择，造成同期同类项目最终体现的土地增值税税负不一致。
关于房地产开发企业土地增值税清算单位的规定，国家税务总局层面主要有《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）。该文第一条规定：“土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。”
地方规定主要分为四类。
第一类是直接引用国税发〔2006〕187号文的文字表述，没有对总局文件进行细化和解释。如《云南省地方税务局转发国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（云地税发〔2007〕180号，现已失效
）第二条规定：“土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。”
第二类是对国税发〔2006〕187号文的文字表述进行了细化和解释，明确以主管部门颁发的证书作为清算单位。如《四川省地方税务局关于土地增值税清算单位等有关问题的公告》（四川省地方税务局公告2015年第5号）第一条规定：“土地增值税以城市规划行政主管部门颁发的《建设工程规划许可证》所确认的房地产开发项目为清算单位。”（贵州、浙江、辽宁、重庆和山东等省市有类似规定。）
第三类是对国税发〔2006〕187号文的文字表述进行了细化和解释，明确纳税人分期的开发项目，可结合项目立项、规划等诸多条件与税务机关协商确定。如《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》（国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号）第十九条规定：“土地增值税以房地产主管部门审批、备案的房地产开发项目为单位进行清算。对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。具体结合项目立项、用地规划、方案设计审查（修建性详细规划）、工程规划、销售（预售）、竣工验收等确定。”
第四类是对国税发〔2006〕187号文的文字表述进行了细化和解释，明确纳税人分期的开发项目，可将自行分期项目确定为清算单位。如《江苏省地方税务局关于土地增值税若干问题的公告》（苏地税规〔2015〕8号）第一条规定：“土地增值税以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算。对于国家有关部门批准分期开发的项目，以分期项目为单位进行清算。对开发周期较长，纳税人自行分期的开发项目，可将自行分期项目确定为清算单位，并报主管税务机关备案。”（新疆、内蒙古和深圳等地有类似规定。）
表3统计了部分省份/城市土地增值税清算单位的规定。
表3 部分省份/城市土地增值税清算单位规定一览表
续表
续表
续表
国税发〔2006〕187号文第一条规定，以“国家有关部门审批的房地产开发项目”为清算单位，文件中并未明确国家有关部门的指向。实践中，房地产项目立项由国家发展改革委、住房和城乡建设委员会共同审批；国有土地使用证、建设用地规划许可证和建设工程规划许可证由规划和自然资源委员会审批；建筑工程施工许可证和商品房预售许可证由住房和城乡建设委员会审批。
由于未明确“国家有关部门”指向，各地税务机关在执行中以立项、用地证、工规证、预售证作为清算单位的均有实践。
国税发〔2006〕187号文并未对项目分期进行定义，如何界定项目是分期开发的，项目以什么为依据进行分期。对于分期开发的房地产项目，部分省市以建设工程规划许可证作为清算单位划分标准；部分省市以国土、规划等主管部门批准文书注明的分期分批项目作为清算单位划分标准；部分省市以房地产公司自行分期作为清算单位划分标准。这就造成同一地块不同楼栋土地增值税税负差异较大。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（以下简称《土地增值税暂行条例》）第一条规定：“为了规范土地、房地产市场交易秩序，合理调节土地增值收益，维护国家权益，制定本条例。”土地增值税以合理调节土地增值收益为目的，而土地的增值包括多个因素，如地理位置、周边配套、自然环境等，这些都必须依托某一个整体地块（一个地块系整体规划），而不是某一个整体地块的某一部分。因此，以项目中的某一期或某一个规证作为清算单位难以真正体现条例所明确的合理调节土地增值税收益的原则。
案例
乙公司在某市开发B项目，B项目取得一个建设用地规划许可证，该项目共10栋住宅，其中1栋至4栋办理了一个建设工程规划许可证，5栋至10栋办理了一个建设工程规划许可证。根据B项目的整体规划，该项目的基础设施和公共工程由10栋住宅共同享有。假定该市税务机关要求开发项目以建设工程规划许可证为清算单位，若1栋至4栋住宅提前销售并达到了清算条件，5栋至10栋住宅仍处于预售环节，在上述基础设施和公共工程尚未全部完工的前提下，直接以建设工程规划许可证对1栋至4栋住宅进行土地增值税清算。
清算时，如何确定1栋至4栋住宅应承担的基础设施和公共工程成本将存在实际操作困难。在实践中，将1栋至10栋作为一个统一的清算单位可能更符合项目开发的实际情况。
房地产开发项目在进行土地增值税清算时，国家有关部门颁发的建设工程规划许可证、立项批文或其他证书可以作为项目分期的重要参考，但不能作为划分清算单位的唯一标准。在确定房地产开发项目的清算单位时，应综合考虑证照、工程管理情况以及房地产成本核算对象等情况，才符合国税发〔2006〕187号文的立法精神。
以建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证等规证作为土地增值税清算单位在实操中往往因具有一定的不合理性而遇到阻力。比如，大多数省市均有以建设工程规划许可证为清算单位的政策规定，而房地产公司建设工程规划许可证的办理受多方面因素的影响，如项目业态规划、融资需求、地理条件、销售计划等等；部分省市建设工程规划许可证划分较细，要求一栋楼办理一个规证，导致一个项目可能有几十个规证。
一方面，建设工程规划许可证的办理受各种主观因素和客观因素的影响，作为清算单位的合理性与立法精神有出入；另一方面，对于划分较细的项目，以建设工程规划许可证为清算单位等同于以每一栋或几栋楼为清算单位，不具有实操性，也给税收征管带来了一定的障碍。因此，部分省市虽然明确规定以建设工程规划许可证为清算单位，但也有以分期等作为清算单位的实践。
目前土地增值税清算单位的认定缺乏全国性统一的明确条文，有些地方出台的文件过于强调将证书作为清算单位的标准，而忽视了不同开发项目可能存在的特殊情况；有些地方出台的文件又过于依赖企业的职业判断，而忽视了企业和税务机关可能存在的操作和执法方面的税收风险。各地执行口径的较大差异，造成大型房地产开发企业在不同地方的开发项目在毛利率接近的情形下，土地增值税的税负产生差异，操作也异常复杂。
建议在国家税务总局层面对清算单位进行清晰明确的界定，尽量使不同地方的清算口径趋于一致，减小地方差异。
读者在实操时需要与主管税务机关进行充分的沟通，以降低税收风险。