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由于历史原因，“文化大革命”以后组建的地方出版管理机构，除了北京、上海等地外，大多数地方出版局都曾与出版总社或地方人民出版社一个机构两块牌子，既从事出版管理，也负责出版经营，属于事业编制。党的十四大以后，我国逐步确立社会主义市场经济体制，转变政府职能、政企分开成为实行体制改革的一项重要措施。一些地区开始对局社编制和机构进行调整，将新闻出版局纳入政府序列，脱离事业编制，这一举措为后续出版集团成立、新闻出版局同出版社分开奠定了基础。与此同时，政府积极推行出版管理和经营体制改革，着力增强出版单位面向市场自主经营的能力。“九五”期间，出版系统实施“不均衡发展”战略，开展出版集团试点工作。发行体制改革也进入培育和规范全国统一、活跃、有序的大市场的阶段。出版单位以提高质量为中心的多样化的目标责任制得以普遍建立。
随着我国社会主义市场经济体制和依法治国战略的实施，这一阶段我国的出版法制建设取得了突破性进展。1991年6月1日，《中华人民共和国著作权法》施行。从1992年起，我国先后加入了《保护文学艺术作品伯尔尼公约》《世界版权公约》和《保护录音制品制作者防止未经许可复制其录音制品公约》，加强了知识产权保护。此后，国务院先后颁布实施了《出版管理条例》《印刷业管理条例》等几个出版领域效力最高的行政法规。在出版物管理方面，国务院、新闻出版署制定了《音像制品管理条例》《音像制品出版管理办法》《音像制品进口管理办法》《音像制品复制管理办法》《电子出版物管理规定》。在出版发行、市场管理和行政执法方面，新闻出版署和有关市场管理部门出台了《图书总发行管理的暂行规定》《出版物市场管理暂行规定》《出版管理行政处罚实施办法》《新闻出版行政执法证管理办法》。这些规章和政策性文件，在产品形态上涵盖了图书、期刊、电子出版物、音像出版物等不同出版物形式，在产业链条上涵盖了出版、复制和发行以及行政管理等各个环节，基本形成了一个覆盖全面的出版法律体系，为我国出版业行政管理的依法办事提供了法律依据。
在这些出版法规中，具有里程碑意义的是《出版管理条例》的颁布实施。《出版管理条例》于1997年1月由国务院以行政法规形式颁布，同年2月1日起实施。这是确立我国出版管理体制的最高级别的法规，把新中国成立以来诸多出版管理方面的实践探索上升为国家法规，规定了出版活动和出版管理的基本原则和制度。
2001年中国加入WTO前后，对以上行政法规与规章适时进行了修订。2001年8月2日，修改后的《印刷业管理条例》经国务院第43次常务会议通过并自公布之日起施行；同年12月，国务院公布了新修订的《音像制品管理条例》《出版管理条例》并自2002年2月1日起施行。此外，《计算机软件保护条例》《互联网出版管理暂行规定》于2002年正式实施。这些法规和规章的出台，使得我国出版业从单纯依靠政策管理过渡到既靠政策又靠法制治理，逐步走向全面实现依法治理的发展道路。
重大选题备案制度作为我国图书出版管理的特色，是对《出版管理条例》的进一步细化和延伸。20世纪90年代初，国家出版行政部门针对涉及国家安全、民族宗教、社会安定等方面的重大选题加强宏观管理。
1990年5月，新闻出版署发布《关于对描写党和国家主要领导人的出版物加强管理的规定》，明确“描写党和国家主要领导人的出版物”，限由人民出版社、中央文献出版社等专门出版社出版
。同年8月，中共中央宣传部、中央文献研究室、新闻出版署再做补充规定，要求正式出版毛、周、刘、朱、任、邓、陈和现任中央常委未发表过的历史文稿须经中央文献研究室审批，并报新闻出版署备案
。1991年4月，新闻出版署发布《关于出版党代会、党中央全会和全国人代会文件及学习辅导材料的暂行规定》，规定党代会、党中央全会和全国人代会文件由人民出版社出版；相关学习辅导材料由指定的出版社出版，且须报上级主管部门审批、新闻出版署备案
。1993年2月，中共中央宣传部、新闻出版署印发《关于发表和出版有关党和国家主要领导人员工作和生活情况作品的补充规定》，明确这类图书限由人民出版社等指定出版社出版，且须将选题和书稿报主管部门审核，并报新闻出版署审批。
次年8月，新闻出版署发布《关于期刊发表有关党和国家主要领导人工作和生活文章、图片的规定》。此外，1990年4月，新闻出版署印发《关于对涉及苏联、东欧国家的图书的出版加强管理的通知》；1993年10月，中共中央宣传部、中共中央统战部、新闻出版署、国家民族事务委员会、国务院宗教事务局联合发布《关于对涉及伊斯兰教的出版物加强管理的通知》；1994年3月，中共中央宣传部、新闻出版署、军委总政治部发出《关于加强军事题材出版物出版管理规定》。1998年8月，上述三部门又发出了《关于加强军事题材出版物出版管理的补充规定》，对军事题材出版物的出版程序进行了规范。
经过多年的管理实践，1997年10月，新闻出版署印发《图书、期刊、音像制品、电子出版物重大选题备案办法》，规定凡涉及国家安全、社会安定，对国家政治、经济、文化、军事、外交等产生重大影响的出版选题，均应按照规定程序，报国家出版行政管理部门备案。此办法同时明确，“重大选题”主要包括有关党和国家的重要文件、文献选题，党和国家曾任和现任主要领导人著作、文章及有关其生活和工作情况的选题，涉及民族、宗教问题的选题等15项内容。2001年修订的《出版管理条例》和《音像制品管理条例》将重大选题备案条款列入，此后又做了一些补充规定，出版物重大选题备案制度由此成为一项重要的出版物内容管理制度。
与此同时，国家对书号、刊号、版号的管理也进一步完善。从20世纪80年代末期开始，书号、刊号成为有价数字，出现了买卖现象。为此，新闻出版署于1989年7月发布《关于在全国出版社整顿协作出版、代印代发的通知》，针对借协作出版之名买卖书号之风开展整顿工作，对经查证确属卖或变相卖书号的，没收卖书号所得的利润并从重罚款，给予相关出版社停业整顿或撤销登记的处分
。1993年10月，中共中央宣传部、新闻出版署出台的《关于禁止“买卖书号”的通知》规定，任何单位或个人通过购买书号出版的图书，均属非法出版物，对相关出版社给予没收非法所得、罚款、追究责任、停业整顿、撤销社号等处置
。1997年1月，新闻出版署发布《关于严格禁止买卖书号、刊号、版号等问题的若干规定》，明确将购买书号、刊号、版号并参与出版、印刷、复制、发行等活动列为“非法出版活动”，要求坚决予以取缔
。从1994年开始，新闻出版署对出版单位使用书号进行宏观调控：各出版社每个年度的书号使用量，按每位编辑一年发稿不超过5种计算，总量一般不得超过前三年出版新书的年平均数。这一规定，意味着书号成为对出版行业进行调控的重要手段。
党的十四大明确了以建立社会主义市场经济体制作为经济体制改革的目标，出版体制改革也着力推动高度集中的计划经济体制，向社会主义市场经济体制下的出版体制转变。1994年，在全国新闻出版局长会议上，新闻出版署明确提出新闻出版业应从以规模数量增长为主要特征的阶段向以优质高效为主要特征的阶段转移。为了确保阶段性转移目标的实现，新闻出版署提出了一系列的配套改革措施，包括推动出版单位经营机制转变、培育和建立出版市场体系、加强和改善宏观管理等。
出版财税政策包括税收、财政投资、财政补贴等方面
。改革开放以来，税收政策经过了3次较大的调整，每次都涉及出版业。1983年，国家在启动税制改革后实行利改税政策，确定了出版业应当缴纳的14种税种，基于出版业的文化属性，对其所得税、营业税、增值税等实行减征的优惠政策，税后利润全部留给出版系统，以发展出版事业。从1993年开始，国家进一步扩大税收减免范围：对出版业只征收增值税，不再征收营业税；对中国共产党和民主党派各级组织、各级人民政府等的机关报刊，大中小学学生课本和少儿报刊、科技书刊等免征增值税；对少数民族地区出版物销售减征或免征营业税。从1994年开始，实行以增值税为主体，消费税、营业税并行，内外统一的流转税制；同时对企业所得税制进行改革，将面向国营、集体和私营企业分别征收的多种所得税，合并为统一的企业所得税。
除了税收减免政策外，国家对出版业还有一系列的财政政策给予直接扶持。1991年，国务院颁布《中华人民共和国固定资产投资方向调节税暂行条例》，对图书发行网点建设给予零税率优惠，全国定点书报刊印刷厂及定点出版社、报社、杂志社投资项目税率为5%（非全国定点投资项目税率为30%）
。同年10月，财政部、新闻出版署发布《关于建立出版企业发展专项资金的规定》，设立专项资金，对出版专业学术著作和国家重点图书出版，出版社、书刊印刷厂技术改造、设备更新，图书发行网点改造等给予资金扶持
。1993年税制改革后，中央财政设立“出版企业发展专项资金”，支持出版企业的技术改造、网点建设和重点图书出版。1997年，国家科委、财政部、新闻出版署出台《国家科学技术学术著作出版基金管理办法》，设立“国家科学技术学术著作出版基金”。
20世纪90年代中后期，党和国家对加大出版公共投入提出了明确要求。1991年，新闻出版署、财政部出台《关于调整少数民族省（区）图书发行折扣的若干规定》，明确对发往少数民族省份的一般图书的批销折扣加大优惠力度
。同年，新闻出版署、国家计划委员会、建设部发布《关于图书发行网点建设若干问题的通知》，要求各地区根据具体情况制定图书发行网点建设规划，争取用五年时间，改善与“两个文明”建设严重不适应的状况，特别要加快恢复农村供销社书店
。此后，中共中央宣传部、新闻出版署等五部委联合发布《关于加强农村图书发行工作的意见》，要求切实加强农村图书货源组织和供应工作，对农村发行实行优惠政策
。1996年，中华全国供销合作总社、新闻出版署发布《关于加强农村图书、音像制品发行工作的通知》，提出从提高农村供销社经营图书的批零差率或代销手续费、坚持包退包换制度、坚持送货制度、对基层供销社代发行业务在发行折扣上给予优惠等方面提供支持
。考虑到农村新华书店发行网点主要服务于农村文化发展，其亏损部分主要由增值税返还、发行中小学教材利润进行补贴。与此同时，国家还实行文化、科技、卫生“三下乡”制度，在农村地区建立了一大批图书阅览室。