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在1954年第一届全国人民代表大会后，新的中国政权组织形式和各级政权机关基本建立，并从1954年年底开始，用一年多时间对各级政府机构进行了较大规模的调整，出版管理机构及管理方式也得到了相应的调整。
1954年11月，根据《中华人民共和国国务院组织法》，撤销中央人民政府出版总署，在文化部内设出版事业管理局，作为文化部指导、管理全国出版事业的职能机构，承担管理全国出版工作的职责。至于地方出版行政管理机构，1954年6月，根据中央人民政府决定，各大行政区撤销，其出版行政机构也相应撤销。在文化部设置出版事业管理局后，各省、自治区、直辖市的出版行政管理工作也是在文化厅（局）下设置出版事业管理处，仅上海市因工作需要于1957年7月将出版事业管理处改组为上海市出版局
。
新中国成立初期，出版业中存在着多种经济成分。中央人民政府出版总署在不断加强和壮大国营出版、印刷、发行业的同时，通过调整公私关系，对私营出版业进行调整和初步改造。1951年10月，中共中央宣传部向中共中央报告对私营出版业缺乏严格的管理和指导以致大部分私营出版业从事投机的问题，明确对于真正愿意为人民出版事业而努力的私营企业务必于5年内将其大部分改为公私合营，对于投机出版企业应逐步肃清
。中央人民政府出版总署草拟《管理书刊出版业印刷业发行业暂行条例》并于1952年8月对外公布，通知各地出版行政机关办理公营、公私合营和私营企业的申请核准营业登记工作，对从事投机的、没有出版力量的、出版有害书籍的私营出版社加以整顿和取缔，从而限制了私营出版业在数量上的发展。从1953年起，中央人民政府出版总署将工作重点放在整顿、巩固和改进国营企业，重点发展国营出版企业力量，有计划、有步骤地进行对私营企业的社会主义改造之上，使出版事业逐步地由国家掌握。截至1953年年底，我国共有国营出版社54家，公私合营出版社7家，在淘汰66家投机出版社后，私营出版社剩余290家。1954年，中央人民政府出版总署针对整顿和改造私营出版业提出了具体的方针、步骤和方法，要求对私营出版业积极而稳妥地进行整顿和改造并预期在第一个五年计划期内完成。截至1954年年底，全国共有国营出版社54家，公私合营出版社16家，私营出版社经过整顿和改造后剩余97家。
1955年，我国采取联营、合并、淘汰等方法改造了70余家私营出版社。截至1956年，对全国私营出版业的社会主义改造基本完成。
从1953年起，中国进入大规模的有计划的社会主义建设时期，1955年制定通过了《中华人民共和国第一届全国人民代表大会第二次会议关于发展国民经济的第一个五年计划的决议》。为了在出版领域贯彻落实这一规划，中央人民政府出版总署研究制定了《全国出版事业五年建设计划大纲（草案）》，推动出版业走上计划化的道路。1955年，文化部制定《出版事业十五年远景计划（1953—1967）》，其中提到的基本任务包括大力发展国营出版事业和改造私营出版事业，出版马列经典著作、科技书刊、文艺书刊及通俗读物，提高出版物思想政治水平和科学技术水平，合理规划印刷厂的分布并发展生产力，扩充全国城乡图书发行网和发行量，发展少数民族出版事业，等等。
1957年，我国出版事业全面实现了经1956年调整过的第一个五年计划发展目标，此外，该计划草案对三个五年计划的任务均列出了具体指标，但因为后来“左”倾思想的严重干扰，计划中的许多目标未能实现。
为了进一步规范出版物管理，1955年一届全国人大常委会第二十三次会议通过了《关于处理违法的图书杂志的决定》，规定图书杂志存在反对人民民主政权、违反政府现行政策和法律法令、煽动民族和种族歧视和压迫、破坏国内团结等六种情形的，做停止发行、停止出卖、停止出租或没收处理
。同年7月，国务院发布的《关于处理反动的、淫秽的、荒诞的书刊图画的指示》规定，根据不同的毒害程度，处理反动的、淫秽的、荒诞的书刊图画应采取查禁、收换、保留等不同的办法。同时，国务院还批准了《管理书刊租赁业暂行办法》，规定书刊租赁业核准营业等事项，以保障有益书刊图画的流通。
并且，从1955年8月开始，在全国范围内开展处理反动、淫秽、荒诞书刊图画的行动，这是新中国成立后首次开展的大规模净化出版物的市场行动，对广大读者特别是青少年和儿童的身心健康起到了保护作用。这一时期颁布的部分法规，奠定了新中国图书制度的基础，至今仍然在发挥效力。中央人民政府出版总署于1954年4月修订的《关于图书版本记录的规定》，规定了书籍、图片版本记录的10项项目；文化部于1955年发布的《关于书籍、杂志使用字体的原则规定》《关于汉文书籍、杂志横排的原则规定》对书籍排印正文和杂志使用的字体、字号做了具体规定，要求各出版社、杂志社自1956年起新发排的汉文书籍，除影印古籍以及少数有特殊原因不能或不宜横排者外，一律采用横排。与此同时，稿酬制度进一步加以完善，1958年文化部发布《关于文学和社会科学书籍稿酬的暂行规定（草案）》，取消印数定额，采取“基本稿酬”（按字数与质量）加“印数稿酬”的办法，重版书按照累计印数支付印数稿酬。1964年，文化部改革稿酬制度，废除印数稿酬，只按字数一次付酬，再版不再付酬
。
1956年对生产资料私有制的社会主义改造基本完成后，我国进入全面建设社会主义阶段。1957年以后，出版事业受到“反右”扩大化、“大跃进”、“反右倾”等政治运动影响，在发展中出现了不少曲折。1957年，中央发起整风运动，出版系统的一批干部和专业人员在这次运动中被错划为“右派分子”。1958年，全国进入“大跃进”时期，出版系统片面追求数字指标，盲目要求快速出书，浮夸风气盛行，不顾纸张等出版物质的生产能力，忽视出版物质量，许多书籍粗制滥造，有些还出现了严重的政治错误，妨碍了出版事业的正常发展。1959年3月，中共中央发出《关于报刊书籍出版发行工作几个问题的通知》，强调“一切出版物的出版和发行，必须有目的、有计划地进行，必须首先注意质量，考虑它的实际效果，决不要为出版而出版，为发行而发行”
。1960年，根据中央的“调整、巩固、充实、提高”方针，中共中央宣传部和文化部对出版工作进行了全面整顿。一是为提高书籍质量和促进出版事业发展，通过撤销、合并等方式，将42家中央一级出版社缩减一半左右，人员精减一半以上，明确了各社任务和分工，纯洁了编辑队伍；二是集中力量对图书质量进行检查，对有内容错误的图书分类做出处理。1961年，文化部党组报送《关于提高书籍质量、改进出版工作的意见（修改稿）》给中共中央宣传部，提出制订长远选题规划和年度选题计划、坚持书稿编辑审校制度、坚持定期检查书籍质量、提高编辑人员水平、加强对全国出版社统一管理等保证和提高出版物质量的改进措施
。1962年，在总结多年经验的基础上，文化部出版事业管理局制定了《出版社工作条例试行草案（第一次稿）》，从十个方面（出版社方针任务，图书质量和数量，出版规划和计划，编辑、校印、发行、宣介和经营管理工作，干部工作和党的领导，等等）对出版社工作进行了全面系统的制度设计。从1957年起，出版管理机构对中央一级专业出版社进行了多次调整。到1965年年底，全国共有出版社87家（中央出版社38家，地方出版社49家）
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在调整出版机构和整顿出版队伍的基础上，国家从1963年开始有步骤地对新华书店从总店到基层书店进行整顿。当年9月，文化部颁发《新华书店县店工作条例（试行草案）》，作为新华书店工作的一项重要基本建设，该条例总结了新华书店总店多年来的发行工作经验，以及“大跃进”高指标、浮夸风等教训，对于加强省级书店对基层书店的领导和管理、推动基层书店特别是县书店改进工作、提高发行工作质量起到了积极作用
。
1966年5月至1976年10月的“文化大革命”十年，是我国的社会主义事业遭受挫折和损失的十年，出版作为文化事业的重要组成部分，不可避免地成为重灾区。
1966年5月16日，中共中央政治局扩大会议通过《中国共产党中央委员会通知》，“文化大革命”全面发动。当年8月，文化部出版事业管理局及所属单位的出版业务基本停顿，只有毛泽东著作、毛泽东像的出版发行工作持续开展。自1967年1月开始，全国掀起全面夺权的风潮，文化部机关被“造反派”群众组织夺权，包括出版事业管理局在内的各部门工作陷入瘫痪
。“文化大革命”期间，全国出版管理机构先后有“毛主席著作出版办公室”“国务院出版口”“国家出版事业管理局”三个部门。
毛主席著作出版办公室成立于1967年5月，虽不是国家编制系列内的管理部门，但在一个短时期内“代行原出版局的职权”，下设秘书、印制、物资三个组。这个临时性机构的主要职能是：完成《毛泽东选集》一至四卷的出版任务；编制《毛泽东选集》第五、六卷的印制计划和进行物资准备；制订毛泽东著作、毛泽东像的年度出版计划，经中央批准后下达，并检查各地执行情况；与中央有关部委会商出版物资生产计划的制订和向全国分配供应工作；办理毛泽东著作新版本、毛泽东新摄影像向中央报批和布置印制工作；汇总毛泽东著作、毛泽东像全国出版统计；负责全国其他图书及课本、报纸、期刊出版用纸及印刷机械等物资的申报、分配、管理工作
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1970年5月，国务院批准成立“出版口领导小组”，毛主席著作出版办公室随后被并入出版口。国务院出版口设政治部、出版发行部、印刷部和办公室、计财室，此后又将出版发行部分开，成立出版部、发行部，承担原文化部出版事业管理局的职责。1973年9月，国务院出版口改为国家出版事业管理局，直属国务院领导，各省（区、市）也相继成立了出版局，全国出版行政管理系统逐步恢复。
“文化大革命”开始后，许多出版社被合并或撤销。到1970年年底，全国出版社从“文化大革命”前的87家减至53家，总从业人数相当于“文化大革命”前的46.3%，编辑人员相当于“文化大革命”前的29.6%
。出版的大部分图书被停止出售、禁止借阅甚至焚毁。据统计，1966年至1970年，除毛泽东著作、少量马列著作及中小学课本外，一般书籍出版量锐减，学术著作、文艺创作和科技专著更是屈指可数
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1970年国务院出版口领导小组成立后，立即恢复出版工作，迅速启动《新华字典》编写工作。1971年3月，国务院出版口组织召开全国出版工作座谈会，周恩来总理亲自听汇报，征求对出版工作的意见，研究制订1971年出版计划。
4月12日，周恩来总理接见了座谈会领导小组成员，就批判出版界的极左思潮问题发表了意见。之后，被中断的“二十四史”点校工作得以重启，出版口还组织力量收集、翻译、出版世界各国历史书籍，有计划地编译出版中外地理书，选编出版“农村版图书”，有选择地影印一批古籍并重印《红楼梦》研究著作及参考资料，研究制定图书定价试行标准。1972年，国务院出版口讨论通过了中央出版单位出版的部分图书分区协作印制办法，还恢复了对全国各种出版物出版情况的统计报表，以期实现统计资料的完整性。国家出版事业管理局于1973年成立后，开始着手制定《1974—1975年印刷技术改造规划》，1975年推出《国家出版局关于出版事业十年规划的初步设想（草稿）》《一九七五年至一九八五年中外语文词典编写出版规划（草案）》等，启动《辞源》修订以及《汉语大词典》编写出版等重大出版工程。这一系列的调整和整顿，为出版界带来了一线生机。
1976年10月，“四人帮”覆灭，“文化大革命”结束，我国的社会秩序得以恢复，党和国家的各项事业开始走上健康发展的轨道，在“文化大革命”时期受到严重摧残的出版事业也开始进行拨乱反正，逐步走向正规。
党中央管理出版的机构主要是中共中央宣传部。1977年11月，中共中央宣传部重新成立，恢复了中共中央宣传部出版局的建制，而政府系统早在1973年就成立了国家出版事业管理局，各省、自治区、直辖市也相继成立了出版局，全国出版行政管理系统得以重建。
1977年12月，国家出版事业管理局在北京召开了全国出版工作座谈会，会上批判了“四人帮”的“黑线专政”论，推翻了“四人帮”强加在出版界的“两个估计”（即认为“文化大革命”之前17年的出版工作是“反革命专政”，“出版队伍基本上是资产阶级的”），摆脱了束缚在出版业和出版工作者身上的精神枷锁，为进一步拨乱反正、解放思想提供了前提条件。
1977年的全国出版工作座谈会还讨论了出版工作的路线、方针、政策，提出了1978—1980年出版计划和1978—1985年出版规划设想。1978年7月，国务院批转了国家出版事业管理局《关于加强和改进出版工作的报告》，该报告提出了这一时期出版工作的基本任务是要完整地、准确地宣传马克思列宁主义、毛泽东思想的科学体系，坚持出版为无产阶级政治服务、为工农兵服务的方向，坚持百花齐放、百家争鸣的方针，坚持古为今用、洋为中用和推陈出新的方针，坚持群众路线，正确贯彻知识分子政策，建设一支又红又专的编辑出版队伍，等等。报告还对当时出版的具体任务做出了部署：增加图书品种，缩短出版周期，尽快改变印刷技术落后、印刷力量不足和经营管理不善的状况，整顿和加强图书发行工作。报告还对充分发挥中央和地方两个积极性、加强图书出版的管理以及出版社的领导体制（党委领导下的社长、总编辑分工负责制）提出了具体要求，对于出版业的恢复和规范管理起到了积极推动作用。
1977年12月，教育部和国家出版事业管理局联合召开了全国教材出版发行工作会议。随后不久，国务院批转了教育部《关于高等学校教材编审出版工作的请示报告》，同时出台了《关于高等学校教材编审出版工作若干问题的暂行规定》，提出要在1980年之前编审出版一套质量较高的通用教材，以及相当数量的教学参考书、工具书，1985年以前编审几套适应各种办学形式和要求，具有不同风格和特色，反映国内外先进科学技术水平的社会主义新教材。上述文件还对教材建设的编审、出版及管理等进行了明确分工。
1978年，国家出版事业管理局会同有关部门出台了《关于加快和改进词典编写出版工作的请示报告》《关于大力加强科技图书出版工作的报告》《关于加强少年儿童读物出版工作的报告》《关于编辑出版〈中国大百科全书〉的请示报告和补充报告》等相关出版管理文件，对辞书、科技图书、儿童读物等重要类别出版物做出部署和规定，有力地促进了出版事业的恢复和发展。
除此之外，1977年9月，国务院批准了国家出版事业管理局上报的《关于新闻出版稿酬及补贴试行办法的请示报告》，从1977年10月1日起开始实施，从而恢复了取消多年的稿酬制度，这在当时也是一个重要的突破。