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在2000年《若干解释》第62条的基础上，法院不断对适用规则进行细化。2004年《关于审理行政案件适用法律规范问题的座谈会纪要》（简称《座谈会纪要》）首次对规范性文件的法律地位进行了明确，即：“人民法院可以在裁判理由中对具体应用解释和其他规范性文件是否合法、有效、合理或适当进行评述。”《座谈会纪要》相较于《若干解释》具有以下进步：一是在规范层面明确规范性文件不是正式的法源，对法院不具有规范意义上的拘束力。二是审查标准的明确化，提出了“合法、有效、合理或适当”的审查标准。三是法院可以在裁判理由中对规范性文件是否合法、有效、合理或适当进行正面评述。2009年最高人民法院根据2000年《立法法》等法律规定，公布的《关于裁判文书引用法律、法规等规范性法律文件的规定》第6条规定：“对于本规定第三条、第四条、第五条规定之外的规范性文件，根据审理案件的需要，经审查认定为合法有效的，可以作为裁判说理的依据。”该规定再次重申了《若干解释》第62条第2款，法院对行政规范性文件的“间接”审查权。
与此同时，在司法实践中，法院通过多种方式对规范性文件进行合法性判断，主要借由以下两条路径展开：一是将规范性文件这一抽象行政行为转化为具体行政行为进行审查。在“平湖市南市白蚁防治站诉平湖市规划与建设局侵犯企业经营自主权案”中，原告认为通知与答复侵犯了其经营自主权，但是法院对此并未直接进行回应，而是借由对政府根据通知、答复作出的行为进行审查从而对规范性文件作出间接判断。二是借由个案的“选择性适用”，即法院在行政诉讼中为了正确适用法律而对规范性文件进行合法性判断。法院对于个案中规范性文件的合法性判断思路大体趋同，主要从内容上进行合法性判断。最为典型的就是指导案例“陈某诉南京市江宁区住房和城乡建设局不履行房屋登记法定职责案”，该案中法院对司法部、建设部制定的《关于房产登记管理中加强公证的联合通知》“是否违反上位法”以及“不得设定非法义务，侵害相对人合法权益”等方面进行内容合法的判断。也有部分案件在此基础上进行深度审查，比如在“宜昌促进会案”中，法院从制定主体、内容是否违反法律法规的禁止性规定、内容是否符合目的三个方面进行审查。但是总体而言，在这一阶段法院的消极审查态度明显，
法院大多未对规范性文件进行合法与否的判断，往往不说明理由直接适用规范性文件，尤其在涉及技术规范与标准、程序性的规定以及政策性规定时表现得最为明显。比如在“盐城市奥康食品有限公司东台分公司诉盐城市东台工商行政管理局食品安全行政处罚案”中，法院直接依据GB 7718—2004《预包装食品标签通则》认定原告行为违法。
可见，在这一阶段法院对规范性文件的司法审查仍然在“法律适用层面”讨论，多个司法解释只是对合法性判断规则进行细化。同时，司法实践通过个案不断地丰富规范性文件的合法性判断路径，形成涟漪效应，将开放性、灵活性不断地导入具体个案的法律判断中，塑造整个法律共同体对规范性文件司法审查的理解。