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脾主运化，为后天之本，肾主藏精，为先天之本。脾运化的是水液，而肾主水液，脾和肾之间主要为先后天相互促进和津液之代谢的关系。
在先后天方面，肾藏精，主人体之生长发育和生殖，是先天之本；脾主运化，为气血生化之源，是后天之本。先后天的关系为“先天生后天，后天养先天”，脾主运化，脾之运化要依靠脾阳气作用，不过脾阳要依靠肾阳之温煦才可强盛。肾藏精，不过肾精一定要通过脾气运化水谷精微之气不断地资生化育，才可充盛不衰，促进人体生长发育和生殖。病理方面，脾肾之间相互影响。
水液代谢方面，人体的水液代谢过程非常复杂，为多个脏器工作作用之结果，而脾肾之作用更为重要。脾运化水液，是水液代谢之枢纽，肾主水液，气化发挥在整个过程之中，所以有“其本在肾，其制在脾”的说法，概括了脾肾二脏于水液代谢过程中的作用、特点。病理上，脾肾而脏功能失调，会导致水液代谢障碍，表现出水肿、腹泻、小便不利等症。
生活中，一旦脾的后天能力较差，就会消耗先天之精，这就是为什么脾虚时间久了会肾虚。临床上出现脾气虚弱，无法运化水液，或者肾阳虚损，导致水液之输布、排泄发生障碍，表现出尿少、头面水肿、下肢肿胀、腹胀、怕冷、腰膝酸软等脾肾阳虚证。反之，如果先天肾气衰弱，脾也很难维持正常的活动和运转，导致肾阳不足，无法温煦脾阳，或者脾阳久虚，损伤肾阳，发生脾肾阳虚证，表现出腹部冷痛、腰膝酸软、五更泄泻等症。