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绩效审计方法有广义和狭义之分。从广义上说，绩效审计方法是指在审计工作中为了实现绩效审计目标而采用的工作模式、程序、措施和手段的总称，包括绩效审计管理方法、绩效审计工作规划编制方法，绩效审计工作组织实施方法、绩效审计取证方法，以及绩效审计工作质量与成果的考核方法等。从狭义上说，绩效审计方法主要包括绩效审计框架或模式，以及开展绩效审计所采取的具体方法。
另外在绩效审计过程中，还应运用唯物辩证法，包括实事求是，一切从实际出发，透过现象看本质；要相互联系看问题，要有长远观点，要有全局观点，既要凭借专业技能，又要依靠公众评判等；还要掌握逻辑方法，就是善于用概念、判断、推理、假说等逻辑思维形式，对事物进行归纳、演绎与综合评价。
绩效审计管理方法是指对审计主体活动及审计过程进行控制和调节的各种措施和手段，其目的在于提高审计质量和审计效率，保证各种审计资源得到有效利用。审计范围可变性大，其管理内容、手段多种多样，主要有审计主体、审计质量和审计信息等方面的管理。
审计主体管理方法包括机构设置、人员编制、岗位责任、人员培训考核等管理方法，具体体现为绩效审计具体项目团队建设、职责分工、培训考核等。
审计质量管理方法包括全面质量控制与项目质量控制，其中全面质量控制包括职业道德规范、专业胜任能力、审计工作手册、内部审计资源、督导和复核机制、审计质量评估等，项目质量控制主要包括指导内部审计人员执行项目审计方案、监督审计实施过程、检查已实施的审计工作等。
审计信息管理方法是指对审计信息收集、处理、存贮与应用的各种措施和手段，如信息管理的一般方法、审计统计方法、审计档案管理方法等。
绩效审计规划是指对本项目进行合理组织和安排时所采用的各种措施和手段，其目的在于确定绩效审计目标，合理分配各种绩效审计资源，以保证绩效审计工作经济而有效地进行。绩效审计规划主要内容包括绩效审计计划制订、审计程序确定、审计方案设计等。其中：绩效审计计划制订涉及如何设计审计总体目标，以及对审计活动长、短期安排；审计程序确定主要指对一般审计步骤的设计问题，包括对审计准备、实施与结束工作的具体安排；审计方案设计涉及对具体审计项目进行审计的要点、审计顺序、审计时间、人员分工等部署问题。
绩效审计工作模式是指开展绩效审计工作的总体思路，它主要揭示绩效审计的主要方向、重点和审计范围，体现的是绩效审计全局或战略性思维。常见的绩效审计工作模式主要有以结果为导向的审计模式、以内部控制系统为导向的审计模式、以问题为导向的审计模式、以责任为导向的审计模式及以成本效益为导向的审计模式。
审计人员所选择的绩效审计模式在实务中通常会综合上述思路，既关注经济性、效率性、效果性，又关注业务流程内部控制建立与执行的有效性，重点揭示重大问题与风险，明晰界定责任归属等。
绩效审计查证方法是指进行绩效审计具体项目所采用的审计方法或步骤，体现的是绩效审计的局部思维和具体审计策略，主要包括审计证据的收集方法和分析方法。绩效审计中，常用的审计证据收集方法和分析方法有审阅法、观察法、调查法、信息化应用和大数据分析方法、数据分析法和专题讨论会等。
审阅法是通过对书面文件资料进行审查、阅读而取得证据的一种方法。绩效审计中，审计人员可以根据需要，查阅被审计单位的报表、账册、财务收支计划、内部管理制度、重要会议记录、文件合同，调阅相关的审计档案、统计资料等。对文件资料的审阅和研究，有助于审计人员掌握有用的信息和数据，但必须紧密围绕审计目标，并需要对所用文件的可靠性做出适当评估。
观察法是通过实地观察来取得审计证据的一种方法。这种方法主要应用于调查被审计单位的经营环境、内部控制制度的遵循情况和财产物资的管理等方面。运用这种方法，审计人员可以获得实物和行为的亲历证据，判断被审计单位行为的规范性和实物的真实性。为了增强证据的可信度与说明力，在实地观察中可以同时采用录音、录像、拍照等方式来取得审计证据。
调查法即凭借一定的手段和方式（如访谈、问卷），对某种或者某几种现象、事实进行考察，通过对搜集到的各种资料进行分析处理，进而得出结论的一种方法。其中，访谈系通过召开座谈会或个别访谈而取得证据。访谈有多种方式，可以通过电话进行访谈，可以面对面进行访谈，也可以通过信函、网络的方式进行访谈。访谈可以一对一地进行，也可以以一对多、多对多地召开座谈会的形式进行。
访谈的对象既可以是被审计单位的领导和职工，也可以是被审计单位的上级主管部门、有关监管部门、组织人事部门及其他相关部门。运用这种方法，审计人员可以在更广的范围内收集信息，拓宽审计思路，发现重点关注领域。但应注意的是，访谈获取的证据一般不能作为唯一的事实性证据，就是说，访谈获取的证据还需要经过审计人员的进一步证实。
信息化应用和大数据分析方法是提升绩效审计质量和效率的重要方法。应用大数据分析模型开展风险评估，有助于审计人员从海量数据中快速锁定审计线索和潜在风险，实现对被审计单位或事项的“精准画像”。
绩效审计信息系统的建设主要包含两方面的内容：一是建立审计信息库；二是搭建审计信息化作业平台。绩效审计信息系统应具备审计项目管理、审计监测、数据分析、成果共享和审计信息支持等工作模块，通过信息化手段加强对审计活动、流程及其相关资源、成果的管理，提升绩效审计工作的质量和效率。
大数据分析方法是参照数理统计学原理，依托相关技术工具，对数据进行准确解读和分析的一系列技术方法的统称。大数据分析方法在绩效审计中的应用主要有两个方面。一是全景视图分析。审计人员通过对被审计单位的业务数据进行全方位的“扫描”，从多个层次、多个维度对相关单位、业务条线的发展变化情况进行比较分析，归纳出发展中的优势和不足，对被审计单位或事项进行“精准画像”。二是数据挖掘分析。审计人员结合被审计单位的关键业务、关键环节和关键风险点，构建风险评估模型，使用全量数据开展数据挖掘，运用聚类、关联、群集等分析方法，从海量数据中发现异常现象，快速获取线索、定位风险环节、锁定审计疑点，进而结合现场审计情况确认被审计单位或事项绩效管理存在的主要问题。
随着信息化的持续发展，大数据在各行各业得到广泛应用，利用大数据环境，运用信息化手段，加大数据挖掘力度，突破审计数据运用模式，开展审计业务工作，能够有效提升审计效率。
专题讨论会，即通过召集组织相关管理人员就经营管理活动特定项目或者业务的具体问题进行讨论的方法。
根据绩效审计对象、范围与内容等确定的审计方向及重点，审计人员应采用判断抽样和随机抽样相结合的审计方法进行符合性测试和实质性检查。
一般针对具体业务或项目，按照业务事项发生的频率并参照国际通行的抽样矩阵确定抽样数量，即：业务每年发生一次的，抽1笔；每年一次以上至每月一次的，至少抽2笔；每月一次以上至每周一次的，至少抽5笔；每周一次以上至每天一次的，至少抽15笔；每天多次的，至少抽25笔。
确定样本量后，审计人员应根据所检查业务流程的经济业务特性和样本分布情况，按审计抽样的相关规定选择合适的样本。
在实施审计抽样时，还应考虑以下因素。
（1）应侧重抽取发生业务的重要单位和异常业务发生单位的样本。
（2）应侧重抽取主要的供应商等重要业务发生对象和异常业务发生对象的样本。
（3）应侧重抽取年初、年末或半年末、季度末的样本。
（4）应侧重抽取金额较大和金额异常的样本。
（5）应侧重抽取某些特定或非正常事项的样本，如涉及争议合同、风险项目、红字冲销账务、预算外支出等事项。
数量分析法，即对经营管理活动相关数据进行计算分析，并运用抽样技术对抽样结果进行评价的方法。
比较分析法是通过对不同来源的有关指标、数字等内容的对比，或通过与评价标准的对比，来进行数据或证据分析的一种方法。在应用比较分析法时，可以将实际（决算）数据与计划（预算）数据进行比较，也可以将不同分析期的数据进行比较。除了有关的指标、数字，可用于比较的内容还有：有关的事实情况；不同时间、空间和不同项目的结果；不同国家和地区的一个或者多个项目；有关的政策、目标等。
结构分析法就是分析实际数结构与预算数结构之间的差异，分析结构变化对预算完成情况的不同影响的一种方法。
趋势分析法是根据企业连续几个时期的分析资料，确定分析各个时期有关项目的变动情况和趋势的一种方法。
对标分析法是指对经营管理活动状况进行观察和检查，与组织内外部相同或者相似经营管理活动的最佳实务进行比较的一种方法。例如，选取行业内标杆企业作为比较标准，通过对标分析，可以了解本组织在行业竞争中的地位，明确差距，提出相应的改进措施。
因素分析法即查找产生影响的因素，并分析各个因素的影响方向和影响程度的一种方法。在对比分析中，为细分差异，需要将指标分解为几项因素，并对几项因素进行逐一替换分析。
量本利分析法即在绩效审计过程中，分析一定期间内的业务量、成本和利润三者之间变量关系的一种方法。审计人员应用量本利分析法，可以通过分析成本、利润和数量这三者的关系，掌握盈亏变化的规律，指导组织选择以最小的成本生产最多产品并可使组织获得最大利润的经营方案。
量本利分析法通常也称为盈亏分析法。利用量本利分析法可以计算出组织的盈亏平衡点（又称为保本点、盈亏临界点、损益分歧点、收益转折点等），其分析原理是当产量增加时，销售收入成正比增加，但固定成本不增加，只是变动成本随产量的增加而增加。
成本效益（效果）分析法即通过分析成本和效益（效果）之间的关系，以每单位效益（效果）所消耗的成本来评价项目效益（效果）的一种方法。
数据包络分析法即以相对效率概念为基础，以凸分析和线性规划为工具，应用数学规划模型计算比较决策单元之间的相对效率，对评价对象做出评价的一种方法。
目标成果法即根据实际产出成果评价被审计单位或者项目的目标是否实现，将产出成果与事先确定的目标和需求进行对比，确定目标实现程度的一种方法。
公众评价法即通过专家评估、公众问卷及抽样调查等方式，获取具有重要参考价值的证据信息，评价目标实现程度的一种方法。
环境分析法即将被审计单位的经营管理行为放入相关的社会政治、经济环境中加以分析，以做出实事求是的客观评价的一种方法。
主客观因素分析法即对具体行为或事项进行主客观分析，推究主客观成因，分析该具体行为或事项是成因于主观过错或主观创造力，还是成因于客观因素的影响，进而做出审计评价的一种方法。
在审计评价时，应坚持“三个区分开来”的评价原则：审计评价时，应当把在推进改革中因缺乏经验、先行先试出现的失误和错误，同明知故犯的违纪违法行为区分开来；把上级尚无明确限制的探索性试验中的失误和错误，同上级明令禁止后依然我行我素的违纪违法行为区分开来；把为推动发展的无意过失，同为谋取私利的违纪违法行为区分开来。对在改革创新中的失误和错误，正确把握事业为上、实事求是、依纪依法、容纠并举等原则，经综合分析研判，鼓励探索创新，支持担当作为，保护干事创业的积极性、主动性、创造性。