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通常情况下，审计程序包括制订审计计划、审计准备、审计实施、审计报告、后续审计等五个阶段，绩效审计也不例外，同样要经过这五个阶段。
绩效审计计划是指审计机构和审计人员为完成绩效审计业务，达到预期的绩效审计目的，对绩效审计工作或者具体绩效审计项目做出的安排。绩效审计计划阶段的核心工作是确定绩效审计对象或事项。
绩效审计计划通常会纳入年度总体审计计划，并按规定程序报经批准。绩效审计计划应当包括年度绩效审计工作目标、具体绩效审计项目及实施时间、各绩效审计项目组织实施模式，以及需要的审计资源。
审计机构在编制绩效审计计划及确定具体绩效审计项目前，应当重点调查了解国家及上级部门有关审计工作规划、计划的要求，调查了解组织自身战略目标、年度目标及业务活动重点，对相关业务活动有重大影响的法律、法规、政策、计划和合同，相关内部控制的有效性和风险管理水平，相关业务活动的复杂性及其近期变化，相关人员的能力及其岗位的近期变动等，以合理确定绩效审计项目，评价具体绩效审计项目风险，以制定切实可行的绩效审计工作方案。
绩效审计准备阶段的主要工作包括组建绩效审计项目组、开展绩效审计审前调查、编制绩效审计实施方案、开展绩效审计培训、制发绩效审计通知书等。
审计机构应充分考虑被审计单位或事项的特点与特征，按照项目管理和质量控制的要求配置绩效审计资源，组建绩效审计项目组（绩效审计组），绩效审计组通常设组长、副组长、项目主审及审计人员等。
审计组组长通常由审计机构领导担任，副组长由审计机构主管担任，项目主审由审计专家或社会中介机构成员担任。绩效审计组组建应综合考虑审计成员具备的政治素养、专业胜任能力和其他应遵守的职业道德，应配置与被审计单位或事项相关的管理类、经济类、业务类专家。
绩效审计组实行组长负责制，组长全面负责审计项目，审定审计实施方案、审计报告征求意见稿、审计报告、审计结果报告，研究审计重大事项。
副组长协助组长对审计项目进行全过程管理，指导和督促审计组按照国家或内部有关绩效审计管理规定及项目实施方案等完成审计项目，主要负责复核审计实施方案、审计取证单、征求意见稿，起草审计报告、审计结果报告和审计情况通报，开展审计全过程的沟通协调工作。
项目主审负责制定审计实施方案、实施现场审计工作、合理安排审计人员，确保审计项目顺利进行，按时完成；起草征求意见稿，并根据被审计单位的反馈，核实修改征求意见稿。
审计组其他成员按照副组长和项目主审确定的工作分工，完成与被审计单位或事项相关的具体绩效审计工作。
在确定具体绩效审计项目后，绩效审计项目组（审计组，后同）应组织收集与本项目绩效审计相关的资料，对被审计单位或事项进行审前调查。审前调查应当了解被审计单位管理体制、主要职责、业务范围、历史沿革、机构设置、领导班子成员分工、人员编制等基本情况，调研分析被审计单位与绩效审计相关的政策执行、战略规划、组织管理、财务管理、资产管理、基建管理、产业管理、采购管理等业务板块流程和内部控制情况；了解被审计单位审计期间管理与经营绩效目标完成情况，重点经营领域和关键环节重大经济事项的决策、执行和效果情况，重要业务领域内部控制制度建设执行及重大风险评估应对等情况。
绩效审计审前调查可以根据需要选择查阅相关资料、访谈、调研、数据分析、走访，或向上级主管部门、同级职能部门、有关监管部门等征询意见，审计组在对被审计单位业务结构、重要业务流程、关键控制机制进行调研分析时，应当重点关注被审计单位可能存在的重要问题或者重大风险，并对可能性进行评估，以确定绩效审计重点和审计应对措施。
绩效审计实施方案的构成内容与常规审计项目大体相同，包括但不限于被审计单位、项目的名称，审计目标和范围，审计内容和重点，审计程序和方法，审计组成员的组成及分工，审计时间安排等。绩效审计实施方案用于指导整个项目实施工作，在审计中如遇对绩效审计实施方案执行产生重大影响的事项，绩效审计实施方案应动态更新与调整。与其他审计项目相比，绩效审计特别强调以下两点。
一是深入开展审前调查工作。在编制绩效审计实施方案前，应充分了解和掌握被审计单位或项目的基本情况，如相关法规、协议、工作目标或项目目标、内部控制制度、单位或项目的产出情况等。
二是建立绩效审计评价标准。绩效审计的关键工作是建立具体审计目标和绩效审计评价标准。
审计组组长组织审计组成员学习绩效审计有关文件、规定和要求，准确把握政策，掌握绩效审计流程、审计方法，明确绩效审计内容、工作重点，以及绩效审计报告编制要求，部署安排绩效审计时间计划及人员分工计划。
审计组在实施绩效审计前向被审计单位或部门送达审计通知书，并收回审计文书送达回证。
绩效审计通知书应当包括但不限于审计项目名称、被审计单位或事项名称、审计依据、审计范围和审计内容、审计起始时间、审计组组长及审计组成员名单、需要被审计单位或部门提供的资料及其他必要的协助要求、审计机构的印章和签发日期。绩效审计通知书应当在实施审计三日前，送达被审计单位或者部门。
被审计单位或部门应当对所提供资料的真实性、完整性负责，并做出书面承诺。审计组成员应严格遵守审计纪律有关规定。
绩效审计实施阶段的主要工作包括：召开绩效审计进点会；进行绩效审计工作公示；进一步开展审计调查，完善审计实施方案；实施绩效审计工作；收集审计资料，获取审计证据，编制取证单；评估审计发现的问题；审计日沟通、周汇报；编写审计工作底稿；编制审计发现问题台账；召开撤场前交流沟通会。
在正式实施现场绩效审计前，审计组应联系被审计单位，确定绩效审计进点会召开时间和地点，组织召开绩效审计进点会。
绩效审计进点会通常由审计组组长主持，参会人员包括审计组主要成员、被审计单位或部门领导、被审计单位职能部门主要负责人。
绩效审计进点会会议议程如下：审计组副组长宣读审计通知书，强调审计纪律；审计组组长介绍审计目标、重点和要求；被审计单位或部门做与绩效审计事项相关的工作报告并表态发言；被审计单位主要负责人表态发言。
绩效审计进点会后，审计组在被审计单位所在办公场所显著位置或内部办公网络进行审计工作公示，公示内容包括：审计依据，审计时间，审计对象，审计内容，审计纪律，审计组人员和联系电话、邮箱等。
在审前调查基础上，进一步查阅与绩效审计相关的会议纪要、内部控制报告和评价报告、年度总结、历年来内外部各类检查审计和巡视结果报告等，开展财务数据的收入来源分析、支出结构分析、年度趋势分析，业务数据分析，业务数据与财务数据的衔接分析等，尤其关注数据间的冲突与矛盾，形成绩效审计审前调查报告，以进一步确定审计重点，发现审计问题线索，完善审计实施方案。
此阶段完善的审计实施方案，应进一步明确审计内容与重点，细化对审计目标有重要影响的审计事项的审计步骤和方法，并按照审计组成员自身特长与历史经验进一步分解具体审计事项或内容。进行审计分工时，应当为重要审计事项分派有经验的审计人员和安排充足的审计时间，并评估特定审计事项是否需要利用外部专家的工作，是否需要提请有关部门和单位予以协助。
审计组组长应组织对绩效审计实施方案进行审核。审核内容包括：审计目标的可行性，审计范围、内容和重点的适当性；审计步骤和方法的可操作性；时间安排的合理性；审计分工的恰当性；其他需要审核的事项。
在实施审计过程中有下列情形之一的，应当调整审计实施方案，并报审计组组长同意：审计组认为需要调整审计重点、步骤和方法的；审计组人员发生变化，足以影响审计实施方案执行的；审计中发现重大违法违规案件线索，需要改变审计内容和重点的；审计范围受到限制，不能正常开展审计工作的；其他需要调整的事项。
审计组应依照绩效审计实施方案，突出审计重点，以风险为基础，重点关注可能存在的重要问题，以经济性、效率性、效益性为中心，围绕业务与项目实施流程，从管理线、业务线、财务线三条主线入手，开展符合性测试，查阅内部控制手册，检查内部控制制度、业务流程建设情况及执行情况，坚持问题导向，充分运用数据分析等方法，深入揭示被审计单位或事项存在的问题。
实施绩效审计过程中，审计组应与被审计单位或部门进行充分沟通。除涉及重大经济案件调查等特殊事项外，审计组对每个审计事项应与被审计单位不同层级充分沟通，充分了解重大问题的判断标准、客观事实、主要影响和产生原因，实事求是做出审计评价，提出审计建议。对于沟通过程中有重大分歧的事项，要及时报告审计组组长。
如遇被审计单位违反法律规定，拒绝、拖延提供与审计事项有关的资料，或者提供的资料不真实、不完整，或者拒绝、阻碍检查等不配合审计工作的情形，审计组应当积极协调沟通，要求被审计单位相关人员改正。经协调沟通仍无法解决的，审计组应当及时将有关情况报告审计组组长。
审计组指定专人负责所有资料交接，核对资料满足要求后，填写资料交接清单，由资料提供人和审计组指定的资料交接人员在清单上签字。
审计组应围绕绩效审计范围与内容收集审计资料，对于在审计中发现的问题，应注重获取审计证据，并保证审计证据的充分性和适当性。
取得审计证据后，审计组应对所有可能存在问题的审计事项进行汇总分析，编制审计取证单，对审计事项的事实是否清楚再次与被审计单位进行书面确认。审计组应及时发放审计取证单，加强沟通协调，确保在审计撤点前获取每个审计事项的书面反馈意见。
审计组成员及时编写审计取证单，做到“边审计、边取证、边记录”。审计取证单应经被审计单位签署意见、负责人签字并加盖单位公章。
对审计发现的问题，审计组应评估问题的性质、问题产生的根源、问题解决途径等，做到事实清楚、定性准确。审计组应重点揭示体制机制和重大风险问题，并在深入分析原因的基础上，提出审计整改意见。
对管理控制机制等问题，审计组应适时与被审计单位相关人员进行沟通，促进被审计单位及时采取措施，降低风险。对重大违法违纪问题，审计组在取得相关资料后应及时向审计机构领导汇报，按有关规定进行处理。对重大审计发现或无法评估其重要性的事项，审计组应组织召开审计业务会进行研讨，必要时应及时请示审计机构领导。
审计组根据现场实施情况，与审计组成员确定早晚例会内容。早晚例会原则上应每天召开，审计现场负责人主持，其中：早例会，应有被审计单位联络员参加，协调当天需要资料；召开晚例会，总结当日工作完成情况、审计中遇到的困难和问题及应对措施、需要协调事项。审计现场负责人总结工作进展情况，特别是重大审计事项、追加审计程序、与分工计划的差异，提出次日工作要求。每一个审计事项结束时要有一个小结，组内人员对问题的归集、定性判断等，发表意见。如审计组组长不能参加审计组例会，要及时与现场负责人进行工作沟通，沟通内容包括例会情况、对审计发现问题的意见建议、工作日志审核、工作底稿复核等情况。
如绩效审计项目周期在一周以上，应编制审计周报。审计周报应包括近期（上周）工作进展情况，主要介绍上周工作开展情况、主要工作内容、各小组的人员安排、审计面临的主要困难和建议等；下一步（本周）工作安排，主要介绍下周的工作计划、各小组的主要工作任务；审计发现的主要问题，按照被审计单位或事项排列，对发现的问题进行叙述，并指出该问题违反了什么规定，提出审计建议（包括对该问题的分析、拟采取的审计方法等）；需协调解决的事项，主要说明需审计机构领导协调解决的在审计过程中遇到的困难与问题。
审计人员应当真实、完整地记录实施审计的过程、得出的结论和与审计项目有关的重要管理事项。审计工作底稿应分类整理，逻辑关系要清楚，并按规定进行索引编号。
审计工作底稿的内容主要包括：审计项目名称，审计事项名称，审计过程和结论，审计人员姓名，审计工作底稿编制日期与编制人员签名，审核人员姓名、审核意见、审核日期与审核人员签名，索引号及页码，附件数量。
审计工作底稿记录的审计过程和结论主要包括：实施审计的主要步骤和方法，取得的审计证据的名称和来源，审计认定的事实摘要，得出的审计结论及相关标准。审计证据材料应当作为审计工作底稿的附件。
需要特别说明的是，审计人员不仅应对审计发现的问题形成一事一议的工作底稿，对部分虽纳入绩效审计范围或内容的事项，但经审计未发现问题的，亦形成审计工作记录，编制事实类审计工作底稿。
审计组对编制的审计工作底稿实施现场分级复核，签署复核意见并签字。审计组现场复核要重点检查具体审计目标是否实现，审计程序是否执行，引用依据是否正确、格式是否规范，审计取证材料是否内容完整、条理清晰、计算准确，审计证据与正文是否一一对应，材料核实事项内容是否具有充分性和必要性。发现审计证据不符合要求的，应当责成审计人员进一步取证。
审计人员应随时整理审计发现问题，进行分类，填制审计发现问题台账；现场负责人对审计发现问题台账进行复核，提交审计组副组长、组长复核，检查问题描述是否清楚，定性是否准确，引用的政策依据是否恰当、正确等。对于边审边整改的问题要在备注中说明。
审计组在现场审计撤场前向审计机构进行末期工作汇报，总结审计实施方案落实情况，全面梳理审计发现的问题、写入审计报告事项及其依据、重大风险事项和对被审计单位的评价等。审计机构对汇报无异议后，审计组应向被审计单位通报审计工作开展情况及下一步工作计划，交流沟通并确认工作底稿，工作底稿在撤场前应收回。
绩效审计报告阶段的主要工作包括：编制审计报告初稿；起草审计报告征求意见稿；出具审计报告征求意见书；根据反馈意见修改审计报告；出具正式审计报告；形成审计结果报告，移交转办；整理归档审计资料。
审计人员在分析评价审计证据的基础上，形成了审计结论，应按照国家及内部有关审计报告编制要求编制审计报告。在报告形成前，审计人员要与被审计单位充分交换意见，落实审计发现问题。在编制审计报告初稿前，审计组应当组织召开审计业务讨论会确定以下事项：
（1）审核重要审计工作底稿，确保审计发现问题事实清楚、审计证据适当充分、审计定性准确；
（2）评估审计发现问题的重要性，提出建设性审计发现问题整改意见；
（3）提出审计评价意见。
绩效审计报告初稿中的审计评价应当客观公正、实事求是，应当与审计内容相统一，且有充分的审计证据支持，对审计中未涉及、审计证据不适当或者不充分的事项不进行评价。
审计组在对绩效审计报告初稿经组内集体讨论、对审计工作底稿及相关资料进行综合分析的基础上，撰写审计报告及问题清单。审计报告经审计组集体讨论，由审计组组长复核定稿形成征求意见稿。审计报告征求意见稿必须准确、客观、清晰、简洁（剔除不必要、不重要或者无关的信息）、完整（不遗漏重要信息）、富有建设性（提出可行的改进意见）。
审计组组长对审计报告进行必要的复核与修改。复核内容主要包括：审计报告所提问题的审计证据是否充分、适当；审计报告数据、逻辑关系是否正确；审计发现问题的定性是否准确；审计评价是否客观公正、实事求是；审计建议是否恰当并具有建设性；是否存在已发现但未在审计报告中反映的重大问题。
审计组组长将复核后的报告提交审计机构进行审核、修改，形成征求意见稿。征求意见稿经审计机构领导审核，报经单位分管领导审批，盖章后形成审计报告征求意见书。被审计单位应在收到审计报告征求意见书10日内反馈意见，10日内未提出书面意见的，视同无异议。
审计组应逐条研究被审计单位提出的有关意见，必要时进行重新核实，或对审计报告征求意见书做出必要修改，并将核实结果形成书面意见采纳情况记录，修改后的审计报告征求意见书连同征求意见稿一并提交审计机构。必要时，再次送被审计单位征求意见。
审计报告经过必要的修改后，应当连同被审计单位的反馈意见及时报送审计机构负责人复核，复核后按规定流程印制分发正式审计报告。
审计机构应当将审计报告提交被审计单位和组织适当管理层，并要求被审计单位在规定的期限内落实纠正措施。
已经出具的审计报告如果存在重要错误或者遗漏，审计机构应当及时更正，并将更正后的审计报告提交原审计报告接收者。
审计机构在审计报告的基础上，提炼形成审计结果报告，报送单位主要负责人、有关领导，提交领导小组成员单位和有关部门。
对于审计中发现的违规违纪问题，经领导小组审议后，审计机构出具审计移送处理书，移交纪检部门，并呈报有关领导。对于审计中发现的需由其他部门进一步研究的事项，应出具审计移送处理书，移交有关部门处理。对于审计中发现的重大问题，审计机构应出具审计要情，报送单位有关领导研究审议。
审计机构应当按照审计档案工作要求，及时收集审计材料，按照立卷原则和方法进行归类整理、编目装订、组合成卷和定期归档，将审计报告及审计相关资料及时归入审计档案，妥善保存。
绩效审计后续审计阶段的主要工作包括报送整改情况、督促审计发现问题整改落实、报告审计结果运用情况、整理审计资料等。
被审计单位或部门在接到审计报告等文书后，应当在规定时间内向审计机构报送审计整改情况报告。
审计机构开展审计整改跟踪检查，实行“问题清单”“整改清单”“销号清单”对接机制，对审计查出的问题已经整改到位的，予以销号；对整改不到位的，继续督促被审计单位采取措施进行整改直至销号。对于违规违纪问题严重、屡审屡犯、审计整改不力的，审计机构应组织开展重点督查。对于移交转办事项，审计机构要加强督办，自移交签收之日起在规定时间内，要向移交单位了解办理情况。
审计机构定期汇总分析审计发现问题情况、整改情况、重大问题责任追究情况、进一步完善管理制度的情况，起草审计结果运用情况综合报告，报组织领导研究审议。
审计组负责收集整理相关审计资料（含电子档案），主要包括：审计通知书、承诺书、审计工作方案及调整情况、审计取证单及审计证据、审计工作底稿、审计报告征求意见稿及送达通知书、被审计单位或部门反馈意见、举报材料及核实情况、审计结果报告、审计情况通报、其他重要事项材料。