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中国战略家姜子牙在他的《六韬》中曾提到，要招募兼具才能和斗志的人员组成专门的精锐部队——主要负责执行控制制高点和快速长途奔袭等任务。公元前249年，西西里岛的哈米尔卡·巴卡专门训练了每天能打多场进攻战的部队。在罗马帝国后期或拜占庭帝国早期，罗马海军以精选人员操纵经过伪装的小型高速战舰，去执行诸如侦察和突袭一类的任务。在拿破仑战争中，参战各国也组建了一些来复枪部队和工兵部队，专门负责执行侦察和前哨战斗任务，而不投入正规的线列作战。
英印军队在边境作战时曾部署过两支特种部队：成立于1846年的向导军团和成立于18世纪90年代的廓尔喀斥候，后者最初在1897年至1898年的蒂拉赫之战中以分遣队的形式被投入战斗。
在第二次布尔战争（1899年至1902年）中，英国陆军发现自己需要更专业的部队。一些侦察部队承担了“专业部队”这一角色，其中的代表就是洛瓦特侦察兵团——这是一个在苏格兰高地区域招募的团，该团的士兵都是身穿吉利服的优秀伐木工人，他们精通射击、野外生存和军用战术。这支部队是在1900年由洛瓦特勋爵招募的，早期由罗伯茨勋爵麾下的侦察兵首领——美国人弗雷德里克·拉塞尔·伯纳姆少校领导。
第二次布尔战争结束后，洛瓦特侦察兵团又正式成为英国陆军的第一支狙击手部队。此外，成立于1901年的布什维尔特卡宾枪团也可被视作早期的非正规作战部队。
隶属菲律宾革命军的“卢纳神枪手”（又名“死神射手”），是安东尼奥·卢纳将军在1899年组建的一支部队。这支部队中的成员大多是旧西班牙军队中的菲籍官兵，曾在菲律宾革命中参与作战。这支“神枪手部队”以作战顽强而著称，曾在美菲战争期间的几乎所有重要战役中担当尖刀部队，从而证明了自己的价值。1899年12月19日，在佩耶之战中，利塞里奥·赫罗尼莫将军手下一个名叫博尼法西奥·马里亚诺的神枪手打死了美军的亨利·韦尔·劳顿将军，使其成为这场战争中美军阵亡的军衔最高的人员。
德国的暴风步兵和意大利的敢死队是现代史上最早的突击兵种。这两支部队都是以大大高于普通部队的标准训练而成的精锐突击队，主要承担对敌方阵地发起大胆的强攻与奇袭的任务。与暴风步兵不同的是，敢死队不是步兵师编成内的部队，而是被视作独立的作战兵种。
现代特种部队兴起于第二次世界大战期间。1940年，因为温斯顿·丘吉尔想要一支“经过特别训练的猎手型部队，能够在敌国沿海地带掀起腥风血雨”，英军组建了突击队。参谋军官达德利·克拉克中校先前已经向帝国总参谋长约翰·迪尔将军提交过这样的建议。在得知丘吉尔的意图后，迪尔批准了克拉克的提案。1940年6月23日，英军突击队实施了第一次突袭。到了1940年秋季，已有2000多人志愿参加突击队。
1940年11月，英军成立了一个下辖四个营的特别勤务旅，由查尔斯·海登准将担任旅长。这个特别勤务旅很快就得到了扩编，下辖12支被称为“突击队”的部队。每支突击队以一名中校为指挥官，拥有大约450名士兵。每支突击队被分为若干中队（每个中队75人），而这些中队又进一步被分为若干小队（每个小队15人）。
1940年12月，英国在中东建立了一个突击队兵站，负责为该战区的突击队训练和补充人员。1942年2月，查尔斯·海登准将在苏格兰高地的安卡那卡建立了突击队训练站。这个突击队训练站的指挥官是查尔斯·沃恩中校，负责训练完整的部队和个别补充人员。该突击队训练站的训练计划在当时颇有新意，且对体能有很高要求，远超英国陆军的普通训练。而且，这里的工作人员都经过了精挑细选，能力强于任何志愿者。
志愿加入突击队的人员必须带齐所有装备，从斯宾桥火车站徒步13千米前往该突击队训练站，然后立刻接受训练与评估。为了使训练尽可能贴近实战，他们在演习中使用的都是实弹和真炸药。强壮的身体是合格的前提，因此他们要通过越野跑和拳击赛来提高体能。他们全副武装，在附近的山岭中沿着各种突击路线（还要经过一条架在阿凯格湖上的滑索）进行速度和耐力行军。此外，他们还要根据训练大纲的要求，夜以继日地进行包括渡河、登山、武器使用、徒手格斗、地图判读和冲锋舟作战在内的各种训练。
在战时，英军组建了30多支突击队，并将其编成四个突击旅。这些突击旅中的突击队员出没于从北极圈到欧洲大陆，从地中海和中东到东南亚的各个战场。他们的作战行动小到以小股人员进行登陆或空降作战，大到以一个突击旅担任盟军在欧洲和亚洲的进攻矛头。现代英国的老牌特种部队，包括陆军伞兵团、特别空勤团和特别舟艇中队，都是由前突击队人员建立的。英军组织的第10（国际）突击队是由来自欧洲沦陷区的志愿者组成的，而法国海军突击队、荷兰特种突击队和比利时伞兵突击旅都是在其影响下诞生的。而且，美国陆军的游骑兵和海军陆战队的突袭团也都在一定程度上受到了英国突击队的影响。
第一支现代特种部队是英国于1941年7月组建的特别空勤团——源起戴维·斯特林中尉离经叛道的思想和计划。此人在1940年6月志愿加入第8（禁卫）突击队（后来被称为“莱部队”）。莱部队解散后，斯特林仍然相信，由于战争的机械化性质，一小队训练有素的士兵如果发挥奇袭的优势，给敌人造成的打击可以超过一整个排。他主张用接受过跳伞训练的小队士兵在敌后作战——负责收集情报、破坏敌机，以及攻击敌方后勤与增援路线。在与中东地区的英军总司令克劳德·奥金莱克将军进行会谈后，斯特林的计划得到了陆军高层的认可。
特别空勤团最初由5名军官和60名士兵组成。在尼罗河畔的卡布利特兵营进行了大量训练后，特别空勤团L分遣队在西部沙漠进行了最初的作战。后来，一连串的胜利证明了斯特林的想法是正确的。1942年，由远程沙漠大队（该部队自1940年起就在敌后执行深远渗透、秘密侦察、收集情报和袭击任务）负责运输的特别空勤团攻击了布埃拉特，严重破坏了当地的港口、储油罐和仓库设施。同年3月，该团又对班加西港发起了突袭——虽然只取得了有限战果，但却击伤了贝尔卡区的15架飞机。1942年6月，这支部队对克里特岛上的伊拉克里翁、卡斯特利、坦帕基和马莱迈机场的袭击造成了严重破坏，而其对富卡和马特鲁港的突袭则摧毁了30架飞机。
在缅甸战场，钦迪特部队依托敌后纵深的基地对日军实施了远程渗透作战，其官兵包括突击队员（来自国王利物浦团第142突击连）和廓尔喀士兵。这支部队的丛林战经验是在与日军进行的缅甸丛林血战中，用大量人命换来的。第二次世界大战结束后，这些丛林战经验还在英国特种部队的许多作战中发挥了重要作用。
1941年4—5月德军占领希腊后，希腊政府逃到埃及，开始组建流亡军队。空军中校亚历山德里斯建议仿照英国特别空勤团的模式，组建一支部队。1942年8月，由骑兵少校安东尼奥斯·斯特凡纳基斯领衔的神选不朽者连在巴勒斯坦成立，其规模为200人。同年，这支部队又改名为“圣队”。在英国特别空勤团指挥官戴维·斯特林中校的大力支持下，该部队转移到埃及的卡布里特接受训练。随后，这支特种部队在英方的指挥下，于西部沙漠和爱琴海地区与特别空勤团并肩作战。
根据英方建议，澳大利亚也开始组建特种部队。首批成立的若干个独立连，于1941年年初在维多利亚州的威尔逊岬接受训练（由英国教官提供指导）。每个独立连拥有17名军官和256名士兵——这些官兵是作为“断后”部队接受训练的，并且他们在1942—1943年西南太平洋战场的对日作战中也确实“扮演了这类角色”。在这些部队参加的战斗中，最值得一提的是帝汶岛的游击战和在新几内亚进行的战斗。澳大利亚总共建立了8个独立连，后来这些连在1943年年中被改编为突击中队，隶属于师属骑兵团（后更名为“骑兵突击团”）。澳大利亚按此编制共组建了11个突击中队。
此后，这些突击中队继续独立作战。第二次世界大战后期，这些突击中队常常被配属到旅一级部队，在新几内亚、布干维尔和婆罗洲进行的战斗中主要承担远程侦察和侧翼保护任务。除了这些部队外，澳大利亚人还组建了Z特种部队和M特种部队。M特种部队主要 负责执行 收集情报的任务，而Z特种部队则直接执行战斗任务。Z特种部队最突出的作战行动之一，是于1943年进行的“杰威克”行动——该部队在新加坡港炸沉了日军的多艘船只。不过，Z特种部队于1944年对新加坡发起的第二次袭击（“马来虎”行动）则没能取得成功。
第二次世界大战期间，美国成立了由荣誉勋章获得者威廉·多诺万领导的战略情报局（OSS）。该组织是中央情报局（CIA）的前身，主要负责执行特种作战和情报相关任务。此外，中央情报局的特别行动处就是战略情报局的“直系后裔”。
1942年2月16日，美国海军陆战队组建了一个专门负责攻击滩头和执行其他特种作战的营。这个营就是美国的第一支特种部队。由于切斯特·尼米兹上将要求美国为太平洋前线提供“突袭者”，所以该营后来被称为“海军陆战队突袭团”。
1942年年中，美国陆军驻英国总参谋部的联络军官卢西恩·特拉斯科特少将向乔治·马歇尔上将建议“仿照英国的突击队”组建一支同类型的部队——美国陆军游骑兵由此诞生。
美国和加拿大联合成立了第1特别勤务部队，用于在挪威执行滑雪破坏作战。第1特别勤务部队后来被称为“魔鬼旅”（该旅也被摸不着头脑的德军士兵称为“黑色恶魔”），曾被派往阿留申群岛、意大利和法国南部执行任务。
梅里尔突击队是美国人模仿钦迪特部队组建的，主要在缅甸执行任务。此外，美国人还在1943年11月下旬组建了阿拉莫尖兵（美国第6集团军的特别侦察部队）——在时任第6集团军司令的沃尔特·克鲁格中将的亲自指挥下执行侦察和突袭任务。
按照克鲁格的设想，阿拉莫尖兵由训练有素的志愿者小队组成，主要在第6集团军发起登陆作战前深入敌后纵深活动，负责执行情报收集和战术侦察任务。
提到美国的特种部队，就不能不提特种部队臂章。1983年，美国陆军创立了特种部队臂章。后来军方决定，1955年前在某些部队（包括魔鬼旅、阿拉莫尖兵和战略情报局作战群）积累至少120天战时服役经历的人员都将获得特种部队臂章，从而使这些部队与当今美国和加拿大的特种部队有了一脉相承的关系。
德国陆军的勃兰登堡团是作为特种部队组建的。在1939年的“白色方案”、1940年的“黄色方案”和1941年的“巴巴罗萨”行动中，军方情报机关“阿勃维尔”曾利用该部队进行渗透和远程侦察。
第二次世界大战后期，奥托·斯科尔兹内指挥的党卫军第502猎兵营屡屡误导盟军车队，并在盟军后方制造混乱。斯科尔兹内的少数部下在被美军俘虏后，故意散播谣言，声称斯科尔兹内正在指挥一场对巴黎的奇袭，旨在刺杀或俘虏德怀特·艾森豪威尔将军。虽然这只是虚张声势，但艾森豪威尔因此一连几天都不敢离开自己的指挥部，而斯科尔兹内也赢得了“欧洲最危险的男人”的称号。
意大利的第10快艇支队在地中海击沉、击伤了吨位可观的英方舰船。此外，意大利还组建了其他特种部队，例如王家空军敢死歼击团（A.D.R.A.）。王家空军敢死歼击团在1943年被用于袭击北非的盟军航空基地和铁路。在一次作战中，该团的士兵炸毁了25架四发重型轰炸机。
1942年2月14日，在荷属东印度群岛的苏门答腊岛上发生的巴邻旁之战中，日本陆军首次动用了空降兵部队。日本人精心策划了这次作战，挺进第1联队的425人负责夺取巴邻旁机场，同时挺进第2联队占领了巴邻旁市区和重要的炼油厂。此后，这支空降兵部队又被用于缅甸战场。1943年，日本还组建了第1挺进战车队（装备四辆二式轻型坦克）。后来，日本空降兵部队被编为挺进集团，成为日军的第一支师级突袭部队，驻扎在日本九州岛的空降兵主基地——唐濑原机场。
和其他轴心国组建的类似空降兵部队一样，日本空降兵在战斗中的伤亡率也高得出奇，而损失的人员又是需要经过大量训练才能执行任务的精锐。所以，日本空降兵只参与最关键的作战。在菲律宾会战中，挺进集团的两个挺进团被编入了建武集团——由塚田理喜智少将指挥，隶属南方军。虽然是师团级的编制，但建武集团的战斗力却比一个师团要低得多，因为其下辖的六个联队的兵力都只相当于一个标准的步兵大队，且该集团不仅没有任何形式的炮兵，还需要依靠其他部队提供后勤支援。此外，建武集团的士兵也不再接受跳伞训练，而是依靠飞机来进行运输。
建武集团第2挺进团的约750名官兵，在1944年12月6日夜间奉命袭击吕宋岛和莱特岛上的美军航空基地。他们搭乘三菱百式运输机潜入，但大部分飞机都被击落了。约有300人在莱特岛上的布劳恩地区成功着陆——虽然摧毁了一些飞机并造成不少美军伤亡，但他们最终还是被全部歼灭了。
第二次世界大战期间，芬兰陆军和边防军用轻步兵部队组成了远程侦察巡逻队——只有志愿者才能加入，专门以小队形式在敌后纵深作战。这些部队不仅承担了情报收集任务，还对敌方的后勤仓库或其他战略目标实施袭击（通常非常高效）。由于敌后作战的敏感性，这些部队的行动也被列为机密——不仅只有获得官方授权的军事历史学家才能发表关于这些作战行动的著作，就连许多士兵也被要求“将秘密带到坟墓里”。值得一提的是，芬兰的这类部队里有一个著名的指挥官——劳里·托尔尼，他后来加入美军，最后葬身于越南战场上。
曾任美国特种作战司令部第九任司令（2011—2014年）的威廉·麦克雷文海军上将，在2012年对美国参议院军事委员会所作的态势报告中描述了特种部队作战的两种不同路线。其中，直接路线的特点是“通过技术手段，实现小规模部队的精准致命打击，开展目标明确的情报工作，以及在数字化联网的战场上整合机构间合”；而间接路线则是指由“东道国军队赋能，为人道主义机构提供适当协助，以及与关键人群结成密切关系”。麦克雷文认为，国家级的强力机关必须互相配合，不能过度依赖特种部队之类的单一部门，否则就会使整支军队在各种军事行动中缺乏准备，成为虚有其表的空壳。
在整个20世纪下半叶和21世纪初，特种部队的重要性日益凸显，因为各国政府发现，有时比起按传统做法动用大部队，一小队隐姓埋名的专业人士能够更好地实现目标。而随着性别限制在世界上的部分地区被取消，女性也开始申请加入特种部队。