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改组政府的想法，无论在慈禧太后，还是在光绪帝那里，似乎都已经考虑很久了。进入 1898 年，朝中大事接连不断：恭亲王奕䜣重病在身；对德、俄的交涉困难重重，不见进展；国内年青一代知识分子在康有为等“激进分子”的鼓动下不断向政府施加压力。旧政府实际上已没有能力去面对和处理这种困难局面，而政府中的关键人物，就是恭亲王病重之后拥有极大权力的军机大臣翁同龢。恭亲王和当时一般官僚及公共舆论的看法，几乎都认为外交困境是翁同龢一手造成的，而翁同龢对此不仅没有丝毫悔意，反而鼓动康有为、梁启超那些年青一代“激进分子”向政府施压。于是，政府改组的关键点不是别的，恰恰是怎样将翁同龢赶出政府。
4 月 28 日，安徽布政使于荫霖向清廷上奏，公开批评翁同龢，指出正是翁同龢的一系列错误导致了中国外交失败和困难重重。他强调，让德国得以强占胶州湾的外交失误，天下人都将之归于翁同龢和张荫桓，其实张荫桓出身微贱，贪饕著名，不足深责。而翁同龢之父为已故大学士翁心存，一向端正虚公，为有名儒臣，翁同龢承其先训，受恩至深，夙负清望，本应忠于朝廷，忠于国家，妥善处理外交事务，然而，他的作为实在令人失望。胶州湾的外交危机事关重大，本不是一两个人就可以办理好的，自应联合政府内外文武百官的智慧以谋取国家最大利益，而翁同龢外则徇德人之情，内则惑于张荫桓之言，以至今日无所措手，已一误矣。至于对日战争赔款，而翁同龢又惑于张荫桓之言，遽借英、德商款，全数交还日本，以江苏、江西、浙江、湖北四省厘金作抵。事前不与四省商量，更不问四省以后度支如何应付、民生如何保证；事定之后，一纸公文责令四省督抚照办，四省各口岸商民无不惊诧。利权既失，又失民心，是再误矣。鉴于这两大错误，于荫霖建议尽快罢免翁同龢等人，速召张之洞、边宝泉、陶模、陈宝箴等人重组政府，任以事权。这就明确将摈退翁同龢与改组政府直接结合起来了。
于荫霖的建议不能不在清廷高层引起议论，不能不引起慈禧太后和光绪帝的关切。不料，一波未平，一波又起。5 月 17 日，深受慈禧太后信任的重臣徐桐上书弹劾张荫桓在办理胶州案过程中误国、卖国，其实际攻击的矛头显然指向翁同龢。道理很简单，因为张荫桓在胶州案中只是一个配角，真正的主角是翁同龢。
同一天，兵部掌印给事中高燮曾也上书清廷，指责翁同龢主导的昭信股票流弊甚多，祸害极大。
紧接着，御史王鹏运于 5 月 29 日再上奏折，指责翁同龢是“权奸误国”，在外交、财政等各方面都犯有不可饶恕的罪过，将清王朝推到了危险的边缘。他请求光绪帝和慈禧太后为清王朝的未来着想，立即将翁同龢等人“声罪罢斥”，以弥后患而持危局。
这一连串的弹劾奏折件件都攻击到了翁同龢的要害，几年的权臣生涯将原本受人尊敬的帝王之师的名誉彻底糟蹋，翁同龢真的要开始面对内外交困的处境了。即便光绪帝有意保他这位师傅过关，恐怕也不能不让翁同龢尽快出局。
其实，早在 4 月 28 日安徽布政使于荫霖的奏折中就已提出过政府改组的方案。他向朝廷推荐了大学士徐桐、闽浙总督边宝泉、四川总督李秉衡、湖广总督张之洞及湖南巡抚陈宝箴等所谓“五贤”。当时一般舆论公认徐桐为“守旧党魁”，是主持清议的重要人物；边宝泉与李鸿章矛盾极深，不谈洋务，不坐轮船；只有张之洞、陈宝箴为讲究西学和力图中国富强的新人物。这些推荐虽并不完全可行，但肯定引起了清廷最高当局的注意。
与此同时，鉴于恭亲王病情不断加重，翁同龢的势力不断膨胀，大学士徐桐在杨锐与乔树枏等人的影响下，于 4 月底建议光绪帝调张之洞入京取代翁同龢主持政府，以削弱翁同龢的势力和影响。徐桐的奏折引起了光绪帝的重视，但他犹豫难定。调张之洞进京加强政府固然是个好主意，但以张之洞取代他的恩师翁同龢，至少在此时光绪帝还下不了决心。于是，光绪帝将徐桐的奏折转呈慈禧太后，请太后定夺。慈禧太后经过一番慎重考虑，特别是考虑到病重的恭亲王的一系列忠告，很容易就接受了徐桐的建议，决定召张之洞来京陛见，准备以张之洞取代翁同龢。5 月 7日，张之洞奉命乘船离开武昌，于 15 日抵达上海，准备从那里直接赶往北京。
徐桐的建议和慈禧太后的决定以及张之洞的行踪都被翁同龢获悉。翁同龢当然不愿就此让出他的军机大臣、总理衙门大臣及户部尚书等职务，更不愿意由张之洞来取代他。于是，敏感的翁同龢与张荫桓密谋，以沙市发生教案尚未妥善处理为由，阻止张之洞入京陛见。
由张之洞取代翁同龢，从表面上看是徐桐推荐，实际上恭亲王病重期间向慈禧太后和光绪帝分析朝中人事格局时就已提出这一主张。他当时明确告诉太后与皇帝，朝中内外重臣可以信赖并在将来可以担当重任的，只有李鸿章、荣禄、张之洞和裕禄等几个人。而李鸿章由于最近几年承担甲午战败的“罪名”，一时尚不能让他负更多的责任，否则舆论上、民意上都很难协调。剩下的首选当然在张之洞与荣禄之间。
翁同龢设计破坏了慈禧太后和光绪帝调张之洞入京的计划，但他实际上已无力阻止改组政府的既定方针。他自以为高明的一系列愚蠢举动，实际效果却与他的主观愿望相反，只是在无意中又树立了更多的对立面而已。6 月 8 日，刚刚料理完恭亲王的后事，对将要进行的改革略有布局的慈禧太后召见庆亲王奕劻、总理衙门大臣荣禄、军机大臣刚毅等皇族成员，商讨一系列重大问题。这几个皇族出身的大臣平时就看不惯翁同龢仗势欺人的做派，对于翁同龢最近一连串的异常举动更觉得有必要向太后报告。于是，他们借口皇帝最近在一些问题上似乎太大胆，有意将矛头引向皇帝的师傅翁同龢。
对于庆亲王等几个人的用意，慈禧太后似乎也很清楚。她指责这几位皇族出身的大臣为什么不负起自己应该负的责任，为什么不在一些最为要紧的关头设法阻止。奕劻等人同声回答道：“皇上天性，无人敢拦。”而刚毅做得更过分，伏地痛哭，声称曾经向皇帝委婉表达过类似的阻止意见，但从不被接受，反而屡遭皇帝斥责。
慈禧太后沉思良久，又问道：“皇上敢如此做，难道是他一个人的主意吗？皇上应该和你们几个大臣商量才是啊！”荣禄、刚毅闻听此言，立即奏道：“要说皇上不和我们商量是事实，但要说是他一个人的主意则未必。皇上所做的这些事情都是他的师傅翁同龢在出主意。”刚毅又凭借着自己的特殊身份向太后哭闹，希望太后能够出面劝阻皇帝的一些做法。太后答道：“现在时机尚不成熟，到时候，我自有办法。”
太后的办法是什么？很简单，就是坚决将翁同龢剔除出去。她在寻找一切可以利用的机会。6 月 10 日，经过连日来的秘密协商，光绪帝与慈禧太后已经就将要进行的改革和人事布局达成一致。这一天，光绪帝做出两项重要布局。一是宣布补授总理衙门大臣兼兵部尚书荣禄为协办大学士，并负责管理户部。补授荣禄为协办大学士，是将荣禄的级别提拔到与翁同龢一样高；荣禄负责管理户部，就是在实际上剥夺了户部尚书翁同龢的权力。同时，调补刚毅为协办大学士，任兵部尚书；补授崇礼为刑部尚书。所有这些举措实际上都是一个趋向，即在张之洞暂时无法入京替代翁同龢的情况下，退而求其次，让荣禄、刚毅等皇族成员暂时加入政府，接管权力。这明显传达出政府正在改组的信息，只是不希望这种改组震动太大，故而先任命荣禄接管翁同龢的权力，然后再寻找机会免去翁同龢的职务。这种权力交接的运作模式在政治实践中屡见不鲜。二是为了稳住翁同龢，不至于在权力交接的过程中出现意外麻烦，光绪帝命令翁同龢草拟《明定国是诏》。
一切都在风平浪静中进行着。6 月 11 日一大早，光绪帝辞别慈禧太后返回皇宫，颁布了翁同龢代为草拟的《明定国是诏》，标志着维新变法运动正式开始。
由荣禄以大学士身份兼管户部，只是处置翁同龢过程中的紧急措施。至于由谁来接替恭亲王及翁同龢两人留下的职务，清廷最高决策者仍在考虑。有一种建议是由庆亲王奕劻和荣禄主持内阁事务，由前者弥补恭亲王逝世后遗留的空缺，后者代替张之洞取代翁同龢。对于这个方案，首先的反对者是荣禄本人。他认为，按照清王朝两百多年的惯例，在政府高层及中央各部中，满汉官员从来都是取平衡态势。庆亲王接替恭亲王已成事实，而接替翁同龢的，最好还是循惯例找一个汉人官员更为合适。
在当时有名望且有能力替代翁同龢的汉族官员中，李鸿章有能力、有名望，但他当时实在有点背，很难让他立即走上前台取代翁同龢；张之洞有能力、有名望，本来也是主持内阁的最佳人选，但在翁同龢的阻止下未能及时来京陛见，而棘手的沙市教案似乎也只有张之洞继续留在湖广总督任上方可放心。李鸿章、张之洞之外，汉族出身的高官可供入主内阁的人选委实不多，有名望、有能力的只剩下时任直隶总督兼北洋大臣的王文韶。于是，清廷最高决策者经过周密协商，决定调王文韶加入内阁，取代翁同龢；调荣禄接替王文韶，出任负责拱卫京师、权力甚重的直隶总督兼北洋大臣。清廷新的权力布局至此终于完成，只待宣布。权重位尊的翁同龢终于像赫德所描述的那样，在一场“闪电”中被击倒了。
6 月 15 日一大早，光绪帝在早朝时宣布了这一系列的人事变动，政府改组后的基本框架至此终于露出端倪。这也为后来改革方案的全面推展提供了前提条件，当然也为一百天后的政局变动埋下了伏笔。