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这是从“近来”的原因上说，翁同龢的作为已经产生了许多弊端，但诚如张荫桓告诉日本驻华公使矢野文雄的那样，翁同龢开缺之因，其源甚远。先是甲午战争爆发之初，翁同龢即力主开战，此战给中国酿成无数灾难。然后，翁同龢所主张诸政策多未允协，且于内部被视为骄恣专权的事例也为数不少。这类事情逐渐积累，遂演成今日之结果。
就近因而言，翁同龢已无法适应新政的政治需要。他已属于过去的政治人物，新朝新政必须要有新的气象，所以上谕中指责翁同龢近来“每于召对时，咨询事件，任意可否，喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜枢机之任”。这些指责所隐含的内容非常具体，足以表明翁同龢已不再适宜继续担任推行新政、从事维新变法的政府首脑了。恭亲王奕䜣去世后的政府必须进行改组，翁同龢就必然成为一个牺牲品。
张荫桓还对日本驻华公使矢野文雄分析说，翁同龢的“近来之事”之最大者是关于德国亨利亲王 1898 年 5 月份来华访问时的礼节安排问题。亨利亲王谒见光绪帝时，翁同龢执意反对皇帝与亨利亲王行握手礼，而皇帝则采用其他革新派官员的建议，与亨利亲王行握手礼。于是，翁同龢仗着自己的帝师身份对光绪帝大放怨词，这不能不引起光绪帝的反感。当光绪帝招待亨利亲王饷宴时，大臣理应作陪，而翁同龢也不屑为之。诸事凡不合其意者，恼怒之情溢于言表。此等事逐渐积累，不能不引起年轻气盛的小皇帝的反感。小皇帝执意罢免翁师傅的职务，也就在情理之中了。
过去的研究与史料记载都表明，翁同龢不仅同情康有为、梁启超等人鼓吹的变法维新，而且也正是他向光绪帝推荐了康有为，从而使维新变法在经历了几多曲折之后终于在 1898 年正式启动。翁同龢是康有为的发现者。没有翁同龢，即便康有为的变法维新运动仍然会以某种形式、在某种时候变成现实，但绝不会是已经发生过的那个样子。所有这些都是不可更易的事实。
不过正如史料所表明的那样，翁同龢赞成、支持康有为的维新变法思想，但他与康有为之间依然存在着很大的不同。他虽然也是《公羊》学的研究者和鼓吹者，但却不能赞成康有为的“孔子改制”与“新学伪经”两大根本学说。而这两个震动学界、政治界的“异端邪说”才是康有为鼓吹政治变革、向西方学习的思想基础。所以，当光绪帝于 1898 年 5 月 26 日向翁同龢索要康有为关于变法维新的著作时，翁同龢竟一反常态，突兀地表白自己不与康有为往来。
翁同龢的这一反常回答肯定使光绪帝感到莫名其妙。因为光绪帝清楚地记得，正是这位师傅不止一次地向他推荐过康有为，甚至不止一次地希望光绪帝能够破格召见康有为，听听这位年轻政治改革家关于中国未来的设想。后来，恭亲王奕䜣认为，光绪帝不宜以皇帝之尊接见康有为这样的年轻后生。光绪帝便回绝了翁同龢的请求，改由总理衙门的大臣们在西花厅向康有为问话。第二天，正是这位翁师傅在皇帝的书房里向光绪帝密报了大臣们与康有为谈话的情形，使光绪帝对康有为的印象又增加了几分。光绪帝由此开始格外留意康有为这帮维新志士的一举一动，而这位翁师傅也开始“议论专主变法，比前判若两人”，每天向皇帝讲授的课程也由先前的儒家经典改为“日讲西法之良”。
可是刚刚过去三四个月，这位翁师傅怎能说他不与康有为往来呢？于是年轻的光绪帝不得不反问道，是什么原因使你不与康有为往来？翁答道，康有为此人居心叵测。这个回答更使皇帝感到莫名其妙：你先前竭力推荐的所谓“年轻有为”的政治改革家，竟然变成了“居心叵测”的政治小人，那你先前是怎么考察的？你先前为什么不详说？翁同龢的回答是，先前没有看到过康有为的全部著作，最近读到他的《孔子改制考》方才得到这样的认识。这样的解释虽然可以自圆其说，但年轻的光绪帝多半认为，这位师傅要么是在骗他，要么确实老了。于是，光绪帝决定当天不再与翁师傅理论，待明日师傅调整好情绪再说。
第二天，光绪帝重演昨日的故事向翁师傅索要康有为的著作。翁同龢并没有忘记昨日的回答，依然如昨日一样回答了皇帝的提问：一是康有为居心叵测，可能是政治小人；二是他自己与康有为没有什么往来。翁同龢的这种回答使光绪帝非常愤怒。皇帝清楚地知道用人不当将会给清王朝带来怎样的危害，何况将要提拔、使用的康有为将要负担改革重任呢？于是，光绪帝史无前例地对这位自己素来尊敬的师傅发火了，而翁同龢面对皇帝的盛怒似乎没有丝毫悔意。他依然执着地表白自己的看法，并一再声称自己无论如何都不会进呈康有为的著作，并劝告皇上如果一定要康有为的著作，最好请总理衙门通过正式渠道进呈。盛怒中的光绪帝根本听不进他的建议，声称即便要总理衙门进呈，也必须由你翁师傅转达给军机大臣张荫桓。这就更使翁同龢感到困惑：张荫桓每天都可以见到皇上，为什么不能当面交代，一定要难为老臣传话呢？对于翁同龢的困惑，光绪帝根本不予理睬，他执意翁同龢必须这样做。不得已，翁同龢只好到张荫桓的办公地点转达了皇帝的御旨。
这个故事发生在 1898 年 5 月 26 日和 27 日两天，故事的细节清楚地记在翁同龢的日记里。过去的研究者差不多都注意到了这个故事，但在解读上都认定，翁同龢与康有为在学术上确实存在着差别，同时，翁同龢与光绪帝在用人和治国理念上也存在差别。但几乎所有的研究者都忽略了这个故事的背景，更忽略了翁同龢为什么要把这个故事记录到自己的日记里，因为遭到皇帝的训斥毕竟不是一件多么光彩的事，更何况这只是他们师徒两人之间才知道的事情呢！
从背景上说，1898 年 5 月 26 日、27 日，正是清廷重臣恭亲王奕䜣弥留的日子。前面已提到，弥留之际的恭亲王出于对清王朝的忠诚，对清廷的未来，尤其是用人方面的担忧，向慈禧太后、光绪帝等表达了自己的看法。作为正当红的军机大臣、帝王之师的翁同龢不会不知道这些谈话，即便不知道细节，也肯定知道大概。所以，当光绪帝 5 月 26 日向他问及康有为时，他的本能反应就是撇清他与康有为的任何关系，并指责康有为是“居心叵测”的政治小人。至于翁同龢将这些责难与冲突详细记载在自己的日记里，不过是为了将来某一天如果康有为真的出事了，能够以此证明他与康有为等人确实没有关系。
这是从远的方面说。至于最近的方面，翁同龢之所以急于辩解与康有为没有来往，并指控康有为居心叵测，显然他已得知恭亲王对他与康有为的评价。既然恭亲王已向皇帝指出不可听信“广东举人”的变法主张，并怀疑康有为的设立制度局等建议有取代清王朝旧有国家权力机制的嫌疑，那么他何必还要将自己绑在康有为的战车上呢？所以，翁同龢选择了舍弃康有为而自保的办法。
木秀于林，风必摧之。虽然翁同龢的政治人格似乎并不像恭亲王所分析的那样卑鄙，但他当红的身份与显赫的权力，特别是被官场公认的“好延揽而必求为己用，广结纳而不能容异己”的风格，必然使他在得意之时人皆畏之，而在失意之时落个墙倒众人推的结局。
真正推倒他的可能正是恭亲王死前的遗言。人之将死，其言也善。其实，人之将死，其言也真。一个将死之人已不存在什么思想包袱，更不担心那些复杂的人际关系。所以，恭亲王在临终关头终于向慈禧太后和光绪帝吐露了自己对朝中人物的真实看法，这些看法肯定深深影响了慈禧太后和光绪帝在后来的一些重要决策。所以说，将翁同龢免职的考虑，光绪帝和慈禧太后至少在1898 年 6 月 11 日变法维新运动正式开始前的某一个时刻就已决定。他们迟迟不愿动手的原因，一是要直接考察翁同龢是否像恭亲王所分析的那样卑鄙，二是寻求适当的时机，以免给清廷带来更大的损失与震荡。
5 月 26 日、27 日，光绪帝当场考察了翁同龢的政治忠诚度，可惜翁师傅没有通过这次考察。不过，念在多年的师生情分上，光绪帝似乎并没有因这一次未通过就将他一棍子打死，依然给他留下机会，期待他能够回心转意，协助自己励精图治，使清王朝渡过难关，重建辉煌。可惜，他辜负了爱徒的期待。于是，改组政府、重建新的权力运行体制的想法便由先前的酝酿进入实质性操作阶段，翁同龢的出局已成定案，至于何时进行只是在等待时机而已。