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政变发生后，光绪帝无法解释清楚与康有为等人的关系，无法让慈禧太后内心深处重新认可自己。因此，光绪帝不得不请求太后再度垂帘听政：
谕。现在国事艰难，庶务待理。朕勤劳宵旰，日综万几，兢业之余，时虞丛脞。恭溯同治年间以来，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后两次垂帘听政，办理朝政，宏济时艰，无不尽美尽善。因念宗社为重，再三吁恳慈恩训政。仰蒙俯如所请，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿办事。本月初八日，朕率诸王大臣在勤政殿行礼，一切应行礼仪，着各该衙门敬谨预备。
八月初八（9 月 23 日）一大早，慈禧太后在勤政殿举行重新训政的正式典礼，接受光绪帝及百官的恭贺。典礼毕，慈禧太后复于便殿召集群臣继续质询光绪帝，并将所抄皇帝书房中及康有为寓中奏章说帖等件，逐条审讯，以诸臣质之。当看到杨锐、林旭述上意催康有为迅速出京之函时，慈禧太后大怒，问皇帝做何解释，皇帝不敢认，推托为杨锐的意思。其实，慈禧太后此时已从荣禄那里获知袁世凯的报告，对康有为、谭嗣同的密谋已有大概了解，但她似乎还不确定此事与光绪帝是否真的有牵连，所以才问皇帝康有为的这一计划究竟是什么意思。康有为谋围颐和园劫制皇太后的计划其实根本就没有明白告诉过光绪帝，因此皇帝也就很难说出计划的真实企图，只得将责任推到康有为一人头上。
紧接着，清廷下令逮捕张荫桓以及军机四章京。各种信息持续汇集，态势似乎越来越严重。在这种情况下，光绪帝在事实上也已经无法正常工作，但传统中国政治体制是国不可一日无君。在没有确凿证据证明光绪帝领导或指使康有为等人谋反弑后的情况下，慈禧太后即便权威再大，光绪帝的反对者势力再强，也无法从根本上动摇他的地位，无法很快找到一个能够替代光绪帝的继承者。在这种情况下，光绪帝既不能引咎辞职，也无法在皇位上坚持工作、处理朝政，于是一个变通办法应运而出。八月初十（9 月 25 日），皇帝降谕：“朕躬自四月以来，屡有不适，调治日久，尚无大效。京外如有精通医理之人，即着内外臣工切实保荐候旨。其现在外省者，即日驰送来京，勿稍延缓。”
在光绪帝这份谕旨发布前后，关于其身体状况的传言弥漫国内外。一个最极端的看法是，“目前的中国，据我们所知道的，已经是没有皇帝了。谣言众多而且散布极广，说皇帝已遭毒害，不过，根据他的手诏来看，他仅是被废黜了”。理由就是慈禧太后再次回到了前台，重新掌握政府的大权，而皇帝亲率文武百官向她祝贺。
其实这样的传言是没有根据的。在事情没有完全弄清楚之前，光绪帝固然无法像政治变革期间那样乾纲独断、发号施令，但也并没有像一些人所传言的那样被幽禁在瀛台，向隅而泣。真实情形可能是，光绪帝确实病了，而且也不算轻。
光绪帝身体不好，在当时实际上也是一个公开的秘密，至少在相当层面的大臣那里，这一点并不刻意保密。张荫桓后来在流放途中曾遇到押送者如此提问：“闻皇上圣躬欠安，所服何药？大人日在上侧，当知详细？”对此，张荫桓答称：“（皇上）病势渐成虚损，已入膏肓，服药无效，惟贴庆邸所进膏药稍可，庆邸已将呈进情节奏知太后。”
显然在相当层面上，光绪帝的病情并不保密。不过在这政治形势急剧变化的敏感关头，光绪帝公开声称自己自四月以来，实际上就是自新政开始以来屡有不适，调治日久，尚无大效，其政治方面的含义显然大于真实病情。因此，这道谕旨自然引起各方面的猜测，一个比较一致的看法是慈禧太后可能有意废黜光绪，另立新帝。
情势最严重的时候，慈禧太后确实有废黜光绪帝另立新主的想法，但是随着时间的推移，真相渐渐浮出水面。慈禧太后也渐渐明白：尽管光绪帝与康有为等人过于亲近不太对头，但光绪帝为了清朝的一片苦心也不可完全否定；尽管康有为围园劫后的阴谋可能让光绪帝获得实际利益，但光绪帝并没有介入政变阴谋，这个阴谋本身毕竟与光绪帝没有关系。所以，清廷后来以上谕方式宣布康有为的罪状时，指责康有为“乘变法之际，隐行其乱法之谋，包藏祸心，潜图不轨，前日竟有纠约乱党，谋围颐和园，劫制皇太后，陷害朕躬之事”。
所谓“陷害朕躬”，就是强调光绪帝对这一阴谋并不知情，但给外界的感觉却符合皇帝的利益，以致陷皇帝于不仁不义之境地。这一论断应该是清廷最高决策层的共识。
光绪帝获得了暂时解脱，但由他主导的新政显然不能继续进行下去了。慈禧太后从幕后走到前台，再作冯妇，三度出山训政。清帝国的政治走向从此开始进入一个“维新变法的反动时期”。
所谓“反动”当然是指反新政，凡是新政中所提出或实行的举措，似乎都值得拿出来重新讨论其价值。而新政的基本价值取向是向西方学习，所以这一政治上的反动时期在基本价值取向上无疑鼓励、纵容了盲目的排外主义，启发了国内莫名其妙的民族主义情绪。中国政治走向因戊戌政变而发生逆转。