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刘坤一的报告仍将《时务报》纠纷限定在康有为、梁启超和汪康年之间，因而朝廷责成黄遵宪途经上海时查明原委，秉公核议。
黄遵宪为《时务报》历次纠纷当事人之一，由他出面查明纠纷原委显然是不合适的。事实上，当康有为请求官方协助向汪康年施压时，黄遵宪就联络吴德㴋、邹代钧、梁启超对汪康年进行反击。他们在《国闻报》上发表声明，强调《时务报》是他们四人联合汪康年共五人共同创办的。
梁启超也妙笔生花重构《时务报》创办原委，与汪康年在南北各报展开一场“同气相残”的口水战。梁启超抓住汪康年“重述”创办始末中的漏洞给予猛烈攻击，强调自己在《时务报》创办过程中并非汪康年的雇员，而是与汪康年地位平等、权利平等的创办人。
通观汪康年、梁启超等人对往事的“重述”，汪康年说梁启超为他当年所聘的主笔不合乎事实，无疑将自己置于尴尬的境地，而梁启超的准确反击，确实挽回了面子。面对此种尴尬，汪康年不得不道歉，承认“康年既不欲毛举细故以滋笔舌之烦，尤不敢力争大端，以酿朋党之祸，盖恐贻外人之诮，并寒来者之心，良以同志无多，要在善相勉而失相宥。外患方棘，必须恶相避，而好相援”。
汪康年的大度为自己赢得了道义上的同情，并没有影响他在业界的信誉。而康有为、梁启超依然不依不饶，继续利用“公权力”向汪康年施压，甚至利用朝廷的信任将《时务报》改官报当作一单大买卖去做，要求孙家鼐对官报给予创刊及发行补贴，要求各省公费订阅。
康有为或许是想用这个办法刁难孙家鼐，不料孙家鼐技高一筹。他不仅没有回绝康有为的请求，而且如实将康有为的要求上报朝廷：“臣以康有为所筹，事尚可行，请俯如所请，谨具折呈明。”孙家鼐似乎就是要将康有为赶出京城，至于经济上的补贴，在他看来并不构成障碍。
孙家鼐的建议很快获得批准，皇帝“以为久远之计。着照官书局之例，由两江总督按月筹拨银一千两，并另拨开办经费银六千两，以资布置。各省官民阅报，仍照商报例价，着各省督抚通核全省文武衙门、差局、书院、学堂应阅报单数目，移送官报局。该局即按期照数分送。其报价着照湖北成案，筹款垫解”。
康有为不知道皇帝为什么如此爽快地答应了这些要求，不知道自己久已成为京城官场中的“麻烦制造者”。孙家鼐和朝廷之所以在经济条件上不讨价还价，就是希望康有为平和地离开北京，让北京的政治气氛平静下来。然而，不明就里的康有为就是不愿意离开北京，想方设法寻找一切理由留在北京继续参政议政。又过了一个多月，9 月 17 日，皇帝不得不再发明谕，措辞严厉地要求康有为火速出京。这一次，康有为确实接受了，只是当他仓皇离开北京时，不再是以“钦差大臣”的身份接办官报局，而是踏出其政治流亡生涯的第一步。
至于黄遵宪，他于 1898 年 8 月 22 日奉旨查明《时务报》纠纷原委，但他因故直至 9 月 15 日方才抵达。此前，汪康年先声夺人于 8 月 30 日在《中外日报》发表《上黄钦使呈稿》，对纠纷始末做了详细描述，表示他将遵从谕旨将《时务报》报名移交给康有为，至于《时务报》的经营款项则因该刊为众人集资创办，只能用来继续出版《昌言报》，以“上副圣天子广开言路之盛心，下答捐款诸人集资委托之重任”。
其实，汪康年不必向黄遵宪详细汇报。作为《时务报》的重要创办人之一，黄遵宪对《时务报》的内幕及康有为、梁启超与汪康年之间的争论与冲突比谁都清楚。只是没有等到他拿出一个“秉公核议”的处理方案，中国政治就在 1898 年 9 月下旬发生巨大转折，康有为、梁启超等逃亡国外，《时务报》改官报不了了之。