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在长沙，梁启超并不愿意辞去《时务报》主笔，但他确实又忙于应酬，忙于教学，没有时间履行职责。很长时间里，他只向汪康年提交了三篇应景文字：《南学会叙》《俄土战记叙》《经世文新编序》。这当然使汪康年很不高兴。这不是两人之间的问题，而是《时务报》的发行量因为没有了梁启超的文字而急剧下降。汪康年既然得不到梁启超的文章，就被迫寻找替代的人。1898 年 2月 16 日，汪康年准备聘请郑孝胥为《时务报》“总主笔”，改梁启超为“正主笔”，并准备对《时务报》栏目进行调整。
汪康年的计划是一种不得已，但当他将这些计划函告梁启超、黄遵宪时，却引起了梁启超的大怒和彻底翻脸。不过，此时黄遵宪、梁启超实在顾不上《时务报》的事情了。他们在发了一通脾气后，只能接受汪康年的这些方案，《时务报》由先前的“同仁刊物”渐渐演变成汪康年的私有产业了。虽然梁启超、黄遵宪等心中有气，但随着时局急剧发展，特别是康有为受到朝廷重用介入新政后，梁启超转至北京，奉旨筹办译书局，黄遵宪也奉命出使海外。紧张而愉快的生活多少抚平了他们的不满，他们与汪康年的分歧渐渐成为过去。
不过，新政进展并不顺利。康有为并没有像想象的那样掌控权力，甚至根本进入不了权力中心，被严重边缘化。于是，康有为在康广仁、梁启超的建议下，于 1898 年 7 月 17 日以御史宋伯鲁的名义上了一个折子，建议将《时务报》改为官报局，并建议朝廷委派梁启超主持。
光绪帝看到这个建议后并没有表示意见，而是批给管学大臣孙家鼐处理。7 月 26 日，孙家鼐提交了一份处理意见：不同意调派梁启超，因为梁启超正在筹办译书局；建议调派康有为主持，理由是康有为现在没有什么实质性工作。孙家鼐顺带对这个机构提出几个原则：一是责成主笔慎加选择，如有颠倒是非、混淆黑白、挟嫌妄议、渎乱宸聪者，一经查出，主笔者不得辞其咎；二是既为官报，就不能像民间报纸那样自由议论时政，不准臧否人物；三是经费自筹，政府不得强行要求公费订阅。当然，开办费用，孙家鼐建议可由上海道代为设法，但应由康有为自往筹商。
孙家鼐的处理意见虽然蕴含着许多阴谋，但合情合理，公事公办，在表面上无可挑剔。于是，朝廷当天就批准了这个建议。康有为的计划被孙家鼐顺手牵羊地破坏掉了。