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1897 年 3 月，梁启超从广东回到上海。在《时务报》工作的同门梁启勋、韩云台向梁启超抱怨，汪康年在这段时间对他们多有不公，甚至报馆中用人也对他们另眼相看。对于梁、韩的抱怨，梁启超当然不会高兴，在随后写给黄遵宪的信中，也多少抱怨汪康年对这些问题的处理不尽妥当。黄遵宪本来就与汪康年稍有矛盾，在《时务报》筹办之初就不希望汪康年一人揽权。于是，他在收到梁启超的信后致函汪康年，再次提出仿西方近代国家立宪政体，将立法、行政分开，设立报馆董事会，提议汪康年辞去时务报馆总理职务，改任总董，驻沪照支薪水，负责联络馆外之友、伺察馆中之事，提议由吴樵或康有为门人龙泽厚担任总理。
梁启超致信黄遵宪，或许仅仅是为了寻求同情，而黄致汪的信则使问题复杂化。梁启超认为，他自己虽不太满意汪康年的一些举措，但事情尚未闹到需汪辞去总理的境地，《时务报》总理在当时非汪莫属。于是，他抱怨黄的建议实在是“卤莽不通人情”，反而使梁启超在报馆中的处境更为尴尬。
汪康年在收到黄遵宪的信后很不高兴，他觉得黄遵宪与梁启超是在有意联手排挤自己。他复函黄遵宪进行反驳，“深衔”黄氏，“日日向同人诋排之，且遍腾书各省同志，攻击无所不至”。黄、汪、梁三角矛盾逐步公开。
其实，黄遵宪提议中不便明说的理由，主要是他感到汪康年应酬太繁，不能兼办馆中全部事务，故希望汪让出报馆实际位置，利用所长负责馆外联络应酬。而汪康年的办事风格也确实留下了这些把柄，汪素来认为“必须吃花酒乃能广通声气，故每日常有半日在应酬中，一面吃酒，一面办事”。这种办事风格显然与具有外国生活经历的黄遵宪格格不入。
黄、汪、梁几近公开的矛盾对于刚有起色的《时务报》极为不利。他们的一些共同朋友，如谭嗣同、张元济、夏曾佑、吴德㴋、邹代钧等，得知此事后万分焦急，纷纷劝说他们以大局为重，不要因意见分歧而影响报馆事务。
在友人劝说下，梁启超主动与汪康年和解。他向汪解释说，这次矛盾之所以产生，主要是因为双方性格差异所致，相互之间又缺乏及时沟通。至于黄遵宪的建议，梁启超认为也不应从消极层面去分析，就其本质而言，也是为了《时务报》未来的发展，有其合理成分在。他与汪康年共约，既然各自意见都已讲明，此后当“誓灭意见”，为《时务报》的未来贡献心智。
梁启超与汪康年的冲突得以暂时消解，但二人并没有真的恢复原先的友谊和情分。此后的梁启超，一反当初约定，热衷于宣传乃师康有为的“三世说”“大同说”及创立孔教等主张。在时务报馆，康门弟子以康有为为“教皇”，“目为南海圣人，谓不及十年，当有符命”。如此极端言论引起各方面反对。同在报馆工作的章太炎借酒壮胆，大骂康有为是“教匪”，与康门弟子发生极不雅观的肢体冲突。
章太炎是汪康年的同乡，康门弟子与章太炎大打出手以及章太炎因此愤而辞职造成了极为恶劣的影响。外间纷传时务报馆“将尽逐浙人而用粤人”，将报馆内部无形中划分出浙、粤两系人马。梁启超与汪康年自然成为两派首领，双方猜疑更重。