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杨锐没有意识到 9 月 14 日帝后冲突有多严重，更没有预见这份密诏会在后来的政治发展中起到重要作用。所以，当与皇帝当面检讨新政以来所有举措得失时，他似乎也觉得皇太后的某些指责有道理，而光绪帝过于听信康有为的过激主张而采取的一系列重大举措，诸如罢黜大臣、提升新锐等，已超出官场承受极限。针对皇帝的问题，杨锐做了三点回应。
一、建议重建皇权中心权威。由皇太后郑重其事举行一次授权仪式，亲挈天下以授皇上；皇上应确认皇太后至上地位，同意皇太后拥有政治决策最终否决权，应宜遇事将顺，行不去处，不宜固执己意。
二、建议对所有改革方案通盘考虑，宜有先后次第。不能再如过去那样，新政诏书联翩而下，臣民目不暇接，虽获得一些舆论表面支持，而实际效果极差。
三、建议在新政推行期间进退大臣不宜太骤，以免引起不必要的纠纷与反弹。
杨锐相信，光绪帝如能在这三个方面有所改善，其与皇太后的关系并不难协调，新政困难不难克服。
鉴于光绪帝一系列失误的主要原因都是偏听偏信了康有为的激进主义，杨锐建议光绪帝一定要尽快与康有为切割，脱离关系，不要因康有为而贻误王朝政治前途。杨锐的原话是：“康不得去，祸不得息。”
康有为的激进主张深刻影响了新政以来的一系列决策，这在当时是一个公开的秘密。康有为个人急于介入政治高层的野心几乎没有任何掩饰，这在高层已引起相当震动。相信这些议论也会传到皇太后耳朵里。皇太后当面劝诫皇帝不要急于提拔那些未经考验的年轻汉臣，实际是专门针对康有为等人的。许多传闻都表明皇太后确认康有为“毒化了”皇帝的思想，挑拨两宫，紊乱朝政，非君谤上，建议皇帝对康有为采取果断措施。
这一系列外在影响已使光绪帝对康有为有所警觉，此次一经杨锐点破，更促使光绪帝猛醒。光绪帝在与杨锐谈话的第二天即9 月 16 日，依然驻跸颐和园，相信他在与皇太后相处中肯定会谈到这些问题。
康有为是推动新政的有功人士。他的一些活动引起高层的反感，也引起了光绪帝的疑虑，但毕竟此时没有抓住康有为什么把柄。为了面子，为了不动声色平息高层的不安，经过两天郑重考虑及协商，光绪帝于 9 月 17 日“明降谕旨”：
谕。工部主事康有为，前命其督办官报局，此时闻尚未出京，实堪诧异。朕深念时艰，思得通达时务之人与商治法。康有为素日讲求，是以召见一次，令其督办官报，诚以报馆为开民智之本，职任不为不重。现在筹有的款，着康有为迅速前往上海开办，毋得迁延观望。
这份明诏给康有为留足了面子。可惜的是，这份明诏在不同的解读者那里却引起了不同的回应。康有为多年后依然以为这份明诏表明政变已发生或即将发生：
明诏敦促我出京，于是国人骇悚，知祸作矣。以向例非大事不明降谕旨，有要事由军机大臣面传谕旨而已。至逗留促行一事，非将帅统兵逗挠，无明降谕旨之理。况吾为微官，报亦小事，何值得明发上谕？既严责诧异，便当革职，何得谓欲得通达时务之人与商治法，闻康有为素日讲求，反与奖语耶？又，上召见臣工，无烦自明，乃声明召见一次，亦从来未有之事。故国人皆晓然。
康有为的疑惑是有道理的，这些理由也都成立，但他不知道决策内幕。即便他知道皇太后对他的反感以及光绪帝对他的爱护，他的偏见也促使他不能正视这一反常的“明降谕旨”，不能做出相应的正确判断。