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在辩护方提出的诸多辩护意见中，有三条是检方无法解释的：其一，迈那利最快到达案发地的时间与现场目击者的目击时间不符；其二，迈那利遗留在现场的精液样本，可能是在泰子遇害前十天左右留下的，与作案时间不符；其三，案发现场还存在第三者的阴毛。
所以，东京地方法院于二〇〇〇年四月十四日（庭审近两年）做出一审判决：
检方所提供的诸多证据，不能排除在泰子被害前后，案发现场还存在第三人的可能性。加之仍然存在其他无法解释的疑点，本庭认为，检方立案证据不充分，判决被告迈那利无罪。
按照无罪推定原则，刑事案件的审判应以证据为准，以是否能形成完整的证据链为准。因此，迈那利的无罪判决，从情理上说没有太大争议。
五天后，四月十八日，东京地方检察厅提出上诉。
几个月后，在一审中做出无罪判决的大渊敏和法官，从东京地方法院调到东京地方法院八王子分院，之后又几乎是以被“发配”的形式平级调任到广岛、福井、大阪等地，再也没有回到东京法律界。
大渊敏和法官一九七一年毕业于一桥大学法学部，一九九一年开始先后进入东京地方法院、东京高等法院、日本最高裁判所担任要职，一九九七年回到东京地方法院担任院长，可以说是前途无量，没想到却在此时突然遭到冷遇，再也没有升迁的机会。二〇一一年，还有两年便可以退休的他，主动提出辞职，告别了工作四十年的法院系统，在日本司法界几乎没有这样的先例。
很明显，这一切都源于他所做的无罪判决。
二〇〇〇年十二月二十二日，大渊敏和法官被调任的同时，东京高等法院对本案做出二审判决：
根据被告迈那利在案发现场所遗留的包括精液、阴毛等诸多排他性证据，以及在案发后被告不明来源的大量现金，本庭宣布驳回一审判决，迈那利强盗杀人罪名成立，改判被告迈那利无期徒刑。
在日本司法界，杀人犯是否会被判死刑，其实有很大的讨论空间。坊间流传的诸如在日本“杀一个人绝不会被判死刑”或“未成年人杀人绝不会被判死刑”等说法都是不准确的，之前写过的暗网杀人案和市川一家灭门案都可以作为参考。
真正左右死刑判决的，总共有九个方面，这里暂不详析，只着重介绍其中一点：杀人动机。如果案犯的杀人动机是寻仇或情杀，判决往往会倾向于无期徒刑或有期徒刑；如果杀人动机是谋财，例如诈骗保险金、入室抢劫等，那就会倾向于严判，即死刑。而本案显然是为了谋财而入室抢劫杀人，本该严判为死刑，为何东京高等法院的高木俊夫法官会做出无期徒刑的判决呢？这是否也说明法官其实也在酌情给本案提供更多的翻案机会？
在二审宣判现场，迈那利从翻译口中听到“无期徒刑”的判决，当即大喊“神灵在上，我是无辜的”，情绪十分激动，甚至要跳出被告席，被法警制服后，跪在地上号啕痛哭。
迈那利向日本最高裁判所提出上诉。
二〇〇三年十月二十日，最高裁判所做出终审判决：驳回被告方上诉，维持无期徒刑的原判。
在日本的恶性案件中，几乎所有被判死刑和无期徒刑的犯人都会上诉到底。即便是上诉到最高裁判所，在最高裁判所给出终审判决后，依然可以申请重审，也就是推翻先前的一切判决，从最初的一审开始，重新举证审理，其工作量之大可想而知。所以，法院基本只接受存在以下三种情况的重审请求：
1．原案有了新的重大证据。
2．原案审理时的证据出现重大错误。
3．原案的判决违反日本《宪法》。
对被告来说，重审的负担也相当大：需要重新聘请律师，投入时间、精力制作重审申请报告。由于被告身处监狱，和律师见面的时间、地点以及会话内容都会受到较大限制，更何况迈那利语言不通，也没什么钱财，重审负担更重。
在狱中，迈那利终于坦白，在面对庭审时说谎、否认认识渡边泰子的真实原因——如果承认自己曾在日本花钱嫖妓，哪还有脸面对故乡的妻儿？
针对迈那利的重审请求，日本国民救援会和日本律师联合会在金钱、人力上给予了大量支持，不仅提供免费辩护，还调来各种法律专业人士探监、听取情况，帮他提交重审请求。
二〇〇五年三月二十四日，重审请求递交到最高裁判所。
六年之后，二〇一一年七月二十一日，最高裁判所终于做出回应：要求做出有罪判决的东京高等法院对物证进行再次彻底分析。
正是这一次重审，让整个事件发生了逆转。
此前有罪判决的关键证据，是避孕套里的精液和卧室中的阴毛，可检方恰恰忽略了很重要的一点，那就是尸体阴道中残留的精液是否来自迈那利？渡边泰子遇害时衣着完好无损，警方做出非强奸杀人的判断符合情理，但是她几乎每晚都会从事卖淫活动，那晚与她发生过性关系的，很可能不止迈那利一人。从手提包中还有二十多个未开封的避孕套这点大概可以判断，泰子交易时有让客人佩戴避孕套的习惯。也许正因如此，警方才直接跳过了对尸体阴道残留物的分析。
东京高等法院重新对所有证据进行DNA检验，结果如下：
现场发现的二十二根人类阴毛中，十六根属于迈那利，两根属于渡边泰子，另有四根属于同一身份不明的男性，暂定代号为A。渡边泰子尸体阴道中的残留精液应为遇害当日与客人交易所留，DNA分析表明，精液属于A。尸体指甲中存在的人类皮肤细胞，很可能是遇害时挣扎中挠伤对方皮肤所留下的，但也可能是男女在发生性关系时无意识抓挠所得，因此无法判断这些皮肤细胞是否与凶案有直接联系。不过，这些皮肤细胞也属于A。
事到如今，未知男性A已被彻底证明存在，迈那利的无期徒刑判决显然站不住脚。
二〇一二年六月七日，最高裁判所重审开庭，迈那利正式出狱。东京高等检察厅提出扣押迈那利配合调查，但被最高裁判所驳回。由于迈那利的日本签证早已到期，释放当日他便被直接遣返尼泊尔。
迈那利返乡后的生活怎样，暂且不表，我们回到重审。
自第一天起，重审请求便遭到东京高等检察厅的各种阻挠，因为此案无论是在一九九七年还是当下，都是媒体重点关注的大案，一旦发生大反转，无疑会严重损伤东京高等检察厅的面子，而当时参与案件起诉、证据搜集的办案人员很可能也会受到责任追究。所以，东京高等检察厅的目的很简单：先耗上几年，磨掉迈那利和媒体、公众的热情，到时无论结果如何，面子上都好过些。不承想，最高裁判所仅仅用了两个月便驳回检察厅的异议申诉，于二〇一一年八月二日宣布本案重审正式开始。
开庭前，东京高等检察厅向最高裁判所表示，愿意改变检方意见，认定被告无罪。这就出现了一个极其荒谬的现象：公诉方和辩护方都认定被告无罪——审判似乎已经没有必要了。
二〇一二年十一月七日，东京高等法院推翻先前判决，改判迈那利无罪，检方放弃上诉，迈那利要求日本政府按照冤案标准赔偿其一切损失。
案件发展到这里，看似已经结束了。
可是，不知道你有没有注意到什么？
按照凶杀案的办案规则，尸检应由法医独立进行，不应受警方调查的影响，无论警方如何判断，法医在尸检中都不应忽略对尸体阴道残留物的检查。反过来说，法医一定会发现阴道中残留的精液，而这显然应当被列入检方进行身份验证的证据。尸检报告中，法医不仅提到过阴道中残留着精液，还保留了精液提取样本。由于那时的DNA鉴定价格高昂，又要耗时数月甚至半年以上，所以法医并未对精液进行DNA鉴定。之后，检方在搜集证据期间，对避孕套中残存的精液、卧室中发现的阴毛进行了DNA鉴定——正是这些鉴定结果，导致迈那利被捕和受审。这么说来，检方极有可能对案发现场残留的所有人体成分进行了DNA鉴定，并理所当然地拿到了所有分析结果，那为何在提交给法院的证据中，没有任何关于阴道残存精液属于不明男性A的信息？
检方究竟是疏于分析，还是有意隐瞒不利证据？这虽然成了媒体热议的话题，答案却很明显。检方毕竟不是一群蠢货，他们每年办案数量众多，却极少会疏漏关键证据，这一次明显是在隐瞒。我们接下来要分析的便是他们的隐瞒动机。
简单来说，东京高等检察厅隐瞒证据的动机分为两方面——内部压力和外部压力。
先看内部压力。
检察厅作为国家公检法系统中必不可少的一环，势必需要维持自身权威。在警察、检察厅、法院这个链条中，警察在最前线，往往面临更多的质疑和民众压力。日本常有“警察贪腐”“警方与黑社会勾结”“屈打成招”等内幕曝光，也说明曾经的日本警察系统确实鱼龙混杂。检察厅在民众心中的形象，往往更倾向于铁面无私。为了保持独立、正直的公众印象，检察厅往往对提起公诉的案件——尤其是大案、要案——尤为重视。很多日本影视作品都有检察官慎重提起公诉的片段，当然也有一些作品揭露检方为了诉讼顺利，不惜伪造或损毁证据的一面。
二〇一〇年，日本大阪地方检察厅就被爆出一起丑闻：为了维护检察厅的形象，大阪地方检察厅办案人员不惜篡改证据、藏匿犯罪嫌疑人。而这起案件的犯罪嫌疑人正是这些办案人员的上司——大阪地方检察厅特别搜查部部长大坪宏道。日语中有一句关于检察厅的俗话叫“検事は一枚岩”，意即“检察官们团结得像一块岩石”，足以说明检察官之间的紧密关系。
本案中检方的内部压力，正是来自最初调查此案时“主动”隐瞒部分不利证据的决策者，他们在之后的时间里得到升迁，为了维护自己的名声，加之后继者“投桃报李”，这才形成检方内部对隐匿证据一事避而不谈的默契。