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治平四年元旦，天有大风霾，英宗病重，内外人心惶惶；熙宁元年元旦，日食，神宗诚惶诚恐，避正殿，减常膳，停罢大朝会；熙宁二年元旦，总算天下无事，神宗可以过一个比较舒心的春节了。王安石也有些意气风发，写下一首小诗：
爆竹声中一岁除，
东风送暖入屠苏。
千门万户曈曈日，
总把新桃换旧符。
“千门万户曈曈日，总把新桃换旧符”描述的是宋人过年的习俗，又何尝不是表达了诗人对于新政的期待？
此时，新政正在酝酿中。
正月，元老级大臣富弼还朝，王安石替神宗起草了赐茶药的慰问诏书。二月初二，神宗拜富弼为司空兼侍中、昭文馆大学士，并让中使转达皇帝的诚意：“卿今兹无得更辞，当力疾入辅为宗社计。”
宋时，司空位列“三公”，是莫大的荣衔，从不轻易授人；侍中，也是位高望重的官职，极少除授；昭文馆大学士则例由首相兼领，也就是说，神宗给了富弼最尊贵的荣衔，请他担任首相。
我们应该记得，自治平四年韩琦罢相后，神宗一直没有另拜首相，表示虚位以待韩琦归来。转眼一年多过去了，韩琦已移判大名府，镇守河北，一时间不会回朝，首相不可以一直虚置，况且，变法在即，国家之舟即将驶入未知水域，朝廷需要一位有威望的老臣坐镇，以安定人心。而最有资格担此重任的，除了韩琦，大约就是富弼了。
不过，富弼坚辞不受，不敢领受“司空兼侍中”这么尊贵的荣衔，最后才答应以“左仆射兼门下侍郎、平章事”之衔出任宰相。
因患有足疾，富弼虽受命，却尚未陛见，亦未赴中书上任。这个时候，他听说有人在神宗面前声称“灾异皆天数，非人事所致”，不由深感忧虑，叹息说：“人君所畏惟天，若不畏天，何事不可为者！去乱亡无几矣，此必奸臣欲进邪说，故先导上以无所畏，使谏诤之臣无复施。”随即上书，告诫神宗：“在人之一身，则曰作善降之百祥，作不善降之百殃；在一家，则曰积善之家必有余庆，积不善之家必有余殃。一身一家至小也，余庆余殃，尚因人之善恶而致，宁有国家天下之灾祥而反归之于天数，而无事而致，……陛下万一或时而信，则救灾恤患，答谢天谴之意，有时而怠，亏损陛下之德，不为生灵之福，无甚于此。”
我们无法确定那个向皇帝宣扬“灾异皆天数，非人事所致”理论的人是谁，也许正是王安石。
富弼拜相次日，二月初三，王安石亦被神宗任命为参知政事。对许多人来说，王安石执政，是“靴子落地”，亦是众望所归，“当时天下之论，以金陵不作执政为屈”。
与王安石意见相左的司马光亦承认，“介甫独负天下大名三十余年，才高而学富，难进而易退，远近之士，识与不识，咸谓介甫不起而已，起则太平可立致，生民咸被其泽矣”。
次相曾公亮也向神宗推荐王安石。
但对另一部分人来说，他们可不乐意看到王安石进入权力中枢。参知政事赵抃、唐介都反对擢用王安石，唐介的态度尤其强烈，坚称“安石恐难（当）大任”。
神宗问他：“卿谓文学为不可任耶？经术不可任耶？吏事不可任耶？”
唐介回答：“非谓此也。安石好学而泥古，议论迂阔，若使为政，恐多所变更，必扰天下。”回到中书，唐介又对曾公亮说：“今日安石之言果用，天下困扰，诸公当自知之耳！”
神宗也曾向侍讲孙固征求意见：“王安石可相否？”
孙固说：“安石文行甚高，处侍从献纳之职，可矣。宰相自有其度，安石狷狭少容。必欲求贤相，吕公著、司马光、韩维其人也。”神宗问了他四次，每次孙固都这么回答。
但此时神宗已决意要让王安石执政。在正式发布任命状前夕，神宗与王安石有过一次谈话。
时值王安石入对，纵论天下事，神宗说：“此非卿不能为朕推行，朕须以政事烦卿，料卿学问如此，亦欲设施，必不固辞也。”
王安石说：“臣所以来事陛下，固愿助陛下有所为。然天下风俗法度，一切颓坏，在廷少善人君子，庸人则安常习故而无所知，奸人则恶直丑正而有所忌。有所忌者倡之于前，而无所知者和之于后，虽有昭然独见，恐未及效功，而为异论所胜。陛下诚欲用臣，恐不宜遽谓，宜先讲学，使于臣所学本末不疑，然后用，庶几能粗有所成。”
神宗说：“朕知卿久，非适今日也。人皆不能知卿，以为卿但知经术，不可以经世务。”
王安石说：“经术者，所以经世务也，果不足以经世务，则经术何赖焉！”
神宗又说：“朕仰慕卿道德，甚至有以助朕，勿惜言。不知卿所设施，以何为先？”
王安石说：“变风俗，立法度，方今所急也。凡欲美风俗，在长君子、消小人，以礼义廉耻由君子出故也。《易》以泰者通而治也，否者闭而乱也。闭而乱者以小人道长，通而治者以小人道消。小人道消，则礼义廉耻之俗成，而中人以下变为君子者多矣；礼义廉耻之俗坏，则中人以下变为小人者多矣。”
神宗深以为然，不久后便拜王安石为参知政事。
神宗原来打算先听王安石讲学，从容除拜，后来急着擢王安石入权力中枢，另有原因。在王安石就任参知政事后，神宗对他说了实情：“富弼、曾公亮与卿协力，弼闻卿肯任事，亦大喜，然须勿为嫌疑。朕亦欲从容除拜，觉近日人情于卿极有欲造事倾摇者，故急欲卿就职。朕尝以吕诲为忠直，近亦毁卿；赵抃、唐介皆以言捍塞卿进用。朕问曾公亮，亦云：‘诚有此。’卿且与朕力变此风。”
神宗所说的“近日人情于卿极有欲造事倾摇者”，究竟是指什么事呢？当指阿云案之争中司法官、台谏官对王安石的攻讦。
我们知道，去年七月，经过两次“两制议法”，神宗采纳了王安石之议，发布了一条新的敕文，作为司法机关今后裁决类似刑案的法律依据：“谋杀已伤，按问欲举，自首，从谋杀减二等论。”然而，敕文未能平息纷争，反而引发更大的争端。知审刑院齐恢、审刑院详议官王师元、大理少卿蔡冠卿、大理寺详断官韩晋卿等司法官员，都认为吕公著、王安石议法不当，新任御史中丞吕诲与诸御史也纷纷上书，论谋杀已伤之罪不适用自首减刑之法。
神宗便安排王安石与审刑院、大理寺的司法官合议。这是阿云案的第三次议法，由于文献记载的缺失，我们不知道这次合议、论辩的具体过程，但有一点可以确定：王安石未能说服司法官，经“反覆论难”，众法官“益坚其说”。
记录阿云案之争的宋人声称“安石本不晓法而好议法”，这一说法很可能便来自熙宁初年司法官对王安石的评价。
辩论到最后，司法官顺着王安石的逻辑，出乎人意料地提了一个主张：如果杀人已伤，允许自首减刑，就像阿云那样，那么，根据同样的理由，谋杀已死也应给予自首减刑的待遇。王安石一时无法反驳，只能附和其说。
此时，舆论对王安石已颇为不利，出现了针对他的“造事倾摇者”，倾摇什么？显然是倾摇王安石进入中书的可能性。而倾摇之人，很可能就是吕诲、唐介、赵抃，否则神宗也不会跟王安石说“朕尝以吕诲为忠直，近亦毁卿；赵抃、唐介皆以言捍塞卿进用”。王安石对此应该也是心中有数的，所以他在《除参知政事谢表》中赞美神宗“公听并观，故谗慝不能肆志”，这里的“谗慝”当暗指吕诲等人。
为了保护王安石，神宗只好提前于二月初三任命王安石为参知政事，以免夜长梦多。
同一日，神宗下诏：“自今谋杀人已死自首，及按问欲举，并奏取敕裁。”
即依齐恢等司法官之议，将自首可获减刑的适用范围从“谋杀已伤”扩大到“谋杀已死”。这一日为庚子日，因而这份诏敕被称为“庚子诏书”。
神宗希望通过对司法官的妥协，结束这场旷日持久的司法论争。然而，由于司法官并非真心赞成“谋杀已死，自首减刑”，所以庚子诏书颁发下来后立即被刑部抵制，侍御史知杂事兼判刑部刘述、同判刑部丁讽以“庚子诏书未尽”为由，将诏书奉还中书，拒不执行。“未尽”的意思，大约是说庚子诏书的立法意旨不明，考虑不够周全。
在第二次议法中支持王安石的翰林学士韩维，也对扩大自首减刑的适用范围表示忧虑：“安石、遵前议谋杀人未死许（自）首，犹曲宥其自新，意义甚美。臣与吕公著等论之详矣。今遂通（自）首法于杀人已死之后，臣于此不能无疑也。伏望圣慈更下王安石、许遵，使极陈谋杀人已死所以得首之理，更择明审烛理之人，研极论难，以求一是，然后以制旨裁定。”
依宋朝立法惯例，作为一项国家法令的敕命，需要经过充分的讨论，达成重叠共识，才可以用君主的名义颁行天下，就如韩维所说，“研极论难，以求一是，然后以制旨裁定”。于是阿云案进入第四次议法程序，参与者是中书的执政官。
当时中书一共有五位执政官：首相富弼，但他尚未赴任，没有参加议法；参加议法的是次相曾公亮，参知政事赵抃、唐介、王安石。在这次议法中，曾公亮倾向于支持王安石，赵抃与唐介则结成反对王安石的同盟。
王安石提出可以收回庚子诏书：“律意，因犯杀伤而自首，得免所因之罪，仍从故杀伤法；若已杀，从故杀法，则为首者必死，不须奏裁；为从者，自有《编敕》奏裁之文，不须复立新制。”
唐介却企图将去年七月颁布的诏书一并废止：“此法天下皆以为不可首，独曾公亮、王安石以为可首。”
王安石毫不客气地回了一句：“以为不可首者，皆朋党耳。”暗示唐介与赵抃朋比结党。
这场论辩的结果是，王安石胜出，意见获神宗采纳。二月十七日，神宗再次下诏：“自今谋杀人自首及按欲举，并以去年七月诏书从事。其谋杀人已死，为从者虽当首减，依《嘉祐敕》：凶恶之人，情理巨蠹及误（谋）杀人伤与不伤，奏裁。收还庚子诏书。”
因二月十七日为甲寅日，这一诏书又被称为“甲寅诏书”。
甲寅诏书能让阿云案激起的刑名之争平息下来吗？
不能。因为反对王安石、许遵的那一派士大夫，目的是维护《宋刑统》对谋杀罪的严厉处罚，废除熙宁元年七月发布的诏书，即“谋杀已伤，按问欲举，自首，从谋杀减二等论”。所以，当中书将甲寅诏书发至刑部时，又被判刑部刘述驳回。按宋朝立法机制，甲寅诏书作为刑部的一司敕（又叫“一司条法”，是宋代朝廷内外各司的衙门条例），例由中书直接付刑部、御史台、大理寺、审刑院施行，但刘述坚称甲寅诏书是诸州敕，应该颁行于全国诸州，中书的做法属于“程序不当”。刘述又以此为由，不奉诏书，要求由中书、枢密院合议阿云案。御史中丞吕诲和御史刘琦、钱顗等人也向神宗上书，请皇帝采纳刘述之议，将阿云案交中书、枢密院合议。
中书、枢密院合议，是宋朝最高层次的议法，称“两府议法”，经两府合议达成的结论，基本上可以确立为国家法律。神宗一开始并不同意再议阿云案：“律文甚明，不须合议”——这案子折腾了这么长时间，还有完没完？但宰相曾公亮认为，国家议法，应当“博尽同异、厌塞言者”，还是再议一次吧。神宗只好同意将阿云案交枢密院与中书合议。这是阿云案的第五次议法。
需要说明的是，阿云案的历次议法，都不是对阿云个人的重新审判，阿云已经由神宗特赦免死，这是终审结果，不会被推翻。众人要论辩的议题是阿云案衍生的法律问题，即“谋杀已伤”的罪行适不适用“自首减刑”。
熙宁二年春的枢密院有四位长官：枢密使文彦博、吕公弼，知枢密院事陈升之，枢密副使韩绛（韩维之兄）。议法时，文彦博与吕公弼均反对王安石的主张，认为“杀伤于律不可首。请自今已后，杀伤依律，其从而加功自首，即奏裁”，即谋杀已伤的主犯不适用自首减刑，从犯自首是否可减刑，须奏裁。陈升之、韩绛的看法则与王安石略同。
阿云案的第五次议法会议出一个什么结果呢？能做到“博尽同异、厌塞言者”吗？我们稍后再述。