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宋王朝的朝堂总是吵吵嚷嚷，只因国家遭逢大丧，才安静了一个月。等到神宗开始坐殿听政，还未来得及将注意力转向寻求解决国家财政短缺之策，台谏官与执政官又吵开了。台谏与政府之间势若水火，争执不休，这是神宗即位后不得不面对的第二个挑战。
先是，监察御史刘庠弹劾参知政事欧阳修入福宁殿祭拜英宗时，衰服之下穿了紫色官袍，这是对先帝的大不敬。神宗把这份弹章扣留下来，不让声张，只叫内侍悄悄告谕欧阳修赶紧将紫袍换了，这件事便没掀起什么波澜。然而，朝堂上暗流涌动，台谏官都在寻机会抓欧阳修的痛脚，再参他一本。
为什么台谏官这么厌恶欧阳修？因为英宗在位时，发生过一场激烈的“濮议”之争，当时积极论证英宗应追尊生父濮安懿王为皇考的吹鼓手，正是时任参知政事欧阳修，他也因此被愤怒的台谏官斥为其罪可诛的首启邪议之臣。濮议之争的结果是，那些强硬反对称呼皇考、与执政官唱反调的台谏官被英宗罢黜。这场风波虽然慢慢平息了下来，但欧阳修已经将整个言官集团都得罪了，所以大家都在等着欧阳修犯错误，然后一举将他扳倒。
恰好这个时候，欧阳修家中突然传出一桩大丑闻。原来，欧阳修的妻子有个堂弟，名叫薛良孺，因以前举荐的某人贪赃事发而受连坐问责。此时正值宋神宗即位，大赦天下，薛良孺本在赦罪名单内，但欧阳修为了表示自己大公无私，跟神宗说，“不可以臣故徼幸，乞特不原”，薛良孺因此未获赦免，被罢免了官职，从此对欧阳修恨之入骨，便造谣欧阳修与儿媳吴氏有奸情。
谣言传到集贤校理刘瑾之耳，刘瑾与欧阳修亦有嫌隙，便将其捅给御史中丞（御史台长官）彭思永。彭思永转身告诉了殿中侍御史里行蒋之奇，鼓励后者弹劾欧阳修。
濮议之争发生时，蒋之奇是一名礼官，颇维护欧阳修；欧阳修也投桃报李，于治平三年推荐蒋之奇当御史。蒋之奇因而为士论所不齿，他心里很不舒服，一直想找个机会洗脱自己身上的“欧党”嫌疑，听到欧阳修的丑闻后，便如获至宝，很快拟好弹劾欧阳修的奏稿。他先将奏稿交给彭思永过目，彭思永说：“以阴讼治大臣诚难，然修首议濮园事犯众怒。”蒋之奇遂独自上殿，弹劾欧阳修私生活不检点。
由于此事实在骇人听闻，宋神宗有点怀疑蒋之奇是诬告。蒋之奇表示：御史中丞彭思永可以作证，我言实不诬。神宗这才把弹章批付中书。
欧阳修立即上章自辩：“之奇诬罔臣者，乃是禽兽不为之丑行，天地不容之大恶。臣苟有之，是犯天下之大恶；无之，是负天下之至冤。犯大恶而不诛，负至冤而不雪，则上累圣政，其体不细。乞选公正之臣，为臣辨理，先次诘问之奇所言是臣闺门内事，自何所得，因何彰败？据其所指，便可推寻，尽理根穷，必见虚实。”
欧阳修所说是有道理的。须知与儿媳通奸是禽兽不如的丑行，不但会被宋代的法律制裁，还会被钉在历史的耻辱柱上。究竟是否有其事，应该查清楚，不可有半点含糊。神宗便令彭思永、蒋之奇二人“具传达人姓名以闻”，即交代清楚信息来源，以便朝廷核查。
但彭、蒋均拒绝说出信源，蒋之奇只称消息“得自思永”；彭思永则推托“出于风闻，年老昏缪，不能记主名”，又说：“法许御史风闻言事者，所以广聪明也，若必问其所从来，因而罪之，则后不得闻矣，宁从重谪，不忍塞天子之言路。”宋朝台谏官可以“风闻言事”，也能以“风闻”为由拒绝交代信源，这是宋代台谏官的特权，旨在保护言路的畅通。彭思永坚决不肯说出信源，神宗也没办法。
欧阳修则再三上书，请求彻查：“之奇初以大恶诬臣，本期朝廷更不推穷，即有行遣。及累加诘问，惧指出所说人姓名，朝廷推鞫，必见虚妄，所以讳而不言。臣忝列政府，动系国体，不幸枉遭诬陷，惟赖朝廷推究虚实，使罪有所归。”同时，欧阳修还提出辞职。
欧阳修儿媳之父吴充也上章请求朝廷，“力与辨正虚实，明示天下，使门户不致枉受污辱”。但由于欧阳修在濮议中犯了众怒，此番被弹劾，除了亲家吴充，居然没有一位同僚愿意站出来为他辩解。
神宗又出内批付中书：“凡朝廷小有阙失，故许博议闻奏。岂有致人大恶，便以风闻为托？宜令思永等不得妄引浮说，具传达人姓名并所闻因依，明据以闻。”让彭思永交代信源，但彭思永还是不松口，只说：“臣待罪宪府，凡有所闻，合与僚属商议，故对之奇说风闻之由，然暧昧无实，尝戒之奇勿言，无所逃罪。”蒋之奇也说：“此事臣止得于思永，遂以上闻，如以臣不当用风闻言大臣事，臣甘与思永同贬。”
既然如此，神宗只能将彭思永与蒋之奇贬出朝廷，算是给欧阳修一个交代。治平四年三月，彭思永罢御史中丞，出知黄州；蒋之奇免去御史之职，监道州酒税。神宗又赐手诏宽慰欧阳修：“数日来，以言者污卿以大恶，朕晓夕在怀，未尝舒释。故数批出，诘其所从来，讫无以报。前日见卿文字，力要辩明，遂自引过。今日已令降黜，仍榜朝堂，使中外知其虚妄。事理既明，人疑亦释，卿宜起视事如初，无恤前言。”
虽然皇帝以手诏挽留欧阳修，但御史台同声相应，同气相求，“言犹不已”，抗议皇帝袒护执政官、贬谪言官。被卷入舆论风暴中心的欧阳修也一再上表请辞，不愿意再当参知政事。神宗留他不住，只好批准辞呈，让欧阳修出知亳州，次年改知青州。
由于御史中丞彭思永被罢、参知政事欧阳修辞职，这两个重要职位都出现空缺，所以神宗需要尽快任命新的御史中丞与参知政事。
三月，神宗任命枢密直学士王陶权御史中丞。王陶是神宗的东宫老师，深受神宗信任与器重，现在他将监察百官的御史台交给王陶，且引《尚书》之“咸有一德”篇赠送给王陶：“朕与卿一心，不可转也。”
神宗又拜枢密副使吴奎为参知政事。本来宰相提名另一位枢密副使陈升之出任参知政事，因为陈升之资历更深，且“有辅立陛下功”，但神宗说：“奎辅立先帝，其功尤大。”因此越次用吴奎。
吴奎入谢（宋时，大臣就任，按惯例要入朝谢恩）时，神宗对他提起濮议旧事，吴奎说：“仁宗本意止在先帝，更无他择。臣自寿州召还，已见仁宗意，为大臣间有异议者，遂辍。后每见必知其微，终能决意建立，此天地之恩，不可忘也。追尊事诚牵私恩。”神宗深以为然，说：“此为欧阳修所误。”吴奎说：“韩琦于此事亦失众心，臣数为琦所荐，天下公论，不敢君前有所隐。”
彭思永与蒋之奇以阴私弹劾欧阳修，其实就是濮议之争的余波。蒋之奇虽然因此被贬黜，但神宗很赞赏他的勇气，曾跟吴奎说：“蒋之奇敢言，而所言暧昧，既罪其妄，欲赏其敢。”但吴奎反对这么做：“赏罚难并行。”神宗这才没有下诏表彰蒋之奇。
在这轮人事调整中，神宗还任命龙图阁直学士吕公著、龙图阁直学士兼侍讲司马光为翰林学士。宋朝的翰林学士地位极清贵，是君主的文学顾问，又是执政官的预备人选，但这个无数士人梦寐以求的职位，司马光却固辞不受。
神宗问他：“古之君子，或学而不文，或文而不学，惟董仲舒、扬雄兼之。卿有文学，尚何辞？”
司马光说：“臣不能为四六。”四六者，指一种骈文文体。宋时制书之制词，习惯以四六体撰写。
神宗又说：“如两汉制诏可也。”意思是说，汉朝的制诏不用四六体，你就跟汉人那样撰写制词也可以。
但司马光说：“本朝事不可。”
神宗很不理解：“卿能举进士高等，而不能为四六，何也？”
司马光告退而出。神宗叫内侍至閤门司，取来司马光的任命状，让他收下。但司马光“拜而不受”，只客气地拜谢，坚决不接受任命。神宗交代内侍：将任命状塞进司马光的怀里。司马光不得已，才接受了任命。从这里，我们可以看出，司马光的脾气跟王安石多么相似。
此时，王安石已服完母孝，正隐居于江宁府，设帐讲学。神宗正巧也想起了昔日在东宫时便时常听老师韩维提及的王安石。
他问韩维：“安石今在甚处？”
韩维说：“在金陵。”
神宗问：“朕召之，肯来乎？”
韩维说：“安石盖有志经世，非甘老于山林者。若陛下以礼致之，安得不来？”
闰三月，神宗诏王安石起复、赴阙。但王安石再次托病拒绝了。神宗问辅臣：“安石历先帝一朝，召不起，或为不恭，今召又不起，果病耶？有要耶？”
次相曾公亮回答：“安石文学器业，时之全德，宜膺大用。累召不起，必以疾病，不敢欺罔。”
参知政事吴奎却说：“安石向任纠察刑狱，争刑名不当，有旨释罪，不肯入谢，意以为韩琦沮抑己，故不肯入朝。”
曾公亮说：“安石真辅相之才，奎所言荧惑圣听。”
吴奎说：“臣尝与安石同领群牧，备见其临事迂阔，且护前非，万一用之，必紊乱纲纪。公亮荧惑圣听，非臣荧惑圣听也。”
宰相与副宰相一言不合，竟在御前争执起来。神宗想了一个折中的主意：先任命王安石知江宁府。诏命发出后，人们相信，王安石“必辞”。韩维闻讯，对神宗说：“臣今日闻除王安石知江宁府，然未知事之信否。若诚然者，臣窃以为非所以致安石也。何则？安石知道守正，不为利动，其于出处大节，料已素定于心，必不妄发。安石久病不朝，今若才除大郡，即起视事，则是安石偃蹇君命，以要自便，臣固知安石之不肯为也。”
韩维认为，神宗应该以至诚之心，直接召王安石赴阙，委以重任：“若人君始初践阼（即位），慨然想见贤哲，与图天下之治，孰不愿效其忠，伸其道哉？使安石甚病而愚则已，若不至此，必幡然而来矣。臣窃恐议者以为安石可以渐致，而不可以猝召。若如此，是诱之也，是不知安石者之言也。惟贤者可以义动，而不可以计取。”
王安石果然上状辞知江宁府：“臣所抱疾病，迄今无损，若辄冒恩黾勉，典当领路大藩，恐力用无以上副朝廷寄任，伏望陛下察臣如此。倘以臣逮侍先帝，未许分司，则乞除臣一留台宫观差遣，冀便将理，终获有瘳，誓当捐躯，少报圣德。所有敕牒，臣未敢祗受，已送江宁府收管。谨具状奏闻。”
朝廷没有同意王安石的请辞。不过这一回，王安石不再坚持辞职，很快便赴府衙视事。
司马光、王安石都是神宗皇帝物色来欲委以重任的少壮派士大夫。只是眼下时机未到，国是未定，神宗还没有一幅清晰的蓝图来规划未来的施政，他需要先广泛听取朝臣的意见。闰三月廿二日，神宗下诏求言：
朕以菲德承至尊，托于公卿兆民之上，惟治忽在朕躬，夙夜兢兢，上思有以奉天命，下念所以修政事之统，愧不敏明，未烛厥理。夫辟言路、通上下之志，欲治之主所同趣也。其布告内外文武群臣，若朕知见思虑之所未及，至于朝之阙政，国之要务，边防戎事之得失，郡县民情之利害，各令直言抗疏以闻，无有所隐。言若适用，亦以得人，观其器能，当从甄擢。惟尔文武，其各体朕兹令之非徒下也。
正是在这一背景下，翰林学士承旨张方平上奏疏论国计，并引《易经》之语：“穷则变，变则通，通则久”“变而通之以尽利”，希望神宗以国计为先，勇于革故鼎新。