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宋高宗建炎四年（1130）农历九月十五日，朱熹出生于福建南剑州的尤溪县（今福建省三明市下辖县）。
这一年，北来的金兵烧掠了杭州城；钟相等人在洞庭湖畔举起义旗，要求“等贵贱，均贫富”。对于宋王朝来说，真可谓内忧外患交相袭来。
朱熹的父亲朱松（1097—1143），字乔年，徽州婺源（今属江西）人。一世祖在唐末时任婺源镇将，此后，朱家一共传了六代，都没有人取得什么大的功名，家道逐渐中落。朱松自称“某少贱贫”，甚至说过自己有饿毙沟壑的危险。徽宗政和年间，朱松在福建担任过县尉、监税等小吏。高宗绍兴年间，他担任过“秘书省正字”“著作佐郎”“史馆校勘”等文职。绍兴十年（1140），朱松因反对秦桧主和被赶出朝廷，出知饶州，他乘机要了一个主管祠庙的闲职。这种官，只有一个头衔，可以干领薪水，不用到职。自此，朱松便住在福建南剑州的邻邑建阳。
南剑州是程颢得意弟子杨时的故乡。北宋神宗年间，杨时到北方从学于程颢，学成返乡的时候，程颢目送他，兴奋地说：“吾道南矣！”程颢死后，杨时又到北方从学于程颐。一天，程颐瞑目端坐，杨时与游酢二人侍立不去。当程颐醒来的时候，门外积雪已经一尺多深。这就是有名的“程门立雪”的故事。晚年，杨时一直在故乡讲学，使南剑州成为程学在南方的传播中心，据说弟子达千人之多。朱松曾经从学于杨时的弟子罗从彦，因此，也热衷于二程之学，和当地道学家们交往密切。
南剑州的道学环境，朱松和道学家的关系，都对朱熹的一生产生了深刻的影响。
朱熹出生之后三天，照例举行“洗儿”典礼。朱松作诗说：“行年已合识头颅，旧学屠龙意转疏。有子添丁助征戍，肯令辛苦更冠儒！”汉高祖刘邦曾经把儒生的帽子摘下来撒尿，朱松大概对此有点牢骚，所以表示朱熹长大以后，要让他去打仗、守边，不再戴儒生的帽子了。但事实上，朱熹五岁时就被送去上学，朱松作诗谆谆告诫：“故乡无厚业，旧箧有残书。夜寝灯迟灭，晨兴发早梳。”要他用功读书，以便成家立业，由鱼化龙。
就在这段时期，朱熹听人谈起天地无边的道理而陷入沉思。朱熹自述说：“某自五六岁，便烦恼道：天地四边之外是什么物事？见人说四方无边，某思量也须有个尽处。如这壁相似，壁后也须有什么物事。”（《朱子语类》卷九四）天地有边、无边是宋代道学家们喜欢探究的问题，朱熹为此“思量得几乎成病”，天真的孩子竟严肃得如同一个哲人。
朱熹从小就埋头诵读儒家著作，有过“五年不出门庭荒”的苦读经历。八岁时读《孝经》，在书上写道：“不若是，非人也。”当一群儿童在欢笑嬉戏的时候，他却端端正正地坐在沙地上用手指头画八卦。他十岁左右读《孟子》，当读到“圣人与我同类者”一句时，高兴至极，从此决意学做圣人。朱熹十四岁时，朱松病危，将家事托付给崇安人刘子羽和程学传人刘子翚等人。刘子羽曾在抗金将领张浚部下做参议军事，后被秦桧指使的谏官论劾，罢职还家。朱松死后，刘子羽在自己的家院旁边为朱熹母子盖了一所住宅，从此，朱熹就住在崇安。他受父辈影响，既热衷于程学，对佛学也有强烈兴趣。据说，有一次，刘子翚打开朱熹的箱子，发现其中只有一本当时著名禅宗僧侣宗杲的语录。绍兴十七年（1147），朱熹十八岁，参加建州地方的“乡贡”考试，用他从禅宗得来的体会“去胡说”，居然被考官看中，录取了。第二年，他又中了进士，三年后，被派到泉州同安县（今厦门市同安区）任主簿。
绍兴二十三年（1153），朱熹去同安赴任，途中去延平见过道学家李侗一次。李侗曾和朱松一起受教于杨时的弟子罗从彦，也是程颐的再传弟子。他主张一个人进行修养，要“默坐澄心，体认天理”（《延平答问》上卷），因此整天静坐，体验所谓“喜怒哀乐未发之前”的气象。李侗的这套静坐功夫完全来源于佛学，但是，表面上，李侗很强调儒佛的区别。因此，在这次见面中李侗不赞成朱熹学禅，朱熹对李侗也不信服。
在宋代，主簿是协助县令管理簿书、赋税、教育等事务的官吏。朱熹对这一职务很热心，经常查对赋税的出入簿册，限期完税，同时整理扩充县学留遗官书，建立经史阁。他经常讲说“修己治人之道”，要县学生员们不要只注重于科举，而要“知所以正心诚意”，“由之以入于圣贤之域”（《谕诸职事》，《朱文公文集》卷七四，以下简称《文集》）。朱熹认为，礼是“正风俗”“防祸乱”的根本，因此，曾参考《周礼》等书，画出了一套仪器和衣服式样，以备祭孔时使用。绍兴二十五年（1155），农民起义军进攻同安，朱熹分守城西北，督斥士卒拼命守城。朱熹的政治生涯一开始，就切身感受到了农民起义的威胁。
宋代地方官吏的任职期限一般是三年。到绍兴二十六年（1156）七月，朱熹的任职期已满，但接任的人未到。一直到第二年十月，仍然不见来人，朱熹就以“奉亲讲学”为理由回到崇安。绍兴二十八年（1158），朱熹以奉养母亲为名向南宋政府要求调职，得了一个“监潭州南岳庙”的头衔。次年八月，因宰相陈康伯推荐，政府召朱熹赴杭州，但同时朝中就有人要求“抑奔竞”。朱熹闻讯之后，上奏称“素有心气之疾”（《辞免召命状》，《文集》卷二二），要求推迟入朝。
居乡期间，朱熹曾于绍兴二十八年、三十年（1160），两次去延平见李侗，第二次去时，特意步行了几百里。这次见面，朱熹禅风不脱，仍然夸夸其谈，受到李侗的严厉批评。朱熹只得将禅权且放下，“且将圣人书来读”，读来读去，觉得“圣贤言语”渐渐有味，李侗的话听起来也觉得比较“缜密”，对佛学则觉得漏洞不少。此后，朱熹就着力于以儒学为主体来构造他的思想体系。但是，他并没有抛弃佛学，而是将它吸收进去了。
李侗对朱熹非常满意，替他取了一个字，叫元晦，希望他成为一个外表不露、道德内蓄的人。他喜滋滋地对人夸耀道：“元晦进学甚力，乐善畏义，吾党鲜有。”他觉得，自己的学说后继有人了。后来的事实证明，李侗的眼力不错。他的这个学生不仅继承了他的衣钵，而且大大超过了他。
绍兴三十一年（1161）秋，宋金关系再度紧张。这一年，在长期准备之后，金主完颜亮率兵六十余万，分四路南侵，企图一举灭宋。他志在必得，骄横地在绘有杭州形胜的画屏上题诗，准备“立马吴山第一峰”。九月，金兵进抵和州（今安徽和县），渡江在即。宋朝政府再次面临严峻考验。高宗赵构起用虞允文等参谋军事的同时，做好了出海逃命的准备，同月，虞允文指挥宋军击溃金兵。其他方面的宋军也取得胜利。不久，金东京留守完颜雍夺取政权，自立为帝。完颜亮在扬州被部将杀死，宋朝政府乘机收复了大片土地。
当宋军胜利的消息传到延平时，朱熹兴奋地与人唱和，赋诗志感，如《次子有闻捷韵四首》其一、其二：
神州荆棘欲成林，霜露凄凉感圣心。故老几人今好在，壶浆争听鼓鼙音。
杀气先归江上林，貔貅百万想同心。明朝灭尽天骄子，南北东西尽好音。
诗中，朱熹写下了他激动的心情：如同久蛰闻雷；写下了他的想象：中原父老箪食壶浆，争迎宋军；也写下了他的期待：东西南北飞传捷报。
写诗可以笔走龙蛇，听凭感情驰骋，然而，在现实的政治生活中，朱熹远没有那样豪情奔放。他致函当时负责军事的大臣黄祖舜，说明进兵中原并非易事，建议重用张浚等抗金名臣，加强东南，巩固根本。绍兴三十二年（1162）六月，赵构退位，孝宗赵昚即位。在抗战力量的要求下，赵昚任用张浚为江淮东西路宣抚使，统帅兵马；七月，为被秦桧陷害的抗金名将岳飞平反，驱逐秦桧党人，下诏求言，朝中出现了积极备战的形势。八月七日，朱熹向孝宗上奏，提出建议三项：一是研读《大学》一书，掌握治理天下国家的本末、终始和先后；二是罢黜和议；三是选用“忠臣贤士”。隆兴元年（1163）三月，孝宗召见朱熹，朱熹上表辞谢。五月，孝宗下令催促，朱熹赶到杭州。这时，由于张浚出战不利，朝中形势大变。孝宗任命秦桧余党汤思退为右相，同时派卢仲贤赴金军议和。
朱熹仍然强烈地反对议和。十一月六日，他到垂拱殿觐见孝宗时上了三道奏札。其一，再次强调《大学》之道，说是“正其本”“万事理”，这是当今最急迫要做的事情。其二，指责遣使求和的失计，建议取消议和之说。其三，认为制御金军之道，“其本不在乎威强，而在乎德业；其任不在乎边境，而在乎朝廷；其具不在乎兵食，而在乎纪纲”，建议孝宗开纳谏诤，黜远邪佞，杜塞悻门，安固邦本。当朱熹朗读第一道奏札时，孝宗脸色温和，有对有答；当朗读到第二道、第三道奏札时，孝宗就不吭声了。奏札之外，朱熹还当面责问主和派副相周葵。周葵表示：“此皆处士大言，今姑为目前计耳！”朱熹讽刺他道：“国家亿万斯年之业，参政乃为目前之计耶！”（《与魏元履书》，《文集》卷二四）
由于这次召见，朱熹被任命为武学博士，任务是研讨军事和武功。这个职务非朱熹所长，而且要等到有空额时才补。因此，他要了一个管理南岳庙的祠职。
同月，卢仲贤出使归来，传达了金方苛刻的议和条件，孝宗又后悔起来，再度倾向于抗战。十二月，任命张浚为右相，兼枢密使，仍然都督江淮东西路兵马。这时，朱熹曾向张浚献北伐计划，建议分军进攻关陕、西京、淮北等地，以吸引金兵注意，然后密选精锐数万，直捣山东，同时号召中原豪杰响应。张浚答复说，他只受命主持一个方面，这样的任务恐怕担当不了。朱熹无奈，要张浚的儿子张栻转告乃父，决不能跟汤思退合作。这以后，朱熹就离开杭州回福建崇安去了。
隆兴二年（1164），李侗病逝，朱熹赶往延平祭悼。李侗是他一生中最重要的老师，李侗之死使他觉得仿佛失去了眼睛一样。他因此非常哀伤。同年，孝宗抗战的决心再度动摇，从前线召回张浚，罢去相位，命他出任福州通判。八月，张浚在赴任途中得病，在江西余干逝世。朱熹闻讯，专程赶到豫章（今南昌），在张浚的灵船上哭悼，并一直护送到丰城。
张浚去世，汤思退更加肆无忌惮。十月，金军渡过淮水，大举入侵。十二月，宋金签订“隆兴和议”。宋割让海、泗、唐、邓、商、秦六州；不再向金称臣，改称侄皇帝；原来的“岁贡”改称“岁币”，每年缴纳二十万。乾道元年（1165）四月，在南宋政府催促下，朱熹到杭州就武学博士之职。因为参知政事钱端礼主和，朱熹仍然请祠。回乡之前，朱熹致函吏部侍郎陈俊卿，从多方面抨击“讲和之说”的危害。他认为，此说之所以得逞，其根源在于皇帝的“心术”受到了蒙蔽。他要陈俊卿以“格君心之非”为己任，帮助皇帝纠正错误。（《文集》卷二四）
同年六月，崇安人魏元履编订张阐和胡铨的主战言论为《戊午谠议》。朱熹在序言中说：“且若必以人之众寡为胜负，则夫所谓士大夫是和之多者，又孰若六军万姓之为多耶！”（《文集》卷七五）当时，“士大夫”中赞同议和者虽多，但是，朱熹却从“六军万姓”中看到了人心的向背。
这一段，是朱熹一生中最有光彩的时期。
“隆兴和议”之后，金王朝忙于巩固内部统治，无力南侵，宋金关系暂时稳定下来，朱熹便一头扎进道学中去了。
李侗在世的时候，曾经向朱熹传授过“未发之中”问题。《礼记·中庸》篇说：“喜怒哀乐之未发，谓之中；发而皆中节，谓之和。”《中庸》的作者认为：人在喜怒哀乐未发之前有一种精神实体，它是天下的根本，体察到了它，人就达到了圣人的境界，天下也就可以得到治理。宋朝的许多道学家都很注意体察“未发之中”，杨时以之传授给李侗，李侗以之传授给朱熹，但是朱熹当时的兴趣在章句训诂，没有注意理解这一点。李侗死后，朱熹追思老师的传授，觉得似懂非懂。为了弄懂李侗的传授，朱熹便和张浚之子，时在潭州的张栻通信讨论。
张栻年轻时就酷爱道学，后来又到衡山从学于著名道学家胡宏。乾道三年（1167）九月，张栻在潭州讲学，朱熹亲到潭州访问，直到这年十二月，朱熹才回到崇安。在以后的几年内，朱熹和张栻继续通信讨论，二人互有影响。
《孟子》一书记载，齐王见有人牵牛走过，当他得知牛将被牵去宰了祭钟时，便说：“放了它吧！我不忍心看它那恐惧发抖的样子，这样毫无罪过就被置于死地。”孟子以此证明人天生都具有恻隐、羞恶、辞让、是非等四种道德观念，称为“四端”。胡宏就此发挥，将齐王“不忍”杀牛之心称为“良心之苗裔”，主张由此“操而存之，存而养之，养而充之”。前者发现良心苗裔的功夫就称为“致察”或“察识”。后者的功夫就称为“操存”或“存养”。（《胡子知言疑义》，《文集》卷七三）张栻曾经写过一篇《艮斋铭》，讲的就是先致察、后操存的道理。朱熹盛赞这种修养方法。他当时觉得，这种方法非常方便简捷，书可以不读，言语可以不用，既不必寻师求圣，也不必“多闻博观”，只要“默会诸心”就可以了。（《答何叔京》，《文集》卷四〇）朱熹这一时期的修养论有点类似于禅宗的“直指本心”，不立文字的成佛论。因此，他高兴地写信告诉别人说：“原来此事与禅学十分相似，所争毫末耳。”（《答罗参议》，《续集》卷五）后来，王阳明曾盛赞朱熹这一时期的有关观点，视为“晚年定论”，引为同调。
朱熹在受张栻影响的同时，也认为他的思想“失之太高”，没有阶级、次第，使得湘中学者流于虚谈。此后，他经过了一段废寝忘食的思索过程，又取程氏兄弟著作研读，终于否定了张栻的看法。他认为，人在喜怒哀乐诸情未发时就要涵养，不能等待已发时再去察识。乾道六年（1170），朱熹编次和张栻讨论“已发”“未发”等问题的信稿为《中和旧说》。序言中，朱熹检讨了当年的看法，认为不仅自误，而且为害极大，不可不戒。
朱熹曾在乾道三年（1167）被南宋政府任命为枢密院编修官，待次（候补）。乾道五年（1169）五月，朝廷催促朱熹到职，朱熹因脚气病严重，上状辞谢，同时以“家贫亲老”为理由，要求得到管理岳庙一类的祠职。七月，魏元履因上疏阻止孝宗宠臣曾觐还朝，无效，写信责备宰相陈俊卿，结果被免去管理太学的职务，降为台州教授。朱熹替魏元履不平，认为“士大夫以言见逐，非国家美事”（《答林择之》，《文集》卷四三），更加不愿意到朝廷就职。同年十二月，南宋政府召朱熹赴朝。朱熹以母亲一年前刚去世，丧制未终，推辞不赴。乾道九年（1173）五月，宰相梁克家对皇帝表示：“朱熹屡诏不起，宜蒙褒录。”孝宗也说：“朱熹安贫守道，廉退可嘉。”（王懋竑《朱子年谱》卷之一下）于是将朱熹的秩位升为左宣教郎，主管台州崇道观，任便居住。但是朱熹却上表说，自己承当不起。直到淳熙元年（1174）六月，才表示接受。
朱熹之所以不愿赴朝，除了儒家有为父母守制三年之说外，主要是因为他愈来愈感到提倡道学的必要，正埋头于著述。他在致吕祖谦函中说：“只欲修葺小文字以待后世，庶小有补于天地之间，今若一出，此事便做不成。”（《与吕伯恭书》，《文集》卷二五）这一阶段，是朱熹思想的形成和确定时期。他编写了大量书籍，计有《河南程氏遗书》《西铭解义》《太极图说解》《通书解》《河南程氏外书》《伊洛渊源录》《古今家祭礼》等十一种，可见这一时期朱熹在钻研道学上的辛勤。
淳熙二年（1175）四月，婺州（今金华）学者吕祖谦自浙江来访。吕讲学主张治经史以致用，尤其爱好司马迁的《史记》，开启浙东功利学派的先声，和朱熹有不一致的方面；但是他对道学也有浓厚兴趣。到崇安后，吕祖谦和朱熹共同选取周敦颐、二程和张载的语录六百二十二条，编为《近思录》，作为道学的入门书。十天后，吕祖谦回浙江，朱熹送其到信州鹅湖寺（在今江西铅山县境），抚州金溪人（今江西金溪）陆九渊（子静）、陆九龄（子寿）应邀来聚，共同讨论道学中的问题。这就是中国哲学史上有名的鹅湖之会。
动身前，陆九龄对其弟陆九渊说：“这次集会，为的是讨论学术异同，我们弟兄两人先自不同，怎么能期望鹅湖时大家相同呢？”于是，二人反复辩论，至晚才罢，陆九龄表示赞成九渊的观点。第二天早晨，九龄在九渊面前朗读刚写好的诗：
孩提知爱长知钦，古圣相传只此心。大抵有基方筑室，未闻无址忽成岑。留情传注翻榛塞，着意精微转陆沉。珍重友朋勤切琢，须知至乐在于今。
诗中，陆九龄认为：儿童天赋就知道爱，长大了，天赋就知道敬，历代圣贤相传的就是这种爱敬之心，可以不学而知，没有必要到儒家著作的注解中去寻求所谓“精微”之处，那条路走不通。陆九渊认为诗写得很好，但第二句微有不妥。到鹅湖后，陆九龄首先朗诵他的诗，才读了四句，朱熹就完全明白，对吕祖谦说：“九龄上了九渊的船了！”接着，便和九龄辩论起来。陆九渊说他在路上写了一首和九龄的诗：
墟墓兴哀宗庙钦，斯人千古不磨心。涓流积至沧溟水，拳石崇成泰华岑。易简工夫终久大，支离事业竟浮沉。
陆九渊同样认为，人天赋就具有伦理观念，到了墟墓之间会自然产生悲哀之感，进了宗庙会自然产生钦敬之情，那是人人具有、永不消磨的，因此，自己的一套“易简工夫”必将长久光大，而朱熹的“支离事业”只能沉浮一时。听到这里，朱熹的脸色突然变了，但陆九渊不管，继续往下读：“欲知自下升高处，真伪先须辨古今。”自然，朱熹老大不高兴。
紧接着，又辩论了几天。朱熹主张“泛观博览而后归之约”，陆氏兄弟则主张“先发明人之本心，而后使之博览”。陆九渊并大谈了一通收敛精神，使之在内而不在外的重要，还想了一个“尧舜之前何书可读”的问题准备难倒朱熹，为陆九龄劝阻。双方终于不合而散。
从北宋起，道学中就一直存在着两个流派。不过，它们一直处于不自觉状态。直到鹅湖之会，这两个流派才各自形成了自己的壁垒。后人因为朱熹的体系以理为最高范畴，称为理学；陆九渊的体系以心为最高范畴，称为心学。
淳熙二年（1175）以后的一段时间，宋金关系继续处于稳定状态，但是，南宋统治阶级的内部矛盾却变得尖锐了。在政治上，有“内修”和“外攘”“偏安”和“恢复”的斗争。在思想上，有道学派和功利学派以及道学反对派的斗争。
“内修”派主张修明政治，将稳固南宋统治作为首务。朱熹的道学体系适应这一需要，因而得到推崇。淳熙三年（1176），参知政事龚茂良称赞朱熹“操行耿介”，孝宗任命朱熹为秘书省秘书郎，掌管图书收藏等事务。秘书省是宋王朝的所谓“储蓄秀异之才”的地方，朱熹一再推辞逊让。不久，又因人诋毁，孝宗写了手诏给龚茂良，认为朱熹是“虚名之士，恐坏朝廷”，于是，朱熹被派主管武夷山冲祐观。淳熙五年（1178），史浩再次推荐朱熹，想让他到朝廷来做官。参知政事赵雄提出，不如让他到地方上做点事。结果朱熹被改派为知南康军
，管理地方行政。他一再推辞，但朝廷不准，他只能动身，在铅山等候命令。
朱熹停留铅山期间，陆九龄来访。此前陆九龄已经写信给朱熹，自悔在鹅湖时所持的见解。因此，这次二人谈得颇为投机。朱熹对陆九龄说：“本人旧时持论亦好高，近来渐渐移近下，渐渐着实也。”朱熹还写了一首诗赠陆，题为《鹅湖寺和陆子寿》，诗云：“德义风流夙所钦，别离三载更关心。偶扶藜杖出寒谷，又枉篮舆度远岑。旧学商量加邃密，新知培养转深沉。却愁说到无言处，不信人间有古今。”朱熹没能说服陆九渊，却把陆九龄争取过来了。
南康地方有一个白鹿洞书院，位于五老峰下，始建于唐代，与嵩阳、岳麓、睢阳并称为四大书院。后来就逐渐废圮。朱熹到任后，访求遗址，重加修建，招收学生，并为之制定学规。内容为：
五教：“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信。”
为学之序：“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。”
修身之要：“言忠信，行笃敬，惩忿窒欲，迁善改过。”
处事之要：“正其谊不谋其利，明其道不计其功。”
接物之要：“己所不欲，勿施于人；行有不得，反求诸己。”
朱熹的这套学规对后来的教育影响很大。明清时期，书院林立，大都沿用了上述学规。
南康地方地瘠民贫，这年又发生旱灾，百姓纷纷流亡，朱熹想起了唐朝诗人韦应物的两句诗“身多疾病思田里，邑有流亡愧俸钱”，非常感慨。为了催缴赋税，朱熹对下级吏役采取了“监禁、断遣”的严厉措施。这年冬天，有人写信责备朱熹“烦刑暴敛”，朱熹本来就不愿意在南康地方做官，上书要求辞职，附信要求担任白鹿洞书院洞主。
同年，南宋各地大旱，孝宗要地方郡守说明民间利病。朱熹就此上奏，提出赋税苛重等问题，他尖锐地指责孝宗：欲恤民则民生日蹙，欲理财则财用日困，欲治军则军政日紊，欲恢复土宇则未能取中原尺寸之土，欲报雪仇耻则未能系单于之颈而饮月氏之头。朱熹分析，其原因在于宰相等人失职，皇帝所亲近并且共同谋议国家大事的不过是“一二近习之臣”，他们使得皇帝“不信先王之大道，而悦于功利之卑说”。
“隆兴和议”签订以后，孝宗不甘心自此罢休，推行理财备战方针，企图恢复中原版图。他在思想上，倾向于当时正在兴起的功利主义学派，对道学则有些厌弃，认为儒生“不达时变”，不知道治理天下、国家的根本。朱熹所批评的，正是孝宗当时确定的国策，因此，他估计皇帝一定大怒，作好了被贬官、流放的准备。致吕祖谦函称：“此间只有三五担行李，及儿甥一两人，去住亦不费力，但屏息以俟雷霆之威耳！”（《答吕伯恭》，《文集》卷三四）果然，孝宗读后大发脾气，命宰相赵雄分析。赵雄说：朱熹是个狂生，词穷理短，处分他反而替他扬了名，不如大度包容。（《赵雄传》，《宋史》卷三九六）吕祖谦也动员周必大出来帮着说话，朱熹才得以免除处分。
淳熙八年（1181），陆九渊至南康，请朱熹为陆九龄写墓志铭。朱熹邀陆九渊到白鹿洞书院讲学。陆的讲题是《论语》中的“君子喻于义，小人喻于利”两句。他慷慨激昂地说：“今人读书便是为利。如考中后又要得官，得官后又要改官，自少至老，自顶至踵，无非为利。”据说听众中有感动流泪的。朱熹对陆九渊的演说非常满意，认为“切中学者隐微深痼之病”（《跋金溪陆主簿白鹿洞书堂讲义后》，《文集》卷八一），特别请他笔录下来。这次见面，朱熹觉得陆九渊不像鹅湖之会时那样盛气凌人了，但是在许多见解上，二人仍然不合。
同年三月，浙东旱灾，发生饥荒，朱熹因宰相王淮推荐，被任命为提举两浙东路常平茶盐公事。年末，朱熹在延和殿觐见孝宗，连上七道奏札，把当时社会矛盾和天灾的根源归结为孝宗“未能循天理，公圣心以正朝廷之大体”（《辛丑延和奏札》一，《文集》卷一三）。他大讲其天人感应之说，要孝宗反躬引咎。在南康时，朱熹曾要求孝宗为白鹿洞书院题额，颁给《高宗御书石经》和《九经注疏》，但遭到反对，“朝野喧传，相与讥笑，以为怪事”。这次见孝宗前，王淮又派人建议他不要向皇帝提这件事，但朱熹在奏札中还是提出了这一要求。
淳熙九年（1182）正月，朱熹巡视绍兴、婺州、衢州等地，发现灾情空前严重。
浙东全境，饥民数在一百三十万人以上。朱熹认真办理荒政，参劾不力官吏和地方豪强。但是，在这一过程中，朱熹也错误地打击了台州知州唐仲友。
唐仲友是浙中金华的著名学者。他治学范围较广，自地理、刑政、军赋以至经史、传记等都是其研究的对象。治理台州期间，“锄奸治恶甚严”（《说斋学案》，《宋元学案》卷六〇）。他的政治主张和坚持抗金的陈亮同调，很看不起朱熹那一套。因此，朱熹到台州后，就轻信诬告，在孝宗面前告了五状，连唐仲友刊刻荀子、扬雄、王通、韩愈等人的著作也列为罪状。不仅如此，又逮捕官妓严蕊，非刑逼供，强迫她承认和唐有不正当关系。在弹劾状子中，朱熹还牵连攻击到了宰相王淮和推荐唐仲友任江西提刑的吏部尚书郑丙等人。这就引起郑丙等人的反击。
同年，在王淮支持下，郑丙上疏孝宗，指出近年有所谓“道学”者，“欺世盗名，不宜信用”。监察御史陈贾当面对孝宗说：近世讲道学的人大都言行不一。孝宗采纳陈贾的意见，朱熹被解职。淳熙十年（1183），朱熹回到福建，在武夷山修建精舍，广泛招收门徒。由于受到郑丙等人的指责，又亲身感受到浙东功利主义学派蓬勃发展的气势，此后一段时间内，朱熹的主要精力集中于批判浙东功利学派。
当时，在浙东和浙中，存在着几个功利主义或倾向于功利主义的学派，即金华学派、永嘉学派和永康学派，因为地属两浙东路，所以统称浙东学派。
金华学派的创始人是吕祖谦，他在淳熙八年逝世，其弟吕祖俭和学生们发展了他思想中功利主义的一面。这种情况使朱熹非常忧惧。他指责吕祖俭等抛弃“六经”和《论语》《孟子》而推崇司马迁，不去“穷理尽性”却大谈历史的发展变迁，丢掉了“治心修身”的个人修养而好事喜功，“全然不是孔、孟规模，却做管（仲）、商（鞅）见识”（《与刘子澄》，《文集》卷三五），“直是不成模样”。（《答孙季和》，《文集》卷五四）
永嘉学派的主要代表人物为叶适，其先驱人物有薛季宣、陈傅良等。他们在政治上主张抗金，在学术上注重研究史学和政治、经济、军事等有实用价值的学科。朱熹指责这个学派“专就利害上计较”。有人告诉朱熹，永嘉学派的人都喜爱隋末的王通（文中子），朱熹指责说：“譬如泰山之高，它不敢登，见个小土堆子，便上去，只是小。”（《朱子语类》卷一二三）
永康学派的代表人物是陈亮。他一生力主抗金，恢复中原，多次上书反对偏安妥协。在哲学上，他坚持唯物主义；在伦理学上，他提倡功利主义的道德观，认为学者的首要任务是讲求富国强兵之学，不应该低头拱手、慢步缓语地去讲什么道学。淳熙九年（1182），陈亮到衢州、婺州之间访问朱熹，此后二人就经常通信。陈亮认为：南宋渡江已经五十多年了，文恬武嬉，民疲兵老，情况已经严重到了极点，必须实行大的“更化”。朱熹反对陈亮的上述看法，认为“后生辈未知三纲五常之正道，遽闻此说，其害将有不可胜救者”（《答陈同甫》，《文集》卷三六）。淳熙十一年（1184），陈亮因事被捕入狱。在他出狱后不久，朱熹立即写信，要他“痛自收敛”，抛弃“义利双行、王霸并用之说”，“粹然以醇儒之道自律”。
对于浙东功利主义学派的发展，朱熹既感到“可恶”“可恨”，又感到“可畏”“可骇”“可虑”。他多次惊呼：“顷来议论一变，如山移河决”，说是“今日之病，唯此为大”。（《答石天民》，《文集》卷五三）陈亮反对朱熹的看法，在书信中展开激烈的辩论，这就是思想史上有名的“义利、王霸之辨”。它曾经极大地震动了当时的思想界。
在批判浙东学派的同时，朱熹和陆九渊以及他的另一个哥哥陆九韶之间就周敦颐的《太极图说》又进行了辩论。这是道学内部的争议。
淳熙十四年（1187），周必大任右相，留正任参知政事兼知枢密院事。二人都推崇道学，因此，朱熹又得到提拔，被任命为江南西路提点刑狱公事，管理赣州、江州一带地方事务。南宋政府在《告词》中对朱熹说：“尔好古道，据正不回”，要他“行尔尽心之学”。这一《告词》对朱熹是很大的鼓励。淳熙十五年（1188）二月，朱熹拿出了他经营多年、未敢示人的《太极图说解》和《西铭解义》，显然他认为时机合适。同年五月，王淮被罢去左相职务。朱熹听到消息，高兴至极，带病赶路入朝。路上有人提醒他说：“正心诚意”这一类的话，皇帝最讨厌听，千万不要讲！朱熹回答说：我生平所学只有这四个字，怎么能有意不讲，欺骗皇帝呢？在见到孝宗时，朱熹上了五道奏札，要求孝宗按照道学原则进行自我修养：“一念之萌，则必谨而察之，此为天理耶？为人欲耶？”（《延和奏札》五，《文集》卷一四）朱熹表示自己衰朽多病，不能出任江西提刑一职，因此，被任命为兵部郎官。这一任命不合朱熹的心意，便以“足疾”为理由请假治病。兵部侍郎林栗曾经和朱熹讨论过邵雍的先天象数学。林栗斥邵雍为“不知而作”，朱熹则赞美其为“高深闳阔，精密微妙”，二人意见不合。这时，林栗便上疏弹劾朱熹本无学术，自号道学，实为乱人之首。周必大、薛叔似、叶适等出面为朱熹辩护，结果，孝宗两面调和，林栗被派出知泉州，朱熹仍然出任江西提刑。七月，经考绩磨勘，南宋政府决定将朱熹提升两级。
九月，南宋政府召朱熹赴朝。这一年，陈亮视察了京口和金陵，再次上书，劝孝宗筹划北伐。他鼓励朱熹应召，但是，朱熹却回信要陈亮不要“撺掇”，让他好在山里当“闲汉”，“咬菜根”，“了却几卷残书”（《文集》卷二八）。同年冬，陈亮到铅山访问爱国将领辛弃疾，二人约朱熹在赣、闽交界处的紫溪见面，朱熹却要他们先寄一份谈话提纲给他，以免成为闲应酬。届期，辛、陈二人践约前往，朱熹不到。
十一月一日，朱熹上《戊申封事》，强调首先要加强人们的思想道德修养，认为“不世之大功易立，而至微之本心难保；中原之戎虏易逐，而一己之私意难除”。他特别激烈地指责道学反对派，说是十余年来，“一有刚毅正直、守道循理之士出乎其间，则群讥众排，指为道学之人，而加以矫激之罪”（《戊申封事》，《文集》卷一一）。当朱熹的这道奏章送到宫中的时候，孝宗已经睡了，赶忙起来秉烛读完。第二天，孝宗任命朱熹主管太乙宫，兼崇政殿说书。这一年，孝宗已经六十二岁，做了二十五六年皇帝，他已经厌倦了，准备传位给儿子赵惇，起用朱熹的目的是要他为赵惇讲说经书。
自王淮罢相之后，南宋朝廷中的道学反对派就处于不利地位，但仍有一定力量。这时，有人指斥道学为“邪气”，朱熹得悉之后，要求辞免新职。淳熙十六年（1189）正月，南宋政府任命朱熹为秘阁修撰，主管西京嵩山崇福宫。朱熹接受祠职，要求辞去秘阁修撰。就在这个时候，孝宗退位做太上皇，光宗赵惇即位，道学派和道学反对派之间的斗争形势大变。
光宗一朝是道学家们得势的时候。
光宗登基的同月，朱熹为《大学章句》和《中庸章句》二书作序。这两本书，他经营多年，修改多次，现在才觉得满意了。序言中，朱熹自称他的书有助于“国家化民成俗”和“学者修己治人”，同时拟好了皇帝召对时的奏章，准备提出“讲学以正心”“修身以齐家”等九条建议。但是，光宗没有召见他，这道奏章也就没有递上去。四月，朱熹再次上书要求辞去秘阁修撰，十一月，被任命为漳州知州。朱熹对光宗存有希望，推辞一次之后就接受了任命。
绍熙元年（1190）二月，殿中侍御史刘光祖上书，歌颂北宋司马光等人对王安石“新学”的斗争，指责孝宗时期“因恶道学，乃生朋党，因生朋党，乃罪忠谏”。他要求光宗下令停止对道学的批判，“使是非由此而定，邪正由此而别”（《续资治通鉴》卷一五二）。刘光祖的上书标志着风向的转变，自此，南宋朝廷展开了对道学反对派的进攻。
漳州流行佛教和鬼神迷信，朱熹到任后，一律严加禁止。据记载，平时传经、礼塔、朝岳之会，附鬼为妖、迎游街市等风习都不得不收敛起来。同年，光宗命朱熹在漳州清丈田亩，试行“经界”。由于官户、豪强、寺院等倚仗权势，不交赋税，或用隐蔽田产等办法逃避赋税，严重影响王朝财政，因此朱熹对“经界”是热心的。但是“经界”触及大地主阶级的利益，朝廷上下都有不少人反对，宰相留正因此动摇，“经界”中辍。绍熙二年（1191）正月，朱熹长子去世，他便以此为理由辞职请祠，五月到崇安邻邑建阳买屋住下。
在建阳，朱熹非常关心朝廷上道学派与道学反对派之间的斗争。当时，留正顾虑士大夫阶层中因此出现朋党，不愿采取过分措施，朱熹认为君子与小人，“非此胜彼，即彼胜此”，多次致函留正，要他“乘隙疾攻”。这一时期，他急于和人辩论，开始和永嘉学派的陈傅良、叶适通信，建议叶适张大嘴巴说话，直截了当，辩论到底，“不须得如此遮前掩后，似说不说，做三日新妇子模样”（《答叶正则》，《文集》卷五六）。其间，留正曾任命他为知潭州荆湖南路安抚使，《告词》推崇他可以做“世之师”“时之帅”。但是，朱熹都不肯就任。留正没有将“经界”坚持到底，半途而废，朱熹对此始终耿耿于怀，致函表示：决不再进“相公之门”。直到绍熙五年（1194），光宗下旨说：“长沙巨屏，得贤为重。”当时瑶民正在长沙一带起义，朱熹怕蔓延开来，才于四月赴任。到任后，朱熹首先修复了著名的岳麓书院，每两天去一次，督促学生攻读儒学经籍。
同年，光宗、李后和太上皇孝宗之间的矛盾日益加剧。李后是个悍妒泼辣的女人，她请立嘉王赵扩为太子，孝宗不同意，此后，李后就挟制着皇帝不去朝见孝宗，孝宗有病，二人也不去探望。五月，朱熹起草奏章，建议光宗立即谢罪改过。但是，还没有来得及递上去，孝宗就去世了。孝宗死后，光宗不肯去治丧，朝内朝外议论纷纷。七月，知枢密院事赵汝愚和知阁门事韩侂胄共同定策，请太皇太后（高宗赵构之后）下诏，宣布光宗退位做太上皇，由其子赵扩即位，史称宁宗。同月，宁宗召朱熹赴行在奏事。当朱熹闻命就道、匆匆赶路的时候，宁宗又任命朱熹为焕章阁待制兼侍讲，要他既当顾问（待制），又当教师（侍讲）。《告词》称朱熹为“儒宗”，给予高度肯定。
朱熹这次“超越非常”的任命是赵汝愚推荐的结果。
赵汝愚出身皇族，曾先后任吏部尚书、知枢密院事等职。对抗战，赵汝愚认为“其志甚美，而其事甚难”。当孝宗积极谋划北伐时，赵汝愚就力倡“自治”。在思想上，赵汝愚推尊儒学，曾在廷对时说，只要“以‘六经’为诸儒之倡”，就可以“举明主于三代之隆”（彭龟斗《贺江西赵漕启》，《止堂集》卷一四）。
朱熹入朝后，于十月四日上奏札五道，建议宁宗经常向太上皇问安视膳，博取光宗欢心，同时请宁宗热心儒学，居敬持志。在奏事过程中，朱熹曾以眼昏、耳聋、足弱为理由，当面向宁宗请求辞去待制及侍讲职务，但未得到允许。宁宗手批说“卿经术渊源，正资劝讲”，要他不要再辞。朱熹这才表示“仰遵圣训”。当时，杭州一度出现大风沙，朱熹立即声称是“阴聚包阳，不和而散之象”，要求宁宗克己自新。同时，他开始为宁宗讲《大学》。宁宗概括朱熹所编讲章的要点是“求放心”，朱熹兴奋至极，立即叩头称谢。回去之后，马上又上了一道《乞进德札子》，要宁宗“日用之间，语默静动，必求放心”，“亲近儒学”“以古之圣贤自期”。退朝后，朱熹对门人说：“上可与为善，愿常得贤者辅导，天下有望矣！”（王懋竑《朱子年谱》卷三四上）
宁宗即位后，因为皇宫被光宗占着，便下令修理东宫。但是朱熹不赞成，建议停罢这项工程。他要求宁宗“流涕伏地，抱膝吮乳”，向光宗请罪，同时要求宁宗禁止左右干预朝政。宁宗不悦，批给朱熹一张条子，大意是：朕怜卿年事已高，方此隆冬，难以站着讲书。已安排卿主管宫观。这份“御批”表面上很体贴朱熹，实际上把他从自己身边赶走了。赵汝愚企图阻止这份“御批”下达，并以“罢政”相要挟，宁宗不许。两天后，韩侂胄派内侍将“御批”交给朱熹，朱熹酸溜溜地上表称谢，说是蒙皇上“矜怜”，“无任感恩”，得旨免谢。宁宗最初是宠信朱熹的，他的态度变化反映了韩侂胄日益扩大的影响力。
韩侂胄的母亲是高宗皇后的妹妹，他本人是宁宗皇后韩氏的叔祖父，属于外戚一流，因拥立宁宗有功被任命为枢密院都承旨。他的受重用日益遭到朱熹、赵汝愚等人的反对，双方矛盾日深。驱逐朱熹正是这一矛盾尖锐化的标志。年末，朱熹回到建阳考亭。
赵汝愚为了扩大自己的政治影响，曾经扬言做过一个梦，其中有孝宗授给他汤鼎，他背着白龙升天等情节。庆元元年（1195），李沐上奏，说赵汝愚以同姓居相位，将不利于社稷。结果，赵汝愚被免去相位。不久，胡纮再次上疏，指责赵汝愚“唱引伪徒，谋为不轨，乘龙受鼎，假梦为符”，结果，赵汝愚被赶出朝廷，发遣到永州地方居住。
赵汝愚的罢相和发遣是对道学家的沉重打击，朱熹气得发狂。他写了数万字的奏章，攻韩保赵。他的子弟、门徒害怕惹祸，纷纷劝阻。朱熹让亲信门徒蔡元定占卜，得了个凶卦。朱熹吓得说不出话来，将奏章烧了，改号“遁翁”，并上书请求病休。
与此同时，在韩侂胄的支持下，朝中道学反对派展开了对朱熹道学集团的抨击。刘德秀、张贵模等人连续上书，谴责道学为“伪学”，要求销毁道学家们的“语录”。叶翥主持科举考试，凡考卷中提到“义理”的考生一概不取。据说，出现了“‘六经’《语》《孟》《中庸》《大学》之书为世大禁”的局面。宁宗并下令：被推荐的官吏，必须声明不是伪学之人；参加科举考试者，必须书面保证不是伪学。十二月，御史沈继祖上疏，指责朱熹有“不孝其亲”“不敬其君”“不忠于国”等六大罪。
沈继祖说：当赵汝愚病死衡州、朝野交庆的时候，朱熹却带着门徒百余人在野外号哭，并且在诗中写道“除是人间别有天”，这就不仅是怨望和不满的问题了。
沈继祖又说：朱熹剽窃了张载、程颐的一点言论，就煽动后进，收召无行无义之徒，组成党伍，互相吹捧，结果小者得名，大者得利，朱熹也借此获得富贵。
沈继祖指责的其他事实有：霸占建阳县学，贪占故人家财，诱引尼姑二人做小老婆，一年之间，接受贿赂以万计，甚至说朱熹“寓以食菜事魔之妖术”，是“大奸大憝”，等等。他要求撤去朱熹的职名，罢去其“祠禄”，将朱的亲信门徒蔡元定送外地管制。沈继祖之后，余嚞进一步上书，奏请将朱、蔡二人逮捕来京，斩首示众。结果，宁宗采纳沈继祖的建议，剥夺了朱熹的职名和“祠禄”，将蔡元定逮捕，送道州（今湖南道县）管制。（《四朝闻见录》丁集）
沈继祖等人的指责严重失实。例如“除是人间别有天”，原是朱熹于淳熙十一年（1184）所作纪游诗《武夷棹歌》中的一句，沈继祖指为同情赵汝愚之死，显系穿凿附会。但是，朱熹却一概不加申辩。庆元三年（1197）初，他两次上表，连“习魔外之妖言”“私故人之财而纳其尼女”一类极为无稽的罪名都承认下来，说沈继祖对他的揭发“谅皆考核”，自称是一个只知道传播“伪学”的“腐儒”，表示要“深省昨非，细寻今是”（《落秘阁修撰依前官谢表》，《文集》卷八五）。蔡元定出发往道州了，朱熹和门徒去送行，借酒浇愁，朱熹居然喝得昏然醉睡。
闰六月，刘三杰上书，指责赵汝愚与朱熹结成死党，图谋不轨，伪学已经发展为逆党。九月，宁宗下诏，凡荐举改官，一律不用“伪学之人”。十二月，设立伪学登记簿，将赵汝愚、留正、周必大、朱熹等五十九人登记在案。至此，韩侂胄发动的反道学斗争取得胜利。
庆元四年（1198），蔡元定在道州去世，朱熹身体和精神都极为衰惫。他一面加紧研读道家著作《参同契》，期望道士的“金丹”能使他长生，一面念念不忘编《礼书》。这时，他左眼失明，右眼模糊，找人抄稿子到处遭到拒绝，又害怕为韩侂胄等人得知，招来“焚坑之祸”。但是，他还是表示，必须把《礼书》编好之后才能瞑目。
庆元六年（1200），朱熹泄泻不止。三月初九，朱熹逝世。朱熹去世后，他的讲学语录经门人黎靖德编辑为《朱子语类》，诗文经他的儿子朱在等人编辑为《晦庵先生朱文公文集》。