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朱熹社会政治思想的核心是伦理根本论。他认为，只要倡明道学，发挥儒学伦理整饬人心的作用，南宋统治集团所面临的民族矛盾、阶级矛盾、内部矛盾就都不难解决。
建立在北方的金王朝初期是一个奴隶主贵族政权，它对宋王朝发动战争，目的在于攫取财富和掳掠人民做奴隶。女真贵族在其占领区推行奴隶制，任意烧杀，霸占土地、金帛、子女。掳掠去的人民被锁上铁链，耳部刺字，标价出卖，或者被赶到西夏等处换马。这种情况，严重地破坏了社会生产力，使中原广大人民处于水深火热之中。
在对待金王朝的态度上，朱熹有前后期的不同。前期，金兵南侵，南宋王朝面临覆灭危机，朱熹主张抵御金兵，反对议和。孝宗隆兴元年（1163），张浚任右相，他曾献北伐之策，希望恢复中原。但是，在大多数时间内，朱熹对北伐持慎重态度。在《癸未垂拱奏札》中，朱熹分析战、守、和三策说：“天下之事，利必有害，得必有失……战诚进取之势，而亦有轻举之失；守固自治之术，而亦有持久之难；至于和之策则下矣！”他认为，徽宗与钦宗都被金兵俘虏去了，这是不共戴天之仇，和不得。他说：“仁莫大于父子，义莫大于君臣，是谓三纲之要，五常之本，人伦天理之至。”朱熹反对议和，主要是从维护儒学伦理出发。
朱熹建议，拒绝敌人的一切引诱，固守江淮一带，合战守二计为一。他说：“守固而有以战，战胜而有以守，奇正相生，如环之无端。持以岁月，以必复中原，必灭胡虏为期而后已。”显然，重点在守。那么，何时北伐呢？朱熹主张“蓄锐待时”，等待时机。
在不具备进攻条件时主守是正确的。但是，金兵正蹂躏着北部中国，一切爱国者都不应该忍受这种“南共北，正分裂”的局面。积极创造条件，由固守发展为进攻，收复中原，这是抗战派的路线；长期满足于“自治”，不思进取，这就是偏安妥协了。
在“内修外攘”的关系上，朱熹一度主张并重，强调“自治之心不可一日忘，而复仇之义不可一日缓”。但是，随着宋金关系的缓和，朱熹愈来愈希望保持南宋王朝的安宁。乾道三年（1167），孝宗为了加强边备，派人到淮上视察城壁，下令修筑扬州城，遭到“内修”派的反对。谏议大夫陈良祐认为此举无益，徒招敌人之疑。朱熹赞同陈良祐等人的意见，认为从此边事将不能“久宁”。乾道六年（1170），宰相虞允文建议：乘钦宗在北方死去的机会，派使臣去金，索回北宋在洛阳、巩县（今巩义市）一带的皇陵区。朱熹反对此议，他写信给当时正任吏部员外郎的张栻，要他规劝孝宗，“较时量力”，“不为小人邪说所乱，不为小利近功所移”。
朱熹当时有两怕。一怕“仇敌外侮”，二怕“民心内摇”。随着南宋王朝社会危机的日益加剧，朱熹对后者的担心愈多，恢复中原的希望也就被推得愈远。淳熙十二年（1185），朱熹在《与陈丞相书》中列举南宋王朝的各种“内忧”，特别提出“民穷兵怨”的问题。淳熙十五年（1188），他把这种担心上奏孝宗，声称“一有不虞，臣窃寒心”。奏章说：“数年以来，纲维解弛，衅孽萌生，区区东南事犹有不胜虑者，何恢复之可图乎？”（《戊申封事》，《文集》卷一一）他奏请南宋统治者做政策的根本改变，首先大力对内，“先以东南之未治为忧”。同年，他对门徒说：“今五六十年间，只以和为可靠，兵又不曾练得，财又不曾蓄得，说恢复底，都是乱说耳！”（《朱子语类》卷一三三）
前期，朱熹指斥秦桧之罪“上通于天”，万死不足以赎，认为南宋军民“诟詈唾斥，欲食其肉而寝处其皮”的愤慨是正当的。淳熙九年（1182），朱熹曾在永嘉砸过秦桧祠。但是，到了后期，却逐渐肯定秦桧。他说：秦桧“归来主和，其初亦是矣”（《朱子语类》卷一三三）。朱熹所不满的只是“和”得过于“草草”，一“和”到底，“犹己奉之，荡不为一毫计”。有时，他甚至赞誉秦桧“有骨力”，“所引皆是好人”（《朱子语类》卷一三一）。
肯定“以和为可靠”，对抗战派的评价必然会发生变化。朱熹指责岳飞“恃才不自晦”，似乎岳飞不是死于秦桧的陷害，而是死于他自己的骄傲和躁进。虞允文是抗金名将，但是却被朱熹辱骂为：“其实无能，用著辄败，只志在脱赚富贵而已。”（《朱子语类》卷一三三）他认为，孝宗初年主张议和的人都是“端人正士”，而抗战派则是“乘时喜功、轻薄巧言”之辈。神宗时，王安石任用王韶，收复了被西夏王朝占据的熙河地区，共一千八百里地，取得了北宋王朝从未有过的大胜利。朱熹认为完全没有必要。他说熙州是广漠之乡，有了没益处，没有也不是损失。他攻击神宗：“只管好用兵”，“费了无限财谷，杀了无限人，残民蠹物之政，皆从此起。”（《朱子语类》卷一二七）不仅如此，连汉武帝抗击匈奴侵扰，朱熹也斥之为“好大喜功”。他认为，在民族压迫面前，不应该以武力反击，而要“修文德以来之”，靠道德去感化。
尽管如此，朱熹晚年依然怀念中原，以不能亲见恢复中原为憾。绍熙五年（1194），他感慨地叹道：“某要见复中原，今老矣，不及见矣！”（《朱子语类》卷一三三）这些地方，显示出他贯彻始终的爱国感情。
秦汉以后，爆发过无数次农民起义。在它们强大力量的打击下，有的王朝衰落了，有的王朝倒塌了。这些事实，迫使统治阶级及其思想家逐渐意识到，朝廷必须认真地处理这一矛盾。
朱熹生活的年代，先后发生农民、茶贩、饥民等各类造反约二十次。朱熹生活的福建，更是“每三四年一次发作”。卫博《定庵类稿》称：“其民好斗，能死而不能屈，动以千百为群，盗贩茶盐，肆行山谷。”自建炎四年（1130）起，福建先后发生范汝为、管天下、杜八子、何白旗、姜大老等领导的多次起义。这些情况，像梦魇一样沉重地压在朱熹心头。淳熙七年（1180），他在《庚子应诏封事》中说：“生民日益困苦，无复聊赖。草茅末识之士，相与私议窃叹，以为莫大之祸。必至之忧，近在朝夕。”（《文集》卷一一）两年后，他在《上宰相书》中又说：“试观自古国家倾覆之由，何尝不起于盗贼？盗贼窃发之端，何尝不生于饥饿？赤眉、黄巾、葛荣、黄巢之徒，其已事可见也。”（《文集》卷二六）显然，农民起义的威胁使朱熹经常忧惧不安。
朱熹主张适当减轻对人民的税收，借以调节矛盾，稳定社会。北宋时，最高年赋税收入为六千多万贯；南宋初年朝廷收入尚不足一千万贯，孝宗时便猛增至八千万贯。朱熹愤愤地说：“古者刻剥之法，本朝皆备。”（《朱子语类》卷一一〇）在《庚子应诏封事》中，他直率地向孝宗指出当时巧取滥收的严重情况，所谓“纳米收耗”，可以一倍、再倍地往上加；所谓“预借官物”可以一年、二年以至三年、四年地往上增。他想让南宋统治集团改变这种状况。淳熙九年（1182），他在《上宰相书》中说：“财散犹可复聚，民心一失，则不可以复收。”（《文集》卷二六）几年后，他又向最高统治者进言：“得财失民，尤为不可。”（《戊申封事》，《文集》卷一一）贪婪的统治者不知餍足地追求财富，常常因此失去民心，从而失去一切。朱熹很懂得这一点。淳熙六年（1179），李揖在广西造反，出榜宣布，“不收民税十年”。义军的这一措施得到了群众的热烈拥护，他们称李揖为李王，称宋军为“贼”。对此，朱熹评论说：“今日取民太重，深是不便。”（《朱子语类》卷一三三）
朱熹一生多次办理过“荒政”。孝宗乾道四年（1168）春夏之间，福建浦城饥民揭竿而起，朱熹即向知府请求，运粮借给饥民。这样，就使浦城举义的饥民孤立无援，举义不久即被扑灭。同年冬收获之后，借粮的百姓还回了粮食，朱熹即会同地方官在当地建立社仓。其办法是，平时借粮收取十分之二的利息，荒年借粮利息减半，大荒之年完全不收利息。朱熹认为，此法可以“下结民心，消其乘时作乱之意”（《乞修德政以弭天变状》，《文集》卷一七），因此于淳熙八年（1181）请求孝宗通令各地普遍设立社仓，地方官吏奉旨颁行。
为了防止农民“从乱”，朱熹积极主张清丈土地。他清楚地看到了税收中的不合理现象，也清楚地看到了对待“经界”的不同态度：豪家大姓、县吏乡司等不以为便，“独有贫民下户，欲行此事，有同饥渴”（《与张定叟书》，《文集》卷二七）。他表示，要为“贫民”着想，声称“今之为县，真有爱民之心者十人，则十人以经界为利”（《朱子语类》卷一〇六）。
对于南宋政府的地方官吏，朱熹做过尖锐的抨击，说他们“漠然无意于民”，甚至说他们“视民如禽兽”（《朱子语类》卷一八）。他本人则一贯主张“仁民”“爱民”。淳熙九年（1182），南宋政府尚书省所下文书中有“严行督责”一词，朱熹大为激动。他立即上书说：“督责二字，考之前史，则韩非、李斯惨刻无恩，诖误人主之术，非仁人之所忍言也。”（《论督责税赋状》，《文集》卷二一）他对孝宗说：官府固然应该禁止农民的“强借劫夺”，但“亦须先示存恤之意，然后禁其为非，庶几人心怀德畏威，易以弹戢”（《奏救荒画一事件状》，《文集》卷一七）。在朱熹看来，一个“德”，一个“威”，必须二者兼备，老百姓的“不轨”行动才易于“弹戢”。
在农民规规矩矩时，朱熹主张施之以“仁爱”，但是当农民揭竿造反时，朱熹就主张“围掩搜捉”“尽力扑讨”了。曾经有人建议他：为政应当以宽为本，以严作为辅助手段。朱熹不同意，他说：“某谓当以严为本。”儒家一贯标榜“不忍”之心。朱熹这时却说：“做大事岂可以小不忍为心。”（《朱子语类》卷一〇八）
朱熹特别重视刑与法的作用，主张用严刑、重刑。他说：“教之不从，刑以督之，惩一人而天下人知所劝戒。”（《朱子语类》卷七八）对先秦法家学派，朱熹颇多攻击，但是对其主张严刑峻法，朱熹却颇为欣赏。据他说，刑法轻，就会助长老百姓的“悖逆作乱之心”，只有用严刑、重刑，才能使人们“不敢肆意于为恶”（《戊申延和奏札》，《文集》卷一四）。在中国古代奴隶制时期，曾经有过刺面涂墨、割鼻、砍足、破坏生殖系统等残酷的刑罚。这几种“肉刑”在汉文帝和隋文帝时代先后被废除，但是朱熹却主张恢复后两种刑罚。淳熙七年（1180），他在南康明确规定，缺粮的农民只能上门赊借，如果发生了“妄行需索，鼓众作闹，至夺钱米”等情况，就一定要“追捉根勘，重行决配”。紧接着，他又宣布，对于那些“煽惑聚众”“劫掠居民财物米谷”的农民处以严重的刑罚：抢一匹布，流放三年；抢两匹，流放六年；抢十匹，处以绞刑；如果手持木杖，即使没有抢到财物，也要流放三千里。明末清初的思想家王夫之在《读通鉴论》中说：“自宋以来，为君子儒者，言则圣人而行则申、韩也。”（《读通鉴论》卷一七）朱熹的思想体系内显然有申不害、韩非的成分。
据朱熹说，南宋时期，经常出现“以妻杀夫”“以族子杀族父”和“地客杀地主”的情况，他主张南宋王朝诏令各级官吏，“凡有狱讼，必先论其尊卑、上下、长幼、亲疏之分，而后听其曲直之辞。凡以下犯上、以卑凌尊者，虽直不右，其不直者罪加。”（《戊申延和奏札》一，《文集》卷一四）这就是说：“上”可以压“下”，“尊”可以凌“卑”，“下”和“卑”受了压迫和欺侮，只能忍着，不能到衙门里去告，“虽直不右”，有理也不替你伸张公道。
朱熹关于“仁民”“爱民”的种种标榜不乏主观的真诚，但是判断一个思想家不应该根据他为自己编织的幻想，而要掌握其全部体系，揭示其实质，分析其在社会生活中的实际作用。
明代中叶的思想家李贽讲过一个故事：有一个道学先生，穿着高跟大鞋，长袖阔带，戴着纲常冠，穿着人伦衣，从故纸堆和古人的唇吻间剽窃到几句话，就自以为是孔子的徒弟。一次，正好碰上刘谐。刘谐哂笑道：你这样做是不了解我的仲尼兄呀。道学先生勃然作色，气愤地说：天不生仲尼，万古如长夜。你是什么人，敢呼仲尼为兄？刘谐说：难怪伏羲氏以上的人整天要点着纸烛走路呀！
李贽所讽刺的就是朱熹一类道学家。朱熹说过：“自尧、舜以下，若不生个孔子，后人去何处讨分晓？”在朱熹看来，孔子无所不知，无德不备，所说的话都是“万世不可易”的绝对真理。
在宋代，土地兼并问题极为严重。对此，有人主张实行“井田”制，有人主张“限田”。贺州人林勋作《本政书》，设想一夫占田五十亩，每十六夫为一井。朱熹认真地阅读过该书，也对历史上传述的“井田”制作过研究，结论是一时做不到。至于“限田”，他则称为“戏论”！
中国古代有法治和人治之争。朱熹强调人治。他说：“其要只在得人。若是个人，则法虽不善，亦占分数多了。”（《朱子语类》卷一〇八）北宋时，王安石主张“祖宗不足法”，司马光等则认为祖宗之法不可变。在这一问题上，朱熹和司马光等基本一致。他说：“因祖宗之法，而精择其人，亦足以治。只是要择人。”（《朱子语类》卷九八）在朱熹看来，宋太祖时代的许多法令条目就是照抄五代，“多仍其旧”，“可因则因”，他把这称为“英雄手段”（《朱子语类》卷一二七）。有门徒问他，如果他当权了，该怎样对待“祖宗成宪”？朱熹回答说：“亦只是就其中整理，如何便超出做得？”（《朱子语类》卷一〇八）有时，朱熹也承认，祖宗之法，“因事制宜”，可以“变而通之”（《读两陈谏议遗墨》，《文集》卷七〇）。这些地方，显示出他不同于顽固派。但是，他认为，这种“变通”不能违背儒学的根本原则。
对王安石及其变法，朱熹贬多于褒。他说：王安石“本是正人”，其心“固欲救人”，恭维他是“不世出之资”。但是，朱熹却激烈地攻击王安石变法的实际效果，说他“别起得许多弊”，“有以召乱”，甚至蛮横地指责王安石是北宋衰亡的“罪之魁”（《朱子语类》卷一二三）。据朱熹分析，王安石变法之所以如此，乃是因为他的指导思想不端正，“只缘学术不正当，遂误天下”（《朱子语类》卷一二七）。北宋时，陈瓘在《四明尊尧集》，陈师锡在《遗帖》中，都对王安石多所攻击，朱熹认为他们都没有抓住要害。在朱熹看来，王安石的问题在于汲汲于“财利兵刑”一类事情，“不复知以格物致知、克己复礼为事”。（《读两陈谏议遗墨》，《文集》卷七〇）
当时，南宋的抗战派为了抵御金王朝的侵扰，收复中原，统一国家，积极主张改革内政，富国强兵，走先秦时管仲、商鞅等人走过的路。对此，朱熹嗤之以鼻。为了阻止孝宗接受影响，他在《戊申封事》中直斥“管、商功利之说”为“陋”（《文集》卷一一）。在另外一些场合，朱熹更直接鼓吹富强有罪论。战国时，李俚主张勤谨耕作，增加农业产量，商鞅改革土地制度，对于国家的富强都起了积极的作用。但在朱熹看来，却“无教化仁爱之本”，“可罪”（《朱子语类》卷五六）！
朱熹认为，治理国家有本有末。他说：“天下事当从本理会，不可从事上理会。”（《朱子语类》卷一〇八）什么是本呢？据朱熹表示，那就是“三纲”“五常”等儒学伦理。《戊申延和奏札》称：“盖三纲五常，天理民彝之大节，而治道之本根也。”（《文集》卷一四）朱熹强调：“中国所恃者德，夷狄所恃者力”，宋王朝不应该像“夷狄”那样发展军事实力，而要充分发扬伦理道德的作用。他认为，政治的力量、法律的力量都比不上伦理道德，“为政以德，则无为而天下归之。”（《论语集注·为政第二》）
人的行为受精神指导，因而伦理道德在社会生活中有重大作用，但是，精神的作用是有限的。不去认真地加强军备，以为主要靠官兵的精神力量就可以打胜仗；不去改革或调整生产关系，发展社会生产力，以为主要靠精神力量就可以解决社会矛盾，都是对精神作用的无限夸大。
怎样才能充分发扬伦理道德的作用呢？朱熹认为，这就要大力提倡道学，使人人，包括皇帝在内都自觉地提升道德修养。他一再对皇帝说：“治道必本于正心、修身。”（《朱子语类》卷一〇八）在朱熹看来，社会的根本问题是“人心”，尤其是皇帝之心。他说：“天下之大本者，陛下之心也。”“人主之心正，则天下之事无一不出于正”（《戊申封事》，《文集》卷一一），就可以开万世太平之基了。
朱熹很陶醉于他的这一思想。他说：“今世文人才士，开口便说国家利害，把笔便述时政得失，终济得甚事！只是讲明义理以淑人心，使世间识义理之人多，则何患政治之不举耶！”（《朱子语类》卷十三）据朱熹说，等到“识义理”之人多起来的时候，“政治”就上去了。
朱熹一生孜孜兀兀于建立道学体系，其原因在此。