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经由上述说明，我们明白了气为原料、丹田为工厂的原理，接下来就要谈第三元件呼吸吐纳——如何将原料送进工厂。
不论是学太极拳、瑜伽或静坐，师父都会教你呼吸吐纳，那么，你练的呼吸吐纳方法到底正不正确？吐纳是有要领的，吐纳并不等于我们平常的呼吸，吐纳即“吐故纳新”，不但要吐出浊气，还要纳进清气。
目前的气功界，练习呼吸吐纳的方式五花八门，有自然呼吸法、胸式呼吸法、腹式呼吸法等等，腹式呼吸还分吸气凸腹的顺呼吸，以及吸气凹腹的逆呼吸。练习呼吸吐纳的主要用意在于“气到丹田”，吸气时因为能量进入丹田，小腹自然就会凸出，这才是正确的呼吸吐纳方法。采用胸式呼吸时气并没有进入丹田，而逆呼吸法初练时会感觉比较快、比较强，这是丹田前后阴阳穴道电能相接所产生的效应，算是一种走捷径的功法，但未能达到“气壮丹田”的目的，无法建构强固的丹田气。因此，炼气最好还是要遵循正统功法。
练习呼吸吐纳时，一般的师父都会教我们“眼观鼻、鼻观心、心观丹田”，因为要把空气中的元阳带入丹田，练功初期不容易找到行气的路径，所以我们在任脉上先设点，眼观鼻、鼻观心、心观丹田，这眼、鼻、心、丹田就是点，因为“观”要用心，经常用心依照顺序去观这四个点，久而久之便在任脉上穿成一条线，变成“气”习惯通行的一条道路。科学家也发现，长期练习呼吸吐纳的人，在身体前面中线处会形成一条“兴奋带”，它会形成一条由上而下通往丹田的“气路”，这个兴奋带的电位明显高于其他部位的皮肤，其原因是这条通路上经常有气通过，附近的细胞不断充电的缘故。而且，由于我们重复使用同一种神经回路，其中的细胞就会建立更多、更强的联系。
换句话说，炼气初期，气并不认得通往丹田的道路，因此要以心带着气往下走。炼气初期，心不能走太快，以免气跟不上，等到气熟悉路径之后，速度就可以逐渐加快，一直练到“心息相依”的程度之后，以平常的速度呼吸，不必再经由心的带领，气都会循着路径直接进入丹田。笛卡儿说：“我思故我在。”心是生命存在的焦点，心是后天识神，后天管后天，所以心能够主宰后天气。以道家的观点，心为阴神，阴能吸阳，因此心可以引进后天气之中的元阳进入人体。
“达摩西来一字无，全凭心意练功夫”，有一个很重要的观念要特别说明，这里的“心”不是指“循环血液的脏器”，而是指一个“可以任意游动的能量团”。我们可以将我们的心停在身体的任何一处，甚至可以将心停在体外，龙门派就有一个功法须将心守在身前两三尺之处；中国人形容一个人心系所爱，有句俗话说“心跟人家跑了”，所以显得魂不守舍。
心属火，凡是心专注之处，都是火力所到之处。我们可以做个实验：你收束心神，专注手掌心，过不了一会儿，手掌心就会发红、发热、发麻甚至跳跃，这就是心到火到的缘故，炼气初期的基本原理，即在用心驱动、役使能量。
心火还分文火、武火两种，《金仙证论》说：“微缓谓之文火，紧重谓之武火。”武火的火力强，文火的火力弱，用武火聚气称为“武练”，用文火温养称为“文烹”。《乐育堂语录》说：“火候文武，只有意无意之分焉耳。”用心专守则火气很强；若有若无的意守火气则较温和，炼气必须依照需要调整火候，“用意太紧则火燥，用意太缓则火寒”，不能有丝毫差错。基本上，炼气化精时用心，用心即武火；炼精化炁时用意，用意即文火。认真分析起来，用心才有火，用意根本没有火，用意时操作的是磁电能量，易言之，武火为火，文火非火，只是在守窍时，在调息当中有时候还会吸取些许火气进入身体。